演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZXDBZNF905

zinc finger X-linked duplicated B

ZXDB(zinc finger X-linked duplicated B)是 ZXD 家族的蛋白質,具有多個 C2H2 型鋅指,並與 CIITA 合作促進 MHC class I 與 MHC class II 基因的轉錄。

Homo sapiensXp11.21UniProt P98169
OFFICIAL SYMBOL
ZXDB
CHROMOSOME
X
UNIPROT
P98169
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZXDB(zinc finger X-linked duplicated B)是人類的蛋白質編碼基因,其產物屬於 ZXD 家族。蛋白質含有多個 C2H2 型鋅指,並具有與 ZXDC 互作及參與轉錄活化所需的區域。這些結構特徵構成其分子辨識與轉錄相關作用的基礎;來源指出其主要角色與 MHC 基因轉錄調控有關。

Official symbol
ZXDB
Gene name
zinc finger X-linked duplicated B
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13199
UniProt
P98169
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
ZNF905

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp11.21
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegZXDBpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:57,592,011–57,597,477
Gene span
5,467 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000374888 ★57,592,011–57,597,4771

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZXDB 的功能資料指出,它與 CIITA 合作,促進 MHC class I 與 MHC class II 基因的轉錄。這表示 ZXDB 參與調節這兩類基因的轉錄輸出,但現有資料沒有進一步說明其作用的先後順序、是否直接接觸 DNA,或在不同細胞情境中的調控方式。

來源將 ZXDB 描述為與 CIITA 協同促進轉錄,並未將兩者的關係限定為單純結合,也未提供足以界定各自分工的細節。因此可據此說明其參與 MHC class I 與 MHC class II 基因的轉錄促進,但不宜延伸推定更完整的分子機制或下游生理效果。這項功能描述也未提供特定實驗系統、物種以外的比較,或量化轉錄變化的結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 57592011 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZXDB ENST00000374888 GRCh38 chrX:57591011-57592111 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGTACACCAGGTTGATTGGACAAGATCGTCTGTGCCTTTTACTTGGCAGAATCCATTGCAGTGACTCAGG
ATTTAACCTAAACACATTTAACTGAAACTCCTGCCCAGAGACCTCCACGTGCTGGAGAAGGCAGAGTAAA
CTGAGGAATGAATGCCCTCATTGTGCTGTGAGAGCAGACATGAAATTTATCACAGTACAACCGATGGTGG
AAGGGCAAAAGTTGGTTTAGGTTGTGCACTGTATAGGGAGAAGCCAGGAGAAGGTTGGGTTTTTTCCAGA
TTTCAGTGTAAATTGTTTCATCCTCCAGACTTTGAATTTCTAGGCTGAAGAGTGCTAACCTGTTTTGGCC
GCATCTCTCACTCATTCTAATGTCTGTATCAGCAAGACAAAATTTGAACTATGCGGCAAATTGTACCGAA
GACTTTGCTCAAGATAATTGTGAATATGGAAGTTGTCCCGCGGGGAGGTGGGAAGGGGAAGGACATTTTC
AGCAGAACTGCCAGCGCTATGGTGGTTTAATGCTGACACAGAGACAGTTTTTTCTCTCAGGAATTGTCTT
TCATCCATCAGTCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCAAATTTTAACACACAGAAAGTACGAAGCAACATATCT
AACACTGGGAGGGGCTGGGGTGTGTTTATTTGGGTATATACAATGAGTCATGGATTAAAATTGCTTCCAG
CGGATAGATACCTAGGTGTTCCACAGCATTACTGAACAAGCTGTCGTCATTTCCCCATTACCTCAGAAGA
CCCCCTTAATTACTTACTTATATTAACTGTAGAACGTATTTATGCATACCAGGCTCTACCTCTGGGCTTT
CTATTCTGTTCCAGAGACCCAGTACCAGAATATTTAAATCACTGTGGCGTTAAATACGTTTTAATATCTG
ATAGGGCCAGTTTCTGCGCATTGCACATTTTTTTTTCCCCTTTCAGGAACGTGTTCAGGCCCGCGGCAGG
GGGCGGGATCGCGCCTCCTCCTCGGCTCTGGTTCCAGCCGAGCCTCTCGGACGCAGAGATGGAAATCCCG
AAGCTGCTCCCGGCTCGCGGGACACTACAGGGCGGCGGCGGCGGCGGTATC
ZXDB 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_9ST79 · promoter · 57591521–57592021 · regulatory

ENSRX_5HJQ73 · CTCF_binding_site · 57592078–57592099 · regulatory

ENSRX_5HJQ7G · CTCF_binding_site · 57592168–57592192 · regulatory

ENSRX_5HJQ88 · CTCF_binding_site · 57592339–57592360 · regulatory

ENSRX_5HJQD6 · CTCF_binding_site · 57593184–57593205 · regulatory

ENSRX_BFFLN · enhancer · 57595334–57595856 · regulatory

· motif · 57587786–57587799 · motif

· motif · 57591526–57591537 · motif

· motif · 57591530–57591544 · motif

· motif · 57591683–57591691 · motif

· motif · 57592080–57592096 · motif

· motif · 57592170–57592186 · motif

· motif · 57592173–57592189 · motif

· motif · 57592201–57592211 · motif

· motif · 57592322–57592333 · motif

· motif · 57592341–57592357 · motif

· motif · 57592365–57592380 · motif

· motif · 57592533–57592550 · motif

· motif · 57593095–57593110 · motif

· motif · 57593186–57593202 · motif

· motif · 57595469–57595477 · motif

· motif · 57595541–57595555 · motif

· motif · 57595541–57595555 · motif

· motif · 57595544–57595552 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:803 aa

1 aa803 aa功能區域鋅指
依 P98169 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ZXDB 蛋白質長 803 個胺基酸,屬於 ZXD 家族,含有十個 C2H2 型鋅指,分布於第 271 至 572 個胺基酸之間。第 271 至 577 位區域被註記為與 ZXDC 互作所需;第 576 至 703 位則被註記為轉錄活化所需。此外,資料預測數段區域具有無序特性。

鋅指C2H2-type 1271–295 aa
鋅指C2H2-type 2304–328 aa
鋅指C2H2-type 3334–358 aa
鋅指C2H2-type 4364–386 aa
鋅指C2H2-type 5393–417 aa
鋅指C2H2-type 6424–448 aa
鋅指C2H2-type 7454–478 aa
鋅指C2H2-type 8484–508 aa
鋅指C2H2-type 9514–538 aa
鋅指C2H2-type 10547–572 aa
功能區域Disordered1–91 aa
功能區域Disordered120–140 aa
功能區域Disordered218–260 aa
功能區域Required for interaction with ZXDC271–577 aa
功能區域Required for transcriptional activation576–703 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P98169…

AlphaFold · P98169

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

ZXDB 的定位資料記載為細胞核;來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未區分異構型。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
ZNF905ZXDBEIF4A3USP20ZGPAT
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

ZXDB 可自我結合,並與 ZXDC 及 CIITA 互作;這些關係標註為依相似性推定。來源未說明其是否共同形成特定複合體,也未提供互作對功能的具體影響,因此不宜將已記載的互作直接解讀為特定複合體組成或作用機制。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZXDB 與 CIITA 協同作用,促進 MHC class I 與 MHC class II 基因的轉錄。此敘述指出其涉及兩類基因的轉錄促進,但未進一步交代作用機制或實驗條件。推論支持
證據與來源

Cooperates with CIITA to promote transcription of MHC class I and MHC class II genes

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ZXDB 可與自身結合,也與 ZXDC 及 CIITA 互作;這些互作關係是依相似性推定,來源未提供特定實驗情境或互作後果。推論支持
證據與來源

Self-associates. Interacts with ZXDC and CIITA (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZXDB 的細胞內定位記載為細胞核;來源未提供其他定位條件或動態變化的資訊。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000374888 · 5,467 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CTCGGCTCTGGTTCCAGCCGAGCCTCTCGGACGCAGAGAT40
41GGAAATCCCGAAGCTGCTCCCGGCTCGCGGGACACTACAG80
81GGCGGCGGCGGCGGCGGTATCCCCGCGGGTGGCGGCCGAG120
121TCCACCGAGGCCCTGACTCGCCGGCTGGCCAGGTCCCCAC160
161GCGCCGCCTCCTGCTGCTCCGGGGCCCCCAAGATGGCGGG200
201CCCGGGCGGCGGCGCGAGGAGGCCAGCACGGCATCACGGG240
241GCCCTGGCCCAAGCCTGTTGGCGCCGAGGACCGATCAACC280
281TAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGACGACTTCTTCCTG320
321GTGCTGCTTGACCCGGTGGGTGGCGACGTGGAGACCGCGG360
361GCTCCGGTCAGGCCGCAGGGCCTGTGTTGAGGGAGGAGGC400
401CGAGGAGGGCCCGGGGCTCCAGGGGGGCGAGAGCGGCGCG440
441AATCCCGCGGGGCCCACTGCGCTAGGCCCCCGCTGCCTGT480
481CCGCGGTTCCCACTCCGGCCCCGATCTCCGCCCCCGGCCC520
521CGCCGCGGCCTTCGCGGGCACAGTCACTATCCACAACCAG560
561GACCTGCTGTTGCGCTTTGAGAACGGCGTCCTCACCCTGG600
601CCACGCCCCCACCACACGCCTGGGAGCCAGGGGCCGCTCC640
641TGCCCAGCAGCCCGGGTGTCTGATCGCCCCGCAAGCTGGG680
681TTCCCGCATGCCGCGCACCCGGGTGACTGCCCAGAGCTGC720
721CGCCAGACCTCCTGCTAGCTGAGCCGGCCGAACCCGCGCC760
761AGCTCCGGCGCCTGAGGAGGAGGCGGAGGGCCCGGCCGCC800
801GCCCTGGGCCCCCGCGGACCGCTGGGCTCCGGCCCAGGCG840
841TGGTGCTGTACTTGTGCCCCGAGGCGCAGTGCGGGCAAAC880
881CTTCGCCAAGAAGCACCAGCTGAAGGTGCACCTGCTGACG920
921CACAGCAGCAGCCAGGGCCAGAGGCCCTTCAAATGCCCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。