基因總覽
ZSCAN21(zinc finger and SCAN domain containing 21)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。蛋白質全長 473 個胺基酸,具有位於 N 端區域的 SCAN box,以及多個 C2H2 型鋅指;序列中另有兩段被註記為無序區。這些結構註解勾勒出其蛋白質組成,但現有資料未提供各區域在細胞中的具體作用細節。功能資料則以相似性推定其具強轉錄活化能力,並與精子生成及精母細胞減數分裂前期 I 的進程相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000292450 ★ | 100,049,774–100,065,040 | 4 |
| ENST00000456748 | 100,049,767–100,065,038 | 5 |
| ENST00000906174 | 100,049,767–100,065,040 | 5 |
| ENST00000906175 | 100,049,767–100,065,037 | 4 |
| ENST00000906176 | 100,049,767–100,065,037 | 5 |
| ENST00000906177 | 100,049,767–100,065,036 | 5 |
| ENST00000906178 | 100,049,767–100,065,037 | 5 |
| ENST00000938146 | 100,049,767–100,065,043 | 5 |
| ENST00000938147 | 100,049,767–100,065,040 | 5 |
| ENST00000938148 | 100,049,767–100,065,037 | 5 |
| ENST00000938149 | 100,049,767–100,065,035 | 5 |
| ENST00001119301 | 100,049,767–100,065,045 | 4 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZSCAN21 被描述為強效轉錄活化因子,但這項功能是依據相似性推定,並非此處列出的直接實驗結果。資料沒有說明它活化哪些基因、如何辨識或調控特定 DNA 序列,也未提供其轉錄活化作用的分子步驟,因此不能據此進一步指定目標或機制。
在生殖相關功能方面,資料指出 ZSCAN21 對精子生成具有重要作用,並將其與精母細胞減數分裂前期 I 的進程連結。原始註記將這些功能同樣標示為依相似性推定;因此,這些描述反映的是推論性功能註解,而非此資料中已呈現的直接驗證。資料也未交代其作用發生於精子生成的哪個具體階段,或如何影響減數分裂前期 I。
綜合而言,來源支持將 ZSCAN21 描述為可能參與轉錄活化,且對精子生成及精母細胞減數分裂前期 I 進程具有重要性;但各項功能的依據均帶有相似性推定的限制。
Promoter 與基因調控
>ZSCAN21 ENST00000292450 GRCh38 chr7:100048774-100049874 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAACCTAGATCCCTCGCATGCACTGTCCACAATAGGGTTTGTGCTCCTGTAAGAATCTAATGCTATGGC TGATCTGACAGGAGGCGGAGCTCAGGCAGTAATTAGAGCAATGGGGAGTGGCTGTAGATACAGGTGAAGC TTTGCTCCTGCAGCTCACCTCCTGCAGTAACGGCCCAGTTCCTAACAGGCCATGGACTGGTATCTGTCTG TGCCCCAAGGGTTGGGGACCCCTGCCTTAGTCATCCCAGACATTCCTTTCTATTGATTATAGGTCTTTAG ACAATAACTTTCAGCCAGTTGCCCATTAGAAGATCCTTGAGTTCACCTATGACTTGGAACATCCCCGCTT GGAATTGTCCTGCCTTTCCCACAGAACCAATGTTCATCTTACATGTCTTGATTGGTGTCTTATGTCTCCC TAAATTGTATAAACCCAAGCTGTAGCCCGACCATCATAGGTACATGTTCTTAGGACCTCTTGAGACTGTA CCTTGGGCCATTGGTCACTCATATTTGTCTCAAAATAAATGTCTTCAAATATTTTACAGTTTGATTGTTT TCATCAACGAAGTATTAACTCAATCTCTGGCTTCACGGGCCAAGCACAGCGTTCCATGTCCATAAACCTG GACCGAGGAGCTGGGCCCAAGGGTATCCAGTGACCTCGATCCAGGTTTATGGACAAGGAACCCTGTGCTT ATCCCAAGGGTACTCAGGGACCTTGGGCTCTGAAGTCCACGAGGGTGACCGAGGTGGCTGCCTCAGCCCA TGCCCTCCCTGCCCCAGGGCGTCGGGGTTGGGTGAGAGAACCGCCGCAGCCTTCATCTGGTCTGACCGTC TTCGGTAAAAACAGAAAGAGTCCCTGGCTTTTCATTTTCGGGGTGGACTCAACTCCTCCCTGATGTCCCA AGGGCCAGAGACACAGAGAGGACCTCCCGAATTTCTAGAGGGGCCGCTACGGCCCCGCACTACTTTTCCG CGGGGGCGGGGCTATGACGCACTTCCGGGTGCGCGGTCCCGAGGTACGCGGTGCGGTCTCCCGGTACCCG GAGCGGCTCTGATTCATGGTGAGCCTGCTGGTCGCGGGTTAGCGAGGCGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZSCAN21_1 ↗ | 7:100,049,774 | 正股 | 100,049,725–100,049,784 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_93GP66 · enhancer · 100044740–100045019 · regulatory
ENSR7_5TJCGW · CTCF_binding_site · 100044907–100044928 · regulatory
ENSR7_93GP7H · promoter · 100049284–100049784 · regulatory
ENSR7_BPT4S · enhancer · 100049785–100050477 · regulatory
ENSR7_5TJDBW · CTCF_binding_site · 100049870–100049891 · regulatory
ENSR7_93GP8L · enhancer · 100053146–100053579 · regulatory
ENSR7_5TJDWZ · CTCF_binding_site · 100053343–100053364 · regulatory
ENSR7_5TJDXF · CTCF_binding_site · 100053444–100053465 · regulatory
· motif · 100044897–100044913 · motif
· motif · 100044909–100044925 · motif
· motif · 100049138–100049149 · motif
· motif · 100049473–100049486 · motif
· motif · 100049473–100049486 · motif
· motif · 100049571–100049582 · motif
· motif · 100049677–100049690 · motif
· motif · 100049773–100049782 · motif
· motif · 100049773–100049784 · motif
· motif · 100049773–100049784 · motif
· motif · 100049872–100049888 · motif
· motif · 100053345–100053361 · motif
· motif · 100053364–100053377 · motif
· motif · 100053446–100053462 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:473 aa
ZSCAN21 蛋白質長 473 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其 SCAN box 位於第 45–127 位胺基酸,另有七個 C2H2 型鋅指,分布於第 277–466 位區間。第 127–169 位及第 244–272 位胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZSCAN21 定位於細胞核。 此註記未提供定位改變的條件或動態,也未描述不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- CAVIN1Q6NZI2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DVL3Q92997 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRAP2O75791 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-5P60370 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-3P60328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM41Q8WV44 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZKSCAN4Q969J2 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ZKSCAN7Q9P0L1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZNF213O14771 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ZNF24P17028 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- ZNF396Q96N95-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF446Q9NWS9-2 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- ZNF483Q6P088 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF496Q96IT1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZNF837Q96EG3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN12O43309 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN22P10073 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZSCAN23Q3MJ62 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZSCAN21 被描述為強效轉錄活化因子,但此功能是依相似性推定。它也被推定對精子生成具有重要作用,並為精母細胞減數分裂前期 I 進程所必需;這些功能描述同樣帶有相似性推定的限制。 | 推論支持 | 證據與來源Strong transcriptional activator (By similarity). Plays an important role in spermatogenesis; essential for the progression of meiotic prophase I in spermatocytes (By similarity) |
| 細胞定位 | ZSCAN21 的細胞內定位為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTTCCGGGTGCGCGGTCCCGAGGTACGCGGTGCGGTCTC40CCGGTACCCGGAGCGGCTCTGATTCATGGTTTAACTTGTG80GCCCTAAAGAACTGGAAACCCAAAGGAACGAATATTCCTG120CCCCACAGAGTCCCATCTTTGGTGAGGCTGTTTCTGGAGT160TTACATGATGACCAAGGTACTAGGCATGGCCCCAGTTCTG200GGCCCTAGGCCTCCACAGGAGCAGGTGGGGCCTCTGATGG240TAAAAGTCGAGGAGAAAGAAGAGAAAGGCAAGTACCTTCC280TAGCCTGGAGATGTTCCGCCAGCGCTTCAGGCAGTTTGGG320TACCATGATACCCCTGGACCCCGAGAGGCCCTGAGCCAAC360TCCGGGTGCTCTGCTGTGAGTGGCTGAGGCCCGAGATCCA400CACCAAGGAGCAGATCCTGGAGCTACTGGTGCTGGAGCAG440TTCCTGACCATCCTGCCCCAGGAGCTCCAGGCCTGGGTGC480AGGAGCATTGCCCGGAGAGCGCTGAAGAGGCTGTCACTCT520CCTCGAAGATCTGGAGCGGGAACTGGATGAGCCAGGACAC560CAGGTCTCAACTCCTCCAAACGAACAGAAACCGGTGTGGG600AGAAGATATCCTCCTCAGGAACTGCAAAGGAATCCCCGAG640CAGCATGCAGCCACAGCCCTTGGAGACCAGTCACAAATAC680GAGTCTTGGGGGCCCCTGTACATCCAAGAGTCTGGTGAGG720AGCAGGAGTTCGCTCAAGATCCAAGAAAGGTCCGAGATTG760CAGATTGAGTACCCAGCACGAGGAATCAGCAGATGAGCAG800AAAGGTTCTGAAGCAGAGGGGCTCAAAGGGGATATAATTT840CTGTGATTATCGCCAATAAACCTGAGGCCAGCTTAGAGAG880GCAGTGCGTAAACCTTGAAAATGAAAAAGGAACAAAACCC920CCTCTTCAAGAGGCAGGCTCCAAGAAAGGTAGAGAATCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。