基因總覽
ZSCAN20(zinc finger and SCAN domain containing 20)是蛋白質編碼基因,產物為 Zinc finger and SCAN domain-containing protein 20,歸屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質具有 SCAN box 與多個 C2H2 型鋅指,並含有被註記為無序的區域。現有功能註記指出,這種蛋白質可能參與轉錄調控;但資料未進一步說明其作用方式或調控對象,因此不宜將此可能性延伸為特定的分子機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000684572 ★ | 33,472,645–33,501,643 | 8 |
| ENST00000361328 | 33,472,597–33,501,643 | 8 |
| ENST00000903856 | 33,472,597–33,501,643 | 8 |
| ENST00000948837 | 33,472,597–33,501,643 | 6 |
| ENST00000948838 | 33,472,597–33,501,643 | 6 |
| ENST00001025690 | 33,472,597–33,492,774 | 6 |
| ENST00000373413 | 33,472,631–33,492,636 | 4 |
| ENST00000903854 | 33,472,631–33,501,643 | 8 |
| ENST00000903857 | 33,472,631–33,501,643 | 6 |
| ENST00000948839 | 33,472,631–33,501,643 | 7 |
| ENST00000948840 | 33,472,631–33,501,643 | 8 |
| ENST00000948842 | 33,472,631–33,501,643 | 5 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZSCAN20 的功能註記指出,它可能參與轉錄調控。這項描述表示其可能與基因轉錄的調節有關,但目前提供的資料沒有交代它如何影響轉錄,也沒有指出受調控的基因、轉錄因子或其他分子對象。因此,能支持的功能範圍僅限於「可能參與轉錄調控」,不能據此判定它會促進或抑制轉錄,或推論其在特定細胞過程中的作用。
這項功能描述也沒有提供實驗系統、處理條件或功能讀出,無法進一步界定其參與轉錄調控的情境與證據限制。雖然 ZSCAN20 具有 SCAN box,並屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族,但現有資料並未說明這些結構特徵如何與轉錄調節相連,也未提供足以描述其分子作用方式的資訊。因此,對其生物學意義的說明應維持在可能參與轉錄調控的層次。
Promoter 與基因調控
>ZSCAN20 ENST00000684572 GRCh38 chr1:33471645-33472745 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATCCTTCATTTGAAAGTAAGAACTTTCAGACACAAGCAGCTTGACTTCAGAGACTTTTACCTAAATAGT CTCATTTAACCTTCATAACACCCTGTGATGTAAGTTCTCTTACATTACTTGCATTTTATAGATGAAAATT CCAAAGACAAAATAGATGGCAGTAATTTGTTCAAGGCCACACAGCTGCGAAGTAGTTGAGTTGGGATTTG GATCCATGTCTGACTACAAAGCCCCCATTCTCAACACCACATTAGATTGTTCATGCCCCAAAGTATTCAC AGTGGTACAGAGCACCCGCATTTATATGAGGATTATTTTGTAATAATGATTAACATTCTTCCAACACCTA GGAAGTGCCAAGCTCTGTACTAACTGATTTACATAATAATAGCTAACAATCGCTGTGCATTATTAGGAGC CAGGCCCTGAGCTAATCGTTTTAGGTGTATTATCTCATTGAAAGTTCACAAAACTCTGTGACATGGATGC CATTACTACCCTCATTTTATGGTTGAAGAGAACGAGGTTCAGAATTCTTCCAAAGTCACACAGCTTAGCT GTAAGCTGGAAATTAAAGCTACAACTGTCCAGTTCTCTCCTGCCTATCGGGCTGGTCACCTCTAGTCATT CTCTCTTCTTATTTCTTATTGTGTCTGCTTTGATCTTTCAGGGTCTGAGGCTCTCACTTCGACCCCTCAG TAGAACTGGGCCCCCTTCTGCTCGAGTGCCCTCCCATTGGGCGGTGCTGTTATCCGGAAGCCTATGGAAA AGGCCAGGATCGCAACAGGTCCCGCCCCCATGTGTCGCGCCCGTTCCGATTTGTTCCAGTGCCAGGGTCC GTTAGAAGATGACATATCTATTGGCTGAAGACGTCTGAAAGGCAGCAAACGGAGGGGGCCGCCCCCGGCG CTCGCGCGGTTCCTTCTGGGAATTGTGGTCTCAGACGTTCCATTCCCAGGGTGGCGCCGCTCGGACTCCG CGTCCCAGCATTCCCCGCACGAGCCCGGGAGCACTTCCGCCCTGTTGTGAAGTGGGTGTCTCGGTGGGTG AGTCCGGGTGGCGGGGCGGGGGCAGCTGAGACGCAGGCTCTGGGCTGGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZSCAN20_1 ↗ | 1:33,472,651 | 正股 | 33,472,602–33,472,661 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_B8MCF · enhancer · 33470334–33471145 · regulatory
ENSR1_59TK5Q · CTCF_binding_site · 33470653–33470674 · regulatory
ENSR1_B8MCM · promoter · 33471903–33472661 · regulatory
ENSR1_59TKG2 · CTCF_binding_site · 33472433–33472454 · regulatory
ENSR1_B8MCP · enhancer · 33472662–33473227 · regulatory
ENSR1_8ZKGK · enhancer · 33473982–33474182 · regulatory
· motif · 33470655–33470671 · motif
· motif · 33472395–33472406 · motif
· motif · 33472395–33472406 · motif
· motif · 33472433–33472443 · motif
· motif · 33472435–33472451 · motif
· motif · 33472568–33472585 · motif
· motif · 33472577–33472585 · motif
· motif · 33472656–33472665 · motif
· motif · 33472656–33472667 · motif
· motif · 33472656–33472667 · motif
· motif · 33472701–33472711 · motif
· motif · 33472706–33472716 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1043 aa
ZSCAN20 蛋白長 1043 個胺基酸。其 SCAN box 位於第 51–133 位;另有 10 個 C2H2 型鋅指,分布於第 710–1037 位。資料亦將第 30–49、661–692 與 835–873 位註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZSCAN20 的定位註記為細胞核;資料未提供定位變化的條件、動態或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- SCAND1P57086 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZKSCAN4A0A0S2Z6X0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GAGCCCGGGAGCACTTCCGCCCTGTTGTGAAGTGGGTGTC40TCGGTGGAGCCTTGGGGAGCAGTCCCTTTTCTAGGAGCCT80CTTGAAGGACTCACCGTAGATGCAGGAAGACATTGGATGA120GGTCAGCATAGCTGAAGTGAGGTGTCTGGGTTAGACAATG160GCTATGGCCCTGGAATTGCAAGCCCAGGCATCTCCGCAGC200CAGAGCCTGAAGAACTCCTGATTGTGAAACTGGAAGAGGA240CTCTTGGGGATCAGAATCCAAACTCTGGGAGAAGGACCGT280GGCTCTGTCTCTGGCCCAGAGGCCTCCCGCCAGCGCTTCA320GGCAATTCCAATACAGGGATGCAGCTGGACCCCACGAGGC360CTTCAGCCAGCTCTGGGCTCTCTGCTGTCGTTGGCTGAGG400CCGGAGATCCGTCTCAAAGAGCAGATCCTGGAGCTGCTCG440TGCTGGAGCAGTTCCTGACTATCTTGCCTAGGGAGGTCCA480GACCTGGGTGCAGGCACGCCACCCTGAGAGTGGTGAGGAG520GCTGTGGCCTTGGTGGAGGATTGGCACCGAGAGACCAGGA560CTGCAGGACAGTCGGGACTGGAATTGCATACAGAAGAGAC600CAGGCCCTTAAAGACAGGGGAAGAAGCTCAGAGCTTCCAG640CTGCAGCCAGTGGATCCCTGGCCTGAGGGACAGTCCCAGA680AGAAGGGGGTGAAGAATACATGCCCTGACCTTCCCAATCA720CCTAAATGCCGAGGTGGCACCACAGCCTTTGAAAGAGAGT760GCTGTCCTCACTCCCCGAGTCCCTACTCTCCCAAAGATGG800GGAGCGTTGGAGATTGGGAGGTGACAGCTGAGTCCCAGGA840AGCCCTGGGCCCTGGCAAACATGCTGAGAAGGAGCTCTGT880AAAGACCCCCCAGGAGACGACTGTGGGAACAGCGTGTGCC920TGGGAGTTCCAGTTTCAAAACCAAGTAATACCTCCGAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。