演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

ZRSR2P1U2AF1-RS1

ZRSR2 pseudogene 1

ZRSR2P1(ZRSR2 pseudogene 1)是人類基因組中的假基因;資料庫列出的剪接相關功能與定位均屬預測。

Homo sapiens5q22.2
OFFICIAL SYMBOL
ZRSR2P1
CHROMOSOME
5
LOCUS TYPE
transcribed_processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZRSR2P1 的正式名稱為 ZRSR2 pseudogene 1,基因類型為假基因。現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的特性,因此不宜將相關預測描述為已確認的產物性質。

Official symbol
ZRSR2P1
Gene name
ZRSR2 pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:12456
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U2AF1-RS1U2AF1RS1ZC3H21U2AFBPLU2AF1PU2AF1L1ZRSR1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 55q22.2
chr5 · 181,538,259 bp · GRCh38chr5p15.33 · 1–4400000 · gnegchr5p15.32 · 4400001–6300000 · gpos25chr5p15.31 · 6300001–9900000 · gnegchr5p15.2 · 9900001–15000000 · gpos50chr5p15.1 · 15000001–18400000 · gnegchr5p14.3 · 18400001–23300000 · gpos100chr5p14.2 · 23300001–24600000 · gnegchr5p14.1 · 24600001–28900000 · gpos100chr5p13.3 · 28900001–33800000 · gnegchr5p13.2 · 33800001–38400000 · gpos25chr5p13.1 · 38400001–42500000 · gnegchr5p12 · 42500001–46100000 · gpos50chr5p11 · 46100001–48800000 · acenchr5q11.1 · 48800001–51400000 · acenchr5q11.2 · 51400001–59600000 · gnegchr5q12.1 · 59600001–63600000 · gpos75chr5q12.2 · 63600001–63900000 · gnegchr5q12.3 · 63900001–67400000 · gpos75chr5q13.1 · 67400001–69100000 · gnegchr5q13.2 · 69100001–74000000 · gpos50chr5q13.3 · 74000001–77600000 · gnegchr5q14.1 · 77600001–82100000 · gpos50chr5q14.2 · 82100001–83500000 · gnegchr5q14.3 · 83500001–93000000 · gpos100chr5q15 · 93000001–98900000 · gnegchr5q21.1 · 98900001–103400000 · gpos100chr5q21.2 · 103400001–105100000 · gnegchr5q21.3 · 105100001–110200000 · gpos100chr5q22.1 · 110200001–112200000 · gnegchr5q22.2 · 112200001–113800000 · gpos50chr5q22.3 · 113800001–115900000 · gnegchr5q23.1 · 115900001–122100000 · gpos100chr5q23.2 · 122100001–127900000 · gnegchr5q23.3 · 127900001–131200000 · gpos100chr5q31.1 · 131200001–136900000 · gnegchr5q31.2 · 136900001–140100000 · gpos25chr5q31.3 · 140100001–145100000 · gnegchr5q32 · 145100001–150400000 · gpos75chr5q33.1 · 150400001–153300000 · gnegchr5q33.2 · 153300001–156300000 · gpos50chr5q33.3 · 156300001–160500000 · gnegchr5q34 · 160500001–169000000 · gpos100chr5q35.1 · 169000001–173300000 · gnegchr5q35.2 · 173300001–177100000 · gpos25chr5q35.3 · 177100001–181538259 · gnegZRSR2P1pq1 bp181,538,259 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr5:112,891,610–112,893,079
Gene span
1,470 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000512790 ★112,891,610–112,893,0791

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

資料庫預測 ZRSR2P1 可能具有結合 pre-mRNA 3′剪接位點的活性,並可能透過剪接體參與 mRNA 剪接。資料亦預測其可能屬於 U2AF 複合體與剪接體複合體;這些內容均為預測,並非已確認的功能或複合體關係。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 112891610 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZRSR2P1 ENST00000512790 GRCh38 chr5:112890610-112891710 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCAAGTGATCCACCCATCTCAGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCTGGCCTA
AAATCTCACTCTAAAGATATATACAGATCTCTCAACCCAACAAAGAGGGATTCAAAGAGTTAATATAGTA
TATAGAGAGTAACAGGATGGACTCAAAGAAACTAACTTCCAATCCTGGTTCTGCCATTTACTAGCTAAGC
AAACCTTATACAAGTTACTTAATCACTTAAGTCTGGTTTTTCCTCTATAAAATAGGTATTAATTGAAAAT
TTTAAAATTTACCCCTATAATTTTGTAAGAAAATAAAATTACTAAGCATAGCAAGGACTTTCTCTGACCC
AAGAATACTGTGTTTTCTAACAACATCTATGAAACATTACTAACAGGAGAACATGTTAGCTTTCAGTAGG
GGAAAGCAAATCCTAGAACCAAAAATATTTAAGCAAATATTTATTTTTATTTTTTATTTTTGAGACAGAG
TCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCACAGTCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGT
TCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCTACCAAGCCTGGCTAA
TTTTTTTATTTTTAGTAGAGATGAGTTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAGG
TGATCCGCCCATTTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCACCGCACCTGGCCATAAGTA
AATATTTTAGAACTCTCCTTTTAGTACATGAAATGAAATTCAAATTTATGATATACTTAATTACAAAAAA
AGTCTAACTGCAATATAAAGGAGAAACAAAATGAAAGTAATTTGTAATATATATAAGTATGCAAACAAAA
CAATACTAGAAAACATAAAATATTCATAAGTAGAATCACTGACAGTGGCAGCTATGAACAAAATCTTCCA
TATATTCCCATAGGTTAAGAATGTCTGAGGGGTCAGGCGGTGCTGGCAAGATGGCTGCACTTGAGAAGAT
GACGTTTCCCAAGAAGATGACATTTCCAGAGAAACCAAGCCACAAAAAGTA
ZRSR2P1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR5_85BLQP · enhancer · 112896581–112896786 · regulatory

· motif · 112896598–112896611 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

ZRSR2P1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000512790 ★transcribed_processed_pseudogene1,470 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

資料庫預測 ZRSR2P1 位於細胞核;此定位屬預測,來源未提供定位變化條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的基因產物定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能資料庫預測 ZRSR2P1 可能具有結合 pre-mRNA 3′剪接位點的活性,並可能透過剪接體參與 mRNA 剪接;另預測其位於細胞核,且可能屬於 U2AF 複合體與剪接體複合體。這些均為預測性註釋。推論支持
證據與來源

Predicted to enable pre-mRNA 3'-splice site binding activity. Predicted to be involved in mRNA splicing, via spliceosome. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of U2AF complex and spliceosomal complex.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位資料庫預測 ZRSR2P1 位於細胞核;此項定位資訊為預測,並非已確認的定位結果。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000512790 · 1,470 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGTCTGAGGGGTCAGGCGGTGCTGGCAAGATGGCTGCAC40
41TTGAGAAGATGACGTTTCCCAAGAAGATGACATTTCCAGA80
81GAAACCAAGCCACAAAAAGTACAGGGCCGCCCTGAAGAAG120
121GAGAAACGAAAGAAACGTCGGCAGGAACTTGCTCGACTGA160
161GAGACTCAGGACTCTCACAGGAGGAGGAAGAGGACACTTT200
201TATTGAAGAACAACAACTAGAAGAAGAGAAGCTATTGGAA240
241AGAGAGAGGGAAAGATTACATGAGGAGTGGTTGCTGAGGG280
281AGCAGAAGGCACAAGAAGAATTCAGAATAAAGAAGGAAAA320
321GGAAGAGGCGGCTAAAAAATGGCTAGAAGAACAAGAGAGA360
361AAGTTAAAGGAACAATGGAAAGAACAGCAGAGGAAAGAGA400
401GAGAAGAGGAGGAGCAGAAACAACAGGAGAAGAAAGAAAA440
441AGAGGAAGCTGTGCAGAAGATGCTGGATCAGGCTGAAAAT480
481GATTTAGAAAATAGTACCACATGGCAAAACCCAGAACCAC520
521CCGTGGATTTCAGAGTAATGGAGAAGGATCGAGCTAATTG560
561TCCCTTCTACAGTAAAACAGGAGCTTGCAGATTTGGAGAC600
601AGATGTTCACGTAAACATAATTTCCCAACATCTAGTCCTA640
641CCCTTCTTATTAAGAGCATGTTTACAACGTTTGGAATGGA680
681GCAGTGCAGGAGGGATGACTATGACCCTGACGCAAGCCTG720
721GAGTACAGCGAGGAAGAAACCTACCAACAGTTCCTAGATT760
761TCTATGAGGATGTGTTGCCCGAGTTCAAGAACGTGGGGAA800
801AGTGATTCAGTTCAAGGTCAGCTGCAATTTGGAACCTCAC840
841CTGAGGGGCAATGTATATGTTCAGTACCAGTCGGAAGAAG880
881AATGCCAAGCAGCCCTTTCTCTGTTTAACGGACGATGGTA920
921TGCAGGACGACAGCTGCAATGTGAATTCTGCCCAGTGACC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。