基因總覽
ZP3 是蛋白質編碼基因,產物名稱為 zona pellucida glycoprotein 3,屬於 ZP domain family 的 ZPC subfamily。其蛋白質是卵母細胞周圍透明帶的糖蛋白成分;透明帶為細胞外基質,包含 ZP1、ZP2、ZP3 與 ZP4 等三至四種糖蛋白。此產物的基本特性與所在結構,將其定位為透明帶基質的一部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394857 ★ | 76,424,950–76,442,069 | 8 |
| ENST00000336517 | 76,397,497–76,442,071 | 9 |
| ENST00001135277 | 76,424,923–76,442,071 | 8 |
| ENST00000416245 | 76,428,638–76,442,071 | 7 |
| ENST00000394860 | 76,433,470–76,442,063 | 5 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZP3 是卵母細胞周圍透明帶的組成糖蛋白。透明帶是由三至四種糖蛋白形成的細胞外基質,來源列出的成分包括 ZP1、ZP2、ZP3 與 ZP4。ZP3 對透明帶基質形成不可或缺,並參與精子與透明帶的結合。
透明帶也與精子頂體反應的誘發有關,並可防止受精後多精入卵。這些作用描述的是透明帶整體的功能;來源並未進一步說明 ZP3 如何分子性地誘發頂體反應或阻止多精入卵。
Promoter 與基因調控
>ZP3 ENST00000394857 GRCh38 chr7:76423950-76425050 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGAATGAAGAACGCAGGGCCCCTTCTCCACCTCTCTTCACACAGCTGCCTCTGCCTGAACTGACCTACCC CCCGGCCTCCCATAAAATAAGGCAGAGACCCATGAAATTCCTCCTGTCTCCTAATTGATACCGCCTCCTT TTTCTCACACTTGGAATGAGCTCCTTATGTCTCAGATCTAATCCCCCTGACTCTTCAATCAAGGGCTTTC TCCTGTGTCCCCCACAGACCTGGGACAGCTCCCTTGCCGGGCTGCGAGCTTCCTAAGGGCAGGGCCAGCA GGGGATCGGAGGGAAGCTGTGATACATTGTGGTGCACCAGGCAGGCAGCACACTCTTTGCAAACTTTTAC ATGAATACACATGGGGATTTACAAGCTAAAAACTTTCAAGTGGGCTGGGGCGGGCGCGGTGGCTCACACC TGTCATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTGGAGGTCAGGACTTCAAGACCAGCCTGC CCAACATAGTGAAACCCTGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGCGGTGGCGCATGCCTTCCT GTAATCCCAGCTATTTGGGAGTCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGCTGAGAAGTGGAGGATGCAG TGAAACGAGATCATACCACTGCACTCCAGCCTGGACAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAACAAAACAAA ACACAACAAAAACAAACAAACCACAAACACACACACACACAGCAAAAAAAAACTTTAATGTGGATACACG TGGGGGATTTCCAAGCTAAAAACCAAATTCTGCTGTGGTCATGCTGGGGTGAAGGCTGAGAGTTTGCAGT TCTAACAAGCTCCCAGGTGTTACTGATGCTTCTGGATGGAGACCACTTTATGCAACAAGGGCCCAGCTGG CTAGGGAAGGGAGGCAGCTGAGAAGCTGAGAGCCCAGGTGGCAGCAGCCAGCATCCCACGGGTATAAGAT GGCCAGAGGCGGCTGCCTGCTGCTCTGCAGGTACCATGGAGCTGAGCTATAGGCTCTTCATCTGCCTCCT GCTCTGGGGTAGTACTGAGCTGTGCTACCCCCAACCCCTCTGGCTCTTGCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZP3_1 ↗ | 7:76,397,524 | 正股 | 76,397,475–76,397,534 |
| ZP3_2 ↗ | 7:76,400,549 | 正股 | 76,400,500–76,400,559 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_935BZM · enhancer · 76421019–76421502 · regulatory
ENSR7_C9KQC · enhancer · 76423130–76424344 · regulatory
ENSR7_935C2M · promoter · 76424644–76424960 · regulatory
ENSR7_935C3W · enhancer · 76428925–76429219 · regulatory
· motif · 76421651–76421660 · motif
· motif · 76423362–76423371 · motif
· motif · 76423362–76423371 · motif
· motif · 76424667–76424675 · motif
· motif · 76424801–76424810 · motif
· motif · 76424911–76424924 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:424 aa
zona pellucida glycoprotein 3 長 424 個胺基酸,屬於 ZP domain family 的 ZPC subfamily。蛋白質具有 1–22 位的訊號胜肽;23–387 位為細胞外區域,388–408 位為螺旋型跨膜區,409–424 位為細胞質區。其 ZP domain 位於 45–307 位,330–356 位則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
加工後的 ZP3 位於透明帶。 另有註記將其列為細胞膜上的單次跨膜第一型膜蛋白;這項膜定位與透明帶定位分別描述其膜相關形式與加工後蛋白所在位置。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Zona pellucida。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ACRP10323 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- VDAC2P45880-3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CLDN11O75508 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MALLQ13021 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZP3 與 ZP1、ZP2 有交互作用。另有相似性推論指出,ZP2 與 ZP3 的聚合物可排列成長絲,並由 ZP1 同源二聚體交聯;此組織方式屬於 By similarity 的描述。
疾病與遺傳關聯
Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 3(OZEMA3)是一種自體顯性不孕症,特徵包括卵母細胞異常、缺乏透明帶及卵母細胞退化。資料指出,影響 ZP3 所代表基因的變異會造成此疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZP3 是卵母細胞周圍透明帶的組成成分;透明帶為含三至四種糖蛋白的細胞外基質,包含 ZP1、ZP2、ZP3 與 ZP4。透明帶參與精子結合及頂體反應誘發,並防止受精後多精入卵;ZP3 對精子結合與透明帶基質形成不可或缺。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Component of the zona pellucida, an extracellular matrix surrounding oocytes which mediates sperm binding, induction of the acrosome reaction and prevents post-fertilization polyspermy. The zona pellucida is composed of 3 to 4 glycoproteins, ZP1, ZP2, ZP3, and ZP4. ZP3 is essential for sperm binding and zona matrix formation |
| 交互作用 | ZP3 與 ZP1、ZP2 有交互作用。相似性推論指出,ZP2 與 ZP3 聚合物可組成長絲,並由 ZP1 同源二聚體交聯;長絲組織方式帶有 By similarity 的推論性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Polymers of ZP2 and ZP3 organized into long filaments cross-linked by ZP1 homodimers (By similarity). Interacts with ZP1 and ZP2 PMID 28886344 ↗ |
| 細胞定位 | 加工後的 ZP3 註記位於透明帶,並以精子結合蛋白描述其性質。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZP3 被註記為細胞膜上的單次跨膜第一型膜蛋白。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 3(OZEMA3)是自體顯性不孕症,患者可有缺乏透明帶的異常卵母細胞及卵母細胞退化;資料指出,影響 ZP3 所代表基因的變異會造成此疾病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Oocyte/zygote/embryo maturation arrest 3 OZEMA3 An autosomal dominant infertility disorder characterized by abnormal oocytes that lack the zona pellucida, and oocytes degeneration. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617712 PMID 28886344 ↗ |
核酸與蛋白質序列
TGCTCTGCAGGTACCATGGAGCTGAGCTATAGGCTCTTCA40TCTGCCTCCTGCTCTGGGGTAGTACTGAGCTGTGCTACCC80CCAACCCCTCTGGCTCTTGCAGGGTGGAGCCAGCCATCCT120GAGACGTCCGTACAGCCCGTACTGGTGGAGTGTCAGGAGG160CCACTCTGATGGTCATGGTCAGCAAAGACCTTTTTGGCAC200CGGGAAGCTCATCAGGGCTGCTGACCTCACCTTGGGCCCA240GAGGCCTGTGAGCCTCTGGTCTCCATGGACACAGAAGATG280TGGTCAGGTTTGAGGTTGGACTCCACGAGTGTGGCAACAG320CATGCAGGTAACTGACGATGCCCTGGTGTACAGCACCTTC360CTGCTCCATGACCCCCGCCCCGTGGGAAACCTGTCCATCG400TGAGGACTAACCGCGCAGAGATTCCCATCGAGTGCCGCTA440CCCCAGGCAGGGCAATGTGAGCAGCCAGGCCATCCTGCCC480ACCTGGTTGCCCTTCAGGACCACGGTGTTCTCAGAGGAGA520AGCTGACTTTCTCTCTGCGTCTGATGGAGGAGAACTGGAA560CGCTGAGAAGAGGTCCCCCACCTTCCACCTGGGAGATGCA600GCCCACCTCCAGGCAGAAATCCACACTGGCAGCCACGTGC640CACTGCGGTTGTTTGTGGACCACTGCGTGGCCACACCGAC680ACCAGACCAGAATGCCTCCCCTTATCACACCATCGTGGAC720TTCCATGGCTGTCTTGTCGACGGTCTCACTGATGCCTCTT760CTGCATTCAAAGTTCCTCGACCCGGGCCAGATACACTCCA800GTTCACAGTGGATGTCTTCCACTTTGCTAATGACTCCAGA840AACATGATATACATCACCTGCCACCTGAAGGTCACCCTAG880CTGAGCAGGACCCAGATGAACTCAACAAGGCCTGTTCCTT920CAGCAAGCCTTCCAACAGCTGGTTCCCAGTGGAAGGCTCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。