基因總覽
ZNF99(zinc finger protein 99)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其序列包含 N 端 KRAB 結構域,以及多個 C2H2 型鋅指區域;其中部分鋅指被註記為退化型。這些結構特徵構成 ZNF99 的主要辨識性質。現有資料將其可能角色概括為參與轉錄調控,但未提供更具體的調控標的或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000596209 ★ | 22,752,183–22,784,151 | 4 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF99 的功能註記指出,它可能參與轉錄調控。這項描述表示其與基因轉錄的調節可能相關,但來源未進一步說明它會促進或抑制轉錄,也未指出受調控的基因、作用位置或特定細胞情境。因此,現有資訊支持的是一項概括性的可能功能,而非已界定的調控機制。
目前資料也未交代 ZNF99 如何影響轉錄,或是否透過直接辨識 DNA、與其他分子共同作用等方式產生效果。故不宜據此推定其結合序列、互作夥伴、調控方向或下游生物學結果。
Promoter 與基因調控
>ZNF99 ENST00000596209 GRCh38 chr19:22784051-22785151 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCAATGTGGCAGCTACTGGCCATGTGTGGCGACTGAGTGCCTGGAATGTGGCTGGTCTGAACTGTGATGT GCTGGAAAGGTAAAATACAGAGTTAGTTTCAAAGATGAAGTTCCAAAAAATATCTACACTTCATTTATAA TTTACATTTTGCTTACGTATTAAGATGATATTTTGGATATATTGGGTTAATTAAATTGCTACAATAAATT CCACCTGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTAAAGTTTGGCTACTAGAAAATTTAAAATACAATTTTATTTCA GAGGATTGCCTTCTTTTTAAAACCTCAGGCAATCTGATGAAAAAACCAGAAGCCAGGAAGGTCATAAACT CTGAAAATTTTAGATAATTGTTATATTCTTTTCATTTGTGAATAACCATATAATATATTATTTATAAAAG AATGTGACCTTATACAAAAGGTTAAATGCAAATACCCTCTGGGGTTGGCCTGGCTCAGTTCAGGAAGGAA GCCCTGCCTGAAAAGGCTGCAGCCTAGACTGTCATCCTTTCCTTTCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTC GTGACAGAATCTCGCTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCACTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGC CTCCTGAGTTTAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCACA CCAGCCTAATTTTTATTTTTAGTAGAGACCGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGA CCTCTGGTGATTCACCCGCCTCGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACACGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCC CGTCACTCTTCATTCAGCTCAGCATCAGATCACATCTTCTGTCACTCAGGGCCTGAGGAGGCGGGGATTT AAACATTATCCAATCAGGGACTCTGGGCTGGGAACCGTCCAATCAGGCACTCAGCTGGAGCGGAAAGGGC GGCTTGTGGGATGTGGCGGGGCCGTTGTTTCTGGTTCCAGCTGGAGCTCCGGATCTCGTTTTTACTGCTC TGTGTCCTTAGCCTCTGTGGCCCTGTGACCTGTAGGTATTTGGAGATCCAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9C36K · enhancer · 22783793–22784140 · regulatory
ENSR19_8N4CB · promoter · 22784141–22784347 · regulatory
· motif · 22785601–22785612 · motif
· motif · 22785796–22785807 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:864 aa
ZNF99 蛋白質長 864 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其 N 端第 4–75 位為 KRAB 結構域;另註記有 24 個 C2H2 型鋅指區域,分布於序列中段至近 C 端,其中第 2、3、8 個被標為退化型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF99 的定位資料記為細胞核;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCCGTTGTTTCTGGTTCCAGCTGGAGCTCCGGATCTCGTT40TTTACTGCTCTGTGTCCTTAGCCTCTGTGGCCCTGTGACC80TGTAGGTATTTGGAGATCCACAGCTAGGACGCCAGGACCC120CCTGGAAGCTTAGAAATGGGATCGTTGACATTTTGGGATG160TGACCATAGAATTCGCTCTGGAGGAGTGGCAATGCCTGGA200CATGGCTCAGCAGAATTTATATAGGAATGTTATGTTAGAG240AACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGGGTATCGCTGTCTCTA280AGCTAGACTTGATAACTTGTCTGAAGCAAGGGAAAGAGCC320TTGGAATATGAAGAGACATGAGATGGTAACTAAACCCCCA360GTTATTAGTTCTCATTTTACACAAGACTTTTGGCCAGATC400AGAGCATAAAAGATTCTTTCCAAGAAATAATATTGAGAAC440ATATGCAAGATGTGGACATAAGAATTTACGATTAAGAAAA480GATTGTGAAAGTGTCAATGAGGGTAAGATGCACGAAGAAG520CTTATAATAAACTTAACCAATGTTGGACAACTACCCAGGG560AAAAATATTTCAGTGTAACAAATATGTGAAAGTCTTTCAT600AAATATTCAAATTCAAATAGATATAAGATTAGACACACTA640AAAAGAAAACTTTCAAATGTATGAAATGTAGCAAATCATT680TTTCATGCTTTCACACTTAATTCAACATAAGAGAATTCAT720ACTAGAGAGAATATCTACAAATGTGAAGAACGTGGCAAAG760CCTTTAAATGGTTCTCAACCCTTATTAAACATAAGATAAT800TCATACTGAAGACAAACCCTACAAATATAAGAAATGTGGC840AAAGCTTTTAACATCTCTTCAATGTTCACTAAATGTAAGA880TAATTCATACTGGAAAGAAACCCTGCAAATGTGAAGAATG920TGGCAAAGTTTTTAACAATTCCTCAACCCTTATGAAACAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。