基因總覽
ZNF90 是一個蛋白質編碼基因,產物 zinc finger protein 90 屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質序列長 601 個胺基酸,包含一個 KRAB 結構域及多個 C2H2 型鋅指。這些序列特徵構成此蛋白質的基本結構輪廓;來源將其可能角色概述為參與轉錄調控,但未提供更具體的作用方式或調控對象。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000418063 ★ | 20,078,000–20,121,165 | 4 |
| ENST00001084582 | 20,077,972–20,128,148 | 5 |
| ENST00001084583 | 20,077,972–20,128,148 | 4 |
| ENST00001084588 | 20,077,972–20,111,305 | 4 |
| ENST00001117460 | 20,077,972–20,115,278 | 4 |
| ENST00001122784 | 20,077,972–20,127,029 | 4 |
| ENST00001130551 | 20,077,972–20,132,467 | 3 |
| ENST00001130552 | 20,077,972–20,132,733 | 4 |
| ENST00001130553 | 20,077,972–20,127,034 | 3 |
| ENST00001130554 | 20,077,972–20,127,032 | 2 |
| ENST00001135887 | 20,077,972–20,121,165 | 4 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF90 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控。這項描述屬於可能性陳述,表示目前資料支持將其視為與轉錄調節相關的候選參與者,但不足以據此判定其在特定情境中的作用方向、作用對象或調控結果。
轉錄調控涉及對基因轉錄活動的調整;然而,現有來源沒有說明 ZNF90 是否直接接觸 DNA、辨識何種序列、招募哪些分子,或透過何種步驟影響轉錄。因此,不能進一步將這項概括性註記延伸為特定的啟動、抑制或其他分子機制。
來源也未提供 ZNF90 參與哪些生物學過程、作用於哪些基因,或其功能在細胞中的具體意義。就目前可支持的範圍而言,能作出的結論僅限於:ZNF90 可能與轉錄調控有關,而其實際作用方式及生物學後果仍未由這筆資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF90 ENST00000418063 GRCh38 chr19:20077000-20078100 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTTCTCTAAAATAGCACTGGATGAACGCCTCAAGGGGCTCACACAACCTCTTCCAGGACTTGGTGACCA TTGTTTGTGTCCACGTTCAATTGAGTTCAAATTAAATATTTAACTTTTCCTCCACAAATTCCCCTGTCTT GATGAATTGGTTTTGTCTGGGCAAAGGGCAAGGTAAACTCCTTGGGCGGTTACACAACCTCCACCTCCTA GGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTTCGGTGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACCAGCACGCCCAGG TAAGGTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGACCT CAAGTGATTCGCCCTCTTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCTA AATGATTTCCTTTCTGTCTCCTATAACAGTTTGAAATTACTTAAAAGTTGTTTCAAATTGAAAAAATAAA AAGAATGTAGATAAAAATAAAATATAAAAAGTTAAAAAAATTACATTAGATTACAAAATATATATGATGT ATATGTAAGTCTCGAGAGGTCAAAAATGACAAATTTGATTTACTTACAAGGTTTTATTAAAATTAGCTTT CGTATTGATAATACACTATTACCAAAGTAAAAGTTTTCTCTTGAACAAAAATTTTTTGTATTATTAATAT GACAGCCAAATACTTCTGTTCACCTTTTGAATACATTCAAAAAGAGAAAGAGTAAAAAAGAATTTTCCCA TGCTCTCCGGTGGGCCTGGCTCAGCTCAAGGAGGAAGCCCGGCCTGAAAAGGCTGCAGCTGAGGCTGTGA CTCTTTCTTCACTCAGCCCAGCATGTGATCACATCTTCTGTCACTCAGGGACTGAGGAGGCGGGGCCTTA AGCATTATCCAATCAGGGACGCTGGGTTGGAAACCGTCCAATCATGCAGGCAGCTGGAGCGAAGAGGAAG GCTTTCGGGTTTGGCGCGGCCATTTGTCTCTTGCTGCAGCTGGTGCTCCAAATCTGGTCTTAGCTGCTTC GTGTCTTCTTCTCCAGCCTCTGTGGCCCTGTGACCTGCAGGTATTGGGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF90_1 ↗ | 19:20,078,001 | 正股 | 20,077,952–20,078,011 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_99Z6K · promoter · 20077687–20078010 · regulatory
ENSR19_C3ZRF · enhancer · 20078011–20079157 · regulatory
ENSR19_56PHR3 · CTCF_binding_site · 20078282–20078303 · regulatory
ENSR19_99Z7Z · enhancer · 20082519–20082868 · regulatory
· motif · 20077779–20077789 · motif
· motif · 20077895–20077905 · motif
· motif · 20078284–20078300 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:601 aa
zinc finger protein 90 長 601 個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列包含位於第 4–75 位的 KRAB 結構域,以及 15 個 C2H2 型鋅指,分布於第 173–587 位;各鋅指區段長度均為 23 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF90 的定位標示於細胞核;未提供定位變化條件或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CATTTGTCTCTTGCTGCAGCTGGTGCTCCAAATCTGGTCT40TAGCTGCTTCGTGTCTTCTTCTCCAGCCTCTGTGGCCCTG80TGACCTGCAGGTATTGGGAGATCCACAGCTGAGGGACCCC120CGGAAGCCTAGAAATGGGACCATTGGAATTTAGAGATGTG160GCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCATTGCCTGGACA200CTGCACAGCAGAATTTATATAGGGATGTGATGTTAGAGAA240CTACAGACACCTGGTCTTCCTTGGTATTGTTGTCACTAAG280CCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAAAACCCT320TCACTGTGAAGAGACATGAGATGATTGCCAAATCCCCAGT360TATGTGTTTTCATTTTGCCCAAGACCTTTGTCCAGAGCAG400AGCCTAAAAGATTCCTTCCAAAAAGTGATAGTGACAAGAT440ATGAAAAACGTGAATATGGCAATTTAGAGTTAAAAAAAGG480TTGTGAAAGTGTGGATGAGGGTAAAGTACACAAAAGAGGT520TATAATGGACTTAACCAATGTTTGACAGCTACCCAGAGCA560AAGTATTTCAATGTGATACATATGTGAAAGTCTCTCATAT600ATTTTCAAATTCAAACAGACATAAGATAAGAGATACTGGA640AAAAAACCTTTCAAATGTATAGAATGTGGCAAAGCTTTCA680ACCAGTCCTCAACCCTTGCTACACATAAGAAAATTCATAC720TGGAGAGATAACCTGCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCC760TTCAACAGGTCCTCACACCTTACTTCACATAAGAGAATTC800ATACTGGAGAGAAACGGTACAAATGTGAAGATTGTGGCAA840AGAATTAAAGTATTCCTCTACCCTTACTGCACATAAGAGA880ATTCATACTGGAGAGAAACGGTACAAATGTGAAGATTGTG920GCAAAGAATTAAAGTATTCCTCTACCCTTACTGCACATAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。