演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF90HTF9

zinc finger protein 90

ZNF90(zinc finger protein 90)是 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族成員,可能參與轉錄調控。

Homo sapiens19p12UniProt Q03938
OFFICIAL SYMBOL
ZNF90
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q03938
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF90 是一個蛋白質編碼基因,產物 zinc finger protein 90 屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質序列長 601 個胺基酸,包含一個 KRAB 結構域及多個 C2H2 型鋅指。這些序列特徵構成此蛋白質的基本結構輪廓;來源將其可能角色概述為參與轉錄調控,但未提供更具體的作用方式或調控對象。

Official symbol
ZNF90
Gene name
zinc finger protein 90
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13165
UniProt
Q03938
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HTF9

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p12
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25ZNF90pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr19:20,077,933–20,132,733
Gene span
54,801 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000418063 ★20,078,000–20,121,1654
ENST0000108458220,077,972–20,128,1485
ENST0000108458320,077,972–20,128,1484
ENST0000108458820,077,972–20,111,3054
ENST0000111746020,077,972–20,115,2784
ENST0000112278420,077,972–20,127,0294
ENST0000113055120,077,972–20,132,4673
ENST0000113055220,077,972–20,132,7334
ENST0000113055320,077,972–20,127,0343
ENST0000113055420,077,972–20,127,0322
ENST0000113588720,077,972–20,121,1654

顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF90 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控。這項描述屬於可能性陳述,表示目前資料支持將其視為與轉錄調節相關的候選參與者,但不足以據此判定其在特定情境中的作用方向、作用對象或調控結果。

轉錄調控涉及對基因轉錄活動的調整;然而,現有來源沒有說明 ZNF90 是否直接接觸 DNA、辨識何種序列、招募哪些分子,或透過何種步驟影響轉錄。因此,不能進一步將這項概括性註記延伸為特定的啟動、抑制或其他分子機制。

來源也未提供 ZNF90 參與哪些生物學過程、作用於哪些基因,或其功能在細胞中的具體意義。就目前可支持的範圍而言,能作出的結論僅限於:ZNF90 可能與轉錄調控有關,而其實際作用方式及生物學後果仍未由這筆資料界定。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 20078000 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF90 ENST00000418063 GRCh38 chr19:20077000-20078100 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATTTCTCTAAAATAGCACTGGATGAACGCCTCAAGGGGCTCACACAACCTCTTCCAGGACTTGGTGACCA
TTGTTTGTGTCCACGTTCAATTGAGTTCAAATTAAATATTTAACTTTTCCTCCACAAATTCCCCTGTCTT
GATGAATTGGTTTTGTCTGGGCAAAGGGCAAGGTAAACTCCTTGGGCGGTTACACAACCTCCACCTCCTA
GGTTCAAGAGATTCTCCTGCCTCAGCCTTCGGTGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACCAGCACGCCCAGG
TAAGGTTTTGTATTTTTAGTAGAAATGGGGTTTCACCGTGTTGGCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGACCT
CAAGTGATTCGCCCTCTTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCTA
AATGATTTCCTTTCTGTCTCCTATAACAGTTTGAAATTACTTAAAAGTTGTTTCAAATTGAAAAAATAAA
AAGAATGTAGATAAAAATAAAATATAAAAAGTTAAAAAAATTACATTAGATTACAAAATATATATGATGT
ATATGTAAGTCTCGAGAGGTCAAAAATGACAAATTTGATTTACTTACAAGGTTTTATTAAAATTAGCTTT
CGTATTGATAATACACTATTACCAAAGTAAAAGTTTTCTCTTGAACAAAAATTTTTTGTATTATTAATAT
GACAGCCAAATACTTCTGTTCACCTTTTGAATACATTCAAAAAGAGAAAGAGTAAAAAAGAATTTTCCCA
TGCTCTCCGGTGGGCCTGGCTCAGCTCAAGGAGGAAGCCCGGCCTGAAAAGGCTGCAGCTGAGGCTGTGA
CTCTTTCTTCACTCAGCCCAGCATGTGATCACATCTTCTGTCACTCAGGGACTGAGGAGGCGGGGCCTTA
AGCATTATCCAATCAGGGACGCTGGGTTGGAAACCGTCCAATCATGCAGGCAGCTGGAGCGAAGAGGAAG
GCTTTCGGGTTTGGCGCGGCCATTTGTCTCTTGCTGCAGCTGGTGCTCCAAATCTGGTCTTAGCTGCTTC
GTGTCTTCTTCTCCAGCCTCTGTGGCCCTGTGACCTGCAGGTATTGGGAGA
ZNF90 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF90_1 ↗19:20,078,001正股20,077,952–20,078,011

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_99Z6K · promoter · 20077687–20078010 · regulatory

ENSR19_C3ZRF · enhancer · 20078011–20079157 · regulatory

ENSR19_56PHR3 · CTCF_binding_site · 20078282–20078303 · regulatory

ENSR19_99Z7Z · enhancer · 20082519–20082868 · regulatory

· motif · 20077779–20077789 · motif

· motif · 20077895–20077905 · motif

· motif · 20078284–20078300 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:601 aa

1 aa601 aa結構域鋅指
依 Q03938 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

zinc finger protein 90 長 601 個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列包含位於第 4–75 位的 KRAB 結構域,以及 15 個 C2H2 型鋅指,分布於第 173–587 位;各鋅指區段長度均為 23 個胺基酸。

結構域KRAB4–75 aa
鋅指C2H2-type 1173–195 aa
鋅指C2H2-type 2201–223 aa
鋅指C2H2-type 3229–251 aa
鋅指C2H2-type 4257–279 aa
鋅指C2H2-type 5285–307 aa
鋅指C2H2-type 6313–335 aa
鋅指C2H2-type 7341–363 aa
鋅指C2H2-type 8369–391 aa
鋅指C2H2-type 9397–419 aa
鋅指C2H2-type 10425–447 aa
鋅指C2H2-type 11453–475 aa
鋅指C2H2-type 12481–503 aa
鋅指C2H2-type 13509–531 aa
鋅指C2H2-type 14537–559 aa
鋅指C2H2-type 15565–587 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q03938…

AlphaFold · Q03938

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

資料將 ZNF90 的定位標示於細胞核;未提供定位變化條件或異構型差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
HTF9ZNF90
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF90 可能參與轉錄調控。這項描述保留不確定性,並未指出其調控方向、作用對象或具體分子機制。資料庫紀錄
證據與來源

May be involved in transcriptional regulation

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF90 的細胞內定位為細胞核。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000418063 · 3,744 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CATTTGTCTCTTGCTGCAGCTGGTGCTCCAAATCTGGTCT40
41TAGCTGCTTCGTGTCTTCTTCTCCAGCCTCTGTGGCCCTG80
81TGACCTGCAGGTATTGGGAGATCCACAGCTGAGGGACCCC120
121CGGAAGCCTAGAAATGGGACCATTGGAATTTAGAGATGTG160
161GCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCATTGCCTGGACA200
201CTGCACAGCAGAATTTATATAGGGATGTGATGTTAGAGAA240
241CTACAGACACCTGGTCTTCCTTGGTATTGTTGTCACTAAG280
281CCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGGAAAAAAACCCT320
321TCACTGTGAAGAGACATGAGATGATTGCCAAATCCCCAGT360
361TATGTGTTTTCATTTTGCCCAAGACCTTTGTCCAGAGCAG400
401AGCCTAAAAGATTCCTTCCAAAAAGTGATAGTGACAAGAT440
441ATGAAAAACGTGAATATGGCAATTTAGAGTTAAAAAAAGG480
481TTGTGAAAGTGTGGATGAGGGTAAAGTACACAAAAGAGGT520
521TATAATGGACTTAACCAATGTTTGACAGCTACCCAGAGCA560
561AAGTATTTCAATGTGATACATATGTGAAAGTCTCTCATAT600
601ATTTTCAAATTCAAACAGACATAAGATAAGAGATACTGGA640
641AAAAAACCTTTCAAATGTATAGAATGTGGCAAAGCTTTCA680
681ACCAGTCCTCAACCCTTGCTACACATAAGAAAATTCATAC720
721TGGAGAGATAACCTGCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCC760
761TTCAACAGGTCCTCACACCTTACTTCACATAAGAGAATTC800
801ATACTGGAGAGAAACGGTACAAATGTGAAGATTGTGGCAA840
841AGAATTAAAGTATTCCTCTACCCTTACTGCACATAAGAGA880
881ATTCATACTGGAGAGAAACGGTACAAATGTGAAGATTGTG920
921GCAAAGAATTAAAGTATTCCTCTACCCTTACTGCACATAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。