基因總覽
ZNF85(zinc finger protein 85)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其序列包含 KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指,其中部分鋅指被註記為退化型。這些結構特徵構成其家族辨識依據;現有資料將其主要角色描述為可能的轉錄抑制因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000328178 ★ | 20,923,251–20,950,697 | 4 |
| ENST00000597314 | 20,923,222–20,948,915 | 4 |
| ENST00000300540 | 20,923,222–20,943,977 | 4 |
| ENST00000871848 | 20,923,222–20,954,499 | 6 |
| ENST00000916283 | 20,923,222–20,954,499 | 5 |
| ENST00001030567 | 20,923,222–20,954,499 | 6 |
| ENST00001030568 | 20,923,222–20,954,499 | 5 |
| ENST00001097682 | 20,923,222–20,954,499 | 2 |
| ENST00001097683 | 20,923,222–20,954,499 | 5 |
| ENST00001097684 | 20,923,222–20,943,976 | 2 |
| ENST00001130173 | 20,923,222–20,945,184 | 4 |
| ENST00001130174 | 20,923,222–20,941,660 | 4 |
顯示 12/24 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有功能註解指出,ZNF85 可能是轉錄抑制因子。此描述帶有不確定性,表示其抑制轉錄的角色尚不宜寫成確立的結論;資料未提供受影響的特定基因、轉錄調控方式或作用條件,因此無法進一步界定它如何辨識調控目標,或在何種情境下發揮作用。
ZNF85 屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,蛋白質序列具有 KRAB 區域與多個 C2H2 型鋅指。這些家族與結構資訊提供其分子特徵背景,但現有功能資料沒有說明 KRAB 區域或個別鋅指在轉錄抑制中的具體作用,也未指出其可能參與的其他生物學過程。因而,較妥當的功能概述是:ZNF85 被註記為可能具有轉錄抑制作用,但其目標、機制及生物學後果尚無法由所提供資料確定。
Promoter 與基因調控
>ZNF85 ENST00000328178 GRCh38 chr19:20922251-20923351 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAATAGCAAAATAAGTTTGCCTTTAATCTATTTTCTTCCTATGTAAACATTAAAGGTCAAGACTGTGAAC AGATCTGAAGACATAGTTTTTTTTCTCCTGTGGCCCATCATCCTTTGCTCACTGTCTGATCTCTGAAAGA AAGATGGGCAACAGGTGGTAAGCAGTGGTTTACCTGTGATTTATTCCTGCTGCCATCAGCTTTTTCTATA GCCACTATTTGTTTCACCCTCGGAACTGAAAAGAGACGTTGATAAATAGAGGCTGTCCCCTCACCTGTGG CAGAAAAGGGGTGTTCAGGCCCTCCACCCCCACTGACATCACAGCTGTACTTCAATGTGGCAGCTATTGG CCATGTGTGGCTCCTGGGTGCCTGGAATGTGGCTGGTCTGAACTGCGATGTGCTAGAAAGGTAAAATACA GAATTAGTTTCAAAGATTTTGTTTCAAATGTATTTATATTTCATTAATAATTACATATTGCTCACATATT AAAATGAAAATATTTTGAATATATTGGGTTAAATAAATTGCTACAATCAATTCCACTTGTTTCTTCTTTC TTTTTAAAGTTTGGCTACTAGAAAATTTAAAATTCACCTGTGACTCACATTTTATTTCAGAGGATTGCCT GTTCAAAGGACCAGAATACAGGAAGGTCATAAAATCTAAAATTTTAGAACAATTGTTGTTATACTTTGTT CATTTGTGAATAGCCATATAATATATTATTTTTGAATGCATATAAATTGATACACAAGGTAAGGGCAAAT ACTCTCTGGTGTGAGCCTGGCTCAGCTCAGGAAGGAAGCCCTGTCTGAAAAGGCTGCAGCCTAGGCTGTC ACTCGCTCTTCTTTCAGCCCAGCATCTGATCACATCTTCTGTCACTCAGGGCCTGAAAAGAAGGTGCCTT AAATATCATCCAATCAGAGACGCTGGGCTGGGAACCGTCCAATCAGGAACGCAGCTGGTGCGGATAGGGC GGCTTCCGGGATGTGGCGGGGCCTTTGTCTCTCGCTGCAGCCTGAGCTCTAGGTCTTGTTTTCCCTGCTT TGTGTTTTCTGCTCGTGGACGCCCAGCCTCTGTGGCCCTGTGGCCTGCAGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF85_1 ↗ | 19:20,923,251 | 正股 | 20,923,202–20,923,261 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9BB86 · promoter · 20922943–20923411 · regulatory
ENSR19_B6656 · enhancer · 20923412–20924089 · regulatory
ENSR19_56WTPB · CTCF_binding_site · 20923549–20923570 · regulatory
· motif · 20919603–20919614 · motif
· motif · 20923231–20923242 · motif
· motif · 20923417–20923427 · motif
· motif · 20923551–20923567 · motif
· motif · 20923558–20923568 · motif
· motif · 20923765–20923778 · motif
· motif · 20923864–20923876 · motif
· motif · 20923866–20923873 · motif
· motif · 20923866–20923881 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:595 aa
ZNF85 是 595 個胺基酸的蛋白質,N 端第 4–75 位帶有 KRAB 區域。序列另含 16 個 C2H2 型鋅指,分布於第 146–588 位;其中第 1 與第 11 個鋅指被標註為退化型,其餘列為 C2H2 型鋅指。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有資料未提供定位變化的條件、異構型差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- CEP76Q8TAP6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF85 可能具有轉錄抑制作用;此功能描述帶有不確定性,現有資料未進一步界定其作用目標或機制。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZNF85 定位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCCTTTGTCTCTCGCTGCAGCCTGAGCTCTAGGTCTTGTT40TTCCCTGCTTTGTGTTTTCTGCTCGTGGACGCCCAGCCTC80TGTGGCCCTGTGGCCTGCAGGTATTGGGAGATCCACAGCT120AAGACGCCGGGACCCCCTGGAAGCCTAGAAATGGGACCAT160TGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGAAGGA200GTGGCAATGCCTGGACACTGCACAGCGGAATTTATATAGA240AATGTGATGTTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGG280GTATTACTGTTTCTAAGCCAGACCTGATCACTTGTCTGGA320GCAAGGGAAAGAGGCCTGGAGTATGAAGAGACATGAGATC360ATGGTGGCCAAACCCACAGTTATGTGTTCTCATTTTGCCC400AAGACCTTTGGCCGGAGCAGAATATAAAAGATTCTTTCCA440AAAAGTGACACTGAAAAGATATGGAAAATGTAGACATGAA480AATTTACCATTAAGAAAAGGCTGTGAAAGTATGGATGAGT520GTAAGATGCACAAAGGAGGTTGTAATGGACTTAACCAATG560TCTCACAGCTACCCAGAGCAAAATATTTCAATGTGATAAA600TATGTAAAAGTCGCTCATAAATTTTCAAATTCAAACAGAC640ATGAGATAAGACATACTAAAAAGAAACCTTTCAAATGTAC680AAAATGTGGCAAATCATTTGGCATGATTTCATGCCTAACT720GAACATAGCAGAATTCATACTAGAGTAAATTTCTACAAAT760GTGAAGAATGTGGAAAAGCCTTTAACTGGTCCTCAACCCT800TACTAAACATAAGAGAATTCATACGGGAGAGAAACCTTAC840AAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAACCAGTCCTCAA880ACCTTATTAAACATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACC920CTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACTTTTAACCGATTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。