基因總覽
ZNF83 的正式名稱為 zinc finger protein 83,是一種蛋白質編碼基因,其產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。此蛋白質長 516 個胺基酸,序列中可辨識出 15 個 C2H2-type zinc finger,其中第一個被註記為退化型;N 端另有一段被預測為無序的區域。這些序列特徵構成其基本蛋白質架構。現有資料將其可能角色概括為參與轉錄調控,但未提供更具體的作用機制或調控對象。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000301096 ★ | 52,612,377–52,638,355 | 3 |
| ENST00000597597 | 52,612,356–52,637,086 | 2 |
| ENST00000536937 | 52,612,356–52,638,385 | 4 |
| ENST00000545872 | 52,612,356–52,638,385 | 3 |
| ENST00000597161 | 52,612,356–52,638,385 | 5 |
| ENST00000706199 | 52,612,356–52,638,385 | 5 |
| ENST00000899770 | 52,612,356–52,638,385 | 6 |
| ENST00000899771 | 52,612,356–52,638,385 | 7 |
| ENST00000899772 | 52,612,356–52,638,385 | 4 |
| ENST00000899773 | 52,612,356–52,638,385 | 5 |
| ENST00000899774 | 52,612,356–52,637,086 | 3 |
| ENST00000899775 | 52,612,356–52,619,035 | 3 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,ZNF83 可能參與轉錄調控。這項描述帶有可能性,支持其與轉錄調控相關的推測,但未進一步說明它促進或抑制轉錄,也沒有指出作用的基因、轉錄因子或其他分子對象。因此,不能據此判定其調控方向或特定靶標。
資料亦未提供 ZNF83 如何影響轉錄的分子步驟、參與哪些細胞生物學過程,或其功能對細胞與個體的具體意義。雖然蛋白質屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族,且含多個 zinc finger,但現有功能描述沒有將這些結構特徵連結到特定 DNA 結合、辨識序列或調控機制;因此不宜由家族歸屬推定其具體作用方式。
Promoter 與基因調控
>ZNF83 ENST00000301096 GRCh38 chr19:52638255-52639355 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATTACTTGAGGTCGGAAATTTGAGACCAACCTGACCAACAT GGAGAAATCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCAGGGCATGGTGGCACATCCCTGTGATCCCAGCT ACTTGGGAGATAGAGGCATGAGAATCGATTGAACCTGGGAGACAGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCT GGTCAACTAGAGCAAAACTCCATCTCAAGAAACAAAAAAAGAAACTGATAGATCTCTTACACAAATACGC TGGGACAACTAACTGGATATCCACGTGGAAAAGAATAATGTTGGATCCCTATGTAACATCATCAAAAATT TTATTATAAAAAAGAAAAGAGAGAGAGAGACGAGGAAGGGAGCCCTGCGGGAGGGGGTGTTACTTTGTCG CCCAGGCTGGCCTGAACTCCCAGGCTCGGCGATCCTCCCGCCGCTGCTTCCTGAATAGCTGGGACCTCAG GCTCCCACTCCCGCGCCCATATCCCAGCTGTGTTTAAGCCGCAGGTGGTGACCTCACCCATCCTTGGCCT GAGCACTCCATCCTGCATCTCAGGCAGTGGCCTGAGTCTCTAAAGCTGAGCACAGCGTGGACTCTCTCCC AAGTGAATGGAGAATAGAAAGGGAGAGGATTTCTATTCGGTTCTGTGGGCTATCAGCATGAAATTGTACC TTCCGCCCAGGCAGGGCTTTGCATTTCACATTCTAGTTTGCATCCCCGTTCCAGATAATTCCAGGGCTTT TGAATCATGCCTCAGCCTTCCTGGCCGGTCTCGCCTCCAAAACCCGAAAAATGCCTCTGCGCTGGGAACG ATGCTGAGAGACTCACAGGTCCCGCCCTGGCCCCGCCCACTGCTGGTTCTAAAGGGGAAAGTCTCTCGGC TTCCCACCCCGCCCCTACCTCATCCAGGCCCCGCCCACCTCGCGGGCCCCGCCCAGACCTGGCTTCTGTA CTGCGCGCGCACATGCGCGCAAACCCGGAAGCGGATTATGTGGAGTGAAAGTTACACCGTGGCGGTGAGT TTCGCTCTTCTATTAAGTCTGCGCTTACCAGGTCCCCGGCGCTGCTGTACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF83_2 ↗ | 19:52,630,753 | 負股 | 52,630,743–52,630,802 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BDG3F · enhancer · 52637317–52638338 · regulatory
ENSR19_BDG3J · promoter · 52638339–52638875 · regulatory
ENSR19_5GD9RM · CTCF_binding_site · 52638466–52638487 · regulatory
ENSR19_9QW5R · enhancer · 52640923–52641276 · regulatory
· motif · 52636418–52636426 · motif
· motif · 52637176–52637187 · motif
· motif · 52637858–52637869 · motif
· motif · 52638083–52638092 · motif
· motif · 52638343–52638352 · motif
· motif · 52638343–52638354 · motif
· motif · 52638343–52638354 · motif
· motif · 52638357–52638368 · motif
· motif · 52638357–52638368 · motif
· motif · 52638468–52638484 · motif
· motif · 52639974–52639987 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:516 aa
ZNF83 蛋白質長 516 個胺基酸,含 15 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 93–507 個胺基酸區間;其中第一個標註為退化型,其餘為 C2H2-type。第 1–20 個胺基酸另被註記為無序區域。此蛋白質屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF83 的定位資料將其列於細胞核;資料未描述定位隨條件改變的情形,也未提供異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AAACCCGGAAGCGGATTATGTGGAGTGAAAGTTACACCGT40GGCGGATTGACTTCTAAGGACTCTTGGTACATGAGGAAGA80AACCCGGAAGGGGAAGAGGAAAGCAAAGGCGTCAGGAATG120GTTCTTCCTCAGGTATTTTTTCTAAATGTGAGATCAAGGA160ATTACCACCAAAAAAGGAGAGTAATACAGGAGAAATATTC200CAGACAGTAATGTTGGAAAGACATGAAAGCCACGACATAC240AAGATTTTTGCTTCAGAGAAACCCAGAAAAATGTACATGA280CTCTCAGTGTCTGTGGAAACATGATTGAAGACATTATAAG320CGAGTGCGTGTGACCTATAAGGAAAGTCTCATTGGTAGAA360GAGACATGCATGGGAGAAAGGATGATGCACAAAAGCAGCC400TGTTAAAAATCAGCTTGGATTAAACCCGCAGTCACATCTA440CCAGAACTGCAGCTATTTCAAGCTGAAGGGAAAATATATA480AATATGATCACATGGAAAAATCTGTCAACAGTAGTTCCTT520AGTTTCCCCACCCCAACGTATTTCTTCTACTGTCAAAACC560CACATTTCTCATACATATGAATGTAATTTTGTGGATTCAT600TATTCACACAAAAAGAGAAAGCAAATATTGGGACAGAACA640CTACAAATGTAGTGAGCGTGGCAAGGCCTTTCATCAAGGC680TTACATTTTACTATACATCAAATAATCCATACTAAAGAGA720CGCAATTTAAATGTGATATATGTGGCAAGATCTTCAATAA760AAAATCAAACCTTGCAAGTCATCAAAGAATTCATACTGGA800GAGAAGCCATATAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTCTTCC840ATAATATGTCACACCTTGCACAGCATCGCAGGATTCATAC880TGGAGAGAAACCATATAAATGTAATGAATGTGGCAAGGTC920TTTAATCAAATTTCACACCTTGCACAACATCAAAGAATTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。