基因總覽
ZNF80(zinc finger protein 80)是位於人類第 3 號染色體的蛋白質編碼基因。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,蛋白質長 273 個胺基酸,具有多個 C2H2 型 zinc finger,其中一個被註記為非典型。這些資料勾勒出其家族歸屬與主要結構特色;至於具體生物學作用,現有功能註解僅指出它可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000482457 ★ | 114,234,631–114,237,578 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前的功能註解指出,zinc finger protein 80 可能參與轉錄調控。這項描述保留了「可能」的限定,僅支持其與轉錄調控有關的推測,尚未提供可進一步說明調控方式、作用標的或生物學過程的細節。因此,現有資料不足以判定它如何影響轉錄,也無法據此延伸其功能意義。
Promoter 與基因調控
>ZNF80 ENST00000482457 GRCh38 chr3:114237478-114238578 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCAGCCGGCCGGCCCTGCCGGCCCCAGGCAATGAGGGGCTTAGCACCCGGGCCAGCGGCTGCGGAGGGTG TACTGGGTCCCCCAGCAGTGCCAGCCCACCGGCGCTGCACTCGATTTCTTGCTGGGCCTTAGCTGCCTTC CCGTGGGGCAGGGCTCGGGACCTGCAGCCCGCCATGCCTGAGCCTCCCACCCCCTCCGTGGGCTCCTGTA CGGCCCGATCCTCCCCGATGAGCGCCGCCCCCTGCTCCACGGCACCCAGTCCCATCGACCACCCAAGGGC TGAGGAGTGCGGGTGCATGGCGCAGGACTGGCAGGCAGCTCCACCTGCAGCCCCGGTGCGGGATCCACTG GGTGAAGCCAGCTGGGCTTCTGAGTCTGGTGGGGACATGGAGAACCTTTATGTGTAGCTCAGGGATTGTA AATACACCAATCAGCACCCTGTGTCTAGCTCAGGGTTTGTGAATGCACCAATGGACACTCTGTACCTAGC TACTCTGGTGGGGCCTTGGAGAACCTTTATGTCTAGCTCAGGGATTGTAAATACACTGATCAGCACTCTG TATCTAGCTCAAGGTTTGTAAACACACCAATCAGCACCCTGTGTCTAGCTCAGGGTTTGTGAATGCACCA ATCTACACTCTGTATCTAGCTACTCTGGTGGGGCCTTGGAGAACCTTTATGTCTAGCTCAGGGATTGTAA ATACACCAATCGGCACTCTGTATCTAGCTCAAGGTTTGTAAACACACCAATCAGCACCCTGTGTCTAGCT CAGGGTTTGTGAATGCACCAATGGACACTCTGTATCTAGCTACTCTGGTGGGGACTTAGAGAACCTTTAT GTCCACACTCTGTGTCTAGCTAATCTAGTGGGGACGTGGAGAACCTTTGTGTCTAGCTCAGGAATTGTAA ACACACCAATCAGCGCCCTGTCAAAACAGACCAGGCCTCTACCAATCAGCAGGATGTGGGTGGGGCCAGA TAAGAGAATGAAAGCAGGCTGCCGGAGCCAGCAGTGGCAACCCGCTGGGGTCCCTTTCCACACTGTGGAA GCTTTGTTCTTTCGCTCTTTGCAATAAATCTTGCTACTTCTCACTCTTTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF80_1 ↗ | 3:114,237,563 | 負股 | 114,237,553–114,237,612 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 114234210–114234221 · motif
· motif · 114240337–114240348 · motif
· motif · 114241308–114241319 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:273 aa
zinc finger protein 80 長 273 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質特徵註解列出七個 C2H2 型 zinc finger,位置依序為第 49–71、77–99、105–127、133–155、161–183、189–211 與 217–239 個胺基酸;其中第三個標註為非典型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 80 的定位註解為細胞核;資料未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2LQ86X02 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOOK1Q9UJC3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT27Q7Z3Y8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP12-3P60328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VMACQ2NL98 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCCGGAGCCAGCAGTGGCAACCCGCTGGGGTCCCTTTCCA40CACTGTGGAAGCTTTGTTCTTTCGCTCTTTGCAATAAATC80TTGCTACTTCTCACTCTTTGGGTCCACACTGCTTTTACCA120GCTGTAACACTCACCGCAAACGTCTGCAGCTTCACTCCTG160AAGCCAGCGAGACCACGAGCCCACCGGGAGGAACGAACAA200CTCCAGACGCGCCGCCTTAAGCCTTAAGAGCTGTAACACT240CACCACGAAGGTCTGCAGCTTCACTCCTGAGCCAGCGAGA280CCACGAACCCGCCAGAAGGAAGAAACTCCGAACACATCCG320AACATCAGAAGGAACAAACTCTAGACGCGCCACCTTAAGA360GCTGTAACACTCACCACAAGGGTCCGCGGCTTCATTCTTG400AAGTCAGTGAGACCAAGAACCCACCAATTCCGGACACAGT440TGGAAATGCAGAAGGGCACTTGAGTTTGGCTGCAGTCTCC480CACACGGAGACCTTCTGGAGGAAGATGAGCCCTAAACGCG520ATGGGTTGGGGACAGGTGATGGTCTGCACTCACAGGTTTT560ACAGGAGCAGGTCTCCACAGGAGACAATCTCCATGAATGT600GACTCCCAGGGACCAAGTAAAGACACTTTGGTTCGTGAGG640GGAAGACCTACAAATGCAAGGAATGTGGGAGCGTGTTTAA680CAAAAACAGCCTCCTTGTTCGACATCAGCAGATTCACACT720GGGGTGAAGCCTTATGAATGCCAGGAGTGTGGAAAAGCCT760TTCCTGAAAAGGTCGACTTCGTTCGACCCATGAGGATTCA800CACAGGGGAGAAGCCCTGTAAGTGCGTGGAGTGCGGGAAG840GTCTTCAACCGCAGGTCGCACCTCCTGTGCTACCGCCAGA880TTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGCAGCGAGTGTGG920AAAGACCTTCAGCTATCACTCTGTCTTCATCCAGCATCGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。