基因總覽
ZNF77(zinc finger protein 77)是位於人類第 19 號染色體的蛋白質編碼基因。其產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,長 545 個胺基酸。蛋白質包含 N 端 KRAB 區域,以及排列於後段的 12 個 C2H2-type zinc finger。這些結構特色構成其家族與蛋白質組成的基本辨識;目前提供的功能註解則指出,它可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000314531 ★ | 2,933,218–2,944,971 | 4 |
| ENST00001126325 | 2,931,137–2,944,971 | 4 |
| ENST00000863233 | 2,933,219–2,944,971 | 4 |
| ENST00000915162 | 2,933,221–2,944,971 | 4 |
| ENST00001103585 | 2,933,226–2,944,971 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF77 的功能註解指出,它可能參與轉錄調控。此描述以「可能」表達功能推測,來源未進一步界定其調控方向、作用對象或具體分子機制,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的轉錄。
現有資料也未說明 ZNF77 在哪些生物學過程中發揮作用,或其轉錄調控可能帶來何種細胞層級的結果。雖然蛋白質具有 KRAB 區域及多個 C2H2-type zinc finger,但提供的功能敘述沒有將這些結構與特定作用方式連結;因此,不能由結構註解推演其 DNA 靶序列、調控夥伴或下游效應。
Promoter 與基因調控
>ZNF77 ENST00000314531 GRCh38 chr19:2944871-2945971 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGTCACACCAGTCTGAGTGTCCCTGTAAAAGTATTTTTTGTTTAAGCCTGTGGTTTTTGTAGAGTCTTTT TCGTTATTAAGCATATAAATGTGAGACCTCTCTCTTCATGACCTTACGTGGTTCTGTTTGTGGGAGGGCT GCTTTTTTTTTTTTTGAGACTCAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGTCCTGATCTTGGC TCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGATTACA GGCGCCCGCCACCGTGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGGAGAGAAGTGGTTTTCGCCATTTTGGTCAG GCTGGACTTGAACTCCTGACCTCTGATGATCCGCCGGTCTCCGCCTCTCACGGTGCTGGGATTACCGGCG TGAACCACCGCGCCCGGCCGAGAGTTTTAAGAACACAGGGAGCGCCTGGTGGGGTCCGGCCTCCTGGGGC CTCGTCGTCTGGTCTCCAGATCTCCAGGTCTCTGGACCCCAGGCGTCCGCGCCCACGCGGGACAGCACGG TGACGTCACGCACGCGGGTCCCGCCCCCACGCAGGACTCCGCCCCATGGGACTCCGTGCCCTTCCTCTCC TCCCCGCACGAGGGGCCGCTCCGAGGGGAAACTGAGTCTGGAGTTGCCGTGCAGTCAGGGAGGAGGACGC CGCGCCCTCCCTGGACTGGAGTGAGTTCTCCCAGATCCGCGGCTGCCCGGCTAGAGGGTCAGCCACGCGT GTTCTCGACGAGCCCGTCACTGAGGAGAGAATTATCCAATCAGGACAGGCAGGGGCGGGGCCTAGGGAAC TGTCCAATCAGAGACGTTAATCCGAAGCGGAGCCCTGCCCAATCAAGGGCGCTAGGGGGACGGACTGGAG AATTCTCCAATCAGGGGTGCGGAGTCGACAGCACTGTCCAATCAGAGTCTCCACTTCCCGAGATCTGTCC AATCAGACCCCGAGGACGGTAAGCCGAGTTCCCCTCTGCCTTGCGCGCTTCCCCGCCTACCCCGAGCGGC TCAGGTGTCCTGTCGTGCTCACCTGCGCCGGTCGCTGGACCGCGGGGCGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF77_1 ↗ | 19:2,944,919 | 負股 | 2,944,909–2,944,968 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BKR2 · enhancer · 2944380–2944960 · regulatory
ENSR19_936K7 · promoter · 2944961–2945461 · regulatory
ENSR19_C9WD · enhancer · 2949569–2950655 · regulatory
· motif · 2945141–2945151 · motif
· motif · 2945190–2945206 · motif
· motif · 2945384–2945394 · motif
· motif · 2945401–2945414 · motif
· motif · 2945401–2945414 · motif
· motif · 2945597–2945609 · motif
· motif · 2945599–2945606 · motif
· motif · 2945599–2945614 · motif
· motif · 2946013–2946026 · motif
· motif · 2946013–2946026 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:545 aa
ZNF77 蛋白質長 545 個胺基酸,含有位於第 4–99 位的 KRAB 區域。第 212–542 位之間註解有 12 個 C2H2-type zinc finger,分布於相鄰區段。此蛋白質歸屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF77 的定位註解為細胞核。 此資料未提供定位改變的條件、不同異構型之間的差異,或細胞核內更細部的位置資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- FTOQ9C0B1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MBD3L1Q8WWY6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- METTL27Q8N6F8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NICN1Q9BSH3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRDX3P30048 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RSPO4Q2I0M5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RUSC1Q9BVN2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AAGCCGAGTTCCCCTCTGCCTTGCGCGCTTCCCCGCCTAC40CCCGAGCGGCTCAGGTGTCCTGTCGTGCTCACCTGCGCCG80GTCGCTGGACCGCGGGGCGCTAACCCTGGAGAGCCCAGGA120GCGGGCGGGACATGGACTGCGTGATCTTTGAGGAAGTGGC160TGTGAACTTCACCCCAGAAGAGTGGGCATTGCTGGATCAT200GCTCAGAGGAGCCTCTACAGAGATGTGATGCTGGAGACCT240GCAGGAACCTTGCCTCCTTGGATTGTTACATTTATGTTAG280AACCAGTGGATCAAGTTCTCAGAGGGACGTTTTTGGGAAT320GGAATATCCAATGATGAAGAGATTGTAAAGTTCACAGGAA360GTGATTCCTGGTCTATTTTTGGAGAAAATTGGAGATTTGA400TAACACTGGAGATCAGCACCAAATCCCACAGAGGCATCTG440AGAAGTCAGCTGGGGAGACTCTGTGAAAGTAATGAAGGTC480ATCAATGCGGAGAGACCTTGAGCCAGACTGCGAACCTTCT520TGTGCACAAGAGTTACCCTACCGAAGCTAAACCCTCTGAG560TGCACTAAGTGTGGCAAAGCCTTCGAGAATCGGCAGAGAT600CTCACACTGGACAGAGACCGTGTAAGGAATGTGGGCAAGC640CTGCAGCTGCCTCTCCTGCCAAAGCCCTCCTATGAAAACG680CAGACTGTAGAGAAACCCTGTAATTGCCAGGACTCAAGGA720CAGCATCTGTGACATACGTGAAAAGTCTCAGCAGTAAAAA760GTCTTATGAATGTCAGAAATGTGGAAAAGCTTTCATTTGT800CCCTCATCTTTCAGGGGACATGTGAATAGTCATCATGGGC840AGAAAACCCATGCATGTAAAGTATGTGGGAAGACCTTTAT880GTATTACTCCTACCTTACACGGCACGTAAGAACTCACACA920GGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGGAGTGTGGGAAAGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。