演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF711CMPX1

ZFX family zinc finger ZNF711

ZNF711 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,其產物為轉錄調節因子,參與腦部發育。

Homo sapiensXq21.1UniProt Q9Y462
OFFICIAL SYMBOL
ZNF711
CHROMOSOME
X
UNIPROT
Q9Y462
PDB / ALPHAFOLD
9CJA
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF711 的正式名稱為 ZFX family zinc finger ZNF711,是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因。其產物屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族,蛋白質長 761 個胺基酸,具有多個 C2H2 型鋅指,其中第六個被註記為非典型。蛋白質序列另有一段與轉錄活化所需功能相關的區域。現有資料將 ZNF711 描述為腦部發育所需的轉錄調節因子;其具體調節方式與相關基因,另見功能說明。

Official symbol
ZNF711
Gene name
ZFX family zinc finger ZNF711
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13128
UniProt
Q9Y462
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CMPX1ZNF4ZNF5dJ75N13.1Zfp711MRX97ZNF6MRX65

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXq21.1
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegZNF711pq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:85,243,839–85,273,771
Gene span
29,933 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000674551 ★85,243,991–85,273,35711
ENST0000037316585,243,839–85,273,7719
ENST0000027612385,243,839–85,273,77110
ENST0000088174885,243,839–85,273,7719
ENST0000088174985,243,839–85,273,7718
ENST0000088175085,243,839–85,273,77110
ENST0000088175185,243,839–85,273,7718
ENST0000088175285,243,839–85,273,7718
ENST0000088175385,243,839–85,273,77110
ENST0000088175485,243,839–85,273,7719
ENST0000088175585,243,839–85,273,77111
ENST0000088175685,243,839–85,273,77111

顯示 12/33 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF711 是腦部發育所需的轉錄調節因子。資料指出,它可能作為轉錄因子,結合目標基因的啟動子,並招募組蛋白去甲基化酶 PHF8,促進神經元發育相關基因的表現;KDM5C 是所列舉的目標基因之一。此描述包含「可能」的推論,因此不宜將這套調節方式表述為已確立的普遍機制。

ZNF711 也可能與轉錄因子 ARX 競爭,調節 KDM5C 的活化表現。資料未進一步說明這種競爭的具體條件或分子步驟,因此可確認的功能範圍限於其可能參與 KDM5C 表現調控,以及其作為腦部發育相關轉錄調節因子的角色。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 85243991 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF711 ENST00000674551 GRCh38 chrX:85242991-85244091 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTCATAGGGAAAGTTTGCCGACTCCTGGTCTACTATGAGCCAGGTACTGTGCTAGGACTTTCACATCTTC
TATAATTCTATCAAAAACTTTAGTGGTATATTAGGTTATAGAGACCTGAAGAATGTATCTAGAATCTAGA
ATAATAACATGCTTTATTTGTAAATATTCAAATGATTTGCAAAGATAAAGAGTTACTTTCTTTAGGATCC
TATCCTTTCCCTGCTTAAACACTGTTATTGATTCCAAATGCTTATAGAATTAAAGCTAAAATAGGCAAAA
CATAAGACTCTTTGCTTACGCAATCTAGTCCCCACCTACCTTTCATCACATCTCATCACTCTTTTCCCCA
TCCCTCACCCAATGAATTTCTCACTGTCCTCCCACTTTTTGCAGACAGAAGCTGAAAGTGACACATTCAT
GAGATATTTAGTGTCCACTTCATTGAGGTCCCTTGTTCACCTTTTCCTTTCTATACCTTTCTTCACTCTC
CTTCACTTTCTTCATCGAATTGTCTACCATTACAAAATAGAAAAGAAATGAAGGGAGGGAGGAAGGGAAA
CTGCAACACACACAGGTTTTATTGGGGTGAGGCATACCTCTTATTACTCTGGTCAGTCTAATTTGTCAAA
TCCTCGAGGGTAGGGCCGATACATTTTTTTTTTAACGTCGTCCAACATCTATTAGAGGTTCAGTCATTGA
TTATCCTCCTCCCTTTCTTCGTTTCCCTTGGGAAACCTGGAAAACAGAAAATCTTCCCACAGAAACTCCT
CAGGGGCGCGCCGAGATCTGGGCTTGCGCACTTGGACTTGGCCGGCGCTCAGCCCCCGCCTCAAGCCGGC
GGGGTCTCGCACTAACCTAGCGCGGGCGCCTCGATCTCCCGCGCGCGCGCGTGCGCGAGACCCCCCTTTG
GCCCCCTACCCTGCAGCAAGGGTAGCGTGACGTAATGCAACCTCAGCATGTCAGCAGCAATATAAAGGAG
AATGAGGCGGCGCGCCTCCCAGACGCAGAGTAGATTGTGATTGGCTCGGGCTGCGGAACCTCGGAAACCC
GAATGTGAGGACCTTAAGGGATCCACAGCTGCCGCCCCCCGCAGCCATCCA
ZNF711 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF711_1 ↗X:85,243,991正股85,243,942–85,244,001
ZNF711_2 ↗X:85,244,133正股85,244,084–85,244,143
ZNF711_3 ↗X:85,244,822正股85,244,773–85,244,832

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_938SJD · enhancer · 85243314–85243768 · regulatory

ENSRX_938SJH · promoter · 85243769–85244094 · regulatory

ENSRX_938SJM · promoter · 85244275–85244775 · regulatory

ENSRX_BLWQX · enhancer · 85244776–85245635 · regulatory

· motif · 85243285–85243294 · motif

· motif · 85243892–85243905 · motif

· motif · 85243925–85243938 · motif

· motif · 85243925–85243938 · motif

· motif · 85243935–85243949 · motif

· motif · 85244498–85244508 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:761 aa

1 aa761 aa功能區域鋅指
依 Q9Y462 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ZNF711 蛋白質長 761 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列中註記有 12 個 C2H2 型鋅指;其中第六個被標示為非典型。第 515 至 761 個胺基酸構成與轉錄活化所需功能相關的區域。

鋅指C2H2-type 1383–408 aa
鋅指C2H2-type 2414–436 aa
鋅指C2H2-type 3476–499 aa
鋅指C2H2-type 4505–527 aa
鋅指C2H2-type 5533–556 aa
鋅指C2H2-type 6; atypical562–584 aa
鋅指C2H2-type 7590–613 aa
鋅指C2H2-type 8619–641 aa
鋅指C2H2-type 9647–670 aa
鋅指C2H2-type 10676–698 aa
鋅指C2H2-type 11704–727 aa
鋅指C2H2-type 12733–755 aa
功能區域Required for transcriptional activation515–761 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 9CJA…

PDB · 9CJA

NMR · - · A=562-588

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

ZNF711 的細胞內定位為細胞核。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CMPX1ZNF711PHF8
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

ZNF711 與 PHF8 有交互作用。資料未提供更詳細的結合條件或複合體資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

ZNF711 相關變異與 X 連鎖智力發展障礙 97(XLID97)相關。此疾病的特徵包括一般智力功能顯著低於平均,並伴隨適應行為受損,且在發育期間出現。資料指出疾病由影響 ZNF711 所代表基因的變異所致。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF711 是腦部發育所需的轉錄調節因子,可能結合目標基因啟動子並招募組蛋白去甲基化酶 PHF8,促進包括 KDM5C 在內的神經元發育相關基因表現;它也可能與轉錄因子 ARX 競爭,調節 KDM5C 的活化表現。含實驗來源
證據與來源

Transcription regulator required for brain development. Probably acts as a transcription factor that binds to the promoter of target genes and recruits PHF8 histone demethylase, leading to activated expression of genes involved in neuron development, such as KDM5C. May compete with transcription factor ARX for activation of expression of KDM5C

PMID 20346720 ↗ · PMID 31691806 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ZNF711 與 PHF8 有交互作用;此項資料僅指出兩者存在交互作用,未提供其發生條件或更詳細的複合體資訊。含實驗來源
證據與來源

Interacts with PHF8

PMID 20346720 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF711 的細胞內定位記錄為細胞核;此項資料未描述其他定位或定位改變的條件。推論支持
證據與來源

Nucleus

PMID 20346720 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯影響 ZNF711 所代表基因的變異會導致 X 連鎖智力發展障礙 97(XLID97)。此疾病以一般智力功能顯著低於平均、適應行為受損為特徵,並在發育期間出現。含實驗來源
證據與來源

Intellectual developmental disorder, X-linked 97 XLID97 A disorder characterized by significantly below average general intellectual functioning associated with impairments in adaptive behavior and manifested during the developmental period. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300803

PMID 19377476 ↗ · PMID 27993705 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000674551 · 4,559 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGACGCAGAGTAGATTGTGATTGGCTCGGGCTGCGGAACC40
41TCGGAAACCCGAATGTGAGGACCTTAAGGGATCCACAGCT80
81GCCGCCCCCCGCAGCCATCCAGAGCGCGGTCACAGTCCGA120
121CTGGCGGCACGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGC160
161GGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCAGCTGTAGCTGCAGCAGCA200
201GGTAAAGAGAGCGTTTTCCCAAAGAAAATAACATAGCACA240
241GAAGGAAAAATAAAAAGAAATTGCTGCAGATTTTACTTTA280
281TGTGAGAAAATCTACAATTTCTTCGAGACACTCATATAAA320
321GGAAGCAGTCATGTTTCATGAGTCCTCAAAACTGAGACAA360
361GAGAATGTAGTAGAGTGAGGCCAGAAGTCCTTACTGGTTC400
401AAAGAACTCCGGGGAAACTGGGATAGAACATTTTACATTA440
441TAAGTAGAACCCTGGGAGCCAGAGGTGAATACAAGTTTAT480
481CTGCAGAGCTCCGCTGCAGGGCTGATCTGGGTCTGGAAGA520
521AATGGATGAGAGCCAGTGGATGAAATTCACTAATACTAGA560
561CATCTGAGTCCTCTAGTAATATATTGGTGAATGAACTTTG600
601CTAAGTATGGATTCAGGCGGTGGAAGTCTTGGATTGCACA640
641CGCCAGACTCTAGAATGGCCCATACCATGATTATGCAAGA680
681TTTTGTGGCTGGAATGGCTGGTACTGCACATATCGATGGA720
721GACCATATTGTTGTTTCAGTTCCTGAAGCTGTTTTAGTTT760
761CTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTTGATCATGG800
801CCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGACCTGATATCATCACA840
841GAGACTGATGTAGTAACAGAAGGTGTGATTGTTCCTGAAG880
881CGGTACTTGAAGCTGATGTTGCCATTGAAGAGGATTTAGA920
921GGAAGATGATGGTGATCACATCTTGACTTCTGAACTAATT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。