基因總覽
ZNF45 是一種蛋白質編碼基因,其產物為 zinc finger protein 45,屬於 Krüppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質全長 682 個胺基酸,具有 N 端 KRAB 結構域及多個 C2H2-type zinc finger 區域;其中第一個被註記為退化型。這些結構特徵構成此蛋白質的基本分子架構。現有資料將其可能角色概述為參與轉錄調控,但未進一步說明其作用方式或調控對象。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000269973 ★ | 43,912,624–43,935,282 | 10 |
| ENST00000615985 | 43,910,549–43,924,312 | 5 |
| ENST00000589703 | 43,910,549–43,922,287 | 4 |
| ENST00000864604 | 43,910,549–43,935,306 | 9 |
| ENST00000864605 | 43,910,549–43,935,295 | 11 |
| ENST00000864606 | 43,910,549–43,935,295 | 12 |
| ENST00000864607 | 43,910,549–43,935,295 | 11 |
| ENST00000864608 | 43,910,549–43,935,306 | 12 |
| ENST00000864609 | 43,910,549–43,935,306 | 12 |
| ENST00000864610 | 43,910,549–43,935,306 | 11 |
| ENST00000864611 | 43,910,549–43,935,295 | 12 |
| ENST00000864612 | 43,910,549–43,934,580 | 8 |
顯示 12/70 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF45 可能參與轉錄調控。這項描述指出它與調節轉錄的過程可能有關,但使用「可能」表示目前資訊並未將此角色表述為確定功能。
現有資料未提供 ZNF45 如何影響轉錄的分子機制,也未指出它作用於哪些基因、是否直接接觸 DNA,或參與何種特定生物學過程。因此,不能據此進一步判定其調控方向、作用對象或生理後果。資料所支持的功能範圍僅限於「可能參與轉錄調控」這一概括性描述。
Promoter 與基因調控
>ZNF45 ENST00000269973 GRCh38 chr19:43935182-43936282 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGAACATTGTTCAGATGTTTACAGCTACTCCTATGTAGTCAACTTCCATTTTTTCTTCTTTACCCTTTCA TAATAAACTTGGAAAAATATTTAGTTTCTACCTAGGAGAAAAGTGAATAGTATAGCTTTCTGTATTTTTT GCACTTCATGTCTTAATCCCTCACTTCACCTCCCTCTCCTTACTGAATATTCATAGACACTTTGGCAAAT CATAAGACACCTTTACAGATTCCTGATTCTGAGAGCAAGAAGTGATGTGATTCCTTAATCTGAACTGAAT GTTTTCAAGATTTTATATAGGATAGAGCCTATTCAATACTATAATACTTTCTTCAGTATCCTGCGAATGA AAGAAAACTAAGCGCAAGAAAAGTGGAGAATTTTGCTGCTTTTGTTTCATGTCCTGCTGGATGATTGCAT CTCCTTTTTTGAGCATTTTTAATCACAGATGAATCCATACCCATATTATAAAAGGCTTGTTGCTCTGGGC GGCTCTGGCCACCTCTTTTATTACCTCTGTTTTTAGCTCACACATAGCATTCCTTTGTATTTTCCTTTTT TTTTTTCATATTCGCAACTTCTGTCACGTATAAAAGGGAACAATGGCAAAAGGAAAAAGCAGGCTGAGCT CTACAAGCAATGACTTAGACTCCCCCCGCTAATTCAAAAGGAAAATTGCAGGCTGGCGGGAAGCTCAGCC CTACAGAGGATTCTGGGACGTGTGGTCCAGACTTTTGGGGGCACTTCAGCTCTGGGAAAGCGCGGCTTTG TTATTTGCTCCCCTGGGGAAATAGGAACCTATACCCCAGTGCTCAGTGGGTTCGGTGGTACTTCGACTAT TTGAGGACGAGAACACGAAGCCCGCTCCCCTTGGGGATTCTGAGAAATAAGATTCGGCCGTGGGAGTCGA AGCCCGCACTTCCGCCCAGGGGGCGGGGCAGCGGCTTCCGTTCCTCCCGGGGATGCTGGGAAATGTAGTT CCAGAGCTCCCTGCTCTCCCGGGCACTTCCGCGGCAAGAGGTTGAGAGCGCGGCCTTCATTCCTCTCGTG GAAGTGAGTGAGTCCTGGGACCCCGCGACCTGTTTTAACTTTTATGGTTTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBPFB · enhancer · 43934264–43935271 · regulatory
ENSR19_9MFSS · promoter · 43935272–43935772 · regulatory
· motif · 43935268–43935279 · motif
· motif · 43935268–43935279 · motif
· motif · 43935355–43935366 · motif
· motif · 43935357–43935366 · motif
· motif · 43935405–43935418 · motif
· motif · 43935405–43935418 · motif
· motif · 43935492–43935505 · motif
· motif · 43935492–43935505 · motif
· motif · 43935493–43935506 · motif
· motif · 43935493–43935506 · motif
· motif · 43935749–43935764 · motif
· motif · 43935756–43935767 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:682 aa
zinc finger protein 45 全長 682 個胺基酸,N 端含 KRAB 結構域;其後有 18 個 C2H2-type zinc finger 註記,其中第一個為退化型。C 端另有一段被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF45 的細胞內定位標示為細胞核;未提供定位變化條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GGGCACTTCCGCGGCAAGAGGTTGAGAGCGCGGCCTTCAT40TCCTCTCGTGGAAGTGAGTGAGTCCTGGGACCCCGCGACC80TGTTTTAACTTTTATGGTTTGGTCGTAGGATCAGCAGGGC120TCGCACTTCGGTCAGCAGGAAAAGACGCTGCGGCGAGCAG160CGGAGGGCGGAGTTGAATGGCTGGGCAGCTGATTGCCTTA200CTGTATCCGGAGCTGCTGCGTTCGGGGCGGTTCGGGAGTC240CCCTGGTTGGAAGTGGACCTGAATGGGGAGGCGTCTGAGG280ATCTCCTGGGCTCTCAGCGGCCCGACCCGCCTTCCCCCAC320CTCCCACAGCTCTGTAGCTTCCTAGCGGTGTAACGTTGGG360AAAGGAGGCTGTTCTTGGACTATGCCTGACCCGTTTTTTA400AGAAAGAGTGCATCACTCAACAGGTGGCGTCTGGAGTTAT440CCTCTGTGGATTTTCCAGGATCTCAGACAAGATCGTGCAA480TCTCCCAGCCTCCTTTCCTTCCCCTGCCCTGACTTCTGAA520AGAATGCTGCGGGAGAGGAGGAAGGAGAGCATCCTGGCTT560CTGGCAGCAGAGCCCCACTGTGACAGGACCTAGCATTCAC600CTTCCTCTTCTGTTCCGAGTGCGAGAAGACTTCAGGGACC640TCTGTTTCATGGACATTATCATATTCTTCTCAAGAGTACC680CAGCAAGAGGTTTGCAAAGAGGAGTTATTCAGTGAAATCA720GAATCATACCCTGAGAGCTACAAGAACTCCATTTTTCACT760GTGCAGAGGCTCTCTGCTGAAGGGTCAAGTGGAATCTGGA800ATCCAGCCCATGTTTCCCCATCATCAAGCCATGTGAAGCT840GCAGACTCCAAGCAACAGAGAGACAAGATTTAGAATACTG880GCTCTGGTATGAAAGCTGGATTCAGGTACTGTTCCTGCCT920CTTGACCTCACCAAGCCTCAGCTTCCTCGCCTGTTAAATG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。