基因總覽
ZNF44 是由 protein-coding gene 產生的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其序列包含 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger,構成此蛋白質的主要結構特色。現有資料將其可能角色概述為參與轉錄調控,但未提供更具體的調控標的或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000355684 ★ | 12,271,808–12,294,883 | 4 |
| ENST00000697576 | 12,243,144–12,294,883 | 4 |
| ENST00001094205 | 12,250,242–12,294,883 | 5 |
| ENST00001126818 | 12,270,012–12,294,883 | 5 |
| ENST00000356109 | 12,271,808–12,294,883 | 5 |
| ENST00000854893 | 12,271,808–12,294,883 | 5 |
| ENST00001077443 | 12,271,808–12,294,883 | 4 |
| ENST00001094207 | 12,271,808–12,294,883 | 5 |
| ENST00001107419 | 12,292,626–12,294,883 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料指出,ZNF44 可能參與轉錄調控。這項描述表示其可能與控制基因轉錄的過程有關,但現有資訊未說明它作用於哪些基因、如何影響轉錄,或在何種細胞與生理條件下發揮作用,因此不宜將其功能延伸解讀為已確立的特定調控機制。
資料也沒有提供 ZNF44 直接結合 DNA、招募其他分子、促進或抑制轉錄的證據,亦未指出其參與的具體生物學過程。因而目前能支持的功能結論限於「可能參與轉錄調控」;其分子作用方式、調控方向及功能意義仍無法由這些資訊進一步界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF44 ENST00000355684 GRCh38 chr19:12294783-12295883 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATGTCTGGAATCATAGATAACACAGTTAGGTCAGAGGTTGATTTTTAACTACCCAGCCCAGGGCACAAGC CGGGTTATCTGCCTGTGGATTTCATTTCTGCCTTTTAGTTTTTACTTCTTCTTTGGAGGCAGAAATTGGG CATAAGACAATATGAGGGGTGGTCTCCTCCCTTATAGTATAGAGACGGAGTTTCACTCTATGTCCAGGCT GGTCTTGAACTACTGGCCTCAAGCGATCCTCCCACCTAGGCCTCCCAAAGTATTGGGATTACAGCGGTGA GCCACCACGCACTGCCAAGAGGACAGATTCCATCCCCAGTGATTTCATCCCCACCCCAACCAGTCAGTAG CAAGCCTAGCTACCTCCACCCTTTCTCCCAAACTGCCCTTGAAAAACCCCTACCAGAGGACCTTGGATGA GAATAATTTGAGTAGTAACTCCGTCTCTCACGTATCGTAGCTGGCCTAGTGTTTATTAAACTTTTTTTTT AACTGCAATACCGTGGTCTTTATTTGCGTAGCGCGCAGAAAGAACCCATCCAGCGCTTATAGTGGAAGAA AGGCTTGACCTTGCAGGCGACAGCCTCATCCCAAATTCCTGGTCCCTGGAGGACATCAGCACCACCCCCC CACCCACCCACCCCCTGTCCCCCGCTGCTACAGTGTGGCCTGTGTGGCCTCGGCTGCCCTCCTGCTCTGA GGCCAAGGGATGGCTCCACTGGACAGTGAGTCTGGGATTCCTTGCACACAATTGTTCAGGAGGAAGAAGC AAAAAGGGCCCACTGCGTACAGGTAGGAAATTCCGCTTTAAGGCAAACGTTTCCCGGGACGGGTCGGGTC ACAACGCAGGGAGGAAGCCCGCCCTGCCAGGGGCCGGGTCTGGAACCTGTTCATCCGGCTGCACTCAGCA CTGTGAGATCGCTTCTTCTGTCACTCAGTGCCCAGGAGGCGGGACCTGGAGGGCTACCCAATCAAAGTCG TGGGCGGGTTCCTGAGAATTGTCAATCAGGCGCGAGGCAGAGAGGAGGGTGTGACGTTCCAGGAGCTAGT GGCCTCTTCACCCTGGTGACCTCTGTTCCGTATTCTGTCACTGAGAGACGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF44_1 ↗ | 19:12,294,802 | 負股 | 12,294,792–12,294,851 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_C37XC · enhancer · 12293575–12294842 · regulatory
ENSR19_B4FTR · promoter · 12294843–12295373 · regulatory
· motif · 12293816–12293833 · motif
· motif · 12294185–12294193 · motif
· motif · 12294804–12294818 · motif
· motif · 12294809–12294821 · motif
· motif · 12294820–12294835 · motif
· motif · 12294846–12294858 · motif
· motif · 12294894–12294904 · motif
· motif · 12295073–12295086 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:663 aa
ZNF44 為 663 個胺基酸的蛋白質。其第 52–138 位胺基酸區段含 KRAB domain;第 189–658 位區域則註解有 17 個 C2H2-type zinc finger,其中第一個標示為 atypical、第二個為 degenerate,其餘列為 C2H2-type。資料將其歸入 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF44 的細胞內定位資料標示為細胞核;來源未進一步說明定位是否會隨細胞條件改變,也未提供異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTCAATCAGGCGCGAGGCAGAGAGGAGGGTGTGACGTTCC40AGGAGCTAGTGGCCTCTTCACCCTGGTGACCTCTGTTCCG80TATTCTGTCACTGAGAGACGCCCTGGGACATCTGTGGTGG120CTTTTGTCGCGCTGGGACCTACCCTGACTACGGGAGTTGG160GAGGACCCGGGACACCGCACAGCCGGGAAATGGACTCAGT200GGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCATGAGGAG240TGGGCTTTGCTGGGTCCATCACAGAAGAATCTCTACAGAG280ATGTGATGCGAGAAACCATTAGGAACCTGAACTGTATAGG320AATGAAATGGGAAAACCAGAACATTGATGATCAGCACCAA360AATCTCAGGAGAAATCCAAGGTGTGATGTGGTAGAGAGAT400TTGGTAAAAGTAAAGATGGTAGTCAGTGTGGAGAAACCTT440AAGCCAGATTCGAAATAGTATTGTAAACAAGAACACTCCC480GCCAGAGTAGATGCATGTGGAAGCAGTGTGAATGGAGAAG520TCATAATGGGTCATTCATCCCTGAATTGCTACATCAGAGT560TGATACTGGACACAAACACCGGGAGTGTCATGAATATGCA600GAGAAGTCATATACACATAAGCAGTGTGGGAAAGGCTTAA640GTTATCGCCACTCCTTTCAAACATGTGAAAGGCCTCACAC680TGGAAAGAAACCCTATGATTGTAAGGAATGTGGAAAAACC720TTCAGTTCTCCTGGAAACCTTCGAAGACATATGGTAGTAA760AAGGTGGAGATGGACCTTATAAATGTGAATTGTGTGGGAA800AGCCTTTTTTTGGCCCAGTTTATTACGTATGCATGAAAGA840ACTCACACTGGAGAGAAACCATATGAATGTAAGCAGTGTT880CTAAAGCCTTCCCTGTTTACAGTTCCTATCTAAGACATGA920AAAAATACACACTGGGGAGAAACCGTATGAATGTAAGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。