基因總覽
ZNF43(zinc finger protein 43)是蛋白質編碼基因,產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長809個胺基酸,具有N端KRAB區域及多個C2H2-type zinc finger區域;目前來源僅指出它可能參與轉錄調控,未提供更具體的作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000354959 ★ | 21,804,946–21,836,182 | 4 |
| ENST00000594012 | 21,804,937–21,852,017 | 7 |
| ENST00000595461 | 21,804,937–21,852,028 | 7 |
| ENST00000598381 | 21,804,937–21,851,968 | 6 |
| ENST00000357491 | 21,804,937–21,852,076 | 4 |
| ENST00000942356 | 21,804,937–21,836,182 | 5 |
| ENST00001122845 | 21,804,937–21,836,176 | 5 |
| ENST00001139997 | 21,804,937–21,836,182 | 4 |
| ENST00000599906 | 21,809,479–21,836,187 | 3 |
| ENST00000596899 | 21,809,681–21,852,125 | 3 |
| ENST00000598288 | 21,812,013–21,838,947 | 5 |
| ENST00000593551 | 21,817,918–21,840,086 | 3 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF43可能參與轉錄調控。現有資料未說明它如何影響轉錄,也未指出受調控的基因、作用方向或特定生物學過程,因此目前無法進一步界定其調控方式與功能意義。
Promoter 與基因調控
>ZNF43 ENST00000354959 GRCh38 chr19:21836082-21837182 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTCTATATTTTTATGTTTTACATCAGTTTCTAAAACCTGGAAATTATCTTGTTTTGAATTTCTTATGAA AATGGAATACTATCCACTAAGAATATTCCATTAGCATACTGCAACTTAAAGTCAGGAGATCTAAACTTTT TCTGGTAACATTACCTATATTTAGTTTTTTAAAAAATGTTCTCTTTTTGTATATGCTTTTTAATTTGCTT TTAAAACATGTGCATAACATTTCCTTGAATTCTATTAATGGACCTCAATGCTTTAAAAAAATTTTTTGAT AAAATAATTCAGTCTGAATGTGATGGTTCATGCCTATAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTGACTTTGTAGG ATTCATTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCATTCTGGGCTATCTAGTGAGGCTTCATCTCTACAAATAAAAAT ATGATAACAAATTAGCTGAGCATGGGGCCACATGCCAGTGGTCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGACAGGT AAATTGCTCAAGCCTAGATTGCTGAGGCTGCAGTGAGCTGCAGTCATGACCCTGCACTCCAGCCTGGGTA ACAGAGACTCCCTCTCAAGAATAAGAAAAACCCCACAGAGGATAAATAATAAAATATTCAATGTTTGTAA TACTTCCTACTCAAAGGGCCAGAAGCCAGGAAGGTCATAAAAGCTGAAATTCAAAAACAATTGTTTTCAT TTTTTAGTATCCATATAGTATATTACTTATAAGTGAAGATGACCTTATACACAAGGTTAAAGGCAAATAC CCTCTGGGTTGGGCCTGCTCTGCTCAGGGAGGAAGCCCTGCCTGAAAAGGCGGCAGCCTAGGCTGTCATT CTTTCTTCTTTCAGCCCAGCGTCTGATCACATCTTTCATTCAGGGTTTGCGGGGGCAGGACCTTAGAAGT TATCCAATCAGGGACGCTGGGCTGGAAACCGTCCAATCAGGCACGGGGCAGGAGAGGACAGGGCGGCTTC CGGGATGTGGCGGGGCCTTTGTCTCTGGCTGCAGTTGGAGCTCTGCGTCTCGTCTTCGTTCTTCTGTGTC CTCTGCTGCTAGAGGTCCAGCCTCTGTGGCTCTGTGACCTGCGGGTATTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF43_1 ↗ | 19:21,836,182 | 負股 | 21,836,172–21,836,231 |
| ZNF43_2 ↗ | 19:21,852,065 | 負股 | 21,852,055–21,852,114 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_B6C24 · enhancer · 21835359–21836171 · regulatory
ENSR19_575N65 · CTCF_binding_site · 21835892–21835913 · regulatory
ENSR19_9BN2F · promoter · 21836172–21836672 · regulatory
· motif · 21833775–21833786 · motif
· motif · 21833923–21833937 · motif
· motif · 21833923–21833937 · motif
· motif · 21833930–21833941 · motif
· motif · 21835893–21835903 · motif
· motif · 21835894–21835910 · motif
· motif · 21836197–21836208 · motif
· motif · 21836417–21836430 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:809 aa
ZNF43蛋白質長809個胺基酸,含有位於第7至75位的KRAB區域,以及22個C2H2-type zinc finger區域,分布於第174至784位。其中第2至第4個 zinc finger 標註為退化型,其餘則未標為退化型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供其定位變化的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTCTCTGGCTGCAGTTGGAGCTCTGCGTCTCGTCTTCGTT40CTTCTGTGTCCTCTGCTGCTAGAGGTCCAGCCTCTGTGGC80TCTGTGACCTGCGGGTATTGGGGGATCCACAGCTAAGACG120CCAGGACCCCCCGGAAGCCTAGAAATGGGACCATTGACAT160TTATGGATGTGGCCATAGAATTCTGTCTGGAGGAGTGGCA200ATGCCTGGACATTGCACAGCAGAATTTATATAGGAATGTG240ATGTTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGGGTATTG280CTGTCTCTAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAGCAAGA320AAAAGAGCCTTGGGAGCCTATGAGGAGACATGAAATGGTA360GCCAAACCCCCAGTTATGTGTTCTCATTTTACCCAAGACT400TTTGGCCAGAGCAGCATATAAAAGATCCTTTCCAAAAAGC440GACACTGAGAAGATATAAAAACTGTGAACATAAAAATGTA480CATTTAAAAAAAGACCATAAAAGTGTGGATGAGTGTAAGG520TGCACAGAGGAGGTTATAATGGATTTAACCAATGTTTGCC560AGCTACCCAGAGCAAAATATTTCTATTTGATAAATGTGTG600AAAGCCTTTCATAAATTTTCAAATTCAAACAGACATAAGA640TAAGCCATACTGAAAAAAAACTTTTCAAATGCAAAGAATG680TGGCAAATCATTTTGCATGCTTCCACATCTAGCTCAACAT720AAAATAATTCATACCAGAGTGAATTTCTGCAAATGTGAAA760AATGTGGAAAAGCTTTTAACTGCCCTTCAATCATCACTAA800ACATAAGAGAATTAATACTGGAGAGAAACCCTACACATGT840GAAGAATGTGGCAAAGTCTTTAATTGGTCCTCACGCCTTA880CTACACATAAAAAAAATTATACTAGATACAAACTCTACAA920ATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACAAGTCCTCAATC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。