基因總覽
ZNF319 是位於人類第 16 號染色體、屬蛋白質編碼基因的基因,其產物為 zinc finger protein 319。此蛋白質歸於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,序列長 582 個胺基酸。其主要結構特色是含有多個 C2H2 型 zinc finger,其中部分被註記為退化型;此外,序列中也有兩段預測為無序區域。現有功能資料僅指出它可能參與轉錄調控,尚未提供足以進一步界定其作用方式的內容。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000299237 ★ | 57,994,676–58,000,672 | 2 |
| ENST00000858170 | 57,994,673–58,000,672 | 2 |
| ENST00001138106 | 57,994,673–58,000,718 | 2 |
| ENST00000562909 | 57,998,059–58,000,453 | 2 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料指出,zinc finger protein 319 可能參與轉錄調控。這項描述帶有可能性,表示其轉錄調控角色尚不能寫成已確立的功能;來源也未說明它會促進或抑制轉錄,或其作用所依賴的條件。
現有資訊沒有交代 ZNF319 如何影響轉錄,也未指出它直接作用於 DNA、調節哪些基因,或是否透過其他分子參與調控。因此,能支持的功能結論限於它可能與轉錄調控有關,不能據此推定特定分子機制、生物學途徑或下游效應。
Promoter 與基因調控
>ZNF319 ENST00000299237 GRCh38 chr16:58000572-58001672 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCCCTCCCCACTCCACCCCCAGACATTCGGGTCCCGTCTGGCTCTAGGGTGAATGCGCGCGCCCTCCGG AGAGACTTCCTCACTCCTCACCGACGGTGGCTCCCATCCCCCGGCCTGGTCCGCATCCCGTCCTCGGACT CATCCTCGGAGCCGCTGCTGCTGTAGCCCACCAGGGGCGCCGCGCTCATGGGGCCTCATCCAAGACCACC AGAGCAGGTCCACCAGCAACCTCAACCGGCACCCGGAGTTCCGCTGTGCCGGAAGCGCCCTCCCAGGGGC GGGGCCTGGGCTGGCACCGCCTCGGGGCGGAGCCGGGAGGGGCGGAACCCGGCAGGACAGTGGTGAAGAT TCAGCCCACCGACTCCAAGCTGTCTGCCGGCTGCGCACGCGGATCTGGTCACCTGCAGCCTCCCGGCACC CCGCTGGGACCTCCCCAGCCTTCGTGTACCCATTTCATATATCGCTCAGGGCCCTCACCTTTCTGCCCGC TGCTGTCTGCAGCCACCCGGGACCAGACATACCAGACACGACAGTCCCGGGTCAGCGCACTAGACCCAGC GGAGACCCCTGCCTGCCCCGAGCCCGGCCAGGATCAGAGGTCCTGGAGCCCCCTCCTCAAACCAGCCCAA AGTCCAAGCCCCTAAAAGCCAAGCTGAGCAGTTAGGGGCGGATCAATTGTGGCAGACCAGAGCCTCTAGG AGGCCCCTCCTCTCCTGCGCAGAGCCGGGCCGAGGGCGGTCACCCGGAGCCCCCTCCCCTAAGCCCGAGC GGGGTGGCCGGAAGCAGAGCGCCCTTCCTCGGTTAGTCGAGGCGCCCAGGCCTGGCGACTCGAAAACCGC CCGGAGCACCCGGCTTGTCCGACCTGGCCCGGCCACGGGGTCCCCGGCAGGGGGCGGCCTCGCTCCGCGC CGCCCGCTCCTCCCGCATTGGCCGCCGCCGCCCGGGATGCCGCTCCTCCCCCGGCCCCGCCTCCCTGGCC CCCGCGCCGCCCGCCCGTCCGCCCGTCTCCGCAAGGCCATCGGTCCGTCCGCCCGCCCTCCCGGCGCTCC TCGCCCCGGCCCCGCTACTCCGGCAGCGCGCGTCGCTTCCTCCGTTCCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF319_1 ↗ | 16:58,000,627 | 負股 | 58,000,617–58,000,676 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_BFHR5 · promoter · 57999056–57999725 · regulatory
ENSR16_BFHR8 · enhancer · 57999726–58000661 · regulatory
ENSR16_BFHRC · promoter · 58000662–58001430 · regulatory
ENSR16_5HMC95 · CTCF_binding_site · 58000773–58000794 · regulatory
ENSR16_BFHRZ · enhancer · 58004958–58005548 · regulatory
· motif · 58000278–58000293 · motif
· motif · 58000286–58000301 · motif
· motif · 58000312–58000325 · motif
· motif · 58000353–58000366 · motif
· motif · 58000542–58000555 · motif
· motif · 58000605–58000618 · motif
· motif · 58000700–58000713 · motif
· motif · 58000736–58000753 · motif
· motif · 58000775–58000791 · motif
· motif · 58000887–58000896 · motif
· motif · 58001035–58001050 · motif
· motif · 58001036–58001050 · motif
· motif · 58001124–58001140 · motif
· motif · 58001159–58001175 · motif
· motif · 58001168–58001183 · motif
· motif · 58001280–58001291 · motif
· motif · 58001280–58001291 · motif
· motif · 58001388–58001398 · motif
· motif · 58001406–58001415 · motif
· motif · 58005292–58005305 · motif
· motif · 58005292–58005305 · motif
· motif · 58005293–58005306 · motif
· motif · 58005293–58005306 · motif
· motif · 58005345–58005358 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:582 aa
zinc finger protein 319 長 582 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解包含 16 個 C2H2 型 zinc finger,其中第 2、7、11 與 13 個標記為退化型;另有兩段區域被註記為無序,分別位於胺基酸 1–39 與 174–198。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 zinc finger protein 319 註記於細胞核,但未提供定位變化的條件、異構型差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
- BEGAINQ9BUH8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DVL3Q92997 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRAP2O75791 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT34O76011 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-6P60371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP13-3Q3SY46 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NOTCH2NLCP0DPK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIAS2O75928-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLEKHG4Q58EX7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POU6F2P78424 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TRIM41Q8WV44 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VWC2Q2TAL6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF343Q6P1L6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCCCGTCTCCGCAAGGCCATCGGTCCGTCCGCCCGCCCTC40CCGGCGCTCCTCGCCCCGGCCCCGCTACTCCGGCAGCGCG80CGTCGCTTCCTCCGTTCCGGCCGCCGCTAGCCCGTCCCCC120GCCCCCGGTCCGGCCGCAGCCGCTACGCGAGGCCGGGGAT160TGGCAGCGCGCGTAGGCCGCGCCGCCGCGGATGGAGCCGG200AATAAAGGGGCGGCCGAGAGAGCAGCTGGTCGCCGCTCGC240CCCGCGCCTGCCCTGCAGGCGGCCTGGAGCAGGTGAGCGG280CGGGGCGCCCGGGGCCGCATCTGGGGGCCACCCCCGCGCC320CGCCGCACCCCTTCCTCTGCCGGCCCGGCCGCCCCCCCGC360GCCCCTCCGCCGCGACCTAGCGGCCTCTTGAGCTTCTGGG400CGGCCCAGGCCGGGCCTCGAGGCGCAGCCGCTTCCTGGGC440CCGGCCTGTAGCCCTGGGGCCTTTCTCCAGCCCGGCCGCC480CTCGGGGCTCGCCCTCGGGTCGCAGCGGCCGGGCCATCCC520GGACGAGGGCTGACAGGACGCAGCCCAGCTGGGCCTGCAG560GCAGGGCCGGCGGGAGGTGATCGGCTTTCATTCGGTTTCT600CAGGGAGGAAGAAGAGACGGGGTGGGGCGCAGGTGGGGGG640CCTCCCCTGCCTCTCCTTGCCTCCTCTCTCCCCTTTGCGG680AGTGATCACAGAGGCTTCCTGGCTGCACCTTGCTGCAGGA720GGGCCAGGGTGGGCAGGGGGTGCTGCAGACCAAGCCAGGG760GACACTGTCTGACAGCCATTCATGCCAGAAAAAGCAAACA800AAACAGTGGGTTGGCACAGCGGACCTACAGGCGCTCAGAG840AAGCCCACCTTCCCCCTCTCTGTCCCGAGAAGGCTTAGAG880TGGTACCTGCTTGCTCAAGCAACCTGCTGCCTCCACCCAG920AGCAGCCGCTCCTCTCCTCCCTCCCTTCCGGAAGATGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。