基因總覽
ZNF317 是蛋白質編碼基因,產物為 zinc finger protein 317,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質具有 KRAB 結構域與多個 C2H2-type zinc finger,呈現此類鋅指蛋白的結構特徵。現有資料將它的角色描述為可能具有轉錄因子功能,並指出它可能與紅系成熟及淋巴細胞增殖有關;這些功能仍以可能性表述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000247956 ★ | 9,140,397–9,163,413 | 7 |
| ENST00000360385 | 9,140,377–9,163,408 | 6 |
| ENST00000891822 | 9,140,377–9,163,413 | 7 |
| ENST00000891823 | 9,140,377–9,163,392 | 8 |
| ENST00000933872 | 9,140,377–9,163,413 | 7 |
| ENST00000933873 | 9,140,377–9,163,408 | 8 |
| ENST00000933874 | 9,140,377–9,163,413 | 7 |
| ENST00000933875 | 9,140,377–9,163,408 | 7 |
| ENST00000949134 | 9,140,377–9,163,413 | 8 |
| ENST00000949135 | 9,140,377–9,163,406 | 6 |
| ENST00000949136 | 9,140,377–9,163,377 | 8 |
| ENST00000992308 | 9,140,377–9,163,404 | 6 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF317 可能作為轉錄因子發揮作用。這項描述表示它可能參與轉錄調控,但目前資料沒有進一步說明其辨識的 DNA 序列、調控方向、作用靶點或所參與的分子機制,因此不宜據此推定特定基因會被活化或抑制。
此外,ZNF317 可能在紅系成熟中扮演重要角色。這項關聯指向紅系細胞成熟過程,但來源未指出作用發生的階段、涉及哪些細胞或分子事件,也未提供可判定其影響方向的細節。因此,現有資訊支持的是可能參與此生物學過程,而非已確立的具體調控路徑。
資料亦指出 ZNF317 可能與淋巴細胞增殖有關。這代表其可能涉及淋巴細胞數量增加的過程,但來源沒有交代相關細胞亞群、實驗條件或作用方式,也不能由此推論它會促進或抑制增殖。轉錄因子功能、紅系成熟與淋巴細胞增殖,是目前對 ZNF317 功能的概括性描述;可支持的結論仍限於這些可能角色,尚不足以說明它們之間是否存在因果或共同機制。
Promoter 與基因調控
>ZNF317 ENST00000247956 GRCh38 chr19:9139397-9140497 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGGAAGCCTTGGTTTCCTAAAGTGTTGAGATTACAGGTGTGAGCCACTGTACCCAGCCTGATTCTGGAA TTTTGTATATGCAGACTCCTCCTGCTAAAATAATATATATTATATATAATATATATTCCATAATATATAT AACATACATACATATATTATTTTAGCATATATTATATAATATACGGTAATAATACACATAATACATAATT ATAATAAATATGATATAATATATATTCCATTGTATAAAACATATAATATATATAACGGAATATTATTCAA CCTTGAAATAGAAGGAGGTCCTGACATTTATCACAAGATGGGTGGACCTGGAGGACATTACGCTAAGTGA AATAAGCCAGACACAAAAAGAAAAATATTGCATGACGTCACTTACATGAGGAACTTTTTTTAATCAAGAG AGACAGCTCAAATACACAGAAATAAAGAATGAGGCAGTTGGGGAAGAAAATGGGAAGATGTGGGTCAAAA AATACAAAATAGCAGATATGCAGGATGAACACCACACAGGTGATGGTGATTTTACGCCCTTCCCAAGGTG TCATTCAGAGGCACGTGGTCTCCATCTGACCCTCACTGGTGATATTGATTTGATCACCTGGTCCAGATGT TGTCCAATTTCTTCGCTGTACAATTTCTATTACTTTTTCTCCATTCCAACATACGAGCAGTTTATAGAGA GGCATTTAAGGCAATTCAAATATTCTGCTCGTCATGCAAATGTCCCCCAGTTGTGTCATGTAGATGACAA TTCTTGCCTGATTCAACCTTTACCACTACGATGGCTACAAAATGCTGTGGGTTGTGGTTGAAAATTTGAG TCTTGAGTAGAAATTGGAGAAATATGCTGGACCGTCAGATTCCACCGGGGCACGGCCGCCATGCCAATCC AAACTTCAAAACTACAATTCCCAGCATCCTCTCCGCCCCGCTTCCGTATTAGACGCCGCCAATGAAGTCC CGCGAGAATTGGAAGGCGGCAGTGAAGCGGAAGCCATTACTCTCTGGAGTCGATTGCCCCGAGACACATG GGCCAAGGAGGGGTCAGCGGCGAATTCTTTCGGCCTGTTGGGGACCCCTCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF317_1 ↗ | 19:9,140,397 | 正股 | 9,140,348–9,140,407 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_95LWP · enhancer · 9136489–9136948 · regulatory
ENSR19_5462MD · CTCF_binding_site · 9136657–9136678 · regulatory
ENSR19_95LXP · promoter · 9139907–9140407 · regulatory
ENSR19_B3RZF · enhancer · 9140408–9141045 · regulatory
· motif · 9136659–9136675 · motif
· motif · 9136709–9136722 · motif
· motif · 9139776–9139789 · motif
· motif · 9139776–9139789 · motif
· motif · 9139966–9139975 · motif
· motif · 9139966–9139975 · motif
· motif · 9139968–9139984 · motif
· motif · 9139968–9139984 · motif
· motif · 9140211–9140226 · motif
· motif · 9140218–9140226 · motif
· motif · 9140345–9140356 · motif
· motif · 9140372–9140385 · motif
· motif · 9140372–9140385 · motif
· motif · 9140400–9140411 · motif
· motif · 9140454–9140466 · motif
· motif · 9140456–9140463 · motif
· motif · 9140626–9140641 · motif
· motif · 9140632–9140644 · motif
· motif · 9140634–9140641 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:595 aa
zinc finger protein 317 長 595 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質含有位於第 57–128 位胺基酸的 KRAB 結構域,以及 13 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 222–580 位胺基酸。第 109–128 位另註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 317 定位於細胞核。 現有資料未提供不同條件下的定位變化或異構型間差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 15 個夥伴
- AENQ8WTP8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- BAHD1Q8TBE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NKAPD1Q6ZUT1 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- RBM10P98175 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBMY1A1P0DJD3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- RBMY1JQ15415 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ZBTB48P10074 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF408Q9H9D4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF524Q96C55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF648Q5T619 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF837Q96EG3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTGAAGCGGAAGCCATTACTCTCTGGAGTCGATTGCCCC40GAGACACATGGGCCAAGGAGGGGTCAGCGGCGAATTCTTT80CGGCCTGTTGGGGACCCCTCGTGTCCCCACGCCAGACTGG120ACCTCCCGTATGAACTTCTCTTCGCATCGGCGGCGGCTTC160CGTCACCTCCGCTCCCCCGATCCTATTCCCAGTCGTATGC200CAGCTTGGAGAGTCACGTGAGAGCAAGAGAGTAGCTTTCT240GGTTGTCCTGGTGCCCTGCTCAGGCAAACTGACTGCCATT280CTCTGAGGATGGCAGCTCTGTCCCCCACATTTGCCACGTC320CACCCAGGATTCCACCTGTCTCCAGGACTCAGAATTTCCT360GTTTCTTCAAAAGACCATTCCTGTCCCCAGAATTTGGACC400TGTTCGTGTGCAGTGGTCTGGAGCCTCACACACCCAGTGT440TGGTTCCCAGGAATCGGTGACTTTCCAAGATGTCGCTGTG480GACTTTACCGAGAAGGAGTGGCCCTTGCTGGATTCTTCTC520AGAGAAAACTGTACAAAGATGTAATGCTGGAGAACTACAG560CAACCTCACTTCACTGGGGTATCAGGTCGGCAAACCCAGC600CTCATCTCACACTTGGAGCAGGAGGAGGAGCCGAGGACAG640AGGAGAGGGGCGCTCACCAGGGCGCTTGTGCAGATTGGGA680GACTCCATCTAAAACCAAGTGGTCACTTCTTATGGAAGAT720ATTTTTGGGAAGGAAACGCCCAGTGGTGTGACGATGGAAA760GAGCCGGTCTTGGAGAGAAGTCCACTGAATACGCTCACTT800GTTCGAAGTCTTTGGCATGGACCCTCATCTCACTCAGCCA840ATGGGAAGGCACGCTGGCAAGAGGCCCTATCACCGCCGCG880ACTATGGGGTAGCGTTCAAGGGCAGGCCGCACCTCACTCA920GCACATGAGCATGTACGACGGGAGAAAAATGCATGAATGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。