基因總覽
ZNF304（zinc finger protein 304）是蛋白質編碼基因，產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質具有 KRAB 結構域及多個 C2H2-type zinc finger，具備轉錄調控因子的特徵。來源將 ZNF304 描述為參與基因沉默的調控蛋白，並指出它能在特定細胞情境中與染色質及轉錄抑制複合體相關聯。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282286 ★ | 57,351,271–57,359,898 | 3 |
| ENST00000443917 | 57,351,255–57,360,022 | 4 |
| ENST00001011045 | 57,351,255–57,360,022 | 3 |
| ENST00001122759 | 57,351,255–57,360,022 | 2 |
| ENST00001122760 | 57,351,255–57,359,899 | 3 |
| ENST00001142025 | 57,351,255–57,360,022 | 3 |
| ENST00000391705 | 57,351,307–57,360,022 | 4 |
| ENST00000598744 | 57,351,326–57,360,022 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF304 可作為轉錄調控因子，參與基因沉默。在結直腸癌細胞中，它可能形成共抑制複合體，參與活化 KRAS 所介導的啟動子高甲基化，並使多個腫瘤抑制基因或其他腫瘤相關基因受到轉錄沉默。ZNF304 可定位於這些基因的啟動子區域，並促進含有支架蛋白 TRIM28、甲基轉移酶 DNMT1 及組蛋白甲基轉移酶 SETDB1 的共抑制複合體，和／或 Polycomb group（PcG）複合體在該處募集；來源以可能形成此類複合體描述其作用。
在未分化胚胎幹細胞中，ZNF304 也參與維持基因的轉錄抑制狀態。此作用依賴 PcG 複合體，並涉及誘導組蛋白 H3 第 27 位 lysine 三甲基化（H3K27me3）。因此，ZNF304 在不同細胞情境中與不同的染色質抑制機制相關：在結直腸癌細胞中，來源描述啟動子高甲基化及轉錄沉默；在未分化胚胎幹細胞中，則描述 H3K27me3 與 PcG 複合體依賴的抑制狀態。
在卵巢癌細胞中，ZNF304 是轉移級聯過程相關的轉錄因子。它與 ITGB1 啟動子結合並正向調控 beta-1 integrin 的轉錄表現；透過 integrin 介導的訊號路徑，促進細胞遷移與增殖，並使細胞獲得對 anoikis 的抗性。來源也指出 ZNF304 促進血管新生及腫瘤生長。這些結果將其轉錄調控作用連結至腫瘤細胞行為，但不代表所有作用均發生於相同細胞情境或由單一機制介導。
Promoter 與基因調控
>ZNF304 ENST00000282286 GRCh38 chr19:57350271-57351371 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTTTGATTTATCTTCCTAAAGCAGTGTATGTGAGAACCTTGTGTTGAGGAAGACTGATAACAGCTTGTAT GTATTTAGCACGATGTGCCAGGCCTGGTGTTAAGTACTTTTTACCTCACTTCCCATATTCCTAATGAGGT TGGTTGTAGTGTTTTTCATCTTACTGATTTTTTTTTGTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGGCTAATG ACTTTAAAAGACCTCCAGTTCTTGAACTTCAGCTAGGGTCCCATCCCCAGAGTTTATCAGAAGGTATAGG TTGGGTCCAAGAATTCACAGGTTTTTTAAGTTCATAGTGAAGCTGATGCTGTAAAACTACATATCAAATT GGGAAGCAATGAATTAGAAGAGGCTCATGTTTTCGTCATGTTACATGTAAGTTCCTCCTTCACTTTTCGC CATGAATAAAAGTTCCCTGTGGCCTCACCAGAAGCAGATACGGGCACCATGCTTCCTGTACAGCCAGCAG AAAGGTAGCTAATTACATCTCTTTTCTTTATATGTTAGAAAAATTAGAAGGACATTCAATGTTTTACAAA AAGGCCCACAAACGAAATACAGACAACGTTCAATTTATTAATACGTTTCAATCCCCAAATCTGAGAGAGG TGAAGCAGGTTTCCCAGGGCCTCAGAAGCAGGATTGAAGAATGGGTCCCTTGCTGGCGACTTCAGTGGCG TGGCATTGTCCCAGGTGGCCATGGAAATCAGGGTGCATACCCTTTAAAAGCAGCTGTGGCCTCCGAGATA TCGTTTTCCCAGTCTTTTCTCCCCCTCCCTGCACGACGCCTCTTGGCAGACATCCGGGAGAACCCGAAAG GCGCTCGTTGCCTGGTTGGATGCAGGGTACAAACTACGTTACCCAGAAATCTGTGCCCAGCTCATTGTTA GCCGGCGTGCAGCCAATGACAGCCCAGAAACTGGGCGTTTCCTGCTGCTCTGGGCTGCAGGGGCGAGACT TCTGGCGTCGCCGTCGTGACGTATTTTTCCTATGCCCGGTCCGTGCATTCTGGTTGTGAAGGCTGAGTTC TAGAGATCGGGTCGGCTTTCTACGCGGCTCTCGTGGAACCTAGCAAAGAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF304_1 ↗ | 19:57,351,282 | 正股 | 57,351,233–57,351,292 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_9SQKS · enhancer · 57348187–57348506 · regulatory
ENSR19_BFDBB · promoter · 57350781–57351336 · regulatory
ENSR19_BFDBD · enhancer · 57351337–57352012 · regulatory
ENSR19_5HH7WX · CTCF_binding_site · 57351436–57351457 · regulatory
ENSR19_83NJ8T · promoter · 57352013–57352157 · regulatory
ENSR19_5HH82T · CTCF_binding_site · 57352063–57352084 · regulatory
· motif · 57351089–57351098 · motif
· motif · 57351418–57351431 · motif
· motif · 57351418–57351431 · motif
· motif · 57351438–57351454 · motif
· motif · 57351511–57351522 · motif
· motif · 57352065–57352081 · motif
· motif · 57356105–57356119 · motif
· motif · 57356105–57356119 · motif
在胚胎幹細胞分化期間，以 retinoic acid 處理會使 ZNF304 下調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：659 aa
ZNF304 蛋白質長 659 個胺基酸，屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解指出，其 N 端第 14–88 位為 KRAB 結構域；另有 16 個 C2H2-type zinc finger，分布於第 89–637 位的多個區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF304 位於細胞核，並與染色質相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ZNF304 可能參與由 ZNF304、TRIM28、SETDB1 與 DNMT1 組成的共抑制複合體；此複合體與啟動子高甲基化及轉錄沉默相關。ZNF304 也可能與 Polycomb group（PcG）複合體相關，並與 H3K27me3 的形成相連。此外，來源指出 ZNF304 與 USP28 互作；未進一步說明此互作的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF304 是參與基因沉默的轉錄調控因子。在結直腸癌細胞中，它可能協助形成共抑制複合體，參與活化 KRAS 介導的啟動子高甲基化及腫瘤抑制基因或其他腫瘤相關基因沉默；在未分化胚胎幹細胞中，則透過 PcG 複合體依賴的 H3K27me3 參與維持轉錄抑制。它也與卵巢癌細胞遷移、增殖、抗 anoikis、血管新生及腫瘤生長有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a transcriptional regulator and plays a role in gene silencing. Probably forms a corepressor complex required for activated KRAS-mediated promoter hypermethylation and transcriptional silencing of several tumor suppressor genes (TSGs) or other tumor-related genes in colorectal cancer (CRC) cells. Also required to maintain a transcriptionally repressive state of genes in undifferentiated embryonic stem cells (ESCs) by inducing trimethylation of 'Lys-27' of histone H3 (H3K27me3) in a Polycomb group (PcG) complexes-dependent manner. Associates at promoter regions of TSGs and mediates the recruitment of the corepressor complex containing the scaffolding protein TRIM28, methyltransferase DNMT1 and histone methyltransferase SETDB1 and/or the PcG complexes at those sites. Transcription factor involved in the metastatic cascade process by inducing cell migration and proliferation and gain resistance to anoikis of ovarian carcinoma (OC) cells via integrin-mediated signaling pathways. Associates with the ITGB1 promoter and positively regulates beta-1 integrin transcription expression. Promotes angiogenesis. Promotes tumor growth PMID 24623306 ↗ · PMID 26081979 ↗ |
| 交互作用 | ZNF304 可能與 TRIM28、SETDB1、DNMT1 組成共抑制複合體，並與啟動子高甲基化及轉錄沉默相關；也可能與 PcG 複合體相關，連結至組蛋白 H3 第 27 位 lysine 三甲基化。此外，ZNF304 與 USP28 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Probably part of a corepressor complex containing ZNF304, TRIM28, SETDB1 and DNMT1; leading to promoter hypermethylation and transcriptional silencing. Probably associates with Polycomb group (PcG) complexes; leading to trimethylation of 'Lys-27' of histone H3 (H3K27me3). Interacts with USP28 PMID 24623306 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF304 位於細胞核，並與染色質相關。 | 推論支持 | |
| 調控 | 胚胎幹細胞分化期間，以 retinoic acid 處理會使 ZNF304 下調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulated during embryonic stem cells (ESCs) differentiation by retinoic acid treatment PMID 24623306 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTATTTTTCCTATGCCCGGTCCGTGCATTCTGGTTGTGAA40GGCTGAGTTCTAGAGATCGGGTCGGCTTTCTACGCGGCTC80TCGTGGAACCTAGCAAAGAAAGACAGTGAAGACTGCAGGA120CCTTCCTTCGCGCTTTTGTTACAATCCATGACCCCTGTCG160TGGGACGGGCGGCCTCTCGCGGAGGTGTCTGCCGGGGCTG200GGCTCTTACCGAGGCCTCCACACACGTCCTCTTGTCCTTG240TCTCCCCCAGAAGCAGCCGCCTTAGTCTTGTGAGCGTTTT280TACACCGGGTAGATTGAGACTTGGAGTGCTACACTCAGCC320CGAGGGCGTCCAGCGCGGTGGAGGCGTGGGGTTTCGGCTG360AGCCCACAGGGCACAGACTGTTCATCCGCTTCTCATGGCA400GCGGCGGTGCTGATGGACCGGGTTCAGAGTTGTGTGACCT440TCGAGGATGTGTTCGTGTACTTCTCTCGGGAGGAGTGGGA480ACTCCTTGAGGAGGCACAGAGATTCCTGTACCGTGATGTG520ATGCTGGAGAACTTTGCACTTGTGGCTACACTAGGTTTTT560GGTGTGAAGCAGAACATGAGGCACCTTCTGAGCAGAGCGT600TTCTGTAGAAGGAGTGTCACAGGTCAGGACTGCTGAGTCA640GGTCTTTTCCAGAAAGCACACCCATGTGAGATGTGTGACC680CACTCTTGAAAGACATTTTGCACCTGGCTGAACACCAGGG720ATCACACCTTACACAGAAACTGTGCACACGTGGGCTGTGT760AGGAGAAGATTCTCGTTCAGTGCAAACTTTTACCAGCACC800AGAAGCAACATAATGGAGAGAATTGCTTCAGAGGGGATGA840TGGAGGGGCCTCATTTGTGAAGAGCTGTACAGTCCACATG880TTAGGGAGATCCTTTACGTGCAGGGAGGAAGGGATGGACT920TACCAGATAGCTCTGGCCTTTTCCAGCACCAGACCACTTA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。