基因總覽
ZNF300(zinc finger protein 300)是蛋白質編碼基因,產生屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family 的蛋白質。其蛋白質具有 KRAB domain,並含有多個 C2H2-type zinc finger;另有一段被註記為無序區域。這些結構特徵構成其基本分子特性。已知的功能描述指出,ZNF300 具有轉錄抑制活性;蛋白質定位於細胞核。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000274599 ★ | 150,894,399–150,904,980 | 6 |
| ENST00000446148 | 150,893,804–150,904,983 | 7 |
| ENST00001132855 | 150,893,804–150,904,987 | 6 |
| ENST00000427179 | 150,894,399–150,904,987 | 5 |
| ENST00000981280 | 150,894,399–150,904,987 | 5 |
| ENST00001096827 | 150,894,399–150,904,987 | 5 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF300 的功能註解指出其具有轉錄抑制活性,亦即能抑制轉錄。現有資料僅提供這項功能描述,未進一步說明其作用的特定基因、轉錄調控步驟或抑制效應如何形成,因此不宜據此推定更細的分子機制或生物學結果。
Promoter 與基因調控
>ZNF300 ENST00000274599 GRCh38 chr5:150904880-150905980 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTTCTGAATACATTGTCTTCTTATCTAAGTGCATTTGTTTTGACATGAGAAATAAATTGCTAAATGTAA AATTGCTGCCTATTTCATAACATATCAAAAAGCATGACTCGTGTGAAAATTATGATTCAAAATTGTATTC ATTTATACAAATGAAACATTGGTCTGTGAACATGCATTTTGCTTTTTTAAAGCTTGATGTAAGGTCTAAG GGTTAAGATAACAATTTTAGTATTCTCTTTGGCTGGTTCATTTTTAAAAAATCATGTTGTTGTTGTTGTT TCTGAAATCTAACCTTCTCAGTCTCTCCCTTATGTCTGTTCCAATTTTCAAGTCTCTTTTCTGTCTCAAT CTGTCTGTCTACCACGCTCTACCCCTTAGATCCCCACTTCTATTCCTATGTCTATTTTTTTCTCTTCAGT CTCCCGTCTCTCCTCCTTTCTAGGCTGGCTCCTTTGTCCCCATTTCCCCCATTTTCTCTCTGATTCTCTG CTTCTCACTTCCCTCTCTTTGTGCCTCAGTCTCCTCTTCCCTGCTCTTAATTTCCCTTTTTCCTTCAGTC GACCTCTTATTACTTATTACTGCAATATCAAATTCCCTTATAAGGATTCCTTACCGTTGTTATTGGCATA ATTACAGTACACAATGATTGTTCAGCCCCCAGATTTTGTCCCTCTCTCCCACAGTGAAATCTCCCTGGAG AGGACCGCACCATTCCACGCTTCCCCTCTGAGCAGTCGAATCTCCCGGCATGGGGCTGTACCATTCACAA ACACGTCCATGGTACCATCTAAAATTCCTCCCCTTTCGTCAGAAGCATGCTTCCAATAGAGGAAGGTTCA CTCCAACTTCCTCTTCAATCCCCCTTGTAAAATCTTTCTGCAAAAGTGTGCTCCTTAATGCTCCTTTCGC AGGCCTCCTTTCCGTCGCCTTCCCCTCCCTTCGCTGCCGCTGTGGTACAGCCCATTCTCGGGCTCAGCAC TGGGCGAATCCTCCGCTAGTACGAAGACGACCGGGCTCTCAAGATGGCGGCCCCATGCGGAAACAGCTCC AGGGAGCAGCCATGTTGCTTCCTGAACAAAGCCTCTGAAGATGCGGAACGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF300_2 ↗ | 5:150,904,867 | 負股 | 150,904,857–150,904,916 |
| ZNF300_1 ↗ | 5:150,904,978 | 負股 | 150,904,968–150,905,027 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_947W7H · enhancer · 150904269–150904778 · regulatory
ENSR5_947W7M · promoter · 150904779–150905275 · regulatory
ENSR5_947W7Q · enhancer · 150905276–150905563 · regulatory
· motif · 150904813–150904822 · motif
· motif · 150904936–150904947 · motif
· motif · 150904949–150904959 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:604 aa
zinc finger protein 300 長 604 個胺基酸。其 N 端含 KRAB domain(第 8–79 位),第 203–234 位為註記的無序區域;第 269–599 位分布著 12 個 C2H2-type zinc finger。這些結構區域的註記提供蛋白質組成資訊,但來源未描述各區段的個別作用。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 300 定位於細胞核。 資料未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- ALX1Q15699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZNF300 透過 KRAB domain 與 TRIM28 互作;相對地,TRIM28 的 RBCC domain 參與此互作。此註記支持兩者存在結構域介導的互作,但未說明是否屬於特定複合體,也未提供其他功能關係細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF300 具有轉錄抑制活性;此註記指出其能抑制轉錄,但未交代受影響的特定基因、作用步驟或抑制所造成的下游結果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | ZNF300 透過 KRAB domain 與 TRIM28 互作,TRIM28 則透過 RBCC domain 參與此互作。此資料描述的是結構域介導的互作,未進一步說明互作形成的複合體或功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZNF300 的細胞內定位為細胞核;此項註記未提供定位變化條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACGAAGACGACCGGGCTCTCAAGATGGCGGCCCCATGCGG40AAACAGCTCCAGGGAGCAGCCATGTTGCTTCCTGAACAAA80GCCTCTGAAGATGCGGAACGGGCAAAACCGCCCAGTACGG120AACGGCGCAGCCTCGGGAGCCCGGTGTGGTGCTCGCGGAC160AGGAAGCAGGAGAGTTTGCCAATAGGGATGTGACAGCGGT200TCCCATTAAGCGGTGATGGTGGTTTTGGGACCTGATAATC240GAGCTGGGAGTCAGAGGCGGGATGTGTGCGGTGAAGGATG280TTTTGATACCCCCATATAAAATAATCTGTCTGTCATGGGA320GCCCCCACGTCCTCTGAAATAGTTCAGCTCTGTCTGCATG360ACTTGTCCTGGGACTGAGGAAAATTTACCAGTCATCTGGC400CTTTTGGAAGAGCAAAAAATGATGAAGTCCCAGGGGTTAG440TATCATTCAAGGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGAGGA480GTGGCAGCAACTTGACCCTTCTCAGAGGACCCTGTACAGG520GATGTGATGCTGGAGAACTACAGCCACCTGGTCTCAATGG560GGTATCCAGTTTCCAAACCAGATGTCATCTCCAAGTTGGA600ACAAGGAGAAGAGCCATGGATCATAAAGGGAGACATATCA640AATTGGATCTATCCAGATGAATATCAGGCAGATGGGAGAC680AAGACAGGAAGAGTAACCTTCACAACTCCCAGTCATGTAT720TTTGGGGACAGTTTCCTTCCATCATAAGATACTGAAAGGA760GTCACAAGGGATGGTTCATTGTGCTCCATTTTAAAAGTCT800GTCAAGGTGATGGTCAGCTGCAGAGATTTCTAGAGAATCA840AGACAAACTCTTCAGGCAGGTCACATTTGTTAACAGCAAA880ACAGTGACTGAGGCATCAGGGCATAAATATAATCCACTGG920GGAAAATATTTCAAGAGTGCATAGAAACAGATATATCAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。