基因總覽
ZNF30(zinc finger protein 30)是人類的蛋白質編碼基因,其蛋白質屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。蛋白質全長為 623 個胺基酸,結構包含 N 端 KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指區域;其中部分鋅指區域被標註為退化型。這些家族與結構特徵界定了 ZNF30 蛋白質的基本分子類別。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000601142 ★ | 34,926,903–34,945,168 | 5 |
| ENST00000957110 | 34,926,887–34,945,172 | 4 |
| ENST00000303586 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00000439785 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00000601957 | 34,926,903–34,945,168 | 6 |
| ENST00000891913 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00000891914 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00000932307 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00001141785 | 34,926,903–34,945,172 | 5 |
| ENST00000601540 | 34,926,910–34,933,723 | 4 |
| ENST00000932306 | 34,926,966–34,945,172 | 5 |
| ENST00000957111 | 34,927,137–34,945,172 | 5 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF30 蛋白質可能參與轉錄調控。現有資料僅支持這項概括性功能描述,未進一步指出其調控方向、作用標的或具體分子機制,因此不宜推定它會促進或抑制特定基因的轉錄。
轉錄調控涉及基因表現的控制,但目前提供的 ZNF30 資料沒有說明它在何種細胞或生物學條件下發揮作用,也沒有描述其所影響的基因或轉錄程序。KRAB 區域與 C2H2 型鋅指區域是其蛋白質結構特徵,但來源未交代這些區域在 ZNF30 中的實際功能,故不能據此補述其 DNA 辨識、調控複合體或其他作用方式。
因此,現階段可將 ZNF30 的功能理解為可能與轉錄調控相關;其具體調控對象、分子過程及生物學結果仍未由所提供的資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF30 ENST00000601142 GRCh38 chr19:34925903-34927003 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGCTCACCCTGTCATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCGCTTGAGCCCAGGAGTTCGAG ACTAGCCTGGGCAAGATGGCAAAACCCCATTTCTACAAAAAATATACAAAAATTAGCCAGGTGTAGTGGC GCGCCCCTGTAGTCTCAGCTACTCTGGAGGCCGAGGTGGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTT ACAGTAAGCCGAGATAGCGCCACTGCATTCCAGTCTGAGCGACAGAGGGAGACCCTGTCTCAAAACAAAA CAAAAACAAAACAAACAAAAAGCGGAGCTGACAGTCAAGGTGAATTTCACGTTTGCCTGTATTCAGTTTT AGCATTACATAAACCAAAAGAAGAATGCCATAAAGGCTACAGGCAGCTAATACAGAGAGGTGTTACTGGA AAAGGAACCAGAAAGAGTAAATATCTCCTAAACGTATGATGGGACAGAAAGATAAATGCCTATTACATAT AGTTAATATCTGTTTGATTAGCCTTATTTACATTCTCCTTTTAAAAGGTCTTACATTTAGCATCTTAGAT AGAACCCACAAAATTTAAATATTTAATAGAAACTTAAAATTCCTGTATCAGAGGACAGAAATATATTTTT CTCACACGTGATTAGTCTAATTGCCACTATTAATCCTATTAATATTCTGTTAAATAATAGCATTTCTGTA GCGAAAAGCAAACAGTACGGAAAGATAATTTCAAACACCTAGTTTTCATATTTTTGTGTTAAAGTAATAA CATATTTTGGTATAGATTATCATTTTTTGTTTGTTTTTGTTTTTGCTTTTTCTGACCTGGTGTGTTAATG CCCTGGGTTGGCCCTCTAAGAAGCTGGCCACCTACTTCGGGCCTCAGGTGTCAGACGCCCCAGCTTCGAG GTCTATGGCTCCCAGCAACTCGAGCGCCTGCGCCTGCGCATTCTCAGCCGGACGGGAGCGCCCAGAAGTC TCCGGGCGCCGGTGGGCGGCCTTGTGGACTGCGCCGGGCATGCTCGGCGGTGTGACGGCTCAGGACTGCA TTTCCCAGAGGCTGCAGCTATCCGGCCAATGTAGCCTGAAACTACATTTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF30_1 ↗ | 19:34,926,906 | 正股 | 34,926,857–34,926,916 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_832PL7 · enhancer · 34926612–34926815 · regulatory
ENSR19_832PLB · promoter · 34926816–34926990 · regulatory
ENSR19_9HTB9 · enhancer · 34926991–34927494 · regulatory
· motif · 34926835–34926846 · motif
· motif · 34926835–34926846 · motif
· motif · 34926841–34926852 · motif
· motif · 34926841–34926852 · motif
· motif · 34926917–34926928 · motif
· motif · 34927051–34927066 · motif
· motif · 34927070–34927084 · motif
· motif · 34927320–34927333 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:623 aa
ZNF30 蛋白質長 623 個胺基酸,含有位於第 14–85 位的 KRAB 區域,以及 18 個依序排列的 C2H2 型鋅指區域。第 1 與第 3 個鋅指被標註為退化型,其餘為 C2H2 型;這些區域的註解依序延伸至第 618 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有資料未提供定位隨條件變化或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CTTGTGGACTGCGCCGGGCATGCTCGGCGGTGTGACGGCT40CAGGACTGCATTTCCCAGAGGCTGCAGCTATCCGGCCAAT80GTAGCCTGAAACTACATTTCTCAGCGGCCACTGGAACGAC120CTCAATCTCTGCCTCCTCGCCAGTTCATTGTGGTCGTTGA160CCCGGCAGCGAGCTTTGGAGTTCATCGAGGGAGAAGTCAG200CGCCCAGCTCCGAGGTTGGAGCAGCCCCGCCGGGCAACTT240GAATTTCTGCAAACGAACACAGCACCGGGAGCTCTGCAGA280CCTGTGTCGGCGCGGAACCCGGACTGAGACATGCCTTTTG320AACTTCTCAGATAGAGGAACCCCAGTGAAGACTGATCAGT360TCTTACAATTCTCAAAGCATGGCCCATAAATATGTGGGTT400TGCAGTATCACGGATCAGTGACATTTGAGGATGTGGCCAT440AGCCTTCTCCCAGCAGGAGTGGGAGAGTCTGGACTCTTCC480CAGAGGGGCTTGTACAGAGATGTGATGTTGGAGAACTACA520GGAACTTGGTGTCAATGGGACATTCCCGTTCTAAACCACA560TGTGATCGCCTTATTGGAACAATGGAAAGAGCCTGAAGTG600ACAGTGAGGAAAGATGGAAGAAGATGGTGCACAGATTTGC640AGTTGGAAGATGATACAATCGGCTGTAAAGAAATGCCCAC680CTCTGAAAACTGTCCATCTTTTGCTCTACATCAGAAAATA720AGTAGACAGAAACCACGTGAATGTCAGGAATATGGAAAGA760CCCTTTGTCAAGACTCAAAGCCTGTTCAACATGAAAGAAT800ACATAGTAGTGAAAAACCCAACAGATGTAAAGAATGTGGG840AAGAACTTTAGTAATGGACATCAACTCACCATACATCAGA880GATTGCATGTTGGTGAGAAACCCTATAAATATGAAAAATG920TGGGAAGGCCTTTATCAGTGGCTCAGCCTTTGTTAAGCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。