基因總覽
ZNF3 的正式名稱為 zinc finger protein 3,屬於蛋白質編碼基因。其產物歸入 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族,蛋白質全長 446 個胺基酸。序列中具有 KRAB 區域,並含有多個 C2H2-type zinc finger,這些結構特徵構成其家族辨識依據。現有資料將 ZNF3 的角色概述為與細胞分化及/或增殖有關;更具體的分子作用方式則未由所提供的功能資料說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000299667 ★ | 100,069,973–100,081,723 | 6 |
| ENST00001115637 | 100,056,868–100,081,769 | 7 |
| ENST00001005655 | 100,062,306–100,081,769 | 5 |
| ENST00001013040 | 100,062,306–100,081,769 | 6 |
| ENST00001013041 | 100,063,845–100,081,769 | 5 |
| ENST00001080657 | 100,064,028–100,081,769 | 4 |
| ENST00000413658 | 100,064,033–100,081,769 | 6 |
| ENST00000424697 | 100,069,972–100,081,769 | 5 |
| ENST00000929076 | 100,069,972–100,082,706 | 5 |
| ENST00000929077 | 100,069,972–100,082,601 | 5 |
| ENST00000929081 | 100,069,972–100,081,769 | 6 |
| ENST00000875771 | 100,069,973–100,081,769 | 6 |
顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料將 ZNF3 的功能概括為參與細胞分化及/或增殖。這表示其功能與細胞命運改變或細胞數量增加相關,但資料沒有指出它在這兩類過程中各自扮演的角色,也未提供可判定其作用方向或效應大小的資訊。
細胞分化涉及細胞特性或狀態的改變,增殖則涉及細胞數量增加;來源僅將 ZNF3 與這些過程連結,並未說明此關聯發生於何種細胞、組織或實驗條件。因此,不能據此推定 ZNF3 會促進或抑制分化、提高或降低增殖,也不能判定兩項過程是否同時受其影響。
資料亦未提供 ZNF3 如何在分子層級作用的描述,例如是否直接調節特定基因、參與何種訊息傳遞,或透過哪些分子互作影響細胞行為。雖然其蛋白質具有 KRAB 區域與 C2H2-type zinc finger 結構,但現有來源沒有將這些結構與特定功能機制相連結,故不宜由結構註解延伸推論其靶點或調控方式。
因此,依目前可用資訊,能支持的功能結論僅限於 ZNF3 與細胞分化及/或增殖有關。其具體作用條件、分子機制,以及對細胞分化或增殖的影響方向,均尚未在所提供的資料中界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF3 ENST00000299667 GRCh38 chr7:100081623-100082723 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGAATGAGCTCAATTACAATGCGAATGCTGGGGCTTACTGTGTTGACTGCGGTCACCACGGTTGCCGCGT CTCCAGGACACGGTCACTTCCTTGACTATCCCCGCCTCGCTTCCACCTGTAGCTTCCTTTTTTTTTTTTT TGAGACAGTCTCACTCTGTGGCCAGCCTGGAGTACAGTGGTGCGATGTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCT CCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTCTGCCACCACGCC CGGGTAATTTTTTTGTATTTTTAGTCGAGACGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCT GACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCTCCGCGCCCGG CCGGTAAGCTTCCTCTTCTCTGCTCTCATCACCTGTACACGGGTTTTTTCCTCATGTCAACTCTGTGATG GACTGGAATGTTTTCTTCAGATGTGGGTAATTTAAAGGGGGCATTTTTACAAGAAACAAAAAAAACTCGG TTTGTTCGGAGGCAAGTTTTAAATCAGGGTTCATTTTTTAATATTGATGAATCCTTCAATAATTGTATGT TTACTGCTGCCCTTCGCGAGCCAGCCTGAGAAGCGCGGGCTCGACATCCCCGCGCGCCCCCGCCGCCCGC CCCCAAGGCCGGCGACGCTGGAGCACATGTCCTGAGGCCCAGGACCGTGGTCGGCCGCTTTCGCACATTC GTGGCCAGCAGAGGGCGCAGCCGGCCAGCCCCCGCAGCGAAAGATCCCCGAGTGCCGCGTCAGCGATCGC GCTCCTTGCCCTCGCCGCCTGCCAGCCGCCCTGAGTCAGCAAACCACAGAGAGGCGAGGACCTCCCATTT TCCTAGACAGAACAAGTGGGCGTTGGGGGTACGGGTGAGTGGCAAGAACAACCGACCCGGAAGCGAAACG AGGGGGAACTTCCGTTCTTTGTTCTGTCCCCGGTGTGTGGGTCTGTGACAGGGTCCAACAGGGCCTGGTC CGTGTCCGGTCCCCCAAATCTGTCGTCCCTGCCCCCAGGGTGAGTCCACGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF3_3 ↗ | 7:100,077,666 | 負股 | 100,077,656–100,077,715 |
| ZNF3_1 ↗ | 7:100,081,723 | 負股 | 100,081,713–100,081,772 |
| ZNF3_2 ↗ | 7:100,082,577 | 負股 | 100,082,567–100,082,626 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_BPT9C · enhancer · 100080881–100081712 · regulatory
ENSR7_BPT9G · promoter · 100081713–100082254 · regulatory
ENSR7_5TJKRM · CTCF_binding_site · 100081788–100081809 · regulatory
ENSR7_5TJKSB · CTCF_binding_site · 100081933–100081954 · regulatory
· motif · 100079256–100079269 · motif
· motif · 100079256–100079270 · motif
· motif · 100079256–100079271 · motif
· motif · 100079257–100079272 · motif
· motif · 100081204–100081218 · motif
· motif · 100081428–100081441 · motif
· motif · 100081603–100081620 · motif
· motif · 100081726–100081737 · motif
· motif · 100081728–100081737 · motif
· motif · 100081749–100081758 · motif
· motif · 100081749–100081760 · motif
· motif · 100081749–100081760 · motif
· motif · 100081788–100081798 · motif
· motif · 100081790–100081803 · motif
· motif · 100081790–100081806 · motif
· motif · 100081835–100081843 · motif
· motif · 100081835–100081850 · motif
· motif · 100081842–100081856 · motif
· motif · 100081842–100081856 · motif
· motif · 100081888–100081902 · motif
· motif · 100081888–100081902 · motif
· motif · 100081916–100081929 · motif
· motif · 100081935–100081951 · motif
· motif · 100081955–100081967 · motif
· motif · 100082028–100082041 · motif
· motif · 100082366–100082378 · motif
· motif · 100082368–100082375 · motif
· motif · 100082368–100082383 · motif
· motif · 100082654–100082671 · motif
· motif · 100082660–100082677 · motif
· motif · 100082668–100082681 · motif
· motif · 100082669–100082684 · motif
· motif · 100082669–100082686 · motif
· motif · 100082760–100082771 · motif
· motif · 100082760–100082771 · motif
· motif · 100082847–100082860 · motif
· motif · 100082894–100082905 · motif
· motif · 100082894–100082905 · motif
· motif · 100085702–100085711 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:446 aa
ZNF3 蛋白質長 446 個胺基酸,含有位於第 51–123 位的 KRAB 區域。另有八個 C2H2-type zinc finger,分別位於第 200–222、228–250、256–278、284–306、312–334、340–362、368–390 及 396–418 位。這些註解描述其序列結構,來源未提供各區域的個別功能說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF3 的定位資料指出其位於細胞核;來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT27Q7Z3Y8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LZTS1Q9Y250 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCCP23508 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS2Q5JR59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDEL1Q9GZM8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SF3B4Q15427 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SSX2IPQ9Y2D8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF4Q9BUZ4 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- YJU2BP13994 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ZNF212Q9UDV6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTTCTGTCCCCGGTGTGTGGGTCTGTGACAGGGTCCAACA40GGGCCTGGTCCGTGTCCGGTCCCCCAAATCTGTCGTCCCT80GCCCCCAGGCATTGGCATCAACAAAAGTCAGAATTCCCGG120GAACTTGAACAGAGGCTGCTAAATTCCCAGTAATTGCTCC160TTTGGCCTTCTAGGGACTGACTTCAAAGAAGGAAGGAAAG200AATCAGGCAGTGCTTCCTCATTCTCTTTTAAAACCCGCTT240CCCGCTGAGTCTGCACCCAGGAGACCAGAGAGCACCTTGC280CCTTCCATGGAAACTCAGGCTGATCTCGTATCTCAGGAAC320CTCAGGCCCTGCTTGACAGTGCTCTTCCTTCAAAAGTTCC360TGCCTTTTCCGACAAGGACAGCCTGGGGGATGAGATGTTG400GCGGCTGCGCTCCTAAAGGCCAAGTCCCAGGAGCTGGTAA440CCTTTGAGGATGTAGCTGTGTACTTCATCCGGAAGGAGTG480GAAGCGTTTGGAACCTGCTCAGAGGGACCTCTATAGAGAT520GTGATGCTGGAGAATTACGGGAATGTGTTCTCACTGGATC560GTGAGACCAGGACTGAAAATGATCAAGAAATTTCTGAAGA600CACAAGATCACATGGGGTCCTACTGGGAAGATTTCAAAAG640GATATTTCTCAGGGTCTCAAGTTTAAAGAAGCCTATGAAC680GAGAAGTCAGTCTGAAAAGGCCGCTGGGGAACTCCCCTGG720AGAAAGACTGAACAGGAAAATGCCAGATTTTGGTCAAGTG760ACAGTTGAGGAGAAGCTAACCCCCAGGGGAGAGAGAAGCG800AGAAATATAATGATTTTGGGAACAGCTTCACTGTGAATTC840CAACCTTATCTCACATCAGAGACTCCCCGTGGGAGACAGA880CCCCATAAGTGTGATGAATGTAGCAAGAGCTTTAATCGAA920CTTCAGACCTTATTCAACATCAGAGAATCCACACTGGGGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。