基因總覽
ZNF287(zinc finger protein 287)是位於人類第 17 號染色體 17p11.2 的蛋白質編碼基因,產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 761 個胺基酸,具有 SCAN box、KRAB 結構域及一串 C2H2-type zinc finger 結構,另有一段被註記為無序區域。這些結構特徵界定了它的蛋白質類型;目前提供的功能資料僅指出其可能參與轉錄調控,未詳述具體作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000395825 ★ | 16,546,954–16,569,204 | 6 |
| ENST00000395824 | 16,546,954–16,569,169 | 6 |
| ENST00000907890 | 16,546,954–16,569,218 | 5 |
| ENST00000907891 | 16,546,954–16,569,218 | 6 |
| ENST00000907892 | 16,546,954–16,569,204 | 6 |
| ENST00000907893 | 16,546,954–16,569,218 | 5 |
| ENST00000448349 | 16,567,560–16,569,198 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有功能註解指出,ZNF287 可能參與轉錄調控。這項描述帶有不確定性,表示其參與轉錄調控的角色尚不能寫成已確立的功能;來源也未說明它在何種細胞或生物條件下發揮作用。
轉錄調控涉及基因轉錄活動的調整,但目前資料未指出 ZNF287 是促進或抑制轉錄,也沒有提供它作用於特定基因、DNA 序列或轉錄機制的證據。因此,不能據此推定其調控方向、目標或分子步驟。
來源亦未提供實驗系統、基因或蛋白質擾動方式及相應讀出,故無法進一步判定其功能在不同生物過程中的意義。就目前可支持的範圍而言,ZNF287 僅可描述為可能參與轉錄調控的蛋白質;更具體的調控作用仍未由所提供資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF287 ENST00000395825 GRCh38 chr17:16569104-16570204 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCTTTATGCTGGAGAGACCACATTGAGGCACTCTGGTCAAACACAAGCCGAGTTCATCTTTTAGCCCAT CTCCTCCCAAGCAGTAGACATGTGAGTGGAAAAGCCATCTTGGAAGCGGGCCCTCCCAGCCATCAAATCA TCCCAACAGAGGCTACAGACATAATGAGGCAAAGGCCCACCCACTCAGTTCCCCTTTCAAATTCCTCACC ATGAAATTTATGAGCATAATACGGTGATTGTCCTTCAAAACCACTAAGTTTTGGGGTGGTTTGTTAATAG AACAGTAGATAACGGGAACACCTTGAATATGTTTTTCTATGCTTTTATTTTTCCAGTGTTTTATGTATTT TTGTTTTGTGTCTCTTAGAAATAACAGCTACTCGGGAGGCTGAACCCAGGAAGTTCAAGTGAGAATCACT TGAACACAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGCTCGCACCATTGCACTC CAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAGAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAACATGGGTTTTT TTCCCCCAATCTGAGAGTCTCAGAATCAAATTCCTGAGGAGGAAGTGAAAACCTTTCACAGTTAGTATGT ATGCACAGTAAAGCCCGAAACCGCACATTAAGTCTTTCTGCCTTTAGACCCACATCTTCCCTGCCCATTC TTCCTCTAGGAAATCTGGCGCCCAGTTTTCTCTGCGTAGTTGGCGCGGGGCTTCAACTCCCGGCGCTCCT CCAGCTACTGGCACCTCCCTGGCCTCCAAGACGTCTACCAGACCTGCGTCTGCCCGGGGAAACTTTGAAG TTCCCTTCGGAACCTCGCAGGCTGACAAGCAAGTCAGAGCGATGGGTGGAGGAGGTTGCCATGGAGACAG GTCCAGGGCCAGAGGCGCGGGAGGGGGAGGCGGCAGCTTGGGCTCCGATTGGCTCTGCGGGCGCGCAGCG TTCCTCTGGCGCACATGCGCAGTGACGCCGAGGCGAGGTCGCGGCTAAGCAGAGGCGCCGGGGTTTCTGG GCCGGGCTTCTCAGGACCGGGCTGGAACGTGCAGCTCCTGGCCGGGACACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF287_1 ↗ | 17:16,569,204 | 負股 | 16,569,194–16,569,253 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_B59R4 · enhancer · 16568454–16569158 · regulatory
ENSR17_98KKD · promoter · 16569159–16569639 · regulatory
· motif · 16568856–16568871 · motif
· motif · 16569007–16569017 · motif
· motif · 16569026–16569037 · motif
· motif · 16569026–16569037 · motif
· motif · 16569088–16569103 · motif
· motif · 16569204–16569215 · motif
· motif · 16569204–16569215 · motif
· motif · 16569549–16569557 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:761 aa
ZNF287 蛋白質長 761 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解包括位於第 49–131 個胺基酸的 SCAN box、第 170–238 個胺基酸的 KRAB,以及第 368–754 個胺基酸間連續排列的 14 個 C2H2-type zinc finger。第 134–154 個胺基酸另標示為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF287 的定位註記為細胞核。 資料未說明定位是否會隨細胞狀態改變,也未提供異構型之間的定位差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTGACGCCGAGGCGAGGTCGCGGCTAAGCAGAGGCGCCG40GGGTTTCTGGGCCGGGCTTCTCAGGACCGGGCTGGAACGT80GCAGCTCCTGGCCGGGACACTCTGTGCTTTGCGGGGAAGG120GAAGTGGCGGAGCCCGAGGATCCGCTGCCGCTCGGGACTG160AGCCCGCCACGCAGGCGCCTGTGCCAGCGTCGCCATTGTT200GCCTGTGGCCTTAGGGCCGCTCCGGCTGCCCGTCGGCCGG240GTCCCAGCGACAGGGTCTCTTATCCATCCCTGCAAGTTCT280GGGCTCAGAATTTGTCACTAAGGCTGCTAACTCTACCTTG320ATTCTGTTCTGCCCTCGGCTGCAGCAGCCTTTGATATAGT360GTCCTTGTGACTCTAGCATGAGACTTCAAGCAGTTGGCTC400ACTACTGGAGAAATAAAGGATATTGCCAGATTGACTCTCC440TGTCTGTAGCAATGTTAGCCTCAAGCAAGAGGATGAACAG480TTCTTCACGTTCTCAAATCCTTCTAAGGTGGAAGTCAGAC520AAGGCTCAGAGTGGACCCTACAATGTTGAGAAGGAAATCC560TTACTTCAAGATTCTTGCGTGACACTGAGACCTGTCGACA600GAATTTTAGGAATTTTCCATACCCAGACCTGGCTGGTCCT640CGAAAGGCATTGAGTCAACTCCGAGAGCTCTGCCTTAAGT680GGCTGAGACCTGAGATTCACTCAAAGGAACAAATTTTGGA720GCTGCTGGTGCTGGAGCAATTCCTGACCATCCTGCCTGGT760GAGGTTAGGACTTGGGTAAAGTCCCAGTATCCAGAGAGCA800GCGAGGAAGCAGTGACTCTGGTGGAGGATTTGACTCAGAT840TCTAGAAGAGGAAGCTCCTCAAAACTCTACCCTTTCCCAA880GATACCCCAGAGGAAGACCCCAGAGGAAAACATGCTTTCC920AGACAGGATGGCTAAATGACTTGGTGACCAAAGAATCGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。