基因總覽
ZNF282(zinc finger protein 282)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 671 個胺基酸,含有 KRAB domain,以及多個 C2H2 型 zinc finger。這些結構特徵構成此蛋白質的基本辨識特色;來源另記載它能辨識特定病毒長末端重複序列中的抑制元件,相關分子作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000610704 ★ | 149,195,546–149,226,238 | 8 |
| ENST00000850624 | 149,195,546–149,226,243 | 8 |
| ENST00000479907 | 149,195,546–149,224,663 | 9 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF282 可結合人類 T 細胞白血病病毒第一型(HTLV-I)長末端重複序列(LTR)中的 U5 repressive element(U5RE)。這項結合具有序列辨識特異性:來源指出,ZNF282 將 5'-TCCACCCC-3' 辨識為核心基序。也就是說,它對該病毒調控區的作用與辨識特定 DNA 序列相關,而非僅是一般性的核酸結合描述。
在功能結果上,ZNF282 對 HTLV-I LTR 所媒介的表現具有強烈抑制作用。來源將這種抑制效果連結至其對 U5RE 的結合,說明特定序列辨識與病毒 LTR 表現調節之間的關係。不過,現有資料未進一步說明抑制過程涉及的其他分子、作用步驟或細胞條件,因此不能據此推定更完整的調控機制。
因此,來源支持的主要功能是:ZNF282 辨識 HTLV-I LTR 中 U5RE 的核心序列,並強烈抑制該 LTR 所媒介的表現。這項描述限定於人類 HTLV-I 的 LTR 調控情境;資料未提供其在其他病毒序列或其他生物學過程中的作用資訊。
Promoter 與基因調控
>ZNF282 ENST00000610704 GRCh38 chr7:149194546-149195646 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCTGGAGCGCACTGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCTTCGGAGGTTGAAGCGATTCTCCTG CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTATAGGCCCACGCCACCACGCCCGGCTAATCTTTTTGTATTTTTA GTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCT CAGCCTCCCAATGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCGCGCTCGGCTAATTTTTATTTTTTATAGGGA TGGGGTGTCAATATGTTGCTCAGTCTGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGTCGTTCTCCTGCTTCAGCCTC TCAGAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGGCACCACGCCCAACCCAATTTCAAGGTGTTTGAAGAGGCCACT GTTAAAATGCACTGCACCTTACCTGGGAGAAAGAGCTCAGCCCTCTTTTGACACCTTAACATGAATCACT TCTCTATCATCCATAACAGTGCAAAAGCTCTGGGATGGGTCCAGGTAAATCTGGATTGGGAAGAAGGGGA GTGGGAGGTAAAGTCTGCAAAGGAGTGAGGGAAGGCAGAAGGCCAGAAGAAAGTGTCTGAAGACAGAATT ACTCCTGCAAAATTTTCACAAGGGTCAGGCACTATTTTCTCCCGGGATGCCCAATACATTTGCAGAATTA ACAGTAATCAAGCCCACAGTCCAGGTCCTCGCATAGTTTGGGCCTTTAAAGTCGGCCATCCCAGATTGAG GGGGCCTGACCCCTGGGCGAGGCCGCCGCCTCTCAGTTTTGGGGCGGTGGCGACCCCAGTCCGGGAGTGG CCCCGGTAGGTCCCCGCAGGCGGGCAGGAGCTCCGAGGCCATTGGCTGGCGCGCGGGCTGCCAAGGGGCG GGGAGCGCCGCCGAAGGGGACTGTTTGCTCCTACGGGCTGTAGATGGAGCTGTCCGGCCCCGGAGAGGGG GAAGGCGCCTGGAAAACGTTCTTCTTCTCCCTGGCCGACCCGAGCGGGGAACAGCACTCCCAGGATGCAG TTTGTGTCAACACGGCCGCAGCCTCAGCAGCTGGGCATCCAGGGCCTGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF282_1 ↗ | 7:149,195,546 | 正股 | 149,195,497–149,195,556 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_86DFNH · enhancer · 149191115–149191293 · regulatory
ENSR7_9477TX · promoter · 149195056–149195560 · regulatory
ENSR7_53B4H7W · CTCF_binding_site · 149195488–149195509 · regulatory
ENSR7_CJRPK · enhancer · 149195561–149197253 · regulatory
ENSR7_53B4H9G · CTCF_binding_site · 149195826–149195847 · regulatory
ENSR7_86DFSC · enhancer · 149197756–149197901 · regulatory
· motif · 149195010–149195022 · motif
· motif · 149195194–149195206 · motif
· motif · 149195318–149195330 · motif
· motif · 149195321–149195328 · motif
· motif · 149195490–149195506 · motif
· motif · 149195750–149195759 · motif
· motif · 149195788–149195801 · motif
· motif · 149195828–149195844 · motif
· motif · 149195947–149195956 · motif
· motif · 149196310–149196318 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:671 aa
ZNF282 蛋白質長 671 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解標示一個位於 198–271 的 KRAB domain,以及五個 C2H2 型 zinc finger,位置依序為 518–540、546–568、574–596、602–624 與 630–652。另有數段區域被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF282 定位於細胞核;未提供定位隨條件改變、異構型差異或動態變化的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- ZNF398Q8TD17 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF282 可結合人類 T 細胞白血病病毒第一型(HTLV-I)長末端重複序列中的 U5 repressive element(U5RE),辨識 5'-TCCACCCC-3' 作為核心基序,並強烈抑制由 HTLV-I LTR 媒介的表現。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Binds to the U5 repressive element (U5RE) of the human T cell leukemia virus type I long terminal repeat. It recognizes the 5'-TCCACCCC-3' sequence as a core motif and exerts a strong repressive effect on HTLV-I LTR-mediated expression |
| 細胞定位 | ZNF282 的細胞內定位為細胞核;此項資料未描述定位改變的條件、異構型差異或動態。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CTTCTTCTCCCTGGCCGACCCGAGCGGGGAACAGCACTCC40CAGGATGCAGTTTGTGTCAACACGGCCGCAGCCTCAGCAG80CTGGGCATCCAGGGCCTGGGGCTGGACAGCGGGAGCTGGA120GCTGGGCCCAGGCTCTGCCCCCGGAGGAGGTCTGCCACCA160GGAGCCGGCGCTGCGCGGGGAAATGGCCGAGGGAATGCCG200CCCATGCAGGCTCAAGAATGGGACATGGACGCCCGGCGGC240CAATGCCTTTTCAGTTCCCACCCTTTCCAGATAGGGCACC280TGTCTTCCCCGACCGCATGATGCGAGAGCCCCAGTTGCCC320ACAGCAGAGATCTCACTCTGGACTGTGGTGGCTGCCATTC360AGGCTGTGGAGAGGAAGGTGGATGCCCAGGCCAGCCAGCT400GCTGAACCTGGAGGGGCGCACGGGGACAGCCGAGAAGAAG440CTGGCCGACTGTGAAAAGACGGCCGTGGAATTTGGGAACC480ACATGGAGAGCAAGTGGGCCGTGCTGGGGACCCTGCTGCA520GGAGTACGGGCTGCTGCAGAGGCGGCTGGAGAACTTGGAG560AACTTGCTGCGCAACAGGAACTTCTGGGTCCTGCGGCTGC600CCCCGGGCAGCAAGGGGGAGGCCCCCAAGGTTCCAGTGAC640TTTTGTCGACATTGCTGTGTACTTCTCCGAAGACGAGTGG680AAGAACTTGGACGAATGGCAGAAGGAGCTTTATAACAACC720TTGTTAAGGAGAACTACAAAACCCTCATGTCCCTGGACGC760GGAGGGCTCAGTCCCCAAGCCAGATGCTCCAGTCCAGGCT800GAGCCCAGGGAAGAACCTTGTGTGTGGGAGCAGCGCCACC840CCGAAGAGAGAGAAATCCCAATGGATCCCGAAGCAGGAGC880AGAGCCCCTGGTGCCTGCGCAGGATGCGTCCTCCCAGGTG920AAGCGTGAGGACACCCTGTGTGTCCGGGGTCAGCGGGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。