基因總覽
ZNF28 是位於人類第 19 號染色體的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 28。其產物屬於 KRüppel C2H2 型鋅指蛋白家族,蛋白質全長 718 個胺基酸。序列具有 N 端 KRAB 結構域,並含有多個 C2H2 型鋅指區域;其中部分鋅指被註記為退化型。來源將其可能角色概述為參與轉錄調控,但未提供更具體的調控對象或作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000457749 ★ | 52,797,408–52,821,633 | 4 |
| ENST00000438150 | 52,796,894–52,806,021 | 2 |
| ENST00000594602 | 52,796,894–52,857,649 | 5 |
| ENST00000868404 | 52,796,894–52,821,665 | 4 |
| ENST00000974269 | 52,796,894–52,821,665 | 5 |
| ENST00001045393 | 52,796,894–52,857,649 | 4 |
| ENST00001083109 | 52,796,894–52,821,665 | 4 |
| ENST00001125030 | 52,796,894–52,821,665 | 6 |
| ENST00001125031 | 52,796,894–52,821,665 | 6 |
| ENST00001125032 | 52,796,894–52,821,041 | 5 |
| ENST00001135102 | 52,796,894–52,821,665 | 4 |
| ENST00000974270 | 52,797,408–52,821,665 | 3 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有功能註解指出,ZNF28 可能參與轉錄調控。這項描述表示其產物可能與基因轉錄活動的調節有關,但來源未界定它促進或抑制轉錄,也未指出受調控的基因、細胞情境或所涉生物學過程。因此,對其功能方向與影響範圍應維持審慎,不宜進一步推定具體機制。
目前資料也沒有提供 ZNF28 如何辨識調控目標、是否直接作用於 DNA,或是否透過其他分子間接影響轉錄的證據。雖然其蛋白質序列具有 KRAB 結構域及多個 C2H2 型鋅指區域,但僅憑這些結構註記,不能確定它們在 ZNF28 中的實際作用,也不能據此補述結合對象或調控結果。整體而言,來源支持的功能結論限於「可能參與轉錄調控」,其分子作用方式與生物學意義仍未由所提供資料進一步說明。
Promoter 與基因調控
>ZNF28 ENST00000457749 GRCh38 chr19:52821533-52822633 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTGAGGACTGATTAGTGTTTATCTTGAAAACATGTACTTAACGGGTTGCATAGAACAATGAAGTTTCTT TCTCTCTTTTCAACCTCTTAGCTGTTTGCCTCTATTTCCCAACACATTCTGGTCTAAGGCTTATTCATTA ATAGAATAGTTCTTATTTCTTCCTGTTTTGTCATGAAGATGATTTCTCATTTCGGGGAAGATTTTTTAGT TTTCAGTTGTATTTTCTCAACATTTAAAAAGCAAAGTAAAGAGTATTTCCTGGGCCAGGCACAGTGGCTC AGGCCTGTAATCCCAGCACTTGGGGAGGCCAAGGCAGTCGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCGAGACCAG CCTGTCCAACATGGCGAAATCCTGTCTCTACACAAAATACAAAAATTAACCGGGCATGGTGGGTGTGCCT GTAGTGCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCGCTTCAACCCAGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAG TCAAGATCTCGCCACTGCACTCCAGCCAGGGCGACAGAGAAATAGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG GGAAAAAGAAAAGAAAAAAATGTAAATAAAAAGGAGAAAGTAATAGATCTCTTTTACAAATGTGCTGGGA CAACTAACTGGATATCCACACGGAAAAGAGTAATGTTGTATCCCTGTCTCGCACAAGCAAATTTTTTTTT TATTATTTTTTTATTTTTTTATTTTTTTTTAGAGACGGAGTCTGGCTCTGTTGCCCAGGCTGGTGTGCAG TGGCTCGATCTCGGCCCAATGCAAGCTGTATCTCCCGGGTTCAAAAGCCTGAGAACATGGCCTGGGAGGA GGCTGAGACTCACAGGTCCCGCTCCGGCCCCGCCCTCTGCGGGTTCTAAAGGGCAAGGTCTCGCCGCTTC GCGCCCCGCCCACACCTCACCCGGGCCCCGCTCGCCTCCTCGTTGGCTCCACCCAGGCCTGGTTTCTGTC CTGCGCGCGCAGATTCGCGCAGACCAGGAAGCGGATCCCGTGGAATGACGGTGACGCCGCGGCGGGCGGT GAGTTTTGCTCTGTGTGGTGTTAAGTCTGAGCTTCCCAGGTCCCCGGCACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF28_1 ↗ | 19:52,821,633 | 負股 | 52,821,623–52,821,682 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_C78HZ · enhancer · 52820592–52821622 · regulatory
ENSR19_9QZ44 · promoter · 52821623–52821972 · regulatory
· motif · 52819851–52819866 · motif
· motif · 52819952–52819964 · motif
· motif · 52820439–52820450 · motif
· motif · 52821003–52821014 · motif
· motif · 52821621–52821632 · motif
· motif · 52821738–52821752 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:718 aa
Zinc finger protein 28 長 718 個胺基酸,N 端第 8–81 位為 KRAB 結構域。其後有 18 個 C2H2 型鋅指區域,分布於第 215–713 位;其中第 1、2、4 個被標註為退化型,其餘所列區域未標註退化。蛋白質屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF28 的細胞內定位註記為細胞核。 來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未描述不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGACCAGGAAGCGGATCCCGTGGAATGACGGTGACGCCGC40GGCGGGCGGATTGACTTCTAAAGAATCTTGGTACGTGAGG80AAGAAACCCAGAAGAGGAAGAGGAAAGCAAAGGAGTCAGG120GATGGCTCTTCCTCAGGGTCTATTGACATTCAGGGACGTG160GCCATAGAATTCTCTCAGGAGGAGTGGAAATGCCTGGACC200CTGCTCAGAGGACTCTTTACAGGGATGTGATGCTGGAGAA240TTATAGGAACCTGGTCTCCCTGGATATCTCTTCCAAATGC280ATGATGAAGACATTCTTCTCAACAGGGCAAGGCAATACAG320AAGCGTTCCACACAGGGACATTGCAAAGACAAGCAAGTCA360TCACATTGGAGATTTTTGCTTCCAGAAAATTGAGAAAGAC400ATTCATGGCTTCCAGTTTCAGTGGAAAGAAGATGAAACAA440ATGACCATGCAGCACCCATGACAGAAATCAAAGAGTTGAC480TGGTAGTACAGGCCAACATGATCAAAGGCATGCTGGAAAC520AAGCATATTAAAGATCAGCTTGGATTAAGCTTTCATTCGC560ATCTGCCTGAACTGCACATATTTCAGCCTGAAGGGAAAAT600TGGTAATCAAGTTGAGAAGTCTATCAACAATGCTTCCTCA640GTTTCAACATCCCAAAGAATTTGTTGTAGGCCCAAAACCC680ATATTTCTAATAAGTATGGAAATAATTCCCTCCATTCTTC720ATTACTCACACAAAAACGGAATGTACACATGAGAGAAAAA760TCTTTCCAATGTATTGAGAGTGGCAAATCCTTTAATTGTA800GCTCACTTTTAAAAAAACATCAGATAACCCACTTAGAAGA840GAAACAATGTAAATGTGATGTATATGGCAAGGTATTTAAT880CAGAAGCGATACCTTGCATGCCATCGTAGATCTCACATTG920ATGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGATCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。