基因總覽
ZNF277 是一種蛋白質編碼基因,其正式名稱為 zinc finger protein 277。其蛋白產物被認為可能是轉錄因子,與調節細胞衰老及控制 INK4A/ARF 轉錄有關。現有資料以可能的功能描述為主,並指出其抑制 INK4A/ARF 的作用或許透過 Polycomb group(PcG)複合體 PRC1 進行;這些描述不應視為已確立的作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000361822 ★ | 112,206,695–112,343,934 | 12 |
| ENST00000421864 | 112,206,695–112,356,519 | 12 |
| ENST00000421043 | 112,206,695–112,288,979 | 2 |
| ENST00000450657 | 112,206,695–112,330,474 | 7 |
| ENST00000869148 | 112,206,695–112,356,519 | 12 |
| ENST00000869149 | 112,206,695–112,356,519 | 10 |
| ENST00000913151 | 112,206,695–112,343,024 | 12 |
| ENST00000965706 | 112,206,695–112,356,519 | 10 |
| ENST00001143278 | 112,206,695–112,356,519 | 12 |
| ENST00000425229 | 112,206,698–112,336,164 | 5 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF277 被認為可能具有轉錄因子功能,並參與細胞衰老的調節。現有資料指出,它可能透過抑制腫瘤抑制基因 INK4A/ARF 的轉錄,影響與細胞衰老相關的調控;此處描述的是轉錄層級的抑制,而非對 INK4A/ARF 蛋白活性的直接作用。
ZNF277 對 INK4A/ARF 的轉錄抑制可能涉及 Polycomb group(PcG)複合體 PRC1。資料以「或許」描述這項關聯,因此不能據此認定 PRC1 是唯一途徑,也不能將 ZNF277 與 PRC1 的關係表述為已確證的直接作用機制。
目前來源將 ZNF277 的作用概括為可能調節細胞衰老,並連結至 INK4A/ARF 的轉錄抑制;未提供更多實驗情境或細節,故其具體作用條件與完整分子過程仍無法由這些資料確定。
Promoter 與基因調控
>ZNF277 ENST00000361822 GRCh38 chr7:112205695-112206795 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCGTTGCAGCTCCCTGTCGCTTTGGGGAAGAAGGGTAAGGAAGGAGAGAAACCCCATTCGCCTCCTCTT CCAACTTGACACACACACACACACACACACACACGCCCAGTCGCCACTCCAAACTCCGCAGGCAGAGCCC GAAGCTAGCGGGCCGGCCGCGCGCTCCCCCAAGCTGTCCCGGCGCTTCGGGAACCAGTGCGGGGCGCGCC GAGCAGGCGGTGCGGGGCGAGAGCCTGGTGCGCAGCCCTCTGCCTGGAGCTGGCTCGGCAAAGCCCCGTA CCAGCTGCGCGATGCCAGGATTAGGCATTTTCAACCGGGCGGAGCGAGAGGGGCGCGGGGGCAAGGACGA GAAATGCGCACTCGCTCGGGCCAGAGCAGAATAAAAGTTCGCCCCGCGGAGACTCACCCACGCCGTATTT CTCGTGCTCCGTAGGTATCCACATGGCTAAAGGGGCTCCGGGGTCTTCAGGCTTTGTAATCCCCGCGCCC CTTCTCCGGCTCACAACAATGCACAGTCCCCGAGCAGCGCTGCAGTGCCGGAGCCCAGCGGCTTCGCGCG GGCTGCGGGCGCTGGGCAGGATCTGCGCTGGAGGCTCCCGAGCCCAGCGTTGACACTGCGCCGCCCGCAG CTCTCCCGGCGGCGGCTGCTCACAGTCCTCCGACGCGCTCCCGGGTACCCGGCGGCGCAGTCATTGTTCT GATTCACTGAACTAAGCGAACACGCCGGGGCACTCTCCGGCGCACCCCCGCCCGCCAGCGCCTAGTCCAG CCCTCCCGTCCCAGGGCCCCGCAGCACGCTGGGAATTGTAGTTCTTGGCCTCCCCATCCCGGAAGTGGGC GCGGCAAATGTGGTTCGGGGCGGGGATTCAGTTTTACTGATTGCGTCCTATTGGTCCAGAGCGCGGCGTA GGTGTGGAGAAAACATTACGTCGACGGGGAGTTCGCCTCCAGTAGCGTTTCTACTGGTGCCACCCCGCCT CCGACCCGCCCTGCGGCCCTCCCTTTTCTTTTCTGCCGGGTAATGGCTGCTTCCAAGACCCAGGGGGCTG TCGCCCGAATGCAGGAAGACCGTGATGGGAGCTGCAGCACAGTCGGGGGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF277_2 ↗ | 7:112,205,529 | 正股 | 112,205,480–112,205,539 |
| ZNF277_1 ↗ | 7:112,206,702 | 正股 | 112,206,653–112,206,712 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_93MJFQ · enhancer · 112201402–112201854 · regulatory
ENSR7_93MJG6 · enhancer · 112202824–112203208 · regulatory
ENSR7_D7KBC · enhancer · 112204011–112206388 · regulatory
ENSR7_93MJH6 · promoter · 112206389–112206711 · regulatory
ENSR7_5ZDKRN · CTCF_binding_site · 112206519–112206540 · regulatory
ENSR7_CF5LS · enhancer · 112206712–112207796 · regulatory
ENSR7_93MJJM · enhancer · 112211409–112211813 · regulatory
· motif · 112205108–112205121 · motif
· motif · 112205578–112205587 · motif
· motif · 112206250–112206265 · motif
· motif · 112206439–112206449 · motif
· motif · 112206520–112206531 · motif
· motif · 112206520–112206531 · motif
· motif · 112206521–112206537 · motif
· motif · 112206522–112206531 · motif
· motif · 112206529–112206539 · motif
· motif · 112206533–112206550 · motif
· motif · 112206602–112206612 · motif
· motif · 112206666–112206676 · motif
· motif · 112206789–112206799 · motif
· motif · 112206824–112206834 · motif
· motif · 112206936–112206949 · motif
· motif · 112207221–112207228 · motif
· motif · 112207320–112207332 · motif
· motif · 112207672–112207687 · motif
· motif · 112207672–112207687 · motif
氧化壓力會下調 ZNF277。來源未提供此調控發生的條件或所涉及的分子機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:450 aa
ZNF277 蛋白長 450 個胺基酸,具有兩個 C2H2 型鋅指結構域:第一個位於第 224–248 個胺基酸,第二個位於第 355–381 個胺基酸。ZNF277 屬於 ZNF277 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未描述其定位隨條件改變的情形或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ZNF277 透過鋅指結構域與 RPS2(40S ribosomal protein S2)直接作用;這種作用位於核糖體之外,且可能發生於 RPS2 在轉譯過程中合成時。ZNF277 與 RPS2 的作用會與 RPS2 結合 PRMT3 相競爭。另有相似性推論指出,ZNF277 與 PcG 複合體蛋白 BMI1 作用,並可能與 BMI1、RNF2/RING2 組成複合體;後兩項關係屬推論,並非直接結合證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF277 可能是轉錄因子,參與細胞衰老的調節,並抑制腫瘤抑制基因 INK4A/ARF 的轉錄;此抑制作用或許透過 Polycomb group(PcG)複合體 PRC1 進行,機制仍帶有不確定性。 | 推論支持 | 證據與來源Probable transcription factor. Involved in modulation of cellular senescence; represses transcription of the tumor suppressor gene INK4A/ARF, perhaps acting via the Polycomb group (PcG) complex PRC1 |
| 交互作用 | ZNF277 透過鋅指結構域直接與 RPS2 作用,可能發生於 RPS2 在轉譯時新生的過程,且作用位於核糖體之外;此作用會與 PRMT3 結合 RPS2 相競爭。ZNF277 也與 BMI1 作用,並可能與 BMI1、RNF2/RING2 同處一個複合體,後兩項關係依相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via zinc-finger domains) with RPS2/40S ribosomal protein S2, perhaps as nascent RPS2 is synthesized during translation; the interaction is direct; the interaction is extra-ribosomal. Interaction with RPS2 competes with the binding of RPS2 to protein arginine methyltransferase PRMT3. Interacts with Polycomb group (PcG) complex protein BMI1 (By similarity). May be part of a complex including at least ZNF277, BMI1 and RNF2/RING2 (By similarity) PMID 30530495 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF277 的細胞內定位為細胞核。 | 推論支持 | |
| 調控 | 氧化壓力會使 ZNF277 的表現下調。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CCCTTTTCTTTTCTGCCGGGTAATGGCTGCTTCCAAGACC40CAGGGGGCTGTCGCCCGAATGCAGGAAGACCGTGATGGGA80GCTGCAGCACAGTCGGGGGTGTAGGTTATGGGGACAGTAA120GGATTGTATCCTGGAGCCGCTTTCCCTGCCAGAAAGTCCA160GGTGGCACCACCACTTTAGAAGGTTCTCCATCTGTGCCTT200GTATTTTCTGTGAAGAACATTTTCCTGTGGCTGAACAAGA240CAAACTTCTGAAGCACATGATTATTGAGCATAAGATTGTC280ATAGCTGATGTCAAGTTGGTTGCTGATTTCCAAAGGTACA320TTTTATATTGGAGGAAAAGGTTCACTGAACAGCCCATCAC360AGATTTTTGTAGTGTAATAAGAATTAATTCCACTGCTCCA400TTTGAAGAACAAGAGAATTATTTTTTGTTATGTGACGTTT440TACCAGAAGATAGAATTCTTAGAGAAGAGCTTCAGAAACA480GAGACTGAGAGAAATTCTGGAACAACAGCAGCAAGAACGA520AATGATACCAATTTTCATGGCGTTTGTATGTTTTGCAATG560AAGAATTCCTTGGAAACAGATCTGTTATTTTGAACCACAT600GGCCAGAGAACATGCTTTCAACATTGGATTGCCAGACAAC640ATTGTAAACTGCAATGAATTTTTGTGTACATTACAGAAAA680AGCTTGACAATTTGCAGTGCTTGTACTGTGAGAAGACCTT720CAGGGACAAAAATACACTTAAAGATCACATGAGGAAAAAA760CAGCATCGTAAGATTAATCCTAAGAACAGAGAATATGACA800GATTTTATGTCATCAATTATTTGGAACTTGGAAAATCGTG840GGAAGAAGTTCAGTTGGAAGATGATCGGGAGTTGCTGGAC880CATCAGGAAGATGACTGGTCTGATTGGGAAGAACACCCTG920CCTCTGCAGTCTGCTTATTTTGTGAAAAGCAAGCAGAAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。