演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF274ZKSCAN19

zinc finger protein 274

ZNF274(zinc finger protein 274)是 KRAB/SCAN 結構域與 C2H2 型鋅指蛋白,可能參與鋅指蛋白基因的轉錄抑制及染色質調控。

Homo sapiens19q13.43UniProt Q96GC6
OFFICIAL SYMBOL
ZNF274
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q96GC6
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF274 的正式名稱為 zinc finger protein 274,屬於蛋白質編碼基因;其產物屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。蛋白質全長 653 個胺基酸,具有兩個 KRAB 結構域、一個 SCAN box,以及五個 C2H2 型鋅指。這些結構特色構成其辨識基因區域並與染色質調控相關蛋白協同作用的基礎;資料將其主要角色描述為可能的轉錄抑制因子。其具體作用方式與相關染色質變化,見下方功能說明。

Official symbol
ZNF274
Gene name
zinc finger protein 274
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13068
UniProt
Q96GC6
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
ZKSCAN19ZSCAN51

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.43
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25ZNF274pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr19:58,183,029–58,215,964
Gene span
32,936 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000617501 ★58,183,061–58,213,5628
ENST0000042467958,183,029–58,215,9645
ENST0000095203458,183,029–58,215,9648
ENST0000093079758,183,029–58,215,9648
ENST0000034581358,183,029–58,215,9647
ENST0000093079858,183,029–58,215,9648
ENST0000093079958,183,029–58,215,9644
ENST0000093080158,183,029–58,215,9648
ENST0000095203558,183,029–58,215,9648
ENST0000093080058,183,029–58,215,9647
ENST0000103799358,183,029–58,215,9649
ENST0000111234358,183,029–58,215,9647

顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF274 被描述為可能的轉錄抑制因子。它會特異性結合鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端,並招募染色質修飾蛋白 SETDB1 與 TRIM28/KAP1;這類招募與轉錄抑制相關。此作用位置並非泛指所有基因區域,而是來源所述鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端。

另一項可能功能涉及 ZNF274、SETDB1 與 TRIM28 組成的複合體。這個複合體可能協助將 ATRX 招募至具有非典型染色質特徵的鋅指蛋白編碼基因 3′ 外顯子。來源將此描述為可能的作用,並未將其表述為已確立的普遍機制。

在這些轉錄活躍區域,複合體招募 ATRX 可能有助於建立、維持或保護 H3K9me3。因而,ZNF274 所參與的調控不只與轉錄抑制相關,也可能涉及特定基因區域的染色質標記狀態;但其影響受到基因區域及染色質特徵的限定,且來源以可能性描述相關作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 58183061 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF274 ENST00000617501 GRCh38 chr19:58182061-58183161 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAAGTTTAGCAGGCAGTGTACACGACCACCAGAGGGAGGCAGAGGGCTGCTGAGACCTGCCAGGAAATAT
CAAGAAAGAGGACACAGGGTCCTGAGCACTGAGAGAGATCATTAGGGCCCTCAGGTCCCAAGAAGACAAG
ACCATACTGGGACCTGGGACCTAAGGAAGATAAGAAAACACCAGATGTCGGTCCTTGAGGAAGCCAAGAG
AATACCTCCTTGTCCTGAGCTCCCAAGGAAGATGAGAGCACCCTGGGCCCAAGGATGGGTGGCACACACC
AGGTCCTGGACAGCTACAGACTTAGGTTTCCTCTCCCTAGACATGAGCACCTCAGCTTCCAGGAGCAAAC
TGGACCACAGGGGGACACTAGGCAGAGGATCCTGCTCCTCCTCCCCAATGCCTGGGGTACAGTTAGCCCT
GATCATCTCTCCAGAACTAGGGTAGACGTTTGGCCTCATTCCCATCACACTTGTGGTCCACCTAGTCTTC
CCTCCTTCCCCTTGCACACCCCTGACCTTCCTACTCCCTTCCTCTAATCCCCAGAACTAGGGTGGACGTT
TGGCCACGTTCCCATCACACTTCCGGTCCTCCGAGTTTCCCTCCCCTCCCTGACCTTGAGTGGACACTTG
GCCCTGTCCACCCTCACTTTCAGGCAGGACCCATCTCCCAGAAACATAAGTGCCGTCAGTCCCAACTCCT
GCACACTTCCGGCTCTCCCAGTCCTCCCCTTCTTTCTCGACTTTGAAACTGGTGGAACTTCAGTACCTCT
CCCCACTCCCCCCGCGACTTCCGTCTTCCAGTCCCCCTCCTTCCCCAAAAGTTGCGTGGACTCTAGCCCC
GCCTCCTACATTCTCCCCGCCCTCCCTGTCCCCGCCCCTCCACCCAGATGGACGGCCAGTTAGGCCCGCC
CCCTGCACTTCCGGCCCTACCCGCCCTTCCTCTTCCCAAGGGACGTCATAATTAATCCCGCCCCCACCGC
CACCCAACCAAGCATCACCCATTCCAGCACTTCCGGCCTGACCCCTGTCCAGCGCCTTTCCTTTCTCCAG
CTTCTGCTCTGCCCCAAGAGTGGTCGCCTTCGTGGCAGGGCACGACTCTCT
ZNF274 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF274_2 ↗19:58,183,061正股58,183,012–58,183,071
ZNF274_1 ↗19:58,183,421正股58,183,372–58,183,431
ZNF274_3 ↗19:58,202,144正股58,202,095–58,202,154

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_5HNHCJ · CTCF_binding_site · 58182082–58182103 · regulatory

ENSR19_5HNHD8 · CTCF_binding_site · 58182234–58182255 · regulatory

ENSR19_BFJQM · promoter · 58182539–58183097 · regulatory

ENSR19_83P73S · enhancer · 58183098–58183302 · regulatory

ENSR19_83P73X · promoter · 58183303–58183464 · regulatory

ENSR19_BFJQR · enhancer · 58183465–58184273 · regulatory

· motif · 58182084–58182100 · motif

· motif · 58182236–58182252 · motif

· motif · 58182638–58182647 · motif

· motif · 58182638–58182649 · motif

· motif · 58182638–58182649 · motif

· motif · 58182764–58182773 · motif

· motif · 58182764–58182775 · motif

· motif · 58182764–58182775 · motif

· motif · 58182846–58182857 · motif

· motif · 58182846–58182857 · motif

· motif · 58182976–58182985 · motif

· motif · 58182976–58182987 · motif

· motif · 58182976–58182987 · motif

· motif · 58183002–58183015 · motif

· motif · 58183002–58183015 · motif

· motif · 58183008–58183021 · motif

· motif · 58183008–58183021 · motif

· motif · 58183068–58183077 · motif

· motif · 58183068–58183079 · motif

· motif · 58183068–58183079 · motif

· motif · 58183078–58183085 · motif

· motif · 58183352–58183365 · motif

· motif · 58183529–58183540 · motif

· motif · 58183597–58183613 · motif

· motif · 58183665–58183674 · motif

· motif · 58183782–58183790 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:653 aa

1 aa653 aa結構域功能區域鋅指
依 Q96GC6 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ZNF274 蛋白質長 653 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其結構包含兩個 KRAB 結構域、一個 SCAN box,以及五個 C2H2 型鋅指;另有多段區域被註記為無序區。

結構域KRAB 114–85 aa
結構域SCAN box161–243 aa
結構域KRAB 2287–360 aa
鋅指C2H2-type 1507–529 aa
鋅指C2H2-type 2535–557 aa
鋅指C2H2-type 3563–585 aa
鋅指C2H2-type 4591–613 aa
鋅指C2H2-type 5619–641 aa
功能區域Disordered139–159 aa
功能區域Disordered339–359 aa
功能區域Disordered388–414 aa
功能區域Disordered448–485 aa
功能區域Disordered632–653 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q96GC6…

AlphaFold · Q96GC6

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Nucleus, nucleolus

ZNF274 的定位資料列出細胞質,以及細胞核中的核仁;來源未提供不同條件下的定位變化或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
ZKSCAN19ZNF274
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

ZNF274 與 SETDB1、TRIM28/KAP1 及 ATRX 有互作記錄;另有資料指出,ZNF274 可與 ATRX、SETDB1 和 TRIM28 形成複合體。這些描述支持蛋白質互作及複合體關係,不等同於單獨證明各成員間的功能因果。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF274 可能是轉錄抑制因子,會結合鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端並招募 SETDB1、TRIM28/KAP1,與轉錄抑制相關。含 SETDB1、TRIM28、ZNF274 的複合體也可能將 ATRX 招募至具有非典型染色質特徵的相關基因 3′ 外顯子,協助建立、維持或保護轉錄活躍區域的 H3K9me3。含實驗來源
證據與來源

Probable transcription repressor. Specifically binds to the 3'-end of zinc-finger coding genes and recruiting chromatin-modifying proteins such as SETDB1 and TRIM28/KAP1, leading to transcription repression. The SETDB1-TRIM28-ZNF274 complex may play a role in recruiting ATRX to the 3'-exons of zinc-finger coding genes with atypical chromatin signatures to establish or maintain/protect H3K9me3 at these transcriptionally active regions

PMID 10777669 ↗ · PMID 27029610 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ZNF274 與 SETDB1、TRIM28/KAP1 及 ATRX 有互作記錄;資料另指出 ZNF274 可與 ATRX、SETDB1 和 TRIM28 形成複合體。含實驗來源
證據與來源

Interacts with SETDB1 and TRIM28/KAP1. Interacts with ATRX. Forms a complex with ATRX, SETDB1 and TRIM28

PMID 21170338 ↗ · PMID 27029610 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF274 的細胞定位資料列出細胞質與細胞核核仁,未提供其他定位條件或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm; Nucleus, nucleolus

PMID 10777669 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000617501 · 2,808 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATTCCAGCACTTCCGGCCTGACCCCTGTCCAGCGCCTTTC40
41CTTTCTCCAGCTTCTGCTCTGCCCCAAGAGTGGTCGCCTT80
81CGTGGCAGGGCACGACTCTCTCCCAGCTCGGGTCGCCGCC120
121CACATTAGTGTGGGGCCCTGCGGCCTAGCGTCCCTCACCA160
161GAGGCCTCCCCTTGCCTAGCTGGACCGCCGAGGGACATCG200
201ACGAGTATCCTCCTCCTGCTGTCCCCGGCTTCGCCTGCCG240
241CCCCTAACCGGCCAGTCAAGATGGCCGCCGCTGGGTGAGG280
281CAAGCTGGCGCGCCGCGGGGGCGTCTGGGAGTTGTAGTTC320
321GGGACGGCGGGCTGACGCACTTCGCCGCCGGCCGACGGGC360
361GCCATTGTGCGGCGCGCGCCGGGACTCTGCCCACTTCCAC400
401CAGAGACACATTGAGAAGGAGGAAACTATGGCCTCCAGGC440
441TTCCGACGGCCTGGTCCTGTGAACCAGTGACCTTTGAAGA480
481TGTAACACTGGGTTTTACCCCGGAAGAGTGGGGACTGCTG520
521GACCTCAAACAGAAGTCCCTGTACAGGGAAGTGATGCTGG560
561AGAACTACAGGAACCTGGTCTCAGTGGAACATCAGCTTTC600
601CAAACCAGATGTGGTATCTCAGTTAGAGGAGGCAGAAGAT640
641TTCTGGCCAGTGGAGAGAGGAATTCCTCAAGACACCATTC680
681CAGAGTATCCTGAGCTCCAGCTGGACCCTAAATTGGATCC720
721TCTTCCTGCTGAGAGTCCCCTAATGAACATTGAGGTTGTT760
761GAGGTCCTCACACTGAACCAGGAGGTGGCTGGTCCCCGGA800
801ATGCCCAGATCCAGGCCCTATATGCTGAAGATGGAAGCCT840
841GAGTGCAGATGCCCCCAGTGAGCAGGTCCAACAGCAGGGC880
881AAGCATCCAGGTGACCCTGAGGCCGCGCGCCAGAGGTTCC920
921GGCAGTTCCGTTATAAGGACATGACAGGTCCCCGGGAGGC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。