基因總覽
ZNF274 的正式名稱為 zinc finger protein 274,屬於蛋白質編碼基因;其產物屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。蛋白質全長 653 個胺基酸,具有兩個 KRAB 結構域、一個 SCAN box,以及五個 C2H2 型鋅指。這些結構特色構成其辨識基因區域並與染色質調控相關蛋白協同作用的基礎;資料將其主要角色描述為可能的轉錄抑制因子。其具體作用方式與相關染色質變化,見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000617501 ★ | 58,183,061–58,213,562 | 8 |
| ENST00000424679 | 58,183,029–58,215,964 | 5 |
| ENST00000952034 | 58,183,029–58,215,964 | 8 |
| ENST00000930797 | 58,183,029–58,215,964 | 8 |
| ENST00000345813 | 58,183,029–58,215,964 | 7 |
| ENST00000930798 | 58,183,029–58,215,964 | 8 |
| ENST00000930799 | 58,183,029–58,215,964 | 4 |
| ENST00000930801 | 58,183,029–58,215,964 | 8 |
| ENST00000952035 | 58,183,029–58,215,964 | 8 |
| ENST00000930800 | 58,183,029–58,215,964 | 7 |
| ENST00001037993 | 58,183,029–58,215,964 | 9 |
| ENST00001112343 | 58,183,029–58,215,964 | 7 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF274 被描述為可能的轉錄抑制因子。它會特異性結合鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端,並招募染色質修飾蛋白 SETDB1 與 TRIM28/KAP1;這類招募與轉錄抑制相關。此作用位置並非泛指所有基因區域,而是來源所述鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端。
另一項可能功能涉及 ZNF274、SETDB1 與 TRIM28 組成的複合體。這個複合體可能協助將 ATRX 招募至具有非典型染色質特徵的鋅指蛋白編碼基因 3′ 外顯子。來源將此描述為可能的作用,並未將其表述為已確立的普遍機制。
在這些轉錄活躍區域,複合體招募 ATRX 可能有助於建立、維持或保護 H3K9me3。因而,ZNF274 所參與的調控不只與轉錄抑制相關,也可能涉及特定基因區域的染色質標記狀態;但其影響受到基因區域及染色質特徵的限定,且來源以可能性描述相關作用。
Promoter 與基因調控
>ZNF274 ENST00000617501 GRCh38 chr19:58182061-58183161 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAAGTTTAGCAGGCAGTGTACACGACCACCAGAGGGAGGCAGAGGGCTGCTGAGACCTGCCAGGAAATAT CAAGAAAGAGGACACAGGGTCCTGAGCACTGAGAGAGATCATTAGGGCCCTCAGGTCCCAAGAAGACAAG ACCATACTGGGACCTGGGACCTAAGGAAGATAAGAAAACACCAGATGTCGGTCCTTGAGGAAGCCAAGAG AATACCTCCTTGTCCTGAGCTCCCAAGGAAGATGAGAGCACCCTGGGCCCAAGGATGGGTGGCACACACC AGGTCCTGGACAGCTACAGACTTAGGTTTCCTCTCCCTAGACATGAGCACCTCAGCTTCCAGGAGCAAAC TGGACCACAGGGGGACACTAGGCAGAGGATCCTGCTCCTCCTCCCCAATGCCTGGGGTACAGTTAGCCCT GATCATCTCTCCAGAACTAGGGTAGACGTTTGGCCTCATTCCCATCACACTTGTGGTCCACCTAGTCTTC CCTCCTTCCCCTTGCACACCCCTGACCTTCCTACTCCCTTCCTCTAATCCCCAGAACTAGGGTGGACGTT TGGCCACGTTCCCATCACACTTCCGGTCCTCCGAGTTTCCCTCCCCTCCCTGACCTTGAGTGGACACTTG GCCCTGTCCACCCTCACTTTCAGGCAGGACCCATCTCCCAGAAACATAAGTGCCGTCAGTCCCAACTCCT GCACACTTCCGGCTCTCCCAGTCCTCCCCTTCTTTCTCGACTTTGAAACTGGTGGAACTTCAGTACCTCT CCCCACTCCCCCCGCGACTTCCGTCTTCCAGTCCCCCTCCTTCCCCAAAAGTTGCGTGGACTCTAGCCCC GCCTCCTACATTCTCCCCGCCCTCCCTGTCCCCGCCCCTCCACCCAGATGGACGGCCAGTTAGGCCCGCC CCCTGCACTTCCGGCCCTACCCGCCCTTCCTCTTCCCAAGGGACGTCATAATTAATCCCGCCCCCACCGC CACCCAACCAAGCATCACCCATTCCAGCACTTCCGGCCTGACCCCTGTCCAGCGCCTTTCCTTTCTCCAG CTTCTGCTCTGCCCCAAGAGTGGTCGCCTTCGTGGCAGGGCACGACTCTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF274_2 ↗ | 19:58,183,061 | 正股 | 58,183,012–58,183,071 |
| ZNF274_1 ↗ | 19:58,183,421 | 正股 | 58,183,372–58,183,431 |
| ZNF274_3 ↗ | 19:58,202,144 | 正股 | 58,202,095–58,202,154 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_5HNHCJ · CTCF_binding_site · 58182082–58182103 · regulatory
ENSR19_5HNHD8 · CTCF_binding_site · 58182234–58182255 · regulatory
ENSR19_BFJQM · promoter · 58182539–58183097 · regulatory
ENSR19_83P73S · enhancer · 58183098–58183302 · regulatory
ENSR19_83P73X · promoter · 58183303–58183464 · regulatory
ENSR19_BFJQR · enhancer · 58183465–58184273 · regulatory
· motif · 58182084–58182100 · motif
· motif · 58182236–58182252 · motif
· motif · 58182638–58182647 · motif
· motif · 58182638–58182649 · motif
· motif · 58182638–58182649 · motif
· motif · 58182764–58182773 · motif
· motif · 58182764–58182775 · motif
· motif · 58182764–58182775 · motif
· motif · 58182846–58182857 · motif
· motif · 58182846–58182857 · motif
· motif · 58182976–58182985 · motif
· motif · 58182976–58182987 · motif
· motif · 58182976–58182987 · motif
· motif · 58183002–58183015 · motif
· motif · 58183002–58183015 · motif
· motif · 58183008–58183021 · motif
· motif · 58183008–58183021 · motif
· motif · 58183068–58183077 · motif
· motif · 58183068–58183079 · motif
· motif · 58183068–58183079 · motif
· motif · 58183078–58183085 · motif
· motif · 58183352–58183365 · motif
· motif · 58183529–58183540 · motif
· motif · 58183597–58183613 · motif
· motif · 58183665–58183674 · motif
· motif · 58183782–58183790 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:653 aa
ZNF274 蛋白質長 653 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其結構包含兩個 KRAB 結構域、一個 SCAN box,以及五個 C2H2 型鋅指;另有多段區域被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF274 的定位資料列出細胞質,以及細胞核中的核仁;來源未提供不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ZNF274 與 SETDB1、TRIM28/KAP1 及 ATRX 有互作記錄;另有資料指出,ZNF274 可與 ATRX、SETDB1 和 TRIM28 形成複合體。這些描述支持蛋白質互作及複合體關係,不等同於單獨證明各成員間的功能因果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF274 可能是轉錄抑制因子,會結合鋅指蛋白編碼基因的 3′ 端並招募 SETDB1、TRIM28/KAP1,與轉錄抑制相關。含 SETDB1、TRIM28、ZNF274 的複合體也可能將 ATRX 招募至具有非典型染色質特徵的相關基因 3′ 外顯子,協助建立、維持或保護轉錄活躍區域的 H3K9me3。 | 含實驗來源 | 證據與來源Probable transcription repressor. Specifically binds to the 3'-end of zinc-finger coding genes and recruiting chromatin-modifying proteins such as SETDB1 and TRIM28/KAP1, leading to transcription repression. The SETDB1-TRIM28-ZNF274 complex may play a role in recruiting ATRX to the 3'-exons of zinc-finger coding genes with atypical chromatin signatures to establish or maintain/protect H3K9me3 at these transcriptionally active regions PMID 10777669 ↗ · PMID 27029610 ↗ |
| 交互作用 | ZNF274 與 SETDB1、TRIM28/KAP1 及 ATRX 有互作記錄;資料另指出 ZNF274 可與 ATRX、SETDB1 和 TRIM28 形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with SETDB1 and TRIM28/KAP1. Interacts with ATRX. Forms a complex with ATRX, SETDB1 and TRIM28 PMID 21170338 ↗ · PMID 27029610 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF274 的細胞定位資料列出細胞質與細胞核核仁,未提供其他定位條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATTCCAGCACTTCCGGCCTGACCCCTGTCCAGCGCCTTTC40CTTTCTCCAGCTTCTGCTCTGCCCCAAGAGTGGTCGCCTT80CGTGGCAGGGCACGACTCTCTCCCAGCTCGGGTCGCCGCC120CACATTAGTGTGGGGCCCTGCGGCCTAGCGTCCCTCACCA160GAGGCCTCCCCTTGCCTAGCTGGACCGCCGAGGGACATCG200ACGAGTATCCTCCTCCTGCTGTCCCCGGCTTCGCCTGCCG240CCCCTAACCGGCCAGTCAAGATGGCCGCCGCTGGGTGAGG280CAAGCTGGCGCGCCGCGGGGGCGTCTGGGAGTTGTAGTTC320GGGACGGCGGGCTGACGCACTTCGCCGCCGGCCGACGGGC360GCCATTGTGCGGCGCGCGCCGGGACTCTGCCCACTTCCAC400CAGAGACACATTGAGAAGGAGGAAACTATGGCCTCCAGGC440TTCCGACGGCCTGGTCCTGTGAACCAGTGACCTTTGAAGA480TGTAACACTGGGTTTTACCCCGGAAGAGTGGGGACTGCTG520GACCTCAAACAGAAGTCCCTGTACAGGGAAGTGATGCTGG560AGAACTACAGGAACCTGGTCTCAGTGGAACATCAGCTTTC600CAAACCAGATGTGGTATCTCAGTTAGAGGAGGCAGAAGAT640TTCTGGCCAGTGGAGAGAGGAATTCCTCAAGACACCATTC680CAGAGTATCCTGAGCTCCAGCTGGACCCTAAATTGGATCC720TCTTCCTGCTGAGAGTCCCCTAATGAACATTGAGGTTGTT760GAGGTCCTCACACTGAACCAGGAGGTGGCTGGTCCCCGGA800ATGCCCAGATCCAGGCCCTATATGCTGAAGATGGAAGCCT840GAGTGCAGATGCCCCCAGTGAGCAGGTCCAACAGCAGGGC880AAGCATCCAGGTGACCCTGAGGCCGCGCGCCAGAGGTTCC920GGCAGTTCCGTTATAAGGACATGACAGGTCCCCGGGAGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。