基因總覽
ZNF268 是一個蛋白質編碼基因,其產物為 zinc finger protein 268,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。來源將其描述為轉錄抑制因子,並指出它參與多種生物學情境,包括紅系分化、腫瘤細胞增殖,以及抗病毒干擾素訊號的調節。這些資料呈現 ZNF268 在轉錄調控與訊號相關過程中的不同角色;各作用的具體機制與條件則分別見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000536435 ★ | 133,181,495–133,214,832 | 6 |
| ENST00000416488 | 133,181,409–133,193,537 | 6 |
| ENST00000228289 | 133,181,474–133,214,832 | 6 |
| ENST00000885506 | 133,181,474–133,214,832 | 5 |
| ENST00000937514 | 133,181,474–133,214,832 | 6 |
| ENST00000995336 | 133,181,474–133,214,832 | 7 |
| ENST00000541211 | 133,181,495–133,214,832 | 5 |
| ENST00000539248 | 133,181,495–133,214,832 | 4 |
| ENST00000542711 | 133,181,495–133,214,832 | 4 |
| ENST00000536899 | 133,181,495–133,214,832 | 3 |
| ENST00000542986 | 133,181,495–133,214,832 | 7 |
| ENST00000541009 | 133,181,495–133,214,832 | 7 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF268 被描述為轉錄抑制因子,並與紅系分化及腫瘤細胞增殖的抑制相關。來源也指出,它在卵巢癌的發展與進程中具有作用,但未進一步說明其具體機制或作用方向,因此不宜據此推論更詳細的腫瘤調控途徑。
在子宮頸癌發生方面,ZNF268 被認為部分透過 TNF 誘導的 NF-kappa-B 訊號途徑產生影響。此關聯涉及與 I-kappa-B-kinase(IKK)核心複合體的互作;資料指出這是其促成子宮頸癌發生的部分途徑,並未將此作用描述為唯一機制。
ZNF268 也參與抗病毒干擾素訊號調節。在病毒感染期間,它會招募 SETD4 至 TBK1,促使 TBK1 發生單甲基化。來源指出,此修飾對 TBK1 複合體組裝及 IRF3 訊號傳遞至關重要,將 ZNF268 的作用連結至感染情境下的訊號調節。這項機制的描述限定於病毒感染期間,不能概括為所有條件下的作用。
Promoter 與基因調控
>ZNF268 ENST00000536435 GRCh38 chr12:133180495-133181595 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GACTCAAAAGGTGTGGGGGGGTTTCAGGGATAATCATAAATTACCTGACTGGTACAATGCATATAACGTA CTATAGGGCGTGGATACCTTAAAAGCCTTGACATCACCACTACACAACTGATGCATGTAACAAAATTACA CTTGTACCTCATAAATTTATAAAAGTTTTTAAAAGCCAAAAACAAAAGAATTCTAGAAAACTTGTATCTG CCTCTGTGAATGTCACCTCTTCCCAATACTTAAGATCAATAATGATTAGTGGATATTTTCCGTTGGTGCA AAAGTAAGTAATTGCGGCTTTTGCCATTAAAGTAAACCAATATTTTCCAACTGGCCAATACATGATGTTA CGAAATCATGCGTGATAAAAGAATCCATTCAAAGTGCAGTGTAGACCAACGGATTTTATGTAATAGAGTA GAAAAAGTTCATCTACGTGGTTTCAGATTGTACACTAACAAAACTATCCCTTGTTCGACTTGTATCTTTA TATACTTTAACAAAAACAACATACGCAACAGATTAAACATAGAAGCAGATATGAGAATCCAGCTTTCTAG TAAGTCAGAAAAGACTTAAAAAGCGAAGCCACTCCTTACTAAATTTTTTCTTTTGTAAAATATATGTAAT TTTCATTAAAATATTATTTATGTTAACATGTAATGGGAATTTTACGAATCTGTTATTAAAGTGTAAAGCA AAATAAGACTTTTACCATTTCAGTAAAGCAGGGACTAGAACACTTGTAACCTAATTTACATCCCTCCAAC CGTTGAGCCATTGGTGTCAAGTATTTTAATTCTCTTTAAAATTTAAAACCTGCAAGCGCGGGAGCTCAGG GACCTGGCCAGGAAGGCCTGAGCTTCCGGGTCATCTTAGCACGCCCCCTCCCGGTGGCCCTTGGCCGGAG CCCTCCGGCGCGGGAGTAACTCCTCGCAGAGGCCTCTGGGAGTTGTAGTTTTTTTGCCTTTGCCTCTCCA TGACGCAATTCCTGTGCGACATACGTAGCGGCCGCCATTGTTCCGCGCCGATGGCGAGATCCTTGTTCCT CAGATAGCGTTCATCGCCCGTCGTGGTCAACGGGCCAGCCGAGTCTGGAGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF268_1 ↗ | 12:133,181,495 | 正股 | 133,181,446–133,181,505 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_BZFM5 · promoter · 133180966–133181630 · regulatory
ENSR12_536BRBG · CTCF_binding_site · 133181372–133181393 · regulatory
ENSR12_536BRCH · CTCF_binding_site · 133181597–133181618 · regulatory
· motif · 133180841–133180850 · motif
· motif · 133181355–133181364 · motif
· motif · 133181355–133181366 · motif
· motif · 133181355–133181366 · motif
· motif · 133181374–133181390 · motif
· motif · 133181474–133181483 · motif
· motif · 133181504–133181514 · motif
· motif · 133181567–133181582 · motif
· motif · 133181599–133181615 · motif
· motif · 133181680–133181689 · motif
ZNF268 在紅系分化期間受 GATA1 下調;HTLV-1 Tax 亦可透過 CREB/ATF pathway 下調其表現。相對地,UPF1 與 cyclic AMP-dependent transcription factor ATF4 可上調 ZNF268。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:947 aa
zinc finger protein 268 長 947 個胺基酸,具有位於第 81–152 位的 KRAB domain,並包含 24 個連續排列的 C2H2-type zinc finger,範圍由第 276–298 位延伸至第 920–942 位。此蛋白質屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform 1 位於細胞核;Isoform 2 則可見於細胞核與細胞質。 靜息條件下,細胞質中的 ZNF268 會被自噬體降解,因此蛋白質表現量偏低;病毒感染期間則會在細胞質累積。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ZNF268 透過 KRAB domain 與 TRIM28 的 RBCC domain 互作,此互作會提高 ZNF268 的核定位活性。Isoform 2 可與 CHUK 和 IKBKB 互作,且此互作在 TNF 依賴性條件下增強。ZNF268 也與 TOLLIP 互作;ZNF268 在 Ser-178 的磷酸化會削弱此互作。此外,ZNF268、TBK1 與 SETD4 形成三元複合體,且 SETD4 與 TBK1 的互作依賴 ZNF268。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF268 具有轉錄抑制作用,並抑制紅系分化與腫瘤細胞增殖;此外,它也參與卵巢癌的發展與進程,但來源未提供此部分的具體作用機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Acts as a transcriptional repressor. Inhibits erythroid differentiation and tumor cell proliferation. Plays a role during ovarian cancer development and progression |
| 功能 | ZNF268 部分透過 TNF 誘導的 NF-kappa-B 訊號途徑促成子宮頸癌發生;此作用涉及它與 I-kappa-B-kinase(IKK)核心複合體互作,來源未指出這是唯一途徑。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Contributes to cervical carcinogenesis in part through the TNF-induced NF-kappa-B signaling pathway by interacting with the I-kappa-B-kinase (IKK) core complex |
| 功能 | ZNF268 參與抗病毒干擾素訊號調節;病毒感染期間,它招募 SETD4 至 TBK1,促使 TBK1 單甲基化。此修飾對 TBK1 複合體組裝及 IRF3 訊號傳遞至關重要。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in the regulation of antiviral interferon signaling. During viral infection, recruits SETD4 to TBK1, leading to TBK1 monomethylation, which is critical for the assembly of TBK1 complex and IRF3 signaling PMID 37926288 ↗ |
| 交互作用 | ZNF268 透過 KRAB domain 與 TRIM28 的 RBCC domain 互作,並提高其核定位活性。Isoform 2 與 CHUK、IKBKB 的互作會受 TNF 增強;Ser-178 磷酸化會削弱與 TOLLIP 的互作。ZNF268 亦與 TBK1、SETD4 形成三元複合體,SETD4 和 TBK1 的互作依賴 ZNF268。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via the KRAB domain) with TRIM28 (via the RBCC domain); the interaction increases ZNF268 nuclear localization activity. Isoform 2 interacts with CHUK and IKBKB; the interaction is further increased in a TNF-dependent manner. Interacts with TOLLIP; this interaction is impaired by ZNF268 phosphorylation at Ser-178. Forms a ternary complex with TBK1 and SETD4; the interaction between SETD4 and TBK1 is ZNF268-dependent and leads to TBK1 monomethylation PMID 23091055 ↗ · PMID 23665872 ↗ · PMID 37926288 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF268 的 Isoform 1 位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZNF268 的 Isoform 2 可定位於細胞核與細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ZNF268 位於細胞質;靜息條件下會被細胞質中的自噬體降解,造成蛋白質表現量偏低。病毒感染期間,ZNF268 則會在細胞質累積。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Under resting conditions, degraded by autophagosomes in the cytosol, resulting in low expression at the protein level. Accumulates in the cytoplasm during viral infection PMID 37926288 ↗ |
| 調控 | 紅系分化期間,GATA1 會下調 ZNF268;HTLV-1 Tax 也會透過 CREB/ATF pathway 下調其表現。UPF1 與 cyclic AMP-dependent transcription factor ATF4 則會上調 ZNF268。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulated during erythroid differentiation by GATA1. Down-regulated by HTLV-1 Tax through the CREB/ATF pathway. Up-regulated by the regulator of nonsense transcript UPF1. Up-regulated by the cyclic AMP-dependent transcription factor ATF4 PMID 16787922 ↗ · PMID 18375384 ↗ · PMID 18774934 ↗ · PMID 22235304 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATACGTAGCGGCCGCCATTGTTCCGCGCCGATGGCGAGAT40CCTTGTTCCTCAGATAGCGTTCATCGCCCGTCGTGGTCAA80CGGGCCAGCCGAGTCTGGAGTGGTTGCGAACCCTTCTGGC120TGCAGATCTGGAGGTGGAGGCAGTACCCTGGACTCTATTC160TGCTGCCCCTTCAGGGTTTGGAGGAGCCGGAGCATCCCTC200GCGTCCTGTCACTTCCAGCGAGGCACACAAAACTGACCGT240AGGGATGGCCACCAGGGTCCGGACAGCTTCTATTTGGGTC280CCACCTCTCCAAGAACGAAACAGTTCATGGGATAGGATCA320GAAAGCTCCAAGGTCAGGAATCCATCTTGGGCCAAGGGAC360TCCTGGTCTGCAACCTCTCCCTGGAACACCCAGGCAGAAG400CAGAAGAGTCGCAGAATAGAGAAAGTCCTAGAGTGGCTGT440TTATTTCCCAAGAGCAGCCAAAAATCACCAAGTCCTGGGG480ACCTTTGTCATTCATGGATGTGTTTGTGGATTTTACCTGG520GAGGAGTGGCAGCTGCTAGACCCAGCACAGAAGTGCCTGT560ACAGGAGTGTGATGTTGGAGAACTATAGCAACCTGGTGTC600CCTAGGGTACCAACACACCAAACCTGATATCATCTTCAAG640TTGGAACAAGGAGAAGAGCTGTGTATGGTGCAGGCCCAAG680TTCCAAATCAGACCTGTCCAAACACAGTCTGGAAAATTGA720TGATCTTATGGATTGGCATCAGGAAAATAAAGACAAGCTG760GGAAGTACGGCAAAAAGCTTTGAATGCACTACATTTGGAA800AACTATGTCTTCTTAGTACAAAGTATCTTTCAAGACAAAA840ACCTCATAAATGTGGCACGCATGGAAAGAGTTTGAAATAT880ATAGATTTCACTAGTGATTATGCTAGAAATAATCCTAATG920GGTTTCAGGTACATGGAAAATCATTCTTCCATTCTAAACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。