基因總覽
ZNF256 是一種蛋白質編碼基因,產物為 627 個胺基酸的 zinc finger protein 256,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質具有 N 端 KRAB 結構域,並含有多個 C2H2 型鋅指;序列中另有一段被註記為無序區。這些結構特色構成其家族與蛋白質組成的基本資訊。來源將 ZNF256 的產物描述為轉錄抑制因子,並指出其活性與 TRIM28 有關;更具體的功能條件見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282308 ★ | 57,940,833–57,947,706 | 3 |
| ENST00000598928 | 57,939,738–57,947,715 | 2 |
| ENST00001141533 | 57,939,738–57,947,715 | 3 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
zinc finger protein 256 是轉錄抑制因子,來源指出它參與細胞增殖。這表示其已知功能涵蓋基因轉錄調節與細胞增殖相關過程,但目前提供的資料並未說明它抑制哪些基因,也沒有指出其對增殖造成的具體方向或效應,因此不宜進一步推定特定的細胞反應或分子途徑。
其轉錄抑制活性需要 TRIM28。換言之,來源所述的抑制功能並非單由 zinc finger protein 256 即可概括,而有 TRIM28 參與的條件;資料未交代兩者如何協同作用、是否直接形成特定複合體,或 TRIM28 在此功能中的具體分子步驟。因此,現有資訊支持的是活性依賴 TRIM28,而不是更細節的機制描述。
由於它同時被描述為參與細胞增殖,轉錄抑制作用與增殖過程之間可能具有功能上的關聯;然而,來源沒有指出調控對象、細胞類型、實驗條件或增殖變化的方向,故無法據此判定哪些轉錄事件連結到該生物學過程。可確定的範圍是:zinc finger protein 256 具有轉錄抑制功能,參與細胞增殖,且其活性需要 TRIM28。
Promoter 與基因調控
>ZNF256 ENST00000282308 GRCh38 chr19:57947606-57948706 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCATGGAGAAAGTGAGATTAGATTCATGCAAGTGTTGCTTAGTGAATTGGACACAATGTTTGACTACACA GGCACGAGAGGGACCCAGAGACAGGGATCTACTTATGTCCTGCTGCTGCAGGGTGCCTCCGCATCCCACC TTCATCCTCTTTGTCATGAACCTGTGTGGAGTGTTTTTTTTCTTGTCCCTAATCAAACATACAGAGACTG AGAAAACTGACTCCAGTGCTTGAGTGCATGCGTTTGAATTGCAACATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTTGAGACAGTGGCTCGCTCTTTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCAC TGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCTATTTTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGGACTACAGGC GCCCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTTTGTATTTTAGAGAC GGGGTTTCGCTGAGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGACCTCCCA AAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCGCAACATAGTCATATTTATTTGCTTTCTCAA CCAGTGGATATATTTTGTGACTGACTGACTGTATGTAATAATATGTGCATCTGGATATGTGCCTCTGGGA ACACATGAAATGACACGTCTCCAAACAAACACTGGCAGACAGCAATCGGTAGAAACCTGGGTACGTCTCC TTTAAGAAAGAACGAAGCCTCGCCTCCGCCCCAACCTGGAGTGTCCATTTCCCAGCGCCCCCTACAGGGG TTTGGCCTTTACTTCCGGAAGGAGGTGGAGGCGACCCTCACTCTCCCGCCGTGCGCCTGTGGGAACATTA CCCAGAATGGCCTGCGTTGGGCGACGGCGACCTTCAGCCAATGAGGCCTCCGAAAGGTGGTGTTTCCGTA AGCGCACGCGCGGTCGCGGCGGGACTTCCGTTGTCCTCCTTGTGGCGGTCGTTTTGGCATTTGTCTGGAC TGATTACTTGGTAGAAAGCCCCGGAGCGCTGGGTCAGCATCATCCGTGACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF256_1 ↗ | 19:57,947,706 | 負股 | 57,947,696–57,947,755 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BFHHK · enhancer · 57946942–57947664 · regulatory
ENSR19_9T22C · promoter · 57947665–57948147 · regulatory
ENSR19_5HM26K · CTCF_binding_site · 57947731–57947752 · regulatory
ENSR19_5HM277 · CTCF_binding_site · 57947865–57947886 · regulatory
· motif · 57947613–57947624 · motif
· motif · 57947715–57947726 · motif
· motif · 57947715–57947726 · motif
· motif · 57947733–57947749 · motif
· motif · 57947846–57947857 · motif
· motif · 57947846–57947857 · motif
· motif · 57947848–57947857 · motif
· motif · 57947867–57947883 · motif
來源將 GDNF(glial cell line-derived neurotrophic factor)列為與 ZNF256 調控相關的因素,但未提供調控方向、作用條件或具體機制,因此無法判定其如何影響 ZNF256。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:627 aa
zinc finger protein 256 全長 627 個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其 N 端含 KRAB 結構域(第 14–96 位),另有 15 個 C2H2 型鋅指,分布於第 90–625 位。第 55–76 位被註記為無序區;此處為序列特徵註解,並未提供其對功能的具體影響。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 256 定位於細胞核。 來源沒有提供其在不同條件下的位置變化、異構型差異或定位動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
來源記載 ZNF256 與 TRIM28 互作,並指出 ZNF256 的轉錄抑制活性需要 TRIM28。資料未進一步說明兩者是否直接結合或形成特定複合體,也未提供互作的分子細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | zinc finger protein 256 是轉錄抑制因子,參與細胞增殖;其轉錄抑制活性需要 TRIM28。來源未說明受抑制的基因、增殖效應的方向,或 TRIM28 參與的具體機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional repressor that plays a role in cell proliferation. Requires TRIM28 for its activity PMID 18060868 ↗ |
| 交互作用 | ZNF256 與 TRIM28 有互作;此敘述未交代互作是否為直接結合,也未說明其形成的分子組成或作用條件。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | zinc finger protein 256 定位於細胞核;來源未提供其他細胞位置、條件差異或定位動態。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | GDNF(glial cell line-derived neurotrophic factor)與 ZNF256 的調控相關;來源未說明調控方向、發生條件或分子機制。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GGGACTTCCGTTGTCCTCCTTGTGGCGGTCGTTTTGGCAT40TTGTCTGGACTGATTACTTGGTAGAAAGCCCCGGAGCGCT80GGGTCAGCATCATCCGTGACTGACTGAGAAGGCGCGAGAG120GAGTCTTCCCCGCTGCACAGAGGCGTGGCTGAGGCTCGGC160GGCGCCCAGGGTACCCAGGCCCGGCCCGGAATAAGGACAT200CCTCTCTGGCCCCGCTCCGCTCACAGAGTCAGATGGCGGC240GGCCGAGCTGACGGCCCCGGCCCAGGGCATTGTGACCTTT280GAGGACGTGGCTGTTTACTTCTCCTGGAAGGAGTGGGGTC320TTCTTGATGAGGCTCAGAAATGCCTGTACCACGATGTGAT360GCTGGAGAACTTGACACTTACAACCTCCCTGGGTGGTTCT400GGAGCAGGGGATGAGGAGGCACCTTATCAGCAGAGCACTT440CTCCACAGCGGGTGTCACAGGTTAGGATTCCTAAGGCCCT480TCCTTCTCCCCAGAAGACCAACCCCTGTGAGATATGTGGC520CCAGTCTTGAGACAGATTTTGCACTTGGTTGAACACCAAG560GAACACACCATGGTCAGAAACTGTATACAGACGGGGCATG600TAGGAAACAATTACAATTTACTGCATACCTTCATCAGCAC640CAGAAGCAGCATGTTGGACAGAAACACTTCAGAAGCAATG680GGGGCAGAGACATGTTTTTGAGCAGCTGCACATTTGAAGT720ATCTGGGAAGCCCTTCACTTGCAAGGAGGTTGGGAAGGAT760TTCCTGGTGAGATCAAGATTTCTTCAGCAACAGGCTGCTC800ACACCAGAAAGAAGTCAAACAGAACCAAGAGTGCAGTGGC840CTTTCACAGTGTAAAAAATCATTACAACTGGGGAGAATGT880GTGAAAGCTTTCAGCTACAAACATGTACGTGTTCAGCACC920AGGGAGACCTCATTAGGGAAAGATCTTACATGTGCAGTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。