演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF256BMZF-3

zinc finger protein 256

ZNF256(zinc finger protein 256)是 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族成員,具有轉錄抑制功能,並參與細胞增殖;其活性需要 TRIM28。

Homo sapiens19q13.43UniProt Q9Y2P7
OFFICIAL SYMBOL
ZNF256
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9Y2P7
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF256 是一種蛋白質編碼基因,產物為 627 個胺基酸的 zinc finger protein 256,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質具有 N 端 KRAB 結構域,並含有多個 C2H2 型鋅指;序列中另有一段被註記為無序區。這些結構特色構成其家族與蛋白質組成的基本資訊。來源將 ZNF256 的產物描述為轉錄抑制因子,並指出其活性與 TRIM28 有關;更具體的功能條件見功能段落。

Official symbol
ZNF256
Gene name
zinc finger protein 256
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13049
UniProt
Q9Y2P7
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BMZF-3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.43
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25ZNF256pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:57,939,738–57,947,715
Gene span
7,978 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000282308 ★57,940,833–57,947,7063
ENST0000059892857,939,738–57,947,7152
ENST0000114153357,939,738–57,947,7153

顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

zinc finger protein 256 是轉錄抑制因子,來源指出它參與細胞增殖。這表示其已知功能涵蓋基因轉錄調節與細胞增殖相關過程,但目前提供的資料並未說明它抑制哪些基因,也沒有指出其對增殖造成的具體方向或效應,因此不宜進一步推定特定的細胞反應或分子途徑。

其轉錄抑制活性需要 TRIM28。換言之,來源所述的抑制功能並非單由 zinc finger protein 256 即可概括,而有 TRIM28 參與的條件;資料未交代兩者如何協同作用、是否直接形成特定複合體,或 TRIM28 在此功能中的具體分子步驟。因此,現有資訊支持的是活性依賴 TRIM28,而不是更細節的機制描述。

由於它同時被描述為參與細胞增殖,轉錄抑制作用與增殖過程之間可能具有功能上的關聯;然而,來源沒有指出調控對象、細胞類型、實驗條件或增殖變化的方向,故無法據此判定哪些轉錄事件連結到該生物學過程。可確定的範圍是:zinc finger protein 256 具有轉錄抑制功能,參與細胞增殖,且其活性需要 TRIM28。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 57947706 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF256 ENST00000282308 GRCh38 chr19:57947606-57948706 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCATGGAGAAAGTGAGATTAGATTCATGCAAGTGTTGCTTAGTGAATTGGACACAATGTTTGACTACACA
GGCACGAGAGGGACCCAGAGACAGGGATCTACTTATGTCCTGCTGCTGCAGGGTGCCTCCGCATCCCACC
TTCATCCTCTTTGTCATGAACCTGTGTGGAGTGTTTTTTTTCTTGTCCCTAATCAAACATACAGAGACTG
AGAAAACTGACTCCAGTGCTTGAGTGCATGCGTTTGAATTGCAACATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTGAGACAGTGGCTCGCTCTTTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCAC
TGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCTATTTTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGGACTACAGGC
GCCCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTTTGTATTTTAGAGAC
GGGGTTTCGCTGAGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGACCTCCCA
AAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCGCAACATAGTCATATTTATTTGCTTTCTCAA
CCAGTGGATATATTTTGTGACTGACTGACTGTATGTAATAATATGTGCATCTGGATATGTGCCTCTGGGA
ACACATGAAATGACACGTCTCCAAACAAACACTGGCAGACAGCAATCGGTAGAAACCTGGGTACGTCTCC
TTTAAGAAAGAACGAAGCCTCGCCTCCGCCCCAACCTGGAGTGTCCATTTCCCAGCGCCCCCTACAGGGG
TTTGGCCTTTACTTCCGGAAGGAGGTGGAGGCGACCCTCACTCTCCCGCCGTGCGCCTGTGGGAACATTA
CCCAGAATGGCCTGCGTTGGGCGACGGCGACCTTCAGCCAATGAGGCCTCCGAAAGGTGGTGTTTCCGTA
AGCGCACGCGCGGTCGCGGCGGGACTTCCGTTGTCCTCCTTGTGGCGGTCGTTTTGGCATTTGTCTGGAC
TGATTACTTGGTAGAAAGCCCCGGAGCGCTGGGTCAGCATCATCCGTGACT
ZNF256 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF256_1 ↗19:57,947,706負股57,947,696–57,947,755

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_BFHHK · enhancer · 57946942–57947664 · regulatory

ENSR19_9T22C · promoter · 57947665–57948147 · regulatory

ENSR19_5HM26K · CTCF_binding_site · 57947731–57947752 · regulatory

ENSR19_5HM277 · CTCF_binding_site · 57947865–57947886 · regulatory

· motif · 57947613–57947624 · motif

· motif · 57947715–57947726 · motif

· motif · 57947715–57947726 · motif

· motif · 57947733–57947749 · motif

· motif · 57947846–57947857 · motif

· motif · 57947846–57947857 · motif

· motif · 57947848–57947857 · motif

· motif · 57947867–57947883 · motif

來源將 GDNF(glial cell line-derived neurotrophic factor)列為與 ZNF256 調控相關的因素,但未提供調控方向、作用條件或具體機制,因此無法判定其如何影響 ZNF256。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:627 aa

1 aa627 aa結構域功能區域鋅指
依 Q9Y2P7 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

zinc finger protein 256 全長 627 個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其 N 端含 KRAB 結構域(第 14–96 位),另有 15 個 C2H2 型鋅指,分布於第 90–625 位。第 55–76 位被註記為無序區;此處為序列特徵註解,並未提供其對功能的具體影響。

結構域KRAB14–96 aa
鋅指C2H2-type 190–112 aa
鋅指C2H2-type 2239–261 aa
鋅指C2H2-type 3267–289 aa
鋅指C2H2-type 4295–317 aa
鋅指C2H2-type 5323–345 aa
鋅指C2H2-type 6351–373 aa
鋅指C2H2-type 7379–401 aa
鋅指C2H2-type 8407–429 aa
鋅指C2H2-type 9435–457 aa
鋅指C2H2-type 10463–485 aa
鋅指C2H2-type 11491–513 aa
鋅指C2H2-type 12519–541 aa
鋅指C2H2-type 13547–569 aa
鋅指C2H2-type 14575–597 aa
鋅指C2H2-type 15603–625 aa
功能區域Disordered55–76 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9Y2P7…

AlphaFold · Q9Y2P7

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

zinc finger protein 256 定位於細胞核。 來源沒有提供其在不同條件下的位置變化、異構型差異或定位動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
BMZF-3ZNF256KRTAP10-7
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

來源記載 ZNF256 與 TRIM28 互作,並指出 ZNF256 的轉錄抑制活性需要 TRIM28。資料未進一步說明兩者是否直接結合或形成特定複合體,也未提供互作的分子細節。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能zinc finger protein 256 是轉錄抑制因子,參與細胞增殖;其轉錄抑制活性需要 TRIM28。來源未說明受抑制的基因、增殖效應的方向,或 TRIM28 參與的具體機制。含實驗來源
證據與來源

Transcriptional repressor that plays a role in cell proliferation. Requires TRIM28 for its activity

PMID 18060868 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ZNF256 與 TRIM28 有互作;此敘述未交代互作是否為直接結合,也未說明其形成的分子組成或作用條件。含實驗來源
證據與來源

Interacts with TRIM28

PMID 18060868 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位zinc finger protein 256 定位於細胞核;來源未提供其他細胞位置、條件差異或定位動態。含實驗來源
證據與來源

Nucleus

PMID 18060868 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

調控GDNF(glial cell line-derived neurotrophic factor)與 ZNF256 的調控相關;來源未說明調控方向、發生條件或分子機制。含實驗來源
證據與來源

By GDNF/glial cell line-derived neurotrophic factor

PMID 18060868 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000282308 · 2,207 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGGACTTCCGTTGTCCTCCTTGTGGCGGTCGTTTTGGCAT40
41TTGTCTGGACTGATTACTTGGTAGAAAGCCCCGGAGCGCT80
81GGGTCAGCATCATCCGTGACTGACTGAGAAGGCGCGAGAG120
121GAGTCTTCCCCGCTGCACAGAGGCGTGGCTGAGGCTCGGC160
161GGCGCCCAGGGTACCCAGGCCCGGCCCGGAATAAGGACAT200
201CCTCTCTGGCCCCGCTCCGCTCACAGAGTCAGATGGCGGC240
241GGCCGAGCTGACGGCCCCGGCCCAGGGCATTGTGACCTTT280
281GAGGACGTGGCTGTTTACTTCTCCTGGAAGGAGTGGGGTC320
321TTCTTGATGAGGCTCAGAAATGCCTGTACCACGATGTGAT360
361GCTGGAGAACTTGACACTTACAACCTCCCTGGGTGGTTCT400
401GGAGCAGGGGATGAGGAGGCACCTTATCAGCAGAGCACTT440
441CTCCACAGCGGGTGTCACAGGTTAGGATTCCTAAGGCCCT480
481TCCTTCTCCCCAGAAGACCAACCCCTGTGAGATATGTGGC520
521CCAGTCTTGAGACAGATTTTGCACTTGGTTGAACACCAAG560
561GAACACACCATGGTCAGAAACTGTATACAGACGGGGCATG600
601TAGGAAACAATTACAATTTACTGCATACCTTCATCAGCAC640
641CAGAAGCAGCATGTTGGACAGAAACACTTCAGAAGCAATG680
681GGGGCAGAGACATGTTTTTGAGCAGCTGCACATTTGAAGT720
721ATCTGGGAAGCCCTTCACTTGCAAGGAGGTTGGGAAGGAT760
761TTCCTGGTGAGATCAAGATTTCTTCAGCAACAGGCTGCTC800
801ACACCAGAAAGAAGTCAAACAGAACCAAGAGTGCAGTGGC840
841CTTTCACAGTGTAAAAAATCATTACAACTGGGGAGAATGT880
881GTGAAAGCTTTCAGCTACAAACATGTACGTGTTCAGCACC920
921AGGGAGACCTCATTAGGGAAAGATCTTACATGTGCAGTGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。