基因總覽
ZNF254 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 254。其產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族,具有 KRAB 結構域及多個 C2H2 型鋅指區域,呈現此蛋白家族的結構特徵。現有資料將其主要角色概述為可能參與轉錄調控;具體的調控對象與作用方式則未有進一步說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000357002 ★ | 24,087,187–24,129,968 | 4 |
| ENST00000613065 | 24,033,405–24,130,106 | 5 |
| ENST00000339642 | 24,087,153–24,107,349 | 4 |
| ENST00001023721 | 24,087,153–24,130,106 | 4 |
| ENST00001103908 | 24,087,153–24,126,558 | 3 |
| ENST00001103909 | 24,087,153–24,107,352 | 4 |
| ENST00001103910 | 24,087,153–24,107,352 | 2 |
| ENST00001103911 | 24,087,153–24,107,352 | 4 |
| ENST00001121662 | 24,087,153–24,130,106 | 3 |
| ENST00001141934 | 24,087,153–24,130,106 | 4 |
| ENST00000611359 | 24,087,160–24,130,106 | 3 |
| ENST00000616028 | 24,087,160–24,130,106 | 2 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,ZNF254 可能參與轉錄調控。這項描述屬於概括性的功能提示,表示其可能與轉錄活動的調節有關,但沒有進一步指出調控的基因、轉錄方向或作用條件,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的表現。
資料也未詳述 ZNF254 如何影響轉錄過程,例如是否直接接觸 DNA、招募其他分子,或藉由特定複合體改變轉錄活動。雖然其蛋白質具有 KRAB 結構域及多個 C2H2 型鋅指區域,但目前提供的功能敘述沒有把這些結構特徵與特定分子機制或調控結果連結起來。
因此,依據現有資訊,ZNF254 的功能可謹慎描述為可能參與轉錄調控;其具體靶標、作用方式及對細胞生物學過程的影響仍未確定。
Promoter 與基因調控
>ZNF254 ENST00000357002 GRCh38 chr19:24086187-24087287 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAGAGCTAGACTTCGTCTAGACAAAAAATAAAAAATAAAAAAAAGTATAAGAGATCATAAAATATGTAT AAAAATCTAGAATGGTCAAAAAGACAAATTTGATGGACTTTATTTTTGTTATTTTATTTTATTTTTTGAG ACAAAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTAGGGTGCAGTGGCAGGATCTTGACTCACTGCAACCTCAGCCCC CCGGGTTCAAGGAATTCTGCTGCCTCAGCCACCCGAGAAGCTGGGGTTATAGGCGTGCGCCACCATGCCC AGCTAATTTTTTTTTCTTTTATTTTTTTGAGACGGAATTTTACTCTTGTTGTCCAGGCTGGAGTGTAATG ACGCGATCCACGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGA AGCTGGTATTACAGGCACGTGCCACTACGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACC ATGATAGTCAGGCTGGTCTCCAACACATGACCTAATGTGATCCGCCCGCCTTGGCCATCGAAAGTGCTGG GATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCTGATGGATTTACTTATAACGGTTTATCAAATTAGCTTTAGT GCTGATAATACATTATTACTAAAGTAAAAGTTGATTTTCTCTTGAACAAAAATTATATGTATTATTAATA TACATAAAATATGTTTGTTCACATTTTGAATACATTGAAAAAGAGAGAGAGCAAAAAAGATATAGAATTT TCCCATGCTCTGGGGTGGGCCTGGCTCAGCTCAGGGAGGAAGCCCTGCCCGATAAGGCTGCAGCTTAGGC TGTCACTCTTTCTTCAGCCTAGGGTGTGATCACATCTTCTATCACTCAGGGTCTGAGTAGGCGGGGCCTT AAACGTTATCCAACTAGGGACGTTGGGCTGGGAACTGTCCAATCAGGCACACAGCTGGACTGGACAAAGC GGCTTCCGGGATATGGCGGGGCCTTTGTCTCTCGCTGTCGCCGGAGTCCCAGGTCTGTCTTCACTGCTCT GTGTCCTCTGCTCCTAGAGGCCCAGCCTCTGTGGCGCTGTTACCAGCAGGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF254_1 ↗ | 19:24,087,187 | 正股 | 24,087,138–24,087,197 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9CK5L · promoter · 24086739–24087197 · regulatory
ENSR19_B6R3W · enhancer · 24087198–24087922 · regulatory
· motif · 24086648–24086659 · motif
· motif · 24087047–24087059 · motif
· motif · 24087167–24087178 · motif
· motif · 24087177–24087187 · motif
· motif · 24087479–24087489 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:659 aa
ZNF254 蛋白長 659 個胺基酸。其 N 端含有 KRAB 結構域,位置為第 13 至 84 個胺基酸;另有 15 個 C2H2 型鋅指區域,分布於第 210 至 624 個胺基酸。前兩個鋅指區域註記為退化型,其餘列出的鋅指區域為 C2H2 型。蛋白質家族歸屬為 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF254 的細胞內定位資料指向細胞核;來源未提供定位變動條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCCTTTGTCTCTCGCTGTCGCCGGAGTCCCAGGTCTGTCT40TCACTGCTCTGTGTCCTCTGCTCCTAGAGGCCCAGCCTCT80GTGGCGCTGTTACCAGCAGGTATTGGAGATCCACAGCTAA120GATGCCAGGACCCCCTAGAAGCCTAGAAATGGGACTGTTG160ACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGT200GGCAACACCTGGACATTGCACAGCAGAATTTATATAGAAA240TGTGATGTTAGAGAACTACAGAAACCTGGCCTTCCTGGGT280ATTGCTGTCTCTAAGCCAGACCTGATCACCTGTCTGGAAC320AAGGGAAAGAGCCCTGGAATATGAAGCGACATGAGATGGT360GGATGAACCCCCAGGTATGTGTCCTCATTTTGCTCAAGAC400CTTTGGCCAGAGCAGGGCATGGAAGATTCTTTTCAAAAAG440CAATACTGAGAAGATATGGAAAATATGGACATGAGAATTT480ACAGTTAAGAAAAGGCTGTAAAAGTGTGGATGAGTATAAG520GTGAACAAAGAAGGTTATAATGGACTTAACCAGTGTTTCA560CAACTGCCCAGAGCAAAGTATTTCAATGTGATAAATATTT600GAAAGTCTTCTATAAATTTTTAAATTCAAACAGACCTAAG640ATAAGACATACTGAAAAGAAATCTTTCAAATGTAAAAAAC680GTGTCAAATTATTTTGCATGCTTTCACATAAAACCCAACA720CAAAAGCATTTATCATAGAGAGAAGTCCTACAAATGTAAA760GAATGTGGAAAAACCTTTAATTGGTCCTCAACCCTTACTA800ATCATAGGAAAATTTATACTGAAGAGAAACCTTACAAATG840TGAAGAATATAACAAATCTCCTAAGCAACTCTCAACCCTT880ACTACACATGAAATAATTCATGCTGGAGAGAAACTCTACA920AATGTGAAGAATGTGGTGAAGCTTTTAATCGATCCTCAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。