基因總覽
ZNF253 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 253。其蛋白質屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族;序列註解顯示,蛋白質含有 KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指區域。現有資料僅指出它可能具有轉錄因子功能,並可能具備轉錄抑制活性,尚不足以進一步說明其作用標的或具體調控方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000589717 ★ | 19,865,882–19,894,674 | 4 |
| ENST00000937512 | 19,865,812–19,894,457 | 4 |
| ENST00001095343 | 19,865,812–19,891,770 | 4 |
| ENST00001109935 | 19,865,812–19,882,206 | 3 |
| ENST00001123947 | 19,865,812–19,872,644 | 2 |
| ENST00001127785 | 19,865,812–19,887,986 | 4 |
| ENST00001141265 | 19,865,812–19,897,770 | 4 |
| ENST00000592725 | 19,865,886–19,892,083 | 3 |
| ENST00000355650 | 19,865,907–19,897,770 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF253 可能具有轉錄因子功能,並可能參與轉錄抑制。現有資料以推測方式描述這些功能,未提供特定靶基因、作用機制或實驗條件,因此不能據此判定其調控對象、抑制方式或在特定生物學過程中的作用。
轉錄抑制活性是目前可整理的主要功能線索,但來源未說明該活性如何發生,也沒有指出它是否直接結合 DNA、是否依賴其他分子,或在何種細胞與生理情境下發揮作用。因此,ZNF253 的轉錄調控角色應維持為可能性,而非視為已確立的機制。
Promoter 與基因調控
>ZNF253 ENST00000589717 GRCh38 chr19:19864882-19865982 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATTTCCTGACCCAGTGATCTGCCCTCCTCAGCCTCCCAAA GTACTGGGATTACAGGCCTGAGCCACCGCACCTGGCTTTACAAGGTCTTATTAAAATTAGCTTTAGTATT GATAATACACTATTACCAAAGTAAAAGTTGACTTTCTCTTGAACAAACATTTCATGTATTATTAATATGA CAGCAAAGTACTTCTGTTCACCTTTTGAATACATTCAAAAAGAGAGAGAATATGAGATAGAATTTTCCCA TGCTCTGGGATGGGATGCTCAGCTCAGGGAGGAAGCCGTTTGAAAAGGCTCCAGCTAGGCTAGGCGCGGT GGCTCACGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGATCGGGAGCTCGAG ACCAGCCTGACCAACACGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAGTACAAAAAATTAGACGGGCGTGGTGAGG CATGCCTGTAATCCCAGCTACATGGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGTGCAGGTTG CGGTGAGCCAACATCGTGCCATTGCACTCTAGCCTGGGCAACAAGAGGGAAACTCCGTCTCGGTGGGGGG AAAAAAGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAAGAAAGAAA GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA AAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGGCTGCAGCCTAGGCTGTCACTCTTTCTTCACTCAGCCC AGTATCTGATCACATCTGTCACTCAGCGGCTGGGGAGGCGGGGCCTTAGGCATTATCCAATGAGGGACGC TGGGCCGGAAACCGTCCAATCAGGCACGCAGCTGGAGCGAACCACATGGTTTCTGGGGGCCTTTGTTTCT CGCTGCAGCGGGAGCTCCAGGTTTATCCTCAGTGTTCTGTGTCCTGTGCTTATAGAGGCCCGTCCTCTGT GGCCGTGTGACCTGCAAGTATTGGGAGAGCCACAGCTAAACCCCGGGACCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF253_1 ↗ | 19:19,865,892 | 正股 | 19,865,843–19,865,902 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_99TSR · enhancer · 19860737–19861189 · regulatory
ENSR19_99TSW · promoter · 19861190–19861472 · regulatory
ENSR19_99TW7 · promoter · 19865635–19865917 · regulatory
ENSR19_B5XG6 · enhancer · 19865918–19866482 · regulatory
ENSR19_56N6DX · CTCF_binding_site · 19866144–19866165 · regulatory
ENSR19_99TWG · promoter · 19866483–19866983 · regulatory
· motif · 19861414–19861424 · motif
· motif · 19865730–19865743 · motif
· motif · 19865755–19865765 · motif
· motif · 19866146–19866162 · motif
· motif · 19866153–19866163 · motif
· motif · 19866716–19866731 · motif
· motif · 19866823–19866838 · motif
· motif · 19866823–19866838 · motif
· motif · 19866826–19866833 · motif
· motif · 19866861–19866876 · motif
· motif · 19866861–19866876 · motif
· motif · 19867123–19867135 · motif
· motif · 19867125–19867132 · motif
· motif · 19867125–19867140 · motif
· motif · 19868593–19868604 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:499 aa
ZNF253 蛋白質長 499 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。序列註解標示 N 端有 KRAB 區域,並在後段列出 11 個 C2H2 型鋅指區域;這些區域的位置由序列註解界定。資料未提供各區域的個別功能細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF253 標示於細胞核。 來源未提供定位變化的條件、不同異構型之間的差異,或其他動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTTTATCCTCAGTGTTCTGTGTCCTGTGCTTATAGAGGCC40CGTCCTCTGTGGCCGTGTGACCTGCAAGTATTGGGAGAGC80CACAGCTAAACCCCGGGACCCCTGGAAGCCTAGAAATGGG120ACCATTGCAATTTAGAGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTG160GAGGAGTGGCATTGCCTGGACACTGCACAGCGGAATTTAT200ATAGGGATGTGATGTTAGAGAACTACAGAAACTTGGTCTT240CCTTGGTATTGTTGTCTCTAAGCCAGACCTGGTTACCTGT280CTGGAGCAAGGAAAAAAACCTTTAACTATGGAAAGACATG320AGATGATTGCCAAACCCCCAGTTATGAGTTCTCATTTTGC360CCAAGACCTTTGGCCAGAGAACATACAAAATTCTTTCCAA400ATAGGGATGCTGAGAAGATATGAAGAATGCAGACATGACA440ATTTACAGTTAAAAAAAGGCTGTAAAAGCGTGGGTGAGCA480TAAGGTGCACAAAGGAGGTTATAATGGACTTAACCAATGT520TTGACAACTACCCAGAAAGAAATATTTCAATGTGATAAAT560ATGGAAAAGTCTTTCATAAGTTTTCAAATTCAAACACATA600TAAGACAAGACATACTGGAATAAATCTTTTCAAATGTATA640ATATGTGGCAAAGCTTTTAAACGGTCCTCAACCCTTACTA680CACATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGATG720TGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCAATCTGCAAACCTT760ACTACACATAAGAGAATTCATACCGGAGAGAAACCCTACA800GATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAAGCAGTCCTCAAA840CCTTACTACACATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCC880TACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTCAACCGATCCA920CAGACCTTACTACACATAAGATAGTTCATACTGGAGAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。