基因總覽
ZNF235 是由 protein-coding gene 編碼的 zinc finger protein 235,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 738 個胺基酸,具有位於 N 端的 KRAB domain,並在蛋白質後段排列多個 C2H2-type zinc finger;其中第一個被註記為退化型。這些結構註解呈現其家族與蛋白質組成特徵;現有資料將其主要角色概括為可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000291182 ★ | 44,286,348–44,305,025 | 5 |
| ENST00000589799 | 44,233,915–44,305,046 | 5 |
| ENST00000999827 | 44,233,915–44,305,046 | 5 |
| ENST00001012213 | 44,233,915–44,304,933 | 5 |
| ENST00000589248 | 44,274,752–44,305,046 | 5 |
| ENST00001141819 | 44,286,348–44,305,046 | 5 |
| ENST00000947914 | 44,286,352–44,304,933 | 5 |
| ENST00000650576 | 44,286,364–44,305,046 | 5 |
| ENST00000591609 | 44,288,805–44,304,968 | 5 |
| ENST00001012214 | 44,301,493–44,305,046 | 2 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,ZNF235 可能參與轉錄調控。這項描述表示其可能涉及對轉錄過程的調節,但資料未進一步說明它作用於哪些基因、如何辨識作用標的,或會使轉錄增加還是降低,因此不能據此判定其調控方向與具體機制。
ZNF235 的蛋白質註解包括 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger;這些結構特徵與其可能參與轉錄調控的描述並列於資料中,但來源沒有提供實驗細節或明確的結構—功能因果證據。因此,不能僅由這些註解推定其 DNA 結合特異性、調控所需的分子夥伴,或其在特定細胞與生物過程中的作用。
目前可支持的功能結論限於「可能參與轉錄調控」。來源未交代此作用發生的條件、涉及的細胞系統或調控結果,也未提供其他生物學功能的說明;相關細節應維持未定。
Promoter 與基因調控
>ZNF235 ENST00000291182 GRCh38 chr19:44304925-44306025 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CACCCCTAGACACTGCCGTGGGGTTGGAGCCCTACAACCTGCCCGTGTGCATGCTCCCCTAGAGGTTTGA GCGGCTGGGCACGAAGAAGCGAGCCACACCCCATCACATGCCCTGGGAGAGGGAGAAGTGAACTTTTCCC GTTTCATCACAATTTACTTTCGGCACTAACATGATTGTTCAGCTGTCTTCATCAGCAGGCCTTTATTCCA GGAGATTCCTGCCCAAGCAAACTGTTTAATTGTTCATTATGGGAACTTCCACAGAGACCCATCAAATTTT CAATCTCTTCCAAAGAAAGTGTCAATAGATTGCAATTTAAGATTCTTTGCTTCAAAAATCCTTGCTATAT CCACCAATCCTGGACTGTAGTATCATGATCATTATGCAATACTAATAAAATCCCTTGCATTGAAAGACCC GCCTTAAACATCCAGTTCTCAATCAGTTCCAACCTTGCCTTGACACTTTGCTCTGTGAAGGTGCCAACGC TCCGTCGAAGTGTTGTTCTCCATTACTGCAATCAACAATAAATTCTGTTTTTTGTCTTATCAACAGGTTG AGTTGATGATATTTGGGGAGCCGGCATTTGACACAAGTTTGAGATCTGGTGTTCCTTAACGTTCAGCGTC CATCGGAGCTCAGCCTAAGTCACTTTTACGCTTCCCATTTTAGCCTACCCTCTGCTTCTGCGAAAAATTT TGGTTTCTAACTTATTTTAATAATACAAGCTGCACTTTTCATTTTTATATGTCATCACTTTAAAAATTTT ACAATTATTTTCTCATGAGCTTTTAAAAATGAATAAAACAAAAACGAATCTCACAGTAGTAGCACCAGAG AAGTGGCTCAAACCCAACCGGCTTGAGTCAAAACAAAGCCCAGCTGGTGGGAAGCGCTGCCCTTGGAGCA TTCTGGGAACTGTAGTCCAGGAGTGAGAGAACTCTGAGACGCTTCCGCTTAGGAATTCTGGGAAGTGGAG TCCACGAACCGTGGGCACTCGGAGGCACTTCCGCTCCAGGAAGGCGAGGTCGGATCTGAGATATCTCCCA GGGAGGTGAGTCAGCTCCGGGTCTCCAAGACTTCTCCGAGCCCTCTTTGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF235_1 ↗ | 19:44,305,025 | 負股 | 44,305,015–44,305,074 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBRDR · enhancer · 44303991–44305008 · regulatory
ENSR19_BBRDW · promoter · 44305009–44305528 · regulatory
· motif · 44304798–44304811 · motif
· motif · 44305009–44305020 · motif
· motif · 44305011–44305020 · motif
· motif · 44305065–44305076 · motif
· motif · 44305538–44305560 · motif
· motif · 44305538–44305560 · motif
· motif · 44305636–44305645 · motif
· motif · 44309537–44309548 · motif
· motif · 44309642–44309653 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:738 aa
ZNF235 長 738 個胺基酸。蛋白質 N 端第 8–79 位註記有 KRAB domain;第 263–285 位為退化型 C2H2-type zinc finger,其後另有 15 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 319–733 位。蛋白質家族註解為 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF235 的定位註解為細胞核;資料未提供定位隨條件改變或異構型差異的描述。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GGAGGCACTTCCGCTCCAGGAAGGCGAGGTCGGATCTGAG40ATATCTCCCAGGGAGGTTCACTTCCCCGGAACTCTGCCTT80TTCCCAGAAGGAGGAGGGGAAAAATGACCAAGTTCCAGGA120GGCAGTGACATTCAAGGATGTGGCTGTGGCCTTCACTGAG160GAGGAGCTGGGGCTGCTGGACTCTGCCCAGAGGAAGCTGT200ACCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTTAGGAACCTGGTTTC240AGTGGGACATCAGTCCTTCAAACCAGATATGATATCCCAG280TTGGAGAGGGAAGAAAAGCTTTGGATGAAGGAGCTTCAAA320CCCAAAGAGGTAAGCATTCAGGAGACAGGAATCAAAATGA360GATGGCAACTCTTCACAAAGCAGGATTAAGGTGCTTTTCA400CTGGGAGAGCTTTCATGCTGGCAAATCAAGAGACACATTG440CGAGCAAATTAGCCAGAAGTCAAGACTCCATGATAAATAT480TGAAGGAAAGAGCTCTCAGTTCCCCAAGCACCATGATTCC520CCCTGTCAAGTGGGAGCAGGAGAATCTATTCAAGCTTCTG560TGGATGACAACTGTCTAGTGAATCACATAGGGGATCATTC600CAGTATCATTGAAAATCAAGAATTTCCAACTGGGAAAGTT640CCGAATTCTTGGAGTAAAATATATCTGAATGAGACACAGA680ATTATCAGAGAAGTTGTAAGCAGACTCAGATGAAAAACAA720ACTATGTATATTTGCTCCATATGTTGACATTTTCAGTTGT760ATTTCACACCACCATGATGATAATATAGTGCACAAAAGAG800ATAAAGTTCATAGCAATAGTGATTGTGGTAAAGATACCCT840AAAGGTATCACCTCTTACCCAGCGTAGTATTCACACAGGA880CAGAAAACCTACCAGGGTAATGAATGTGAAGAAGCCTTCA920ATGATAGCTCCAGTCTTGAACTTCATAAACAGGTACACTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。