基因總覽
ZNF230(zinc finger protein 230)是蛋白質編碼基因,產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質全長 474 個胺基酸,具有 KRAB 與 KRNB 區域,並包含十個 C2H2-type zinc finger,其中第十個被註記為 atypical。這些序列特徵構成其主要結構辨識資訊;目前可用資料僅指出它可能參與轉錄調控,未提供更細緻的分子作用方式或下游效應說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000429154 ★ | 44,002,957–44,013,924 | 5 |
| ENST00000893532 | 44,002,934–44,013,924 | 5 |
| ENST00000585632 | 44,002,940–44,009,322 | 4 |
| ENST00000919760 | 44,002,940–44,013,924 | 5 |
| ENST00001135021 | 44,002,940–44,013,924 | 5 |
| ENST00000919761 | 44,002,955–44,013,924 | 5 |
| ENST00000585491 | 44,006,700–44,009,162 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF230 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控。這項描述具有推測性,表示其可能與基因轉錄活動的調節有關,但現有資訊沒有說明調控的方向、目標基因或發生條件,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的表現。
目前資料也未交代 ZNF230 如何參與轉錄調控,例如是否直接辨識特定 DNA 序列、是否透過其他分子介導作用,或其 KRAB、KRNB 與 C2H2-type zinc finger 區域各自的功能分工。因而,這些結構註解可用來描述蛋白質特徵,不能單獨視為已證實的調控機制。
因此,現階段能支持的功能性結論限於 ZNF230 可能涉及轉錄調節;其具體作用對象、分子步驟及生物學結果,來源未有進一步說明。
Promoter 與基因調控
>ZNF230 ENST00000429154 GRCh38 chr19:44001957-44003057 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAGACGAAGTCTCCCTGTATTTCCCTGTCTGGTCTCCAATTCCTGAGCTCAAGGGAACGTCCTGCCCTG GCCTCCCAAAGGGTTGGCATTACAGGTTTGAGCCACTGCGCTTGGCCAGGAAGAAAACTCTTTATAAGAC ATGCTCCTTCACCTATAGAATCCTCCCGTTTTACTGCATTTACAATCTCAATGTAAGATTGATACCAATG CCTAGCTCTTCATCAGTCATTATTGCTCTGAGGTACTGAGCAATTCACTACATTCGCTGAAATTTGATGT TTCTACATCTAAGGAGAAATATGAATACCATGAAAAGTTTATGGGAAGATAGCTATTCCATGACGACACC GCTTCTCCACTAGTAGCTGTGATCTTAAATGGGGGTGGCTTTTCCTGCCAAACCAGTGGTCCCACAGCTT CTGGAGTAGGGGCTGGTGTCTTCCTGCTCCTCATTGCCCCTGCCAAACCATTCCACCTGGCTCATCCTTT AAACCGTTAGTTTTAACCTCCCATCGTCAGATTATCCTAATCCTTGAAGATTTTATCTCCTCGTTTGTTC TCTTCCCAATAACACTCCTGTCATCGTGGGAGGCGTTTAGACTTCAGGAATTCCTGTCTATACACTATTT TCGCTCAAAGACTCAGGAAGAGAGACGGACGACTCACAGGGTCACAGTCCACATTCCCCACCAGGCGCTC AGAGATATGGAATACGTTCCCGGTGGGCACTGCGGTGTGTGTAGTCAAGGACCACCGCGGAGTCCAACGC TTCCCGCTGAAGAGTGAGATTATAGACATTTTCCTTTGGCATTGGAGGAAGCGGAGTCCAGACACACTCT GAGTCGCGGGCAAGTTGGCTCAGGCGGGTGGACGAGTGAATTCTGGGAACTGTAGTCCATCAACTTCATG GAATGGCGGACCCTTTGGCTCAAGCAGTTGAACCGGGGAATTCTGGGAAGTGGAGTCCAGACGCTCTGTG GAGACGCGAGCACTTCCGGTGTGTGAGCCTGCGGTTGCTACATAACCGCGTAGTTTGAGCCATTTCTGCG TCTGGCGGGTCCTTCTGAACTTGTCACCTTCGCTTGGGGTCGCAACGACCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF230_1 ↗ | 19:44,002,957 | 正股 | 44,002,908–44,002,967 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_839X2T · enhancer · 43997995–43998200 · regulatory
ENSR19_BBPR4 · enhancer · 44002201–44002774 · regulatory
ENSR19_839X5M · promoter · 44002775–44002988 · regulatory
ENSR19_C6CW5 · enhancer · 44002989–44004048 · regulatory
ENSR19_5DCG4R · CTCF_binding_site · 44003032–44003053 · regulatory
ENSR19_839X7J · enhancer · 44006092–44006267 · regulatory
· motif · 43997971–43997982 · motif
· motif · 44002294–44002307 · motif
· motif · 44002294–44002307 · motif
· motif · 44002624–44002637 · motif
· motif · 44002624–44002639 · motif
· motif · 44002677–44002694 · motif
· motif · 44002686–44002703 · motif
· motif · 44002867–44002877 · motif
· motif · 44002942–44002964 · motif
· motif · 44002942–44002964 · motif
· motif · 44002947–44002956 · motif
· motif · 44002947–44002958 · motif
· motif · 44002947–44002958 · motif
· motif · 44002965–44002973 · motif
· motif · 44003021–44003036 · motif
· motif · 44003034–44003050 · motif
· motif · 44003136–44003147 · motif
· motif · 44003232–44003247 · motif
· motif · 44003234–44003247 · motif
· motif · 44003240–44003247 · motif
· motif · 44003309–44003318 · motif
· motif · 44003335–44003350 · motif
· motif · 44003472–44003479 · motif
· motif · 44003561–44003576 · motif
· motif · 44003566–44003578 · motif
· motif · 44003569–44003576 · motif
· motif · 44003659–44003671 · motif
· motif · 44006149–44006158 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:474 aa
ZNF230 蛋白質長 474 個胺基酸。其 N 端含 KRAB 區域(第 8–76 位),其後有 KRNB 區域(第 80–167 位)。序列另含十個 C2H2-type zinc finger,分布於第 168–442 位;其中第十個區域標示為 atypical。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF230 的定位資料指向細胞核;來源未提供條件差異、異構型差異或定位變化的描述。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- CCDC125Q86Z20 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC136Q96JN2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FSD2A1L4K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS2Q5JR59-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTGTGAGCCTGCGGTTGCTACATAACCGCGTAGTTTGAGC40CATTTCTGCGTCTGGCGGGTCCTTCTGAACTTGTCACCTT80CGCTTGGGGTCGCAACGACCCGATGATCGATGATCCAAGC120AAGGGAAAAGAAGCCTTGGCGGAGAGCGGAGGCACAATTC160CACCTTCCTTTGTGCTCCATTACTCAAGACACTGAAGACT200CCAAAAAGTAGTAGGAAAAATGACCACATTCAAGGAGGCA240GTGACCTTCAAGGATGTGGCTGTGTTCTTCACTGAGGAGG280AACTGGGGCTACTGGACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCA320AGACGTGATGCTTGAGAACTTCACGAACCTGCTGTCAGTG360GGGCATCAACCATTCCACCCTTTCCACTTCCTAAGGGAAG400AAAAGTTTTGGATGATGGAGACAGCAACCCAAAGAGAAGG440AAATTCAGGCGGCAAGACTATTGCGGAAGCAGGACCACAT480GAAGACTGCCCTTGCCAGCAAATCTGGGAACAAACTGCAA520GTGACTTAACCCAGTCTCAAGACTCCATCATAAATAATTC560TCACTTCTTTGAACAAGGTGATGTCCCCTCCCAGGTTGAG600GCAGGACTATCTATAATTCATACAGGACAGAAACCTTCAC640AGAATGGGAAGTGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTGCCAT680CTTTGATCCTCCTCAGCAGTTCCACTCAGGAGAGAAGTCT720CATACATGCAATGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACATCT760CAGCTCTTCGTATTCACCAGAGAGTTCACTTGAGAGAGAA800ACTCTCTAAGTGTGACATGCGTGGTAAGGAATTCAGTCAG840AGCTCATGTCTGCAAACTCGTGAGAGAGTCCACACTGGAG880AGAAACCATTCAAATGTGAGCAATGTGGGAAAGGCTTCAG920ATGTAGAGCGATACTTCAAGTTCACTGCAAATTACACACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。