演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF23KOX16

zinc finger protein 23

ZNF23(zinc finger protein 23)是 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family 的蛋白質,可能參與轉錄調控,並可能在胚胎發育中發揮作用。

Homo sapiens16q22.2UniProt P17027
OFFICIAL SYMBOL
ZNF23
CHROMOSOME
16
UNIPROT
P17027
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF23 是由 ZNF23 基因編碼的蛋白質,正式名稱為 zinc finger protein 23,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質序列長 643 個胺基酸,包含 N 端 KRAB 結構域,以及多個 C2H2 型鋅指區域;其中第一個鋅指被註記為退化型。這些結構特色構成 ZNF23 的基本分子架構。現有功能描述指出,它可能參與轉錄調控,也可能在胚胎發育中發揮作用;相關敘述帶有不確定性,未進一步界定作用方式。

Official symbol
ZNF23
Gene name
zinc finger protein 23
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13023
UniProt
P17027
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
KOX16Zfp612ZNF612ZNF359

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616q22.2
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegZNF23pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr16:71,447,597–71,463,095
Gene span
15,499 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000647773 ★71,447,597–71,462,2475
ENST0000056452871,447,597–71,453,9732
ENST0000039353971,447,597–71,462,2146
ENST0000049716071,447,597–71,462,2467
ENST0000035725471,447,597–71,462,7595
ENST0000087962271,447,597–71,462,2385
ENST0000091328571,447,597–71,462,2386
ENST0000094909171,447,597–71,462,2215
ENST0000094909271,447,597–71,462,7596
ENST0000100623271,447,597–71,462,7596
ENST0000104494271,447,597–71,462,7596
ENST0000104494371,447,597–71,462,2383

顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF23 可能參與轉錄調控。這表示它可能影響基因轉錄活動,但現有資料未指出受調控的特定基因、轉錄方向,或其作用是直接或間接發生,因此無法據此描述更細緻的調控機制。

此外,ZNF23 可能在胚胎發育中發揮作用。這項描述支持其與胚胎發育過程可能相關,但沒有提供涉及的發育階段、組織或細胞,也未說明其參與方式。轉錄調控與胚胎發育是目前可歸納的功能線索;資料不足以判定兩者之間是否存在直接因果關係,或其中一項功能如何造成另一項結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 71462247 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF23 ENST00000647773 GRCh38 chr16:71462147-71463247 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GAAAAGCCCACATTACCAGGGTTAGGGGGTGTGTGAGGGGGTGGGGATTTTAAGGGTCGTCCAATCCAGT
GGCATTTAGTACTGTCTCCCTTCCCCCAGGGCTCATTTTGGAATTTTATGGTAGGTATTTTGTTATATTT
GGTGTCAGTGGTAACATTGCTACTAGCGTTGTGGATAGGAGCCAGGATCCTGCAATGTACAGGACAGTCC
TGCCCACTGAAAAAATGTTCACACTTTCAAATGTCTTGCTGAACATTCAGGTAGGTGAAAATTCTATTTC
TAAATTATCTGAATCTAAACCTGTTTTCTGGATAAACATGTATTTTTGCACAGTTTTAACATACACTGAT
CTTCCAGGAATGTAATTATTGTATAATCAAGAGACGATTGTCCTGTGTTTCATTCAGAACTTCACGAAAA
CATGTTTGCCATTTTGGATCATAATTTTGTGACTTTTGCAACAATGTAAGTCACAGCTTTGTGGCTGTGG
CACTCAGACAACGTCTATGTGTAAAGGCGACCACCTTATTAGGTCTCCTGCAGCAGCCAAGACCAAACAC
ATTGAAGTATGTGTTTTTAAACGACAGATGACGGTCCTCTTTTTTTTCTCTTTCATTACACTTAAGGCAT
AACATTAGTTTTTAATATGTAGGTGTGTATGTTATGTATGATTTTCTAGGCCATTATATATGAATATCAG
GTCAGGAGAATAAGATGGACATTACAAACTATTTGTTAGAAAAAGGGGGCATTGGGTGTGACAGCGCGCC
ATCCACTGGTCCATTTCCAAGACTCCCACACGTGGCTGCACCTGCAGCTTCACCTCCCCGGGCTGGGTCC
CCGCTTGGCTCTGATTCTTACCTGCCCCATTCCCCAGGGGTAACAGTCACCGTGGGCCAGACCCGAGCTA
GCCGACAGGGATGCGGCCACAGCTGGCCGGGCGTGACCACCACCGAGGCGCAGCGACCTTGCTCCTAGAG
AGGCCCGGCCGCCTGGTGACGCACTTCCGGCAGCGCCGGGGAGCAGTCCGCTACGGAGGTGAGTGCAGGG
CTCCGGGCGCTGTGTGCCGTGCCCTGTCCCCCAGGCTCTGGGTCCGGTTGA
ZNF23 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF23_3 ↗16:71,454,123負股71,454,113–71,454,172
ZNF23_1 ↗16:71,462,245負股71,462,235–71,462,294

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_933CS7 · enhancer · 71460146–71460648 · regulatory

ENSR16_5LRS9N · CTCF_binding_site · 71461149–71461170 · regulatory

ENSR16_BJ6WS · enhancer · 71461577–71462203 · regulatory

ENSR16_767GCX · promoter · 71462204–71462288 · regulatory

ENSR16_5LRSGQ · CTCF_binding_site · 71462243–71462264 · regulatory

ENSR16_933CSR · enhancer · 71462289–71462748 · regulatory

ENSR16_5LRSHR · CTCF_binding_site · 71462465–71462486 · regulatory

ENSR16_767GDK · promoter · 71462749–71462849 · regulatory

· motif · 71461151–71461167 · motif

· motif · 71462010–71462027 · motif

· motif · 71462235–71462246 · motif

· motif · 71462235–71462246 · motif

· motif · 71462237–71462246 · motif

· motif · 71462245–71462261 · motif

· motif · 71462300–71462316 · motif

· motif · 71462366–71462379 · motif

· motif · 71462366–71462379 · motif

· motif · 71462432–71462441 · motif

· motif · 71462442–71462451 · motif

· motif · 71462467–71462483 · motif

· motif · 71462478–71462493 · motif

· motif · 71462478–71462493 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:643 aa

1 aa643 aa結構域鋅指
依 P17027 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ZNF23 蛋白質長 643 個胺基酸,N 端第 1–43 位為 KRAB 結構域。第 168–190 位是退化型 C2H2-type zinc finger;其後另有 16 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 196–638 位。蛋白質家族註記將 ZNF23 歸於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。

結構域KRAB1–43 aa
鋅指C2H2-type 1; degenerate168–190 aa
鋅指C2H2-type 2196–218 aa
鋅指C2H2-type 3224–246 aa
鋅指C2H2-type 4252–274 aa
鋅指C2H2-type 5280–302 aa
鋅指C2H2-type 6308–330 aa
鋅指C2H2-type 7336–358 aa
鋅指C2H2-type 8364–386 aa
鋅指C2H2-type 9392–414 aa
鋅指C2H2-type 10420–442 aa
鋅指C2H2-type 11448–470 aa
鋅指C2H2-type 12476–498 aa
鋅指C2H2-type 13504–526 aa
鋅指C2H2-type 14532–554 aa
鋅指C2H2-type 15560–582 aa
鋅指C2H2-type 16588–610 aa
鋅指C2H2-type 17616–638 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P17027…

AlphaFold · P17027

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

ZNF23 的細胞內定位註記為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、蛋白質異構型差異或動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 17 個夥伴 · 最多顯示 50 個
KOX16ZNF23ATPAF2ELOA2FHL2FHL5GMCL1KRTAP10-8MCRS1MDFIMEOX2MOBPMTUS2NME7SPRED1SPRY1TRAF1TSGA10ZNF330
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF23 可能參與轉錄調控,也可能在胚胎發育中發揮作用。這些功能描述保留可能性,未提供具體作用機制或發育情境。資料庫紀錄
證據與來源

May be involved in transcriptional regulation. May have a role in embryonic development

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF23 的定位註記為細胞核。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000647773 · 2,627 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCACTTCCGGCAGCGCCGGGGAGCAGTCCGCTACGGAGCT40
41CCAGCCCTTCTCTGAGACGGGGACCAGGGGATGGCAGCCA80
81TGCACCTGACAGCCTGGCCCCAGAAGTCGGTGACCTTTGA120
121GGACGTGGCTGTGTACTTCACCCAGGCGGAATGGGATGGC160
161CTGTCCCCTGCACAGAGGACCCTGTACAGGGATGTGATGC200
201TGGAGAATTATGGGAATGTGGCCTCCCTGGGATTTCCACT240
241TCTCAAACCTGCTGTGATCTCACAACTGGAGGGAGGAAGT280
281GAGCTGGGGGGCTCATCTCCACTGGCTGCAGGAACAGGCC320
321TCCAGGGCCTCCAGACTGTAGATATTCAGACTGACAATGA360
361TTTGACAAAGGAAATGTATGAAGGAAAAGAGAATGTATCA400
401TTTGAACTTCAAAGAGACTTTTCCCAGGAAACAGACTTTT440
441CAGAAGCCTCTCTTCTAGAGAAACAACAGGAAGTCCACTC480
481AGCAGGAAATATAAAGAAGGAGAAGAGCAACACCATTGAT520
521GGAACAGTGAAAGATGAGACAAGCCCCGTGGAGGAGTGTT560
561TTTTTAGTCAAAGTTCAAACTCATATCAGTGTCATACCAT600
601CACTGGAGAGCAGCCCTCTGGGTGTACAGGATTGGGGAAA640
641TCCATCAGCTTTGATACAAAACTCGTGAAGCATGAAATAA680
681TTAATTCTGAGGAAAGACCTTTCAAATGTGAAGAATTAGT720
721AGAGCCCTTTAGGTGTGACTCTCAACTTATTCAACATCAA760
761GAGAACAACACTGAGGAAAAGCCTTATCAGTGTTCGGAGT800
801GTGGCAAAGCTTTCAGCATTAATGAGAAATTAATTTGGCA840
841TCAGAGACTTCACAGTGGGGAGAAACCCTTCAAATGTGTG880
881GAGTGTGGGAAAAGCTTCAGCTACAGTTCCCATTATATCA920
921CACATCAGACAATCCACAGTGGGGAGAAGCCCTATCAGTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。