基因總覽
ZNF23 是由 ZNF23 基因編碼的蛋白質,正式名稱為 zinc finger protein 23,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質序列長 643 個胺基酸,包含 N 端 KRAB 結構域,以及多個 C2H2 型鋅指區域;其中第一個鋅指被註記為退化型。這些結構特色構成 ZNF23 的基本分子架構。現有功能描述指出,它可能參與轉錄調控,也可能在胚胎發育中發揮作用;相關敘述帶有不確定性,未進一步界定作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000647773 ★ | 71,447,597–71,462,247 | 5 |
| ENST00000564528 | 71,447,597–71,453,973 | 2 |
| ENST00000393539 | 71,447,597–71,462,214 | 6 |
| ENST00000497160 | 71,447,597–71,462,246 | 7 |
| ENST00000357254 | 71,447,597–71,462,759 | 5 |
| ENST00000879622 | 71,447,597–71,462,238 | 5 |
| ENST00000913285 | 71,447,597–71,462,238 | 6 |
| ENST00000949091 | 71,447,597–71,462,221 | 5 |
| ENST00000949092 | 71,447,597–71,462,759 | 6 |
| ENST00001006232 | 71,447,597–71,462,759 | 6 |
| ENST00001044942 | 71,447,597–71,462,759 | 6 |
| ENST00001044943 | 71,447,597–71,462,238 | 3 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF23 可能參與轉錄調控。這表示它可能影響基因轉錄活動,但現有資料未指出受調控的特定基因、轉錄方向,或其作用是直接或間接發生,因此無法據此描述更細緻的調控機制。
此外,ZNF23 可能在胚胎發育中發揮作用。這項描述支持其與胚胎發育過程可能相關,但沒有提供涉及的發育階段、組織或細胞,也未說明其參與方式。轉錄調控與胚胎發育是目前可歸納的功能線索;資料不足以判定兩者之間是否存在直接因果關係,或其中一項功能如何造成另一項結果。
Promoter 與基因調控
>ZNF23 ENST00000647773 GRCh38 chr16:71462147-71463247 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAAAAGCCCACATTACCAGGGTTAGGGGGTGTGTGAGGGGGTGGGGATTTTAAGGGTCGTCCAATCCAGT GGCATTTAGTACTGTCTCCCTTCCCCCAGGGCTCATTTTGGAATTTTATGGTAGGTATTTTGTTATATTT GGTGTCAGTGGTAACATTGCTACTAGCGTTGTGGATAGGAGCCAGGATCCTGCAATGTACAGGACAGTCC TGCCCACTGAAAAAATGTTCACACTTTCAAATGTCTTGCTGAACATTCAGGTAGGTGAAAATTCTATTTC TAAATTATCTGAATCTAAACCTGTTTTCTGGATAAACATGTATTTTTGCACAGTTTTAACATACACTGAT CTTCCAGGAATGTAATTATTGTATAATCAAGAGACGATTGTCCTGTGTTTCATTCAGAACTTCACGAAAA CATGTTTGCCATTTTGGATCATAATTTTGTGACTTTTGCAACAATGTAAGTCACAGCTTTGTGGCTGTGG CACTCAGACAACGTCTATGTGTAAAGGCGACCACCTTATTAGGTCTCCTGCAGCAGCCAAGACCAAACAC ATTGAAGTATGTGTTTTTAAACGACAGATGACGGTCCTCTTTTTTTTCTCTTTCATTACACTTAAGGCAT AACATTAGTTTTTAATATGTAGGTGTGTATGTTATGTATGATTTTCTAGGCCATTATATATGAATATCAG GTCAGGAGAATAAGATGGACATTACAAACTATTTGTTAGAAAAAGGGGGCATTGGGTGTGACAGCGCGCC ATCCACTGGTCCATTTCCAAGACTCCCACACGTGGCTGCACCTGCAGCTTCACCTCCCCGGGCTGGGTCC CCGCTTGGCTCTGATTCTTACCTGCCCCATTCCCCAGGGGTAACAGTCACCGTGGGCCAGACCCGAGCTA GCCGACAGGGATGCGGCCACAGCTGGCCGGGCGTGACCACCACCGAGGCGCAGCGACCTTGCTCCTAGAG AGGCCCGGCCGCCTGGTGACGCACTTCCGGCAGCGCCGGGGAGCAGTCCGCTACGGAGGTGAGTGCAGGG CTCCGGGCGCTGTGTGCCGTGCCCTGTCCCCCAGGCTCTGGGTCCGGTTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF23_3 ↗ | 16:71,454,123 | 負股 | 71,454,113–71,454,172 |
| ZNF23_1 ↗ | 16:71,462,245 | 負股 | 71,462,235–71,462,294 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_933CS7 · enhancer · 71460146–71460648 · regulatory
ENSR16_5LRS9N · CTCF_binding_site · 71461149–71461170 · regulatory
ENSR16_BJ6WS · enhancer · 71461577–71462203 · regulatory
ENSR16_767GCX · promoter · 71462204–71462288 · regulatory
ENSR16_5LRSGQ · CTCF_binding_site · 71462243–71462264 · regulatory
ENSR16_933CSR · enhancer · 71462289–71462748 · regulatory
ENSR16_5LRSHR · CTCF_binding_site · 71462465–71462486 · regulatory
ENSR16_767GDK · promoter · 71462749–71462849 · regulatory
· motif · 71461151–71461167 · motif
· motif · 71462010–71462027 · motif
· motif · 71462235–71462246 · motif
· motif · 71462235–71462246 · motif
· motif · 71462237–71462246 · motif
· motif · 71462245–71462261 · motif
· motif · 71462300–71462316 · motif
· motif · 71462366–71462379 · motif
· motif · 71462366–71462379 · motif
· motif · 71462432–71462441 · motif
· motif · 71462442–71462451 · motif
· motif · 71462467–71462483 · motif
· motif · 71462478–71462493 · motif
· motif · 71462478–71462493 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:643 aa
ZNF23 蛋白質長 643 個胺基酸,N 端第 1–43 位為 KRAB 結構域。第 168–190 位是退化型 C2H2-type zinc finger;其後另有 16 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 196–638 位。蛋白質家族註記將 ZNF23 歸於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF23 的細胞內定位註記為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、蛋白質異構型差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- ATPAF2Q8N5M1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOA2Q8IYF1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL5Q5TD97 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GMCL1Q96IK5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCRS1Q96EZ8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MOBPQ13875-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS2Q5JR59-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NME7Q9Y5B8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRY1O43609 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TRAF1Q13077 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSGA10Q9BZW7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF330Q9Y3S2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GCACTTCCGGCAGCGCCGGGGAGCAGTCCGCTACGGAGCT40CCAGCCCTTCTCTGAGACGGGGACCAGGGGATGGCAGCCA80TGCACCTGACAGCCTGGCCCCAGAAGTCGGTGACCTTTGA120GGACGTGGCTGTGTACTTCACCCAGGCGGAATGGGATGGC160CTGTCCCCTGCACAGAGGACCCTGTACAGGGATGTGATGC200TGGAGAATTATGGGAATGTGGCCTCCCTGGGATTTCCACT240TCTCAAACCTGCTGTGATCTCACAACTGGAGGGAGGAAGT280GAGCTGGGGGGCTCATCTCCACTGGCTGCAGGAACAGGCC320TCCAGGGCCTCCAGACTGTAGATATTCAGACTGACAATGA360TTTGACAAAGGAAATGTATGAAGGAAAAGAGAATGTATCA400TTTGAACTTCAAAGAGACTTTTCCCAGGAAACAGACTTTT440CAGAAGCCTCTCTTCTAGAGAAACAACAGGAAGTCCACTC480AGCAGGAAATATAAAGAAGGAGAAGAGCAACACCATTGAT520GGAACAGTGAAAGATGAGACAAGCCCCGTGGAGGAGTGTT560TTTTTAGTCAAAGTTCAAACTCATATCAGTGTCATACCAT600CACTGGAGAGCAGCCCTCTGGGTGTACAGGATTGGGGAAA640TCCATCAGCTTTGATACAAAACTCGTGAAGCATGAAATAA680TTAATTCTGAGGAAAGACCTTTCAAATGTGAAGAATTAGT720AGAGCCCTTTAGGTGTGACTCTCAACTTATTCAACATCAA760GAGAACAACACTGAGGAAAAGCCTTATCAGTGTTCGGAGT800GTGGCAAAGCTTTCAGCATTAATGAGAAATTAATTTGGCA840TCAGAGACTTCACAGTGGGGAGAAACCCTTCAAATGTGTG880GAGTGTGGGAAAAGCTTCAGCTACAGTTCCCATTATATCA920CACATCAGACAATCCACAGTGGGGAGAAGCCCTATCAGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。