基因總覽
ZNF229(zinc finger protein 229)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其序列包含 KRAB 結構域與多個 C2H2 型鋅指,整體具有由不同功能區域構成的蛋白質架構。現有資料將其主要角色概述為可能參與轉錄調控;具體作用方式與調控對象尚未由所提供資訊說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000614049 ★ | 44,426,254–44,448,472 | 6 |
| ENST00000613197 | 44,426,251–44,448,578 | 6 |
| ENST00000911243 | 44,426,251–44,448,489 | 6 |
| ENST00000911244 | 44,426,251–44,448,489 | 6 |
| ENST00001014492 | 44,426,251–44,448,489 | 6 |
| ENST00001014493 | 44,426,251–44,448,489 | 5 |
| ENST00001142662 | 44,426,251–44,448,489 | 6 |
| ENST00000592308 | 44,432,339–44,448,461 | 5 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有註解指出,ZNF229 可能參與轉錄調控。這項描述提供的是概括性的功能可能性,並未指出它調節哪些基因、在何種細胞或生理條件下發揮作用,也沒有界定調控方向。因此,目前可支持的功能說明限於其與轉錄調控可能相關,不能據此推定特定靶點或下游效應。
資料所列的蛋白質特徵包括 KRAB 結構域與多個 C2H2 型鋅指,但未提供這些區域在 ZNF229 中如何促成轉錄調控的實驗描述,也未交代其是否直接接觸 DNA、作用於哪些調控序列,或是否透過其他分子形成複合體。故這些結構註解不能單獨用來補出具體的分子機制。
所提供資料亦未詳述 ZNF229 在特定生物學過程中的作用、受何種訊號調節,或其功能改變會造成哪些細胞與生理結果。基於目前有限的功能註解,較合宜的理解是:ZNF229 被認為可能參與轉錄調控,但其調控方式、作用情境與功能後果仍未由這些資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF229 ENST00000614049 GRCh38 chr19:44448372-44449472 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATCACGCGGTGATTCAAAAGAAAAATGAAAGAGCCTGAAATGAATATAGATATGCACTTATTGGGAATC AGGCTAAGGAATGTCTTTTTGGTCATACTGGAGAAAAAAAAGAAGCCACAAATGAAAAGACTGATATACC TTGTCAGATGAAGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTCTAAACTACTTTATAAATGTTGAAACTGGGGGAGCAA TTCATCACTTAGAAGCGATATCATTCATACACAGAGAGTGTATGACAATAAAAGATGACAATGAAATGCA ATCGGTAATAAGCATATTTACTCTGTCAAATTGGGAAAATAAGACAGGATATTTAGTCCATCAAATTGGG AAAATATTAAAGAAAGTGATTGTGTGTAGTTTTGATATCATAAAATTAGAAGTGTAAGTTCAATGCAGGA CAAAGGGGTAACTTCCCTAAAAACTAAAGAATGCTAGGCAAGTATTGCAAATAATTTGTGTTTTTTTATT ATCTCTATGTATCTCTACGTCTTTTGTGACATACAGAACTATCCACGATATATGACCTGTGGCAAGAAAT GATTACAAAATATTATGATGCCATTTGGGAAATGGGATTCTTAAGAATTCATATTTACTCACATAAACCA GGGATTAAGTAAGAATTTTTTTTAAACCATTCTTTACATGTAATATGAACTACTTTTGAAATAAATATTT AGTTGGCTTTTACACCAGAAAATCAATAATGCTTTATATCCCTGGTGATGGGATGATGGGCTTGTTTGAG AATATAGTCAGGTTTGCTACAACGCGAATATGTTAGTACTGAGTAAAGACATTCTTTTCAACTCAGAAAC ACCTTGCATGCCGCCTCCCGCCGCCTCGCAGTGGGCGTGACTCGAGGTGGACGCGCATTTACGACACCAT CGCCCCTAGGATCGGACTGCGCTGCGGAGGGTTCTGGGAAAGGTAGTCCCACACCTCGAGTCGACTACTT CCGTTTCCGGTGGGCGCGTCACCTTGATTGCTTCTTAGGCAGTGGTGAGGCGTCTTAGAGACGTGCATCT CCATGCGGTTGTACTGTCAGGCCATGGGAATTAGGATCGGCTCTATAGGAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF229_1 ↗ | 19:44,448,467 | 負股 | 44,448,457–44,448,516 |
| ZNF229_2 ↗ | 19:44,448,472 | 負股 | 44,448,462–44,448,521 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBS6K · enhancer · 44447768–44448441 · regulatory
ENSR19_9MMC9 · promoter · 44448442–44448818 · regulatory
· motif · 44447937–44447951 · motif
· motif · 44448482–44448491 · motif
· motif · 44448486–44448497 · motif
· motif · 44448486–44448497 · motif
· motif · 44448488–44448497 · motif
· motif · 44451353–44451364 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:825 aa
ZNF229 長 825 個胺基酸。其 N 端具有 KRAB 結構域,並在序列後段排列 18 個 C2H2 型鋅指,其中第一個標註為退化型;另有一段位於第 1 至 26 個胺基酸的無序區域註解。該蛋白質歸屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF229 的細胞內定位註記為細胞核。 現有資料未提供定位改變的條件、動態或不同異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CABP5Q9NP86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TPM2P07951-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ACCTTGATTGCTTCTTAGGCAGTGGTGAGGCGTCTTAGAG40ACGTGCATCTCCATGCGGTTGTACTGTCAGGCCATGGGAA80TTAGGATCGGCTCTATAGGACCAGTGTGAAGGGACAACGT120GCGGCGGAGGGTCGAAGCCCACGGATTTCCATGAGCTCGG160CCTGGCTTCCTTCTTGGAATTGTTCGTTTCTCGGAGATAA200TTGTATAAAAGAAGGAGAAATAACCCCACATCTCTTGACA240CTAGAGCTCCAGGTCCCCTGACCATGGGAAGCAGTCGCGC280TCTGGACAGTAAAGGTGGAGACAGGAACTTGTCAGAGCTT320GGAGAGTTTCCGGAATGAAAAAGGCCTGGATCTTCTGCGT360CTCCAGCTTAGGAAAACCAGAGAATAAATACAGTTGCTGC400TGCTCGCAGAGAACCTAGCAGAAGAGACCATGGAGACTTT440GACCTCAAGGCATGAGAAAAGAGCTCTTCATTCTCAAGCC480TCAGCCATTTCCCAAGATAGGGAGGAGAAGATCATGTCTC520AGGAGCCATTGAGCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCAC560TGAGGAGGAGCTAGAGCTGCTGGACTCTACCCAGAGGCAG600CTGTACCAAGATGTGATGCAGGAGAATTTCAGGAACCTAC640TCTCAGTGGGTGAGAGGAATCCTCTGGGAGACAAGAATGG680AAAGGATACGGAGTATATTCAAGATGAAGAATTAAGGTTC720TTTTCACACAAAGAGCTCTCCTCATGCAAAATCTGGGAAG760AGGTGGCAGGTGAATTACCTGGGAGCCAAGACTGTAGAGT800AAATCTGCAAGGAAAAGACTTCCAGTTCTCAGAAGATGCT840GCTCCCCATCAAGGGTGGGAAGGAGCATCTACGCCGTGTT880TTCCAATTGAGAATTTCCTGGACAGTCTACAAGGGGATGG920GCTTATCGGTCTAGAAAATCAACAGTTTCCAGCCTGGAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。