基因總覽
ZNF225 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 225。其蛋白質屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,具有 KRAB 區域及多個 C2H2-type zinc finger,整體呈現含有多個鋅指結構的蛋白質特徵。現有資料將其可能角色概括為參與轉錄調控,但未提供更具體的標的或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262894 ★ | 44,113,399–44,134,822 | 5 |
| ENST00000589155 | 44,112,181–44,130,981 | 5 |
| ENST00000592780 | 44,113,386–44,132,874 | 6 |
| ENST00000860842 | 44,113,386–44,135,473 | 5 |
| ENST00000923722 | 44,113,386–44,135,473 | 5 |
| ENST00000971393 | 44,113,386–44,135,473 | 5 |
| ENST00001118075 | 44,113,386–44,135,473 | 6 |
| ENST00001135153 | 44,113,386–44,135,473 | 5 |
| ENST00000860840 | 44,113,395–44,135,473 | 6 |
| ENST00000860841 | 44,113,395–44,135,473 | 5 |
| ENST00000588926 | 44,113,415–44,118,492 | 5 |
| ENST00000923725 | 44,113,427–44,135,473 | 5 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF225 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控;目前這項描述保留為可能性,來源未提供可確認其作用方向、調控標的或分子機制的細節。因此,尚不能據此判定它會促進或抑制特定基因的轉錄,也無法推定其影響哪些細胞過程。
這項功能註記提供的是概括性角色,而非已界定的調控路徑。現有資料沒有說明 ZNF225 是否直接接觸 DNA、辨識何種序列,或是否透過其他分子實現轉錄調節;也未指出相關作用發生的細胞情境。故目前可支持的結論限於:ZNF225 可能與轉錄調控有關,具體作用方式與生物學後果仍未由所列資料說明。
Promoter 與基因調控
>ZNF225 ENST00000262894 GRCh38 chr19:44112399-44113499 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCCCATACCCTATCTGCCTAAGTGATGGCTTCTTAACTCGTATATATTAACAACACTGTATTCGTACTA GATGCCATTGCCATTGAATTATGTGCCTTAAAATAATTTTGTTTTGTGAATTACACCTCAAAAATATTTT TTAAATAATAAAACGACCACGTTAAAAACGTTTTGCATAGCGAAAAACAAGTCAAAGGAAAAAAGCTTTT TGGTTGAGCAATATTTGATACAATGTTAATATGAGTATGTAAATAATACTTAACGGAGGGGAAAAAACTA AACACTCAATAGAAATGTGGGCAAACTATTTGACCAATTCACAAAGACTATAATAGTGGCAACGGAAAAT ATGCACGGATGTTCCACTTTATTTACAAAAGAACAAATACAAATTAAAACTACATTTAGAAACCATTTCT TACCATTAGATTAGCAAAACTTAACTCCTCGAAGACTGTGTCTTCTCGCTTGTTCCCTTTCCAATAACAC TCCTGTTATCATTGGAGGCGTTTAGACTTCAGAAATTCCTGTCTATTCAGTATTTTCTGTCCTGGACCAG GGAGAGAGAAGGACGACTCTCAGGATAACAGTTCACATTCCCCACTAGGCAGGCGCTCGTGGCTTTGGGA TTCGTTCCCAGTGGGCACCTCGGAGTGGCAACGCTTCCCCCTGAAGAATGAGATTTTGAGCGTTTTTCCT TCAGCATTCGGAGGAGTGTAATCCAAATGCTCTGTGGAGTCGTACACACTGGCTCCAGAAGGAGGATACA AGCAATTCTGGGAATGGTAGTCCAGACGCTCAGTGGAGTAGCGGTCAGCTTGGCTCCGGCAGGCGAATCA GGGGATTTCTGGGAAATGTAGTCCAGACGCTCAGTGGAGTCTCGGTCAATTTGACTCCGGCAGGTGGATC CCAGGGAATTCTGGGAAGTGTAGTCCAGACGCTCGGGGTCGTCGCGGTCAGTTTGTCTCAGGAATTCTGG GAAGTGGAGTCCAGACACTCAGTGGAGTAGCGGGCCACTTCCGCTCCGTTACTGTGAGGTTGCTGCAGTT TTGTCCCTGGTAGTTTGGGTCAGTTCCGCGAGACCCTTCTGAATTTCCTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF225_1 ↗ | 19:44,113,429 | 正股 | 44,113,380–44,113,439 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBQCZ · enhancer · 44111822–44112513 · regulatory
ENSR19_9MHQ6 · enhancer · 44112711–44113172 · regulatory
ENSR19_83B2HJ · promoter · 44113173–44113427 · regulatory
ENSR19_5DD62F · CTCF_binding_site · 44113333–44113354 · regulatory
ENSR19_BBQD7 · enhancer · 44113428–44114320 · regulatory
· motif · 44109635–44109648 · motif
· motif · 44109635–44109648 · motif
· motif · 44110834–44110849 · motif
· motif · 44110839–44110851 · motif
· motif · 44110842–44110849 · motif
· motif · 44110842–44110857 · motif
· motif · 44110996–44111008 · motif
· motif · 44110999–44111006 · motif
· motif · 44110999–44111014 · motif
· motif · 44111000–44111013 · motif
· motif · 44112263–44112273 · motif
· motif · 44112611–44112620 · motif
· motif · 44113335–44113351 · motif
· motif · 44113341–44113358 · motif
· motif · 44113414–44113423 · motif
· motif · 44113414–44113425 · motif
· motif · 44113953–44113964 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:706 aa
ZNF225 蛋白質長 706 個胺基酸,N 端第 8–78 位標註有 KRAB domain。第 176–646 位包含 17 個 C2H2-type zinc finger;另有一個位於第 652–674 位的退化型 C2H2-type zinc finger。此結構組成符合其所屬的 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF225 的定位資料標示其位於細胞核;來源未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTGGAGTAGCGGGCCACTTCCGCTCCGTTACTGTGAGGT40TGCTGCAGTTTTGTCCCTGGTAGTTTGGGTCAGTTCCGCG80AGACCCTTCTGAATTTCCTGGACCTACGCATTGGATCCTT120AACGAACTGGTGATCGAATTAGGGGAAAAGAAACCTCGTC160GGAGAGCAGAGGCAGGATTCTGCTTTCCCTTGGACTGTAT200CACTCAGGACTCTGAATATTCCCTGAAATAGGAGGAAAAA240TGACCACGTTGAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGACGTGGC280TGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGAGGCTGCTGGACCTT320GCCCAGAGGAAACTGTACCGAGAAGTGATGCTGGAGAACT360TCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATCAATCACTCCACAG400AGATACTTTCCACTTCCTAAAGGAAGAAAAGTTTTGGATG440ATGGAGACAGCAACCCAAAGAGAAGGGAATTTAGGAGGCA480AGATCCAAATGGAGATGGAGACTGTTTCAGAATCAGGAAC520ACATGAAGGCTTGTTCAGTCATCAAACCTGGGAACAAATT560TCAAGTGACTTAACCAGGTTTCAAGACTCCATGGTAAACA600GCTTTCAGTTCTCCAAACAAGATGATATGCCCTGCCAGGT640TGATGCAGGACTATCTATAATTCACGTAAGACAGAAACCT680TCTGAGGGTAGGACGTGTAAAAAGTCCTTTAGTGATGTCT720CCGTCCTTGATCTTCATCAACAACTACAGTCAAGAGAGAA760GTCTCATACATGTGATGAATGTGGAAAGAGTTTCTGTTAT800AGCTCAGCTCTTCGTATTCATCAGAGAGTTCACATGGGGG840AGAAACTCTATAATTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTCAA880TCAGAGCTCACATCTGCAAATTCATCAGAGAATCCACACT920GGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGAAAGGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。