基因總覽
ZNF223 是一種蛋白質編碼基因,其產物 zinc finger protein 223 歸屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。蛋白質序列具有 KRAB 區域,並包含多個 C2H2 型鋅指,其中部分鋅指被註記為退化型。現有資料將其基本特徵歸納為鋅指家族蛋白,並指出它可能參與轉錄調控;可用資訊未進一步說明其特定調控對象或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000434772 ★ | 44,052,036–44,067,999 | 5 |
| ENST00000585552 | 44,052,006–44,060,924 | 4 |
| ENST00000911410 | 44,052,006–44,067,999 | 6 |
| ENST00000911411 | 44,052,006–44,067,999 | 6 |
| ENST00001124739 | 44,052,006–44,069,308 | 5 |
| ENST00001124740 | 44,052,006–44,067,419 | 5 |
| ENST00001141239 | 44,052,006–44,067,999 | 5 |
| ENST00000911408 | 44,052,015–44,067,999 | 5 |
| ENST00000911409 | 44,052,035–44,067,999 | 4 |
| ENST00000591850 | 44,060,364–44,066,602 | 3 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF223 可能參與轉錄調控。現有功能資料僅提出這項可能性,未指出它調節哪些基因或轉錄程序,也沒有交代其作用方向、發生條件或調控結果。因此,目前可支持的功能描述限於其可能涉及轉錄調控,不能據此進一步推定具體的分子機制或生物學效應。
Promoter 與基因調控
>ZNF223 ENST00000434772 GRCh38 chr19:44051036-44052136 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTTCCTGGCTTCTCATTGCCCCTCCCAACCCATTCTACCTGGCTCATTCTTTAAACCAGTGGTCCCCAA CCGTTTTAGCACCATGGACCGGTTTTGTGGAAGACAATTTTTCCACGGACTGGGGAATGGTTTCGGGATG AAACTGTTCCACCTCAGCCATTAGATTCTCATAAGGAGCGCCTGACCTAGATCCTTCGCACGCACAGTTC ACAATAGGATCCGCGCTCCTATGAGAATGTAATGCTGGGCTGATCTCACAGGAGGTGGAGCTCAGGCCAT AATGCTCCCTCACCTGCCGCTCACTTCCTGCTGTGCCGCCCGGTTCCTAACAGTCAGTGGACCGGTACAG GTCTGTGGCCCTGGAGTTGGATATCCTTGCTTTAAACCCTGAGCCTCCTTTCAGCCATCTGACGGCTCAA CAGTCACTCTATCTAGCTCCTTGAATATTGTATCTCCTCGCTTGTTCCCTGTCCAAGAACACTCCTGTCA ATCATGGGAGACATTTAGACTTCATAAATTCTTTCTATTCAATATTTTCGCTCGAGGACTCTGGGAAGGA CAACTGTCAGGGTAACAGTCTGCATTCCCCACCAGGAACCTGGGGCTATGAAATTCGTTCCCCGTGGGTG TTGCGGGAAGTGTAATCGAGGAGCACCATGTAGTCGCAACACTTGAGCCTAAAGGGTGAGGTGATGGACA TTTTCCTTTTGCATCTGAGGCTCTGCAGTCCAGACACCTTGCGGGATTCCTGATACTTCAGCTCAGGTAG GCGTTTCCGGAGAATTCTGGGAAGAGTAGTCCATTTTACGGGAAGTGTAGTCCACTGGCTCGTGGAACAC TGGGTATTTTGGCTCTGGCAGGTGAACCGTTGAATTCTGGGAACGATAGTCCAGACACTCTGCGGAGTCC CGGGCCCTTTGGCTCAGGGGGGCGGGTCCGGGGAATTCTGGGGAGTGGAGTCCAGACACTCTGGCGCAGA GAGGACACTTCCGGTCTCCTAGTCTGAGGTTCCTGCTTTAATGACCGGGGTAGTTTGAGCCATTTCTGCG TCTTGCAGGACATTTTGAACGAACCCCCTTTGCTTGAGGCTCGCAACCACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF223_1 ↗ | 19:44,052,036 | 正股 | 44,051,987–44,052,046 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9MH4G · promoter · 44051546–44052051 · regulatory
ENSR19_9MH4L · enhancer · 44052052–44052469 · regulatory
ENSR19_5DCR7F · CTCF_binding_site · 44056093–44056114 · regulatory
· motif · 44051337–44051346 · motif
· motif · 44051337–44051348 · motif
· motif · 44051839–44051850 · motif
· motif · 44051963–44051973 · motif
· motif · 44052021–44052030 · motif
· motif · 44052021–44052032 · motif
· motif · 44052021–44052032 · motif
· motif · 44052151–44052164 · motif
· motif · 44052151–44052164 · motif
· motif · 44052317–44052332 · motif
· motif · 44052319–44052332 · motif
· motif · 44056095–44056111 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:482 aa
zinc finger protein 223 長 482 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列第 8–78 位為 KRAB 區域;第 176–450 位分布十個 C2H2 型鋅指,其中第六與第十個被註記為退化型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 223 定位於細胞核。 現有資料未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CABP5Q9NP86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- MDFIQ99750 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- ZC4H2Q9NQZ6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTCTGAGGTTCCTGCTTTAATGACCGGGGTAGTTTGAGC40CATTTCTGCGTCTTGCAGGACATTTTGAACGAACCCCCTT80TGCTTGAGGCTCGCAACCACCCGATGATCGATGATCGTCT120CAGGGGAAAAGAAGCCTTGGCGAAGAGCAGAGGTTTAGAG160GCACAATTCTGCTTTCCCTGGAACTGTGTCATTCAGGACT200CTGCAAATTCCCTAAAGTAGGAGGAAAAATGACCATGTCC240AAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCAGTGGTCTTCA280CTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCTTGCCCAGAGGAA320GCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTG360CTGTCAGTGGGGCATCAACCATTCCACCGAGATACTTTCC400ACTTTCTAAGGGAGGAAAAGTTTTGGATGATGGATATAGC440AACCCAAAGGGAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAACCT480GAGATGAAGACTTTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGGGT520GGTCCTGCCAGCAGATCTGGGAAGAAATTGCAAGTGATTT560AACCAGGCCTCAAGACTCTACCATAAAGAGCTCTCAGTTC600TTTGAACAGGGTGATGCCCACTCCCAGGTTGAGGAAGGAC640TATCTATAATGCACACAGGACAGAAACCTTCCAATTGTGG680GAAGTGTAAACAATCCTTCAGTGATATGTCCATCTTTGAT720CTTCCTCAGCAAATACGCTCAGCAGAGAAGTCTCATTCCT760GTGATGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACATCTCAGCGCT800TCATATTCATCAGAGAGTCCACCTGGGAGAGAAACTCTTT840AAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTTAC880ATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACC920TTTCAAATGTGAACAATGTGGGAGAGGCTTCAGATGTAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。