基因總覽
ZNF222(zinc finger protein 222)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。其序列長 451 個胺基酸,包含位於 N 端的 KRAB 區域,以及一串排列於後段的 C2H2 型鋅指,其中兩個被註記為退化型。這些結構註解提供了辨識其家族與區域組成的基本資訊;目前可用資料對其生物學角色僅有概括描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000391960 ★ | 44,025,379–44,033,110 | 4 |
| ENST00000587846 | 44,025,326–44,028,386 | 4 |
| ENST00000891278 | 44,025,326–44,033,222 | 3 |
| ENST00000929482 | 44,025,326–44,033,222 | 4 |
| ENST00000929483 | 44,025,326–44,033,110 | 4 |
| ENST00001129678 | 44,025,326–44,030,097 | 4 |
| ENST00001138574 | 44,025,326–44,033,222 | 4 |
| ENST00000187879 | 44,025,363–44,033,222 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF222 可能參與轉錄調控。現有資料僅提出這項可能性,未進一步說明其調控的基因、作用方向,或是促進還是抑制轉錄,因此無法據此界定其具體調控效果。
其蛋白質序列具有 KRAB 區域及多個 C2H2 型鋅指,但目前資料並未交代這些結構在 ZNF222 中如何作用,也沒有指出其辨識的 DNA 序列、作用標的或參與的細胞過程。因而,雖然轉錄調控是已提出的可能角色,相關分子機制與生物學影響仍未獲這些資料具體說明。
Promoter 與基因調控
>ZNF222 ENST00000391960 GRCh38 chr19:44024379-44025479 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTGGCCAGGTATGGTGGTACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGA ACTCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCTTGGGCGACAGAGTGAGA CTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAAGAAGGCGCAAATAAATGGAGATATATCCATTATTAAT GGATTGGGCGACTTGATATTGCAAGGCTGTCAATACCTATATCTATAGATTCAATGCAATCCTTAATCAC AGTAACATTTTTCTCAGAAATGAAAAAATCCACCTGAGATTCATGTGAAATATCAAGGGACACTCTCTCC CATGGTCATATTTTAGACCTCGTCATTTTCTAGCAAATATTCCTCCATAATAATTTGCAGCACTACTCTC CAACAACTTTGACTTGTATTTCCACCTTGGTCCCACCAGCATGCTAGCATCAGTAATATTAGAACCTCGC CAATACCTACAGTCCACTGAGACGATCACCTTTTTACTCTTTCAACTCCTCGTGTACTCACAGCCTGCCA AGCACATTTCTTGTCAGGAGAGGACAGCTCACTTCTCCTAATGTCTCACTTCCCAAAATTGTGTCCCATG AAAATTTCTAGCTAGATGAAGGCAGAGAAAGAAAATATTTGATTTCTTAGGCTTTATGGAAGCGATAGGA ATGGCAATAGTGGTTTGGAATGGAGACTGCACGCACCAGTCAACAGGGTGTGTCCCGAATAAGCAGTGGG TAAAGGACATTTACTGAAATGCTATCTCCAACTCCACTTCAGGAAAGCTTGCTGCAGAGTTAGAGTGATA TAGTCCAAATGCTCTGTTTGAGTCGCGGGCCCTTTGTCTCACACGGGCGAGTCCGGGGAATTCTGGGAAG TGGAGTCCACACGCTCTGTGGAGGCTCGAGCACTTCCGGTCCCCAACTGTGACGTTGCTATTTCATTTAC CACAGTAGTTTGAGTCATTTCCACATCTTGCGAGTCCTTCCGAACGAGTCTCCTTTCCTTGGGGCTCGCA ACCACCCAATGATCGATTCAGGAGAAAAGAAGCCTGGGCGGAGAGCAGAGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF222_1 ↗ | 19:44,025,379 | 正股 | 44,025,330–44,025,389 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9MGRP · enhancer · 44024861–44025222 · regulatory
ENSR19_839XLL · promoter · 44025223–44025389 · regulatory
ENSR19_BBPWG · enhancer · 44025390–44026105 · regulatory
ENSR19_839XMF · enhancer · 44026653–44026814 · regulatory
· motif · 44025319–44025328 · motif
· motif · 44025319–44025330 · motif
· motif · 44025319–44025330 · motif
· motif · 44025592–44025599 · motif
· motif · 44025856–44025863 · motif
· motif · 44025931–44025943 · motif
· motif · 44025934–44025941 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:451 aa
ZNF222 長 451 個胺基酸。其 N 端第 8–85 位為 KRAB 區域;第 145–419 位則註記有十個 C2H2 型鋅指,其中第六與第十個被標示為退化型。這些區域註解描述了蛋白質的序列組成,並與其 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族分類相符。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF222 的細胞內定位標示為細胞核;未提供定位隨條件變化或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CCACATCTTGCGAGTCCTTCCGAACGAGTCTCCTTTCCTT40GGGGCTCGCAACCACCCAATGATCGATTCAGGAGAAAAGA80AGCCTGGGCGGAGAGCAGAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGA120TGTGGCTGTGATCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTG160GACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTTG200AGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTGGGGCATCAACCATT240CCATGGAGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAAGAAAAGTTT280TGGGTGATGGGGACAACAAGCCAAAGAGAAGGGAATTTGG320GAGGCAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGC360AGGAACACATGAAGAATTTTCCTGCAAGCAAATTTGGGAA400CAAATTGCAAGTGACTTAACCAGGTCTCAAGATACCACCA440TAAGTAACTCTCAGTTATTTGAACAAGATGACAACCCCTC480CCAGATTAAAGCAAGACTATCTACAGTTCACACAAGAGAA520AAACCTTTCCAGGGTGAAAATTGTAAACAGTTCTTCAGTG560ATGTTTCCTTCTTTGATCTTCCTCAGCAGTTATATTCAGG600AGAGAAGTCTCATACCTGTGATGAGTGTGGAAAAAGCTTC640TGTTACATCTCAGCCCTTCATATTCATCAGAGGGTCCACA680TGGGAGTGAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGA720ATTTAGTCAGAGCTCACGTCTGCAAACTCATCAAAGAGTC760CACACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGAGCAGTGTGGGA800AAGGCTTCAGATGTAGATCAGCACTTAAAGTTCATTGCAA840ATTACACATGAGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGAAATGT880GGGAAGGCTTTCATGCACAATTTCCAGCTTCAGAAACATC920ACAGAATTCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGAAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。