基因總覽
ZNF217(zinc finger protein 217)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質長 1,048 個胺基酸,具有多個 C2H2 型鋅指結構域,並包含數段預測為無序的區域。這些結構特徵構成 ZNF217 的基本分子特性;來源另指出它可參與目標基因的轉錄調控,以及與細胞增殖和細胞死亡相關的生物學作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371471 ★ | 53,567,071–53,593,839 | 6 |
| ENST00000302342 | 53,567,071–53,583,097 | 5 |
| ENST00001132820 | 53,567,071–53,594,029 | 6 |
| ENST00000437222 | 53,568,820–53,576,027 | 2 |
| ENST00000431687 | 53,582,542–53,608,892 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF217 可結合目標基因的啟動子,並以轉錄抑制因子的方式作用。也就是說,它能在目標基因啟動子處參與調控,降低相關基因的轉錄活性;來源未列出具體目標基因,也未說明此作用所涉及的完整分子步驟,因此不宜延伸推定其調控範圍或機制細節。
在細胞層級,ZNF217 被指出可促進細胞增殖,並拮抗細胞死亡。這些描述反映其功能與細胞數量維持及存活相關過程相連,但來源沒有提供特定細胞類型、實驗條件或細胞死亡途徑,故無法據此進一步限定作用情境。
另一項具體作用是促進 AKT1 在 Ser-473 位點的磷酸化。這項結果將 ZNF217 與 AKT1 的特定位點修飾連結起來;來源未說明磷酸化增加是直接或間接造成,也未提供其上下游步驟,因此只能表述為 ZNF217 促進該位點磷酸化。綜合而言,來源支持 ZNF217 兼具啟動子相關的轉錄抑制作用,以及與細胞增殖、抗細胞死亡和 AKT1 Ser-473 磷酸化相關的功能;各作用之間的因果關係與先後順序則未被交代。
Promoter 與基因調控
>ZNF217 ENST00000371471 GRCh38 chr20:53593739-53594839 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAAATCTTTGGTGTTTTTCGCGCACAGCTGCCTTCTAACCCGCGAGCAACGGCGTTAAGGTTTTTGTTTG TAATTCGGGGTGACCCAGGGGTTCGGGCCGCGGGCCCCTCCCCTCGCCCGCGCACACCTTGCAGAGGAGG GGGCGGCGGGGACAGGGCCGGATCTGCGCCTGCGCACACCCTCGCGGCCCCCTCCCTCCGGCCTCCCCGG GTACCTGTCACGGCTACCGCCGCGGCGCGCGCCCGCCACGTTAAGCCGGATGGCGGGAGGAGGGGTGCGG GGCGGGGGGCGCGGGGAGGGTGGCACGGCGCGCGCGTGCGCGGGAGTCGCCGAGCGAGAACTGGGAGTGC GCGCGCTCGCCGCTCGCTCCCGTCCCGGAGGCGGAGTCGGCGGCGGGGGGCGGAGCAGGGGCGCGCCTAT GCTAGTCACGTGGGCGCTGGGGCGGGGCCGGGGCGGTGTGGGGCGTGGCCGGGCGGCCGGTGAAGGCAGG GGGCGGGGCGGCCGGTGAAGGCAGGGGGCGGGGCGTCTCCGAGCGGCGGGGCCGAGGGAGGGCGCAACAG CTGCTCCCTGAACACTTTCTGACCCAACAGTCCCCCAGCGCCGGACGCGCCGCGCCCCGGCGGCTCTAGG GACCCCCCGCGCCTGCACTGTCCCCGCGCGGACGAGTAGGGGGCGCCCGCGCCTTTGCCCCCGTGCGCAC CCCCGCCCCGCTCACCTTAGCCCCGCGCCCGAGGTGAGCCCGGCCCCTATATTCTCCGGGCGGGGGTGGG GGTGGGGGACGCTCCTTTTTTGTTGGGGGGGGGTCTTGGAGGCGCGAAGGCACTAGGCTCCTCGGCGGAT GGCTGCACCCCTCGCCCGCGGCTCCCCGTGTCTTTTGGGGGGCCGGGTGCGGGCGCGGAATCCGGGAGGT GTCCGCACAAAAGGCTGAGAGAAACTCCGCGACGCCTCCCTCCCTCCCTCCGCCCTCCCCGCCCCCTCCC CTCCGCGCCCGCTCCTCCTCATTCAAACCCGGCCGGCCCGAGTGGTGTCAGCTCAGTCCCGGCCGCCGCC GCGCGAGGAAATGGCCGAGGAGCCGGAGCCGCAGGTAAAGGGGGCGCGCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF217_2 ↗ | 20:53,583,167 | 負股 | 53,583,157–53,583,216 |
| ZNF217_1 ↗ | 20:53,611,629 | 負股 | 53,611,619–53,611,678 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_9R9CJ · promoter · 53593829–53594329 · regulatory
ENSR20_7564FG · CTCF_binding_site · 53594282–53594362 · regulatory
ENSR20_D4MRL · enhancer · 53598204–53600251 · regulatory
· motif · 53589040–53589054 · motif
· motif · 53589400–53589414 · motif
· motif · 53589405–53589414 · motif
· motif · 53589516–53589527 · motif
· motif · 53589604–53589618 · motif
· motif · 53589703–53589714 · motif
· motif · 53589887–53589899 · motif
· motif · 53590425–53590439 · motif
· motif · 53590941–53590952 · motif
· motif · 53591067–53591082 · motif
· motif · 53591094–53591107 · motif
· motif · 53591198–53591211 · motif
· motif · 53591231–53591243 · motif
· motif · 53591347–53591358 · motif
· motif · 53591347–53591358 · motif
· motif · 53591347–53591361 · motif
· motif · 53591876–53591890 · motif
· motif · 53592920–53592934 · motif
· motif · 53593560–53593574 · motif
· motif · 53593636–53593643 · motif
· motif · 53594070–53594083 · motif
· motif · 53594131–53594144 · motif
· motif · 53594284–53594300 · motif
· motif · 53594318–53594334 · motif
· motif · 53594343–53594359 · motif
· motif · 53594406–53594415 · motif
· motif · 53594406–53594415 · motif
· motif · 53594518–53594529 · motif
· motif · 53594518–53594529 · motif
· motif · 53594522–53594533 · motif
· motif · 53594664–53594675 · motif
· motif · 53594664–53594675 · motif
· motif · 53595936–53595949 · motif
· motif · 53598034–53598048 · motif
· motif · 53598039–53598048 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1048 aa
ZNF217 蛋白質長 1,048 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2 型鋅指蛋白家族。序列註解列出七個 C2H2 型鋅指,分布於胺基酸 65–238 及 375–521 的多個區段;另有數段區域被註記為無序,包括胺基酸 242–262、315–375、395–457、644–670 與 772–883。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF217 的細胞定位為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
ZNF217 是一種含 HDAC2、KDM1A、CTBP1 與 ZNF217 的組蛋白去乙醯酶複合體成員。它也可能是 BHC 組蛋白去乙醯酶複合體的成員;此複合體包含 HDAC1、HDAC2、HMG20B/BRAF35、KDM1A、RCOR1/CoREST、PHF21A/BHC80、ZMYM2、ZNF217、ZMYM3、GSE1 與 GTF2I。此外,ZNF217 與 CTBP1 及 CTBP2 有交互作用;來源未進一步說明這些交互作用的性質。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF217 可結合目標基因的啟動子並發揮轉錄抑制作用;此外,它與促進細胞增殖、拮抗細胞死亡相關,並可促進 AKT1 在 Ser-473 位點的磷酸化。來源未進一步說明這些作用的細胞情境或分子步驟。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the promoters of target genes and functions as repressor. Promotes cell proliferation and antagonizes cell death. Promotes phosphorylation of AKT1 at 'Ser-473' PMID 16203743 ↗ · PMID 16940172 ↗ · PMID 17259635 ↗ · PMID 18625718 ↗ |
| 交互作用 | ZNF217 是含 HDAC2、KDM1A 與 CTBP1 的組蛋白去乙醯酶複合體成員;它也可能屬於包含 HDAC1、HDAC2、HMG20B/BRAF35、KDM1A、RCOR1/CoREST、PHF21A/BHC80、ZMYM2、ZNF217、ZMYM3、GSE1 與 GTF2I 的 BHC 組蛋白去乙醯酶複合體。此外,ZNF217 與 CTBP1、CTBP2 交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of a histone deacetylase complex that contains HDAC2, KDM1A, CTBP1 and ZNF217. May be a component of a BHC histone deacetylase complex that contains HDAC1, HDAC2, HMG20B/BRAF35, KDM1A, RCOR1/CoREST, PHF21A/BHC80, ZMYM2, ZNF217, ZMYM3, GSE1 and GTF2I. Interacts with CTBP1 and CTBP2 PMID 12493763 ↗ · PMID 16940172 ↗ · PMID 18625718 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF217 位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATTCAAACCCGGCCGGCCCGAGTGGTGTCAGCTCAGTCCC40GGCCGCCGCCGCGCGAGGAAATGGCCGAGGAGCCGGAGCC80GCAGGGTTTGGAAATCCCTTGTCTCCAGGTTGCTGGGATT120GACTTCTTGCTCAATTGAAACACTCATTCAATGGAGACAA160AGAGAACTAATGCTTTGTGCTGATTCATATTTGAATCGAG200GCATTGGGAACCCTGTATGCCTTGTTTGTGGAAAGAACCA240GTGACACCATCACTGAGCTTCCTAAAAGTTCGAAGAAGTT280AGAGGACTATACACTTTCTTTTGAACTTTTATAATAAATA320TTTGCTCTGGTTTTTGGAACCCAGGGCTGTTAGAGGGGTG360AGTGACAAGTCTTACAAGTGGCCTTATTCCAACTCCAGAA400ATTGCCCAACGGAACTTTGAGATTATATGCAATCGAAAGT440GACAGGAAACATGCCAACTCAATCCCTCTTAATGTACATG480GATGGGCCAGAAGTGATTGGCAGCTCTCTTGGCAGTCCGA520TGGAGATGGAGGATGCCTTGTCAATGAAAGGGACCGCTGT560TGTTCCATTCCGAGCTACACAAGAAAAAAATGTCATCCAA600ATCGAGGGGTATATGCCCTTGGATTGCATGTTCTGCAGCC640AGACCTTCACACATTCAGAAGACCTTAATAAACATGTCTT680AATGCAACACCGGCCTACCCTCTGTGAACCAGCAGTTCTT720CGGGTTGAAGCAGAGTATCTCAGTCCGCTTGATAAAAGTC760AAGTGCGAACAGAACCTCCCAAGGAAAAGAATTGCAAGGA800AAATGAATTTAGCTGTGAGGTATGTGGGCAGACATTTAGA840GTCGCTTTTGATGTTGAGATCCACATGAGAACACACAAAG880ATTCTTTCACTTACGGGTGTAACATGTGCGGAAGAAGATT920CAAGGAGCCTTGGTTTCTTAAAAATCACATGCGGACACAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。