基因總覽
ZNF200(zinc finger protein 200)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為含鋅指結構的蛋白質。蛋白質序列長 395 個胺基酸,具有五個 C2H2 型鋅指,均位於序列後段;另有一段被註解為無序區域。其已知特點包括與 PRMT3 的直接互作,以及參與 PRMT3 的細胞內定位與穩定性調節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000414144 ★ | 3,222,325–3,235,158 | 5 |
| ENST00000396868 | 3,222,324–3,235,457 | 5 |
| ENST00000431561 | 3,222,324–3,235,186 | 5 |
| ENST00000854057 | 3,222,324–3,235,996 | 6 |
| ENST00000854058 | 3,222,324–3,235,187 | 5 |
| ENST00000854060 | 3,222,324–3,235,070 | 5 |
| ENST00000854061 | 3,222,324–3,235,155 | 5 |
| ENST00000854062 | 3,222,324–3,235,158 | 6 |
| ENST00000854063 | 3,222,324–3,235,126 | 5 |
| ENST00000946755 | 3,222,324–3,236,008 | 7 |
| ENST00000946756 | 3,222,324–3,236,008 | 6 |
| ENST00001133834 | 3,222,324–3,235,158 | 5 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF200 的來源支持功能集中於調節 PRMT3 的細胞內命運:它能將蛋白質精胺酸 N-甲基轉移酶 PRMT3 定位至細胞核。此定位作用與兩者之間的直接互作有關,並非單純描述兩種蛋白質各自所在的位置。
互作具有明確的結構區域關係:ZNF200 透過其 C 端與 PRMT3 的鋅指區域接觸。這項直接互作是 PRMT3 進入細胞核定位所必需的條件,顯示 ZNF200 的作用是藉由與 PRMT3 結合,協助其核內定位。
這種互作也與 PRMT3 的蛋白質穩定性相關。來源指出,ZNF200 和 PRMT3 的直接結合可抑制 PRMT3 的蛋白酶體降解;因此,ZNF200 除了影響 PRMT3 的位置,也會限制其經蛋白酶體途徑被降解。來源未進一步說明這些作用對特定細胞過程或生理結果的影響,故其功能意義可界定為調節 PRMT3 的核定位及避免其蛋白酶體降解。
Promoter 與基因調控
>ZNF200 ENST00000414144 GRCh38 chr16:3235058-3236158 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CGGCCGGTGCGGACAGCAGTGTAGAAGTTAGCAAGCTGGAGTGGGCAATGTCGGTGCCCCATCTCTAACC TATGGGAGTCACCAGAGCGGGGGCGGAGTCCCATGGCGGCCACACCCTGTCCGCCTCCGCAGTCTTTTTA CTGGAGAACCGCAGTAAAAGGCGGAAACCGCGGAGGCGTCTTGATTTTCCGGTCGGAGAGATAGCTTGCT TCCTTTAAGCCTCGGGGTAGGGGGGTGGGGAGGGTAGGGGGGTGGGGAGGGTAGGGGGGTGGGGAGGGTA GGGGGGTGGGGGGGTGGGGAGGGTAGGGGGTGGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGG GGTGGGGAGAGTAGGGGGTGGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGTGGGGAGAGTA GGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGGTGGGGGTTGGGGGGTGGCGCCGTGGGGGGT GGCGGGGTGGGGGGTGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGGGGTGGGGGGTGGGGAGAGTAGGGCGGTGGGGGAG TGGCGGGGTAGGGGGGTGGCGGGGTGGGGGGTGGGGGGAGCGCGGGCGCTGGGTGGGCGGGGGGTGGGGC GGTGGGGGGGCCTGCCCCGCCCCAACCGCCGCGCCTGACGGTCGTCCATTGGTTGTTTGCATTCGAACTA CATTTCCCAGCAGGCCCTGGGGTTAGACTGGCCGCAGCTGGAGAGGTGCCAGCCCGTCGTGGATGACTAG AGCCAACCACCTGCCTTCCGTCTTCCAGGCAGAACCACAGAGAGGCTACAGCCGTCCTGGCCTCCCTCCG GCCCTGAGAGCTCCTCTGGCCTGTCTCAAGTCTTAACGTCTCAAGCGCAGACTGCCGGCTCCGAACGGGG AGACCAGGCTTCTGCACCGGAAACAAGGCACCGGTTGTGACGTCACAGCCGCAGAGCGCCCGACTTCCCA GAAGGCACCGAGTCCCTGCCGTTCTCCTCAACTGGCGGCGGCGCGAACGAATAGTCGCCGGCGACCTGTG AGGGCACTCGGAAGGGCGAGGGGAGGGCTCGACCGCTCGCGCCTAGTTTTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF200_1 ↗ | 16:3,235,158 | 負股 | 3,235,148–3,235,207 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_BMBZ · enhancer · 3234529–3235059 · regulatory
ENSR16_BMC4 · promoter · 3235060–3235622 · regulatory
ENSR16_939ND · enhancer · 3235894–3236301 · regulatory
· motif · 3234351–3234362 · motif
· motif · 3234849–3234864 · motif
· motif · 3234925–3234941 · motif
· motif · 3235188–3235203 · motif
· motif · 3235200–3235215 · motif
· motif · 3235200–3235215 · motif
· motif · 3235201–3235214 · motif
· motif · 3235201–3235214 · motif
· motif · 3235224–3235233 · motif
· motif · 3235262–3235277 · motif
· motif · 3235388–3235404 · motif
· motif · 3235979–3235992 · motif
· motif · 3236026–3236039 · motif
· motif · 3236062–3236075 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:395 aa
ZNF200 蛋白質長 395 個胺基酸。序列第 252–274、280–302、308–330、336–358 及 364–386 位各有一個 C2H2 型鋅指;第 157–208 位則註解為無序區域。第 246–395 位被註解為與 PRMT3 互作的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有定位資料未描述條件變化或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TASOR2Q5VWN6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZNF200 與 PRMT3 有直接互作:ZNF200 以 C 端區域接觸 PRMT3 的鋅指區域。這項互作具有功能作用,為 PRMT3 定位至細胞核所必需,並抑制其蛋白酶體降解;來源未將兩者描述為特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF200 可將蛋白質精胺酸 N-甲基轉移酶 PRMT3 定位至細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | ZNF200 透過 C 端與 PRMT3 的鋅指區域直接互作;此互作是 PRMT3 定位至細胞核所必需,並可抑制 PRMT3 的蛋白酶體降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via C-terminus) with PRMT3 (via zinc-finger); the interaction is direct and required to localize protein arginine N-methyltransferase PRMT3 to the nucleus and inhibit its proteasomal degradation PMID 39513743 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF200 定位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GTTCTCCTCAACTGGCGGCGGCGCGAACGAATAGTCGCCG40GCGACCTGTGAGGGCACTCGGAAGGGCGAGGGGAGGGCTC80GACCGCTCGCGCCTAGTTTTTCTATCTCTCCCGGAGCCTG120AGTCTCTGAGCCGTCCCCAGCAAACGCTCAGGGGCTGCAG160AGGCCCCGAGAGCTTGGCTCTCTGGCAGATTTCCTCTAGT200AAGAGGTGGCTCTGGAGGCCCCGCGAAACGAGTGTGGTGT240GTGGTTGCAAGGCATGATGGCTGCAAAAGTGGTTCCTATG280CCCCCAAAGCCAAAGCAGTCCTTTATACTGAGAGTTCCGC320CAGACTCCAAGCTGGGCCAAGACCTACTTCGAGATGCCAC360TAACGGGCCCAAGACCATCCACCAGCTAGTGCTGGAGCAC400TTCCTCACCTTCTTGCCCAAGCCAAGCCTGGTCCAGCCCA440GTCAGAAAGTCAAGGAGACCTTGGTTATTATGAAAGATGT480GAGCTCAAGCCTTCAGAACAGAGTGCATCCTCGTCCCTTG520GTGAAGCTTCTGCCCAAAGGAGTCCAAAAGGAACAAGAGA560CAGTGTCTCTGTATTTGAAAGCTAACCCTGAGGAGCTGGT600GGTCTTTGAGGATTTGAATGTATTTCACTGCCAGGAAGAA640TGTGTGAGCTTGGATCCTACTCAACAACTCACGTCAGAGA680AGGAAGATGACAGCAGTGTCGGGGAAATGATGTTACTGGC720AGTCAATGGCAGTAATCCTGAAGGTGAAGATCCTGAGAGG760GAACCTGTAGAAAATGAAGATTATAGAGAAAAGTCTTCAG800ATGATGATGAAATGGATTCTTCCTTGGTCTCTCAGCAGCC840TCCCGATAACCAGGAAAAGGAACGACTAAATACATCCATT880CCACAAAAAAGGAAAATGAGAAATCTGTTAGTTACCATTG920AGAATGATACTCCTCTAGAGGAACTCTCAAAATATGTAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。