基因總覽
ZNF19 是人類的蛋白質編碼基因,其產物 zinc finger protein 19 屬於 Krüppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質長 458 個胺基酸,具有位於 N 端的 KRAB 結構域,以及排列於後段的多個 C2H2 型鋅指區域;其中第十個鋅指被註記為非典型。這些家族與結構特徵提供辨識其蛋白質類型的基本資訊;至於其可能參與的調控作用,則僅有來源所述的概括性描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000288177 ★ | 71,473,583–71,489,324 | 6 |
| ENST00000567225 | 71,464,555–71,482,160 | 4 |
| ENST00000565637 | 71,474,379–71,489,314 | 5 |
| ENST00000565100 | 71,474,384–71,484,610 | 4 |
| ENST00000866317 | 71,474,748–71,484,579 | 5 |
| ENST00000866318 | 71,474,748–71,482,160 | 4 |
| ENST00000948558 | 71,474,749–71,565,502 | 8 |
| ENST00000866316 | 71,474,750–71,565,085 | 8 |
| ENST00000564230 | 71,474,810–71,489,314 | 6 |
| ENST00000568815 | 71,476,194–71,487,110 | 6 |
| ENST00000561469 | 71,477,886–71,478,999 | 2 |
| ENST00000564225 | 71,478,283–71,546,335 | 6 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
zinc finger protein 19 可能參與轉錄調控。這項描述指出其與基因轉錄調控有關的可能性,但沒有進一步說明調控方向、作用對象或分子機制,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的表現。
目前提供的功能資訊未交代其作用所需的細胞或實驗條件,也沒有指出參與哪些特定生物學過程、是否透過直接結合 DNA 發揮作用,或是否需要其他分子協助。因而,ZNF19 的功能可概括為可能涉入轉錄調控;更具體的調控方式與生物學意義,則無法由現有資料進一步確定。
Promoter 與基因調控
>ZNF19 ENST00000288177 GRCh38 chr16:71489224-71490324 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTGTAATAATTACTAATATCTAGTGAGTGTTTAGTATGTGCTAGACATTGTACTGATTTACATGTACTAA CATCTAATCCTCACAACAATCCGGGGAATAAATACTATTATTATCCTAGTTTTAGAAATAAATGTGACAC TTACAGGTTAAGTAATGCACCAAAGGTCACAGAGTGGTCCTTTGGCCTTTGAAACAAAGCATCCTGATGC CAGGCTGTGCTCCTTACCACTATGTCATACTGTTGTAAAGGAGATGGGACTAAGAAGCTCTAAGTCCCCA GTTTGTTTTGTAATTCTGTGACAGTGATCACAAACGTTTTGACAGTCCAGCAAAATCCTGGCCAGAGTTC TCTTTTGTGGACCCAGAAAGCCACAGGCACTAACACTTTAGAGCTATCTCTCTTAGCCCATATGCCCTGC GCTTTTGGCATTTTCTTTATCATTTAGAGGGGAAGGAGGGCAAGGGTCTGAGGAGCCTTGAATGGTGACT TGGACTCCAGGGGTAGTGGCAAACCATTGGAGGTTACAGTGCATGGAATTAAAGACAGCTTGAATGGTAT AATCTGACTGGCTCATTTTACAGAAGACAAAAGCTGCTCAGAGACACAAGGGTCTTCCTCAATGGCCCGT GAGTGGCAGAGCTTGTGAAAGGAAGTTGATTCACTGCGAGTGAACCAGAACTCAGAAAGACCAGTAAGCA ACCAGGAAACACCGGCCACCATCTAGGCCTGTGGTGATGGCGGTTTTATCACGAATTCCTTCCTGACAAT CAACTGCTCCCGGGCAGAAGCGATCGCTTTCTTGACCCACCCAAATGGACAATGACCCAGGCGTGAGGTT CCTGAGGAGAGAAAAAAGTGTGTACAAGGAAAGGAAGAGGATGTCTCCCAATCGGAAACACCGAGATGCG GAAAAGTTGCACCGTAGAAAGAGCAGCCGTGCTCATGACGCACTTCTGGCCTCCAAGCGCCCCACAAGCG TGACGCACTTCCGGCCTCCTAACCGTTCTCGCTAGCGGTGCGCTTCTGGCCTGTTTTGAGTCCGCGCTCA AAGGTGCCAAAGTGCAAGGACCCACAGTTGGGCGGAGCTTGGGTTGGGAGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF19_1 ↗ | 16:71,484,618 | 負股 | 71,484,608–71,484,667 |
| ZNF19_2 ↗ | 16:71,489,324 | 負股 | 71,489,314–71,489,373 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_BJ733 · enhancer · 71483937–71484599 · regulatory
ENSR16_933D49 · promoter · 71484600–71485083 · regulatory
ENSR16_844QCZ · open_chromatin_region · 71494178–71494355 · regulatory
ENSR16_5LS2XW · CTCF_binding_site · 71494244–71494265 · regulatory
· motif · 71484314–71484331 · motif
· motif · 71484566–71484581 · motif
· motif · 71484614–71484625 · motif
· motif · 71484616–71484625 · motif
· motif · 71484700–71484708 · motif
· motif · 71491719–71491725 · motif
· motif · 71492207–71492213 · motif
· motif · 71492235–71492246 · motif
· motif · 71492239–71492253 · motif
· motif · 71492242–71492250 · motif
· motif · 71492694–71492709 · motif
· motif · 71492701–71492723 · motif
· motif · 71492701–71492723 · motif
· motif · 71494246–71494262 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:458 aa
zinc finger protein 19 長 458 個胺基酸,屬於 Krüppel C2H2 型鋅指蛋白家族。其第 14–85 位胺基酸區段為 KRAB 結構域;第 161–433 位包含十個 C2H2 型鋅指區域,其中第十個被標示為非典型。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 19 定位於細胞核。 來源未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 26 個夥伴
- AP1M1Q9BXS5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATPAF2Q8N5M1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCCIPQ9P287 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEX2Q9BXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD9Q9H257-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2LQ86X02 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CINPQ9BW66 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CSNK2BP67870 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CTNNA3Q9UI47-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM72DQ6L9T8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GFAPP14136 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOMER3Q9NSC5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO1P25800 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO2P25791-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGOHBQ96A72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFAB1O14561 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFV2P19404 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUDT22Q9BRQ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RFC5P40937 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SCNM1Q9BWG6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPANXN2Q5MJ10 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX11O75558 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AACCGTTCTCGCTAGCGGTGCGCTTCTGGCCTGTTTTGAG40TCCGCGCTCAAAGGTCTCTGAGGATCCCCGGGTGGAAACT80CCTCCCGGGAGTAAAACCACACAACCACTGAGAAGACCGC120TCCGGCATCCTAGAGAGTACGCGTGTGAGCCTGGGTGCAA160GGCCAAAGTAGTGACGCACTTCCGTTCACGCACCGCTTTC200TGTTTTTCCTGAGCCTTTGCCTGCTAAGAGGGAGACCAGG240TCATGGCAGCCATGCCTCTGAAAGCTCAATACCAGGAGAT280GGTGACCTTCGAGGATGTGGCTGTGCACTTCACCAAGACA320GAATGGACTGGCCTTTCTCCTGCCCAGAGGGCCCTGTACA360GAAGTGTGATGTTGGAGAATTTTGGGAACCTGACTGCTTT400GGGGTACCCAGTTCCCAAACCTGCACTGATCTCACTTTTG440GAGAGAGGGGACATGGCTTGGGGCCTGGAAGCACAGGATG480ATCCCCCAGCAGAGAGGACCAAAAACGTCTGTAAAGATGT520TGAGACCAACATTGACAGTGAGTCCACATTAATCCAGGGA560ATTTCTGAAGAAAGAGATGGGATGATGTCACATGGTCAGC600TGAAGAGTGTCCCTCAGAGAACTGACTTCCCAGAAACACG640TAATGTGGAAAAGCACCAGGACATCCCCACAGTGAAAAAT680ATCCAAGGAAAGGTTCCAAGAATCCCCTGTGCAAGGAAAC720CTTTCATATGTGAGGAGTGTGGGAAATCCTTCAGCTACTT760TTCTTACTATGCTAGACACCAGAGAATCCACACTGGGGAG800AAACCTTTTGAGTGTAGTGAGTGTGGAAAAGCCTTTAATG840GTAATTCTTCGTTAATTCGGCACCAGAGGATTCACACTGG880AGAGAGACCCTATCAGTGTGAGGAGTGTGGGCGAGCCTTT920AATGATAATGCAAATCTGATCAGGCATCAGAGAATCCACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。