基因總覽
ZNF189 是蛋白質編碼基因,其產物 zinc finger protein 189 屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質長 626 個胺基酸,具有位於 N 端的 KRAB domain,以及多個 C2H2-type zinc finger。這些序列特徵構成其家族辨識特色;現有功能註解僅指出它可能參與轉錄調控,未提供更具體的調控對象或作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339664 ★ | 101,398,851–101,410,654 | 3 |
| ENST00000374861 | 101,398,842–101,414,176 | 3 |
| ENST00000615466 | 101,398,842–101,414,176 | 4 |
| ENST00001001192 | 101,398,842–101,414,176 | 3 |
| ENST00001141032 | 101,398,842–101,414,176 | 3 |
| ENST00000259395 | 101,399,028–101,414,176 | 4 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料將 zinc finger protein 189 的功能描述為可能參與轉錄調控。這項註解表示其可能與基因轉錄活動的調節有關,但未指出它促進或抑制轉錄,也沒有說明作用於哪些基因或細胞過程。因此,不能據此推定特定調控方向、靶標或分子機制。
Promoter 與基因調控
>ZNF189 ENST00000339664 GRCh38 chr9:101397851-101398951 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACATGGTGCAGCCGTGCAGCAGAAAAAGCAGTAGATGGGGAGTTAGGAGACATATGTTCTAGATCCAGCT TTGCAATTAACTTGCTTTGTGACTTTGGGAAAATCACTTCCCTCCTGTGGGCCTGTTTCCTCATATGTTG GAGTACCTCGAGGATGAGAATGGATTTTGTTTTTCCTGCTGTATCCTAGGCGCTTAGAGTAATGCTGGCC CTAAGAAATCTGTTGAATGACTGAATGAATGAACAAACAAAAGGAGGAGGCAGTACTTCATTACTGAACC TTGCTTGTGAAGAAACACAGCCGGCAAATGAGTTTAGTTTACCAAGCGCTTTCATGTGTTTGCAGACAAC ACACTCGGTGTCTCGCACACGAGGTTAATCCTGCTTGCTTAATAAATAAATGAATGAGTGAAGTGAAAAG GAAAGGGGGTGGTATTTCCGTTATAAAATGAGAAAACTAAGGCCGAGAGTGGAAGAGACTGGGTCCCACC ACTCAATGAGTGCTTCTCAACTCGGGACCCTAACCGGACCTCCTTGTCCTTGCTCTGATCAGGCGCGGGA CCACGATGGCGTAACACTCTATTTTGAATTCGTCCCTAATCCTCCTTAACTTTCCTTGAACATGACCCAC CGTCCACCATAAAGCTTTACCTGAATCGAGACCAAAATTCTCTACATGGTGTCCCTGAGACTGTCCACAT GAAGACTCTTCTGGTAATGCCCGACACAGATCGCGCCGCCATCTTCGATGAGATCCACGGGCCTGAGCGC AGCCTTCAGCCAGCAGTGACGCGCCCAGACCAGCCAATCGGATACAATCCCAGTGGCAAGAGCTTTCTTT TTCCTGTAGGCTCCCTCGCCCTTTGCACGCTGGGAAATGTAGTCCAGTAGCTGTTGCTGGCGGCGTCTGG ACCGCGGCGCTCTTTCCGAGCATGACGGGAGTTGTAGTTGAGGGGGCCTCGGGAAGAATCTGGGTGACGC CTTCTGGTCCGGGGGCGGGCGGTCATAGCGTTACTTGGCTGCAAGGAGGAGGAACTGGCAGCGGGGAGGA GGCTCTAGCGAGGCCTGAAAGGCTGCGTAACCAGGCAGGAGTAGGGGTTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF189_1 ↗ | 9:101,398,890 | 正股 | 101,398,841–101,398,900 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_BQ5BT · enhancer · 101397609–101398607 · regulatory
ENSR9_93H8MX · promoter · 101398608–101399099 · regulatory
ENSR9_5TSXM2 · CTCF_binding_site · 101398821–101398842 · regulatory
ENSR9_93H8ND · enhancer · 101400185–101400472 · regulatory
· motif · 101394853–101394868 · motif
· motif · 101394853–101394868 · motif
· motif · 101394873–101394887 · motif
· motif · 101398584–101398594 · motif
· motif · 101398625–101398641 · motif
· motif · 101398771–101398787 · motif
· motif · 101398823–101398839 · motif
· motif · 101398948–101398963 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:626 aa
zinc finger protein 189 長 626 個胺基酸,N 端含 KRAB domain(第 14–89 位)。蛋白質另有 16 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 148–422 位、第 456–590 位,以及第 599–621 位;其中第 423–455 位區段未列出此類特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
zinc finger protein 189 的定位註解為細胞核。 資料未提供條件性定位變化、不同異構型差異或細胞內動態的說明。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GGTCATAGCGTTACTTGGCTGCAAGGAGGAGGAACTGGCA40GCGGGGAGGAGGCTCTAGCGAGGCCTGAAAGGCTGCGTAA80CCAGGCAGGAGTAGGGGTTGGGGTTCGGGGTTGGGGGACA120GCCAGGGATCGCGTCTGATATGCTGTTGGGGTCGTGACCG160TCTGGGGGCCGAGGCAGGCACTGGCCAGACCCAGCCAGGG200ATCCTCGTATTCGTCGAGCCTAATTTCCAGCAGCCGGGTA240GGCCTCACCAGAGGCTCCTTTCCGTGAGGCCGCCCCCAAT280TCCTGCCCCTATTCTCTGCCTGGGAGATGGCTTCCCCGAG320CCCCCCGCCGGAGTCGAAGGGGTTGCTGACATTTGAGGAT360GTGGCTGTGTTTTTTACCCAGGAGGAGTGGGATTATCTGG400ACCCAGCTCAGAGAAGCCTGTATAAAGATGTCATGATGGA440GAATTATGGAAACCTGGTCTCACTGGATGTTTTGAACAGA480GATAAGGATGAGGAGCCAACTGTAAAACAAGAGATTGAAG520AAATTGAGGAAGAAGTGGAACCACAGGGTGTAATAGTTAC560AAGAATCAAAAGTGAAATTGACCAGGATCCTATGGGTAGA600GAAACATTTGAACTTGTTGGTAGGTTAGATAAACAAAGAG640GGATCTTCCTATGGGAAATACCAAGGGAATCTTTGACCCA680GGAACAGAGAATGTTCAGAGAAAACACTAACATTATCCGT720AAAAGACCAAACTCAGAAGAGAAATGCCATAAATGTGAAG760AATGTGGAAAGGGTTTTGTCCGCAAGGCCCATTTCATTCA800ACATCAAAGGGTCCATACTGGTGAGAAACCTTTTCAGTGC840AATGAATGTGGGAAAAGTTTTAGTCGCAGTTCATTTGTTA880TTGAACATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAGGCCCTATGA920GTGTAATTACTGTGGAAAAACCTTTAGTGTGAGCTCAACC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。