基因總覽
ZNF180(zinc finger protein 180)是人類蛋白質編碼基因,位於第 19 號染色體。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,具有 KRAB 區域及一系列 C2H2-type zinc finger,整體長度為 692 個胺基酸。這些家族與結構註解界定了蛋白質的基本特徵;現有功能資料則指出,它可能參與轉錄調控,但未提供更具體的作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000592529 ★ | 44,474,443–44,500,522 | 5 |
| ENST00000221327 | 44,470,957–44,500,540 | 5 |
| ENST00000391956 | 44,470,957–44,500,540 | 4 |
| ENST00000911254 | 44,470,957–44,500,532 | 4 |
| ENST00000911255 | 44,470,957–44,500,532 | 4 |
| ENST00000911256 | 44,470,957–44,500,540 | 4 |
| ENST00000911257 | 44,470,957–44,500,532 | 5 |
| ENST00000911258 | 44,470,957–44,500,510 | 6 |
| ENST00000911259 | 44,470,957–44,500,225 | 5 |
| ENST00000911260 | 44,470,957–44,497,971 | 4 |
| ENST00000940757 | 44,470,957–44,500,207 | 5 |
| ENST00000940758 | 44,470,957–44,500,207 | 5 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,zinc finger protein 180 可能參與轉錄調控。這項描述屬於可能性陳述,並未確定其調控的基因、作用方向或具體分子步驟,因此不宜據此推定它會促進或抑制特定基因的轉錄。
資料也未提供其調控作用發生的生物學情境、相關細胞過程或實驗條件,亦沒有說明其是否直接作用於 DNA,或是否藉由其他分子達成調控。因而目前能確定的功能範圍僅限於可能涉及轉錄調控;其調控對象、機制與生物學結果仍未由這些資料說明。
Promoter 與基因調控
>ZNF180 ENST00000592529 GRCh38 chr19:44500422-44501522 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGACGGTGAGAGCCAAATGAATCCCTCAGGAGAGGCTGCTAGGGAGTGCAAAGAGCACCTGCAAACGACC AGGGGCTGGAGTCTGCTGGATCTGTTGGAGAATGGGGAAAATGTGCCAAGCAAATGGGCAAGAAATGAGG GCAAAGAGAAAAGGGGACTACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGGCGGATCACCTGAGGTC AGGAGTTGGAGACTAACCTGGCCAACGTGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGG CGTGGTGGCTGGCGCCTGTAATCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAATCCGGGAG GTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCTATTGCCCTCCAGCCTGGGCGACAAGAGCGAAATTCCGTCT CAAAACAACAAAACAAAACAAAACAAAAACAGAGAAAAGGGGAGAGGTGGGGGGAACAGATCCTTCAGGC CTTATAGGCAGAGAAAGAACTCAAAATTTAAAAATAAAATGATTATATTTTAGTATTATTAAATGTAAAA ACATAGATTCCTGAAGGGTTCGGTAGACGCTCCCTCCACTGTAAAATGGGGATGTCGCAACTGTCTCACA GGTTTCCCCTAGGACTAGAGGAGACAAGGGGTCGCGCGCAGCGTCTGACAGGCAGGGGGCACCCAGAAAG GGTCCCCGCCATTTCTATTGGATTCTGACGTCACGCCAGAGCGACTCCCCATGCGTCGCTGCACTGGCCT CGGCCTCCCGGCGCCGCGGCTGGTCTTAGTGCTCCCCCTAGACCTGCACATGCACAGGTGTGGCGCCCCC CCGGGCCCCGGACGAGGACGCCCTCTTAGCTTCTGGCCCGGTCCCCCGCCCCACTTCCTTGGAGAAGCCG GAACCCCGCCTACTGACCGTCCGCGCCGCGGAGGCTTCTGGGAATTGTAGTTCTGGCTCTCCGAGCCCAA GTGCACTTCCGGGTTCGGCCACAAGAGCAGCCATTGTCCCGCGCGCGGACGCTTGCTGTCGCCGAGCAGC TCGGCCCTTCAGACTTAACCCCCAGCGGCCTTGCGGATGCTGACTAGGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF180_1 ↗ | 19:44,500,520 | 負股 | 44,500,510–44,500,569 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_BBSG4 · enhancer · 44499485–44500499 · regulatory
ENSR19_BBSG7 · promoter · 44500500–44501012 · regulatory
ENSR19_5DGLGD · CTCF_binding_site · 44500828–44500849 · regulatory
· motif · 44497041–44497052 · motif
· motif · 44499747–44499764 · motif
· motif · 44499897–44499905 · motif
· motif · 44499897–44499912 · motif
· motif · 44500078–44500089 · motif
· motif · 44500078–44500089 · motif
· motif · 44500226–44500237 · motif
· motif · 44500226–44500237 · motif
· motif · 44500526–44500539 · motif
· motif · 44500528–44500539 · motif
· motif · 44500528–44500539 · motif
· motif · 44500530–44500539 · motif
· motif · 44500691–44500700 · motif
· motif · 44500778–44500794 · motif
· motif · 44500787–44500800 · motif
· motif · 44500787–44500800 · motif
· motif · 44500809–44500819 · motif
· motif · 44500830–44500846 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:692 aa
zinc finger protein 180 長 692 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其第 72–145 位胺基酸區段為 KRAB;第 353–683 位範圍內註解有 12 個 C2H2-type zinc finger,依序排列,彼此區段相隔。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 zinc finger protein 180 定位於細胞核;未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- KIFC3Q9BVG8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDEL1Q9GZM8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- KIF1BO60333-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEFLI6L9F6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEFLP07196 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PEX1O43933 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRPS1P60891 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ACAAGAGCAGCCATTGTCCCGCGCGCGGACGCTTGCTGTC40GCCGAGCAGCTCGGCCCTTCAGACTTAACCCCCAGCGGCC80TTGCGGATGCTGACTAGGAGAGGGGACCGAACTAGCTTAA120CCCGAGTCGGCCGTGTTGCAGAATCGGGGCAGGGGGTTGC160CTAACCCGAGTTCGTCCTGCCGCAGAGCCGTGCTAGGCAC200TGAGGCGGTGACAGGCCCAGCCTGGGCTGCGGGCCAGCGG240ACGCCCAGTGCAGCTCAGGACCTCAGCACCCTGCTGTGCC280TGGAGGAGAGCATGGAAGAGCAGGATGAGAAGCCCCCAGA320GCCCCCGAAGGTCTGTGCACAGGATTCTTTCCTTCCTCAA360GAGATTATCATCAAAGTCGAGGGAGAAGACACTGGGTCTC400TGACCATCCCATCTCAGGAAGGAGTGAACTTCAAAATTGT440GACTGTGGACTTCACACGGGAGGAACAGGGTACTTGCAAC480CCTGCTCAGAGGACCCTGGACAGAGATGTGATCCTGGAGA520ACCACAGGGACCTAGTCTCTTGGGACTTGGCAACTGCAGT560TGGAAAAAAAGATTCAACTTCAAAGCAGAGGATTTTTGAT600GAAGAACCAGCTAATGGAGTGAAGATAGAAAGGTTTACAA640GGGATGATCCTTGGTTATCTTCATGTGAAGAAGTGGATGA680TTGTAAAGACCAGTTGGAGAAGCAACAGGAAAAACAAGAG720ATACTTTTGCAGGAAGTGGCATTCACTCAAAGGAAAGCAG760TTATTCATGAGAGAGTCTGCAAAAGTGATGAAACTGGGGA800GAAGAGTGGTCTGAATTCCAGTCTATTTTCATCCCCAGTT840ATACCCATAAGAAACCATTTTCATAAACATGTATCACATG880CTAAAAAATGGCATCTTAATGCTGCTGTAAACAGTCATCA920GAAGATTAATGAGAATGAGACACTATATGAAAATAATGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。