基因總覽
ZNF18 的正式名稱為 zinc finger protein 18,屬於蛋白質編碼基因,其產物歸入 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質全長 549 個胺基酸,含有 SCAN box、KRAB 區域及五個 C2H2-type zinc finger。來源指出它可能參與轉錄調控,但未提供更具體的調控方式或作用條件。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000580306 ★ | 11,977,439–11,997,475 | 7 |
| ENST00001106315 | 11,956,202–11,997,475 | 6 |
| ENST00000991636 | 11,977,439–11,997,475 | 7 |
| ENST00001015270 | 11,977,439–11,997,438 | 8 |
| ENST00001089380 | 11,977,439–11,997,440 | 7 |
| ENST00000991638 | 11,977,440–11,993,586 | 6 |
| ENST00001015267 | 11,977,440–11,997,475 | 7 |
| ENST00001015268 | 11,977,440–11,997,475 | 5 |
| ENST00001015269 | 11,977,440–11,997,440 | 7 |
| ENST00001116657 | 11,977,440–11,997,438 | 7 |
| ENST00001116658 | 11,977,440–11,997,438 | 7 |
| ENST00001125838 | 11,977,442–11,997,475 | 8 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF18 可能參與轉錄調控。現有資料未說明其調控方向、作用標的、分子機制或所涉及的特定生物學過程,因此無法據此進一步判定它如何影響基因表現。
Promoter 與基因調控
>ZNF18 ENST00000580306 GRCh38 chr17:11997375-11998475 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATGATAATGACAGCTCTTCTTTAAATTTTTATTTTTTATTTATTTTATTTCCATAGGTTATTGGGGAACA TGGCAGCTTTTTTTGAATACCCTCCTCTTTGCCAGTTGCCCAAGGTGGAACACCCAAACTTTGACATGAT ACTTCCATTAATGCAACTTAGTATCACAAGTTGATGTCGTGGCCCAGCACAGGATGGCCTGGAAACCGGC AACACTGGACGCTGGGGAAAGGGTAAGAAGGTCTTGACCATTACAAATGGTGTGGAACTGAGCCGAGGGA GGGATAGTGAGAAGGGAGAGAGGGTGAGGTGTCTGAGAGACAATGAGGTCAAATCAGAGGATTCAGCCAT TGTTGGCGTGTGGGAAAGGGAAGGAGAAGGGAAGAGTCAGGGATGACATTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGA AGAGAGAGAGACGCAGGTGGAAAGAGGATGGCACCACATTGGACTAGCCCCAACGGAATGGGGAGAAGTG GGAGAGGACCCAGGGGATGCAGAGCTGATGAGAGTGGGAGAACCAAGACAGAGGAAGAAGGTTGGGGCAA ATCAAGTGTCTCAGGGAGGCCCAGTGAGGCAAGAACGGAAAGGAGAAAGGCGGCGGTTAAGAATCAGGGA TAATGGCAGAGCGTTGCAGCTCTGCGGGTGGGACTGGGCGGAAGGGTTTGGGAGAGACAAAGAAATGATC TTTGAAGGCCTCGCAGTGCTTGGCCGAGTGCCTGGCACAGAATAGGTGCGCAATAAATGACGGGTGAGAA GTGAAGGAACTCAGGAACAGTGATTAGTGAGTGAGTGACGGAAGGAACGGAGGATGGCGTTGGCTCGGGA ACCTCGCTGCCATGTCGGTGGAGGCTCCTGGGCTGCAACGCCAGAGAGAGGCGGGGCGTCCCCGACGGCC AATAGGAGCTTCGGTATCAGCTCCGCCCCCGCCCCCTAGCTCCGCCCGGTGCCGCACGTCGTTCGCCTGC CGCCTGAGGCGCGCGCAGCCACCCAGCTCCCGGAAGTGCGCCCGGAGCCGGCGCCGCGGGCCGAGGTGAG CGCGCTTGCGGGGCGGTCCCGGCCTCCGGCCGCTCGGGGTCAGGCCTTGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF18_2 ↗ | 17:11,992,988 | 負股 | 11,992,978–11,993,037 |
| ZNF18_1 ↗ | 17:11,997,464 | 負股 | 11,997,454–11,997,513 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_B4D9N · enhancer · 11996624–11997361 · regulatory
ENSR17_8CJ5Z · promoter · 11997362–11997593 · regulatory
ENSR17_54S775 · CTCF_binding_site · 11997520–11997541 · regulatory
ENSR17_B4D9R · enhancer · 11997594–11998306 · regulatory
ENSR17_54S77N · CTCF_binding_site · 11997643–11997664 · regulatory
· motif · 11997298–11997309 · motif
· motif · 11997383–11997390 · motif
· motif · 11997458–11997467 · motif
· motif · 11997458–11997469 · motif
· motif · 11997458–11997469 · motif
· motif · 11997522–11997538 · motif
· motif · 11997531–11997544 · motif
· motif · 11997645–11997661 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:549 aa
ZNF18 蛋白質長 549 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其註解包含 SCAN box(第 41–123 位)、KRAB 區域(第 211–283 位),以及五個 C2H2-type zinc finger(第 408–430、436–458、464–486、492–514 與 520–542 位)。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF18 的細胞內定位註解為細胞核;資料未提供定位變化條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CPNE7Q9UBL6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TTC32Q5I0X7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF446Q9NWS9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ACCCAGCTCCCGGAAGTGCGCCCGGAGCCGGCGCCGCGGG40CCGAGTGTCCTGGTGAAGACCTAGTTCTTGCCGGAGACAA80TTCCACTGCAGAAGCACTTTACTTAAAAGGACTTGCCAGG120CTGGACAATGCCCGTTGACTTGGGGCAGGCCCTAGGCCTG160CTGCCATCGCTGGCGAAGGCCGAGGACTCCCAGTTCTCAG200AATCAGATGCTGCCCTTCAAGAGGAACTCTCCAGCCCTGA240GACCGCACGCCAGCTTTTCAGGCAGTTCCGTTACCAGGTG280ATGTCTGGGCCTCATGAGACCTTGAAGCAACTTCGGAAGC320TCTGTTTCCAGTGGCTACAGCCAGAGGTTCACACCAAAGA360GCAGATCCTAGAGATCCTCATGTTGGAGCAGTTTCTGACC400ATCCTGCCTGGGGAGATCCAGATGTGGGTGCGGAAACAGT440GTCCAGGAAGTGGAGAAGAGGCAGTGACCCTTGTGGAAAG480CTTGAAGGGGGACCCCCAGAGACTGTGGCAATGGATCAGT520ATCCAGGTTCTAGGACAGGACATCTTATCAGAGAAGATGG560AATCTCCAAGCTGCCAAGTGGGGGAAGTGGAGCCCCATCT600TGAAGTGGTGCCTCAGGAGTTGGGACTTGAGAATTCATCC640TCAGGGCCTGGGGAGCTTCTGAGCCACATCGTGAAAGAGG680AATCTGACACAGAAGCAGAACTAGCCCTGGCTGCCTCCCA720GCCTGCCCGACTGGAGGAAAGGCTGATCAGAGACCAGGAC760CTCGGAGCCTCACTGCTCCCAGCAGCACCTCAGGAACAGT800GGAGACAACTGGATTCCACTCAAAAGGAGCAATACTGGGA840TCTCATGCTGGAGACCTATGGGAAAATGGTCTCAGGAGCA880GGCATTTCCCATCCCAAATCTGACCTGACTAATTCAATAG920AATTTGGGGAAGAGCTGGCAGGAATATACCTTCATGTCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。