基因總覽
ZNF177(zinc finger protein 177)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質長 481 個胺基酸,具有 N 端 KRAB 結構域及多個 C2H2-type zinc finger 區域,其中部分區域被註記為退化或非典型。這些結構特徵界定了它的蛋白質家族歸屬;現有資料將其主要角色概述為可能參與轉錄調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000683217 ★ | 9,363,013–9,382,617 | 8 |
| ENST00000343499 | 9,363,001–9,382,190 | 9 |
| ENST00000888362 | 9,363,001–9,382,188 | 8 |
| ENST00001142800 | 9,363,001–9,382,617 | 8 |
| ENST00000592912 | 9,363,031–9,378,979 | 5 |
| ENST00000589262 | 9,374,636–9,382,185 | 6 |
| ENST00000920310 | 9,374,636–9,382,190 | 6 |
| ENST00000590616 | 9,378,269–9,382,617 | 5 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,ZNF177 可能參與轉錄調控。這項描述限定為「可能」的功能關聯,並未進一步說明它在何種細胞或生物條件下作用,也沒有提供具體的轉錄調控方向或標的,因此不能據此判定它會促進或抑制特定基因的表現。
資料亦未交代 ZNF177 如何影響轉錄、是否直接接觸 DNA,或是否透過其他分子發揮作用;目前可支持的功能敘述僅止於可能參與轉錄調控。因而,對其分子作用方式、調控對象及相關生物過程,現有來源沒有提供足以延伸說明的資訊。
Promoter 與基因調控
>ZNF177 ENST00000683217 GRCh38 chr19:9362013-9363113 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CACTCACGCCGGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCTAGACGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAG ACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCAG CCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGC ACTGAGCCCACAGTGCGCCACTGCACTACAGTCTGGATGACAAGCAAAGCTCAATCTCAAAACAATAATT TTTAAAGTAATGATTATCTTAACCATTCTTAAATCCTTCTGTCTAGTAGGAATCTTATTCATGGGAGTGT CTGGAAAAGGGACAAAGAGCGGCTATTGAGATTTTTTTAAAGCCTGGATTTGGGATGTCTGAACAGTGAA TAACTCCAAAGCCATTTAAAAATCATCTTTTTTTCTACCACCGGACTGAGCTTTTCAGTTTTAATTCCAA GGTTCCAATCATATAGATGTGAGTCAAACCCTGTTGGGCCAAACAGGATCTCCTTTGTTGGCGGATAATT TCAAGTGCTCACAGAGACCCTCCGTTTTTTTTTAAATACCTGGACTTAATTGTTTAAACTGGAGTCCGGA CCAAAACATCTCTGACCTCGGGGGTCTTCCTTTGGTCAGGAAGAGGGGAGGGAGCAATTGGACCCCTTTC CCTCTGCGGCTGCAGAGTCCAATTTTCCTCTGGGGACATTTGCTTTTTCCCTTGGGGAAGACAGTACGGA TTCTAGTTCTGTGGACTCTTTTACTTAGCTTTGAGACCCAAGCAAGTTAATTGGCTTGTGCCTCTTATTT TACTCTAATGCAATGAATAAAGACAGTCCCAGCCTTCGCCCTAAGGGAGCAGGAGCACCTGCGATGCCCC GTTCCCAAGTCCTCAGGGCGAATCCGCCAAATGTGCGAGCTGGGCAGCCCACCCCTTTCAGCTGCTGGCC GGAAGCGGAAGTGGGCGTCCGTCGCCTCGCCATCTCCCATAGCTGTCGCCTGCAGCTGAGAAAGGGTTGC TGTCCCAGCAGGCCAGGTCCAGGTGCGCCCCACTAGTGAGGCCGGCGGAAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF177_2 ↗ | 19:9,363,031 | 正股 | 9,362,982–9,363,041 |
| ZNF177_1 ↗ | 19:9,366,168 | 正股 | 9,366,119–9,366,178 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_89FNC · promoter · 9362794–9363030 · regulatory
ENSR19_95PC9 · enhancer · 9363031–9363492 · regulatory
· motif · 9362990–9362999 · motif
· motif · 9362994–9363005 · motif
· motif · 9362994–9363005 · motif
· motif · 9362996–9363005 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:481 aa
ZNF177 蛋白質長 481 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其 N 端含 KRAB 結構域;另有十個 C2H2-type zinc finger 區域,其中兩個註記為退化型、一個為非典型,其餘七個未標示這類特性。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF177 的細胞內定位標示為細胞核;未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- ARHGAP21J3JSM9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BOLA2-SMG1P6A0A087WZT3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CSNK2A1P68400 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CT55Q8WUE5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC8Q8IYI6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO1P25800 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MLH1P40692 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMVKQ15126 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKAB2O43741 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKAR1BP31321 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMB1P20618 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNAP25P60880-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNAPC5O75971-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF4Q9BUZ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZGPATQ8N5A5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GTCGCCTCGCCATCTCCCATAGCTGTCGCCTGCAGCTGAG40AAAGGGTTGCTGTCCCAGCAGGCCAGGTCCAGGGCTGGGT80ATAAGTAAGCAAGAAGAGGGCCTGGGAGAAGAGTCTGACG120AGCAAGGGGAAGGTAGCCAAGGATGGAGTGAAATACAGGA160GATGCGGTCTTGCTGTGTTGCCTAGGCTGGTCTCAAACTC200CTGCTCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAC240ATTTATATTTAAAGTAATTATTGATGGCTCTGCCTGCTTA280GGACTCTGCCCAGCCAGGAAGGAAACCTACAGGAGGAAGA320ATGGCTGCAGGGTGGCTGACAACCTGGTCACAGAACTCAG360TAACCTTCCAGGAAGTGGCAGTGGACTTTTCCCAGGAGGA400GTGGGCATTGCTGGACCCTGCTCAAAAAAATCTATACAAA440GATGTGATGCTGGAGAACTTTAGGAACCTGGCCTCAGTAG480GGTATCAGCTCTGCAGACACAGTCTGATCTCCAAGGTGGA520TCAAGAACAGCTGAAGACAGATGAAAGAGGAATTTTACAA560GGTGACTGTGCAGACTGGGAAACTCAACTTAAACCAAAAG600ATACAATTGCTATGCAGAACATTCCTGGGGGAAAAACATC640CAATGGCATAAACACGGCAGAAAATCAACCTGGTGAGCAC680TCCCTGGAGTGTAACCATTGTGGGAAATTCAGAAAGAACA720CTCGCTTTATTTGTACAAGATATTGCAAGGGAGAGAAATG760CTATAAATATATAAAGTATAGCAAAGTCTTCAACCATCCC800TCAACTCTTAGGAGTCATGTGAGCATTCACATTGGAGAGA840AAACTCTTGAATTTACTGATTGTAGAAAAGCTTTCAATCA880AGAGTCATCCCTCAGGAAACACTTAAGAACTCCCACAGGA920CAGAAGTTTCAGGAGTATGAGCAATGTGATATGTCCTTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。