基因總覽
ZNF175(zinc finger protein 175)是蛋白質編碼基因,位於人類第 19 號染色體。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,具有 KRAB domain,並含多個 C2H2-type zinc finger,其中部分被註記為 atypical。蛋白質全長 711 個胺基酸;來源另標示其具有 disordered 區域及 nuclear localization signal。這些特徵界定了 ZNF175 的蛋白質家族歸屬與基本結構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262259 ★ | 51,571,283–51,592,510 | 5 |
| ENST00000545217 | 51,571,250–51,574,210 | 2 |
| ENST00000596504 | 51,571,250–51,581,546 | 3 |
| ENST00000912771 | 51,571,250–51,589,735 | 5 |
| ENST00000958253 | 51,571,250–51,589,722 | 5 |
| ENST00000958254 | 51,571,250–51,589,722 | 5 |
| ENST00001105204 | 51,571,250–51,589,738 | 5 |
| ENST00001142335 | 51,571,250–51,592,510 | 5 |
| ENST00000436511 | 51,573,173–51,589,738 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF175 的來源功能註記涵蓋趨化因子受體表現調節,以及對 HIV-1 複製的干擾。就受體調節而言,ZNF175 會下調數種趨化因子受體的表現;來源未列出受體名稱,也未說明此調節發生的細胞或分子機制,因此不能據此推定特定受體或下游作用。
在 HIV-1 相關作用中,ZNF175 透過抑制 Tat 誘導的病毒 LTR promoter 活性,干擾病毒複製。這項描述指出其作用與病毒啟動子活性受抑有關,並將結果連結至 HIV-1 複製受到干擾;來源沒有進一步提供實驗系統、作用步驟或其他可能機制,故不宜延伸解讀。
兩項功能註記分別涉及趨化因子受體表現與 HIV-1 病毒轉錄調控。現有資料支持的具體內容限於前者下調數種受體表現,以及後者抑制 Tat 誘導的病毒 LTR promoter 活性並干擾複製;未提供兩者之間的關聯,也未說明這些作用是否依賴相同的分子機制。
Promoter 與基因調控
>ZNF175 ENST00000262259 GRCh38 chr19:51570283-51571383 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTATTATTCAAATGGACTAAAAATGAGGTATGAAGTAATTAAAAGTAATATGGTGGCTTTAAGTGCAGA GATGGGGTGGCAGAAGCTGTGAACACAGAATGTAAAATCGGTAACTACAAAATGGCACAAACTACGAAAG CAATATATTTAAATTACTATTTTTTAAAAAAGAAGGATCATTTCAGATCTTCACCTTCAGATCCTCACTC AGCCCTGCCTCCTATTTCCCATAATCAGCCATTTTTTTAATTTTATGATTGCTATTACTCACCTTCTAGA ATATATTTTTGTTTATTTGATTGAACAACCTCTTCCTGAAAATTCTGCCCAGTTGGGCTGGCTGACATTG ATCTCAGTAATTGTGTTTTTTTCCTTTAACTTGATTATATTTTTTTCATTCGCCTCTCTTTAAATGAAGT GTCCCAAGAGCCCTAAATTCTCTCTTCAGGTGGTCGCTTGGTAGGTTACTTCATCAATAGGTTCATCCAG GTATAGAGAGCAATGGTGTAAGGATAACAAAGATACAATTTCTCAGAAAGATAACATTTTCAAAAGTGCT ATTAAAGACAGTGAGTTGTTCAGCAATTCAGGAAAAAAAAGTCTTTAAATCAGAGGGAAAAATATAGAGA AAAAGTATTTTTCAGAATACATGTCAGTTTCTCCTAGAAATATATATACACAAGTATTGAATAGGTCCCC TGCCAATGTAGGACCCAAGACTTTTACTCTGTGACATTCCATTTGTCCTTGGCTGTACGGAATAAAAGCC CTTTGACGATGGCGGCCTCCAATATCATAATCCGTATGGGTGCGGCCATGCCGTCCTCCCTACCAAGTTT CTGAAGTTGAATGAACCGCGGAATAAAGGTACGCCGTTATACGCCATGATAACTGTTGGCGGAGCGTAGC TTCAAAAGTGTTAGTGGGCATGCGCGCGGTTCAACAGCGCCTACGGAAATCCTAACGGGAATGTAACCCA AACCGGAAGTGGCCTAGAGCGACCATTTAGCTTCTGTTGTTAAGTGGATCTAAGCCTATGTCGCTTACTG GACGCTGAAGTGATTGGGAATATTAGCAGTGGGGGTTCTGTAGGGTCAGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF175_1 ↗ | 19:51,571,287 | 正股 | 51,571,238–51,571,297 |
| ZNF175_2 ↗ | 19:51,571,433 | 正股 | 51,571,384–51,571,443 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_83HX8Z · enhancer · 51566837–51567076 · regulatory
ENSR19_9QGN6 · enhancer · 51570798–51571185 · regulatory
ENSR19_83HXCG · promoter · 51571186–51571314 · regulatory
ENSR19_BD8C6 · enhancer · 51571315–51572055 · regulatory
ENSR19_9QGNK · enhancer · 51572240–51572689 · regulatory
ENSR19_9QGNR · promoter · 51572928–51573338 · regulatory
· motif · 51571059–51571069 · motif
· motif · 51571207–51571218 · motif
· motif · 51571207–51571218 · motif
· motif · 51571262–51571273 · motif
· motif · 51571262–51571273 · motif
· motif · 51571264–51571273 · motif
· motif · 51572940–51572962 · motif
· motif · 51572940–51572962 · motif
來源將 HIV-1 感染列為與 ZNF175 相關的調控條件,但未說明感染如何影響其表現,也未提供調控方向或作用機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:711 aa
ZNF175 蛋白質長 711 個胺基酸,N 端含 KRAB domain,並有 15 個 C2H2-type zinc finger;其中前兩個被標示為 atypical。來源另註記第 1–21 位胺基酸為 disordered 區域,並在第 359–362 位標示 nuclear localization signal。其家族歸屬為 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將 ZNF175 的定位列為細胞質與細胞核,未提供不同條件下定位改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- ALAS1P13196 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSTPIP1O43586 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF250P15622-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF264O43296 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ZNF264Q14C61 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ZNF175 會下調數種趨化因子受體的表現;此外,它可藉由抑制 Tat 誘導的 HIV-1 病毒 LTR promoter 活性,干擾 HIV-1 複製。資料未列明受體種類或更詳細的作用機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Down-regulates the expression of several chemokine receptors. Interferes with HIV-1 replication by suppressing Tat-induced viral LTR promoter activity PMID 14688346 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF175 的細胞內定位包括細胞質與細胞核;來源未進一步說明定位所依賴的條件或動態變化。 | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | HIV-1 感染被列為與 ZNF175 調控相關的條件;資料未指出其對 ZNF175 的影響方向或具體調控方式。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GACCATTTAGCTTCTGTTGTTAAGTGGATCTAAGCCTATG40TCGCTTACTGGACGCTGAAGTGATTGGGAATATTAGCAGT80GGGGGTTCTGTAGGGTCAGGAAGGGGCGGCTGGCTTTGGG120GGAGTGATGAGGGGCTTGTTGGGGGTGGGGGTGCGTGATA160AAGGGATTTCTCGGCTGAAGACGAGGCTGTGAGGCTTCTG200CAGAACCCCCAGGTCAGGCCACATCATTGAGGCTGCAGGA240TCTCTCTTCATAGCCCAGTACGACTCTCCGCCGTGTCCCT280GGTTGGAAAATCCAAACACCTATCCAGCTTCTGGCTCCTG320GGAAAAGTGGAGTTGTCAGCAAGAGAGACCGAGAGTAGAA360GCCCAGAGTGGAGATGCCTGCTGATGTGAATTTATCCCAG400AAGCCTCAGGTCCTGGGTCCAGAGAAGCAGGATGGATCTT440GCGAGGCATCAGTGTCATTTGAGGACGTGACCGTGGACTT480CAGCAGGGAGGAGTGGCAGCAACTGGACCCTGCCCAGAGA520TGCCTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGCTCTATAGCCATC560TCTTCGCAGTGGGGTATCACATTCCCAACCCAGAGGTCAT600CTTCAGAATGCTAAAAGAAAAGGAGCCGCGTGTGGAGGAG640GCTGAAGTCTCACATCAGAGGTGTCAAGAAAGGGAGTTTG680GGCTTGAAATCCCACAAAAGGAGATTTCTAAGAAAGCTTC720ATTTCAAAAGGATATGGTAGGTGAGTTCACAAGAGATGGT760TCATGGTGTTCCATTTTAGAAGAACTGAGGCTGGATGCTG800ACCGCACAAAGAAAGATGAGCAAAATCAAATTCAACCCAT840GAGTCACAGTGCTTTCTTCAACAAGAAAACATTGAACACA880GAAAGCAATTGTGAATATAAGGACCCTGGGAAAATGATTC920GCACGAGGCCCCACCTTGCTTCTTCACAGAAACAACCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。