基因總覽
ZNF169 的正式名稱為 zinc finger protein 169,屬於蛋白質編碼基因,其產物歸入 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。蛋白質長 603 個胺基酸,具有 N 端 KRAB 結構域,以及多個 C2H2-type zinc finger 區域;其中部分區域被註記為退化型。序列中另有兩段被預測為無序區。現有功能資料僅指出它可能參與轉錄調控,尚未提供更具體的作用對象或機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000395395 ★ | 94,259,298–94,301,829 | 5 |
| ENST00000340911 | 94,259,280–94,301,454 | 5 |
| ENST00000718459 | 94,259,280–94,303,967 | 5 |
| ENST00001090943 | 94,259,280–94,295,847 | 5 |
| ENST00001127708 | 94,259,280–94,314,699 | 5 |
| ENST00001127709 | 94,259,280–94,314,699 | 4 |
| ENST00001127710 | 94,259,280–94,294,454 | 5 |
| ENST00001127711 | 94,259,280–94,294,454 | 5 |
| ENST00001128299 | 94,259,280–94,302,997 | 5 |
| ENST00001139865 | 94,259,280–94,301,829 | 5 |
| ENST00000873354 | 94,259,328–94,303,032 | 5 |
| ENST00000873355 | 94,259,328–94,303,023 | 6 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料指出,ZNF169 可能參與轉錄調控。這項描述表示其功能與調節基因轉錄有關,但資料沒有說明它會促進或抑制轉錄,也未指出受調控的基因、特定細胞過程或作用條件,因此不宜將其功能延伸解讀為已確立的調控機制。
ZNF169 的家族分類與蛋白質序列特徵提供了其分子身分的基本背景,但來源並未證實這些結構特徵如何參與轉錄調控,也沒有提供 DNA 結合、調控複合體或其他分子互作的實驗描述。因此,目前可支持的功能結論僅限於「可能參與轉錄調控」;具體分子作用方式及其生物學影響仍未由所提供的資料界定。
Promoter 與基因調控
>ZNF169 ENST00000395395 GRCh38 chr9:94258298-94259398 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCAGTTGGAATTTGAGTTACTGCCAATCTCACCACCTCTGGCTAGAGGGCCCTAAATAAACTCGAAAGGC AGCCTGGGCCACAAGGACGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGCCTGAAGTGGGAAAATTGCT TGAGGCCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGTCAACATAGCGAGACCCAGATTCTTTTTTTTTTTTTTCCCCC TTGAGAAGGAATCTCACTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTACAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCC ACCTCCCGAGTTCAAAGTGATTCTCCTGCCTCACCCTCCTGAGTAGCCGGGACTACAGGCGCCCATCACG ACGCCCAGGTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTTACCACATTGGCCAGGCTGCTCTCGAACT CCTGACCTCTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGG CCGCGAGACCCAGATTCTAAAAAACAAAACAAAAAATTAGCCCGGTGTGGTGCTATGCACCTGTATTCCC AGCTACTCAGAAAGTTGAGGTGAGAGGATTGCTTGGCCAGGGGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTATGATCAC ACCATTGTACTGCAGCCTGGCCGACAGAGCAAGACCCCTTCTCAAAAAATAAGTAAGTAGATAAAGTTCA GGGGTGTACAATCACAGGTGTGAATTTGCAGGATGGAGGACATGTAACATCTTTTTAAAAAAAAAAAAAA TTAGAAGGACCGTATAAAAAGTTAAAGAAGACTTACTGCTCACCTGACCACCCTTCTCATAGACCCGAAA GTTAGATTTTACTTTCTGATTTTTCACAATTTCTCCTGGATGCTGCGGTCCCGCCCCTCGCAGCATTCTG GATGTTGTAGTCCCTCGCTCCAGGGCATCCACGGTAGGGTAGTTGCGCGCCCCGTGGCAGTCTGGGTAGT GTAGTTCCGTGCCCAGGGGCAGTCCGGCTCGCGTACTTCCGCGTTCCGGCATCGTCGCCTGGTGCGTGGT GAGTGTCCTTTCACAGTTCTGGTGAGCTAGCCCGGAGGTGGTCCCCGCTTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF169_1 ↗ | 9:94,259,318 | 正股 | 94,259,269–94,259,328 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_93DF62 · enhancer · 94258789–94259273 · regulatory
ENSR9_77JMLF · promoter · 94259274–94259351 · regulatory
ENSR9_BNP44 · enhancer · 94259352–94259910 · regulatory
· motif · 94258862–94258884 · motif
· motif · 94258920–94258932 · motif
· motif · 94259000–94259015 · motif
· motif · 94259012–94259024 · motif
· motif · 94259311–94259320 · motif
· motif · 94259311–94259322 · motif
· motif · 94259311–94259322 · motif
· motif · 94259349–94259364 · motif
· motif · 94259356–94259378 · motif
· motif · 94259356–94259378 · motif
· motif · 94259378–94259387 · motif
· motif · 94259754–94259776 · motif
· motif · 94259754–94259776 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:603 aa
ZNF169 為 603 個胺基酸的蛋白質,N 端含 KRAB 結構域,後段排列多個 C2H2-type zinc finger 區域。第 11 與第 13 個 zinc finger 被註記為退化型。序列另有兩段預測的無序區,分別位於胺基酸 121–181 與 583–603。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF169 的定位資料指向細胞核。 來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未描述異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CABP5Q9NP86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-6P60371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTCCGGCTCGCGTACTTCCGCGTTCCGGCATCGTCGCCT40GGTGCGTGATTTGCCTCTGCAACTTGACTCTCCTCTAGGA80AGAGTACTCCAGAGAGCAGGGATATGTCACCAGGACTCCT120GACAACCAGGAAGGAGGCATTGATGGCCTTCCGGGATGTG160GCTGTGGCCTTCACCCAGAAGGAGTGGAAGCTATTGAGTT200CTGCTCAGAGGACCCTGTACAGGGAGGTGATGCTGGAGAA240CTACAGCCATCTGGTCTCCCTGGGAATTGCATTTTCCAAA280CCAAAACTCATCGAACAGCTGGAGCAAGGCGACGAACCTT320GGAGAGAGGAGAACGAACATCTTCTGGACCTTTGTCCAGA360GCCTAGAACAGAATTCCAGCCAAGTTTTCCCCACCTGGTG400GCCTTTTCTAGCTCGCAGCTCCTCAGACAATATGCGCTAA440GTGGCCATCCCACACAGATCTTCCCAAGCTCATCTGCAGG480AGGTGACTTCCAACTAGAAGCTCCAAGATGCTCTAGTGAA520AAAGGAGAAAGTGGAGAGACAGAAGGCCCCGACAGCTCAT560TAAGAAAGAGGCCAAGCAGAATTTCTAGGACATTCTTCAG600CCCACATCAAGGTGACCCAGTAGAATGGGTAGAAGGGAAC640AGAGAAGGAGGAACAGACCTTCGCCTGGCCCAAAGGATGA680GTCTTGGGGGGTCAGACACAATGTTGAAGGGAGCAGACAC720TTCAGAATCTGGAGCAGTCATACGTGGAAACTATAGACTG760GGACTTAGCAAAAAGTCAAGCCTGTTCAGCCACCAGAAGC800ATCATGTGTGCCCTGAATGCGGGAGAGGCTTTTGCCAGAG840ATCAGACCTTATCAAGCACCAGAGGACACACACCGGGGAG880AAGCCATACCTGTGTCCTGAGTGTGGGCGTCGGTTTAGCC920AGAAGGCCTCCCTCTCCATACACCAGAGGAAGCACTCGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。