基因總覽
ZNF165 是位於人類第 6 號染色體 6p22.1 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 165。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,蛋白質全長 485 個胺基酸。序列包含一個 SCAN box,以及多個 C2H2-type zinc finger,其中第一個鋅指區域被註記為退化型。這些結構特徵界定了它的蛋白質家族歸屬;其可能的主要角色與轉錄調控相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000683778 ★ | 28,080,568–28,089,563 | 4 |
| ENST00001074118 | 28,080,276–28,089,563 | 4 |
| ENST00001117013 | 28,080,276–28,089,563 | 3 |
| ENST00001134587 | 28,080,276–28,089,563 | 4 |
| ENST00000377325 | 28,080,568–28,089,563 | 4 |
| ENST00000893308 | 28,081,199–28,089,563 | 4 |
| ENST00000893309 | 28,081,229–28,089,563 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF165 的功能資料指出,它可能參與轉錄調控。這項描述表示其可能與基因轉錄活動的調節有關,但資料並未說明它在此過程中的具體作用方式,也未指出它會促進或抑制轉錄,因此不宜將其功能方向或調控結果說得更確定。
目前可支持的功能主張僅限於上述可能性;來源沒有提供特定的靶基因、作用序列、分子互作、細胞或生理情境,也沒有交代該功能如何影響下游生物學過程。因此,ZNF165 的轉錄調控角色應保留為可能參與,而非已確認的具體機制。
Promoter 與基因調控
>ZNF165 ENST00000683778 GRCh38 chr6:28079568-28080668 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATAGAAACATAGTTTACTCTGGCACGTCTATTCTTATTGCAATTTCCTATTCCCGAATAAACTTTTTTT TTTTTTTTTGAGATGGATCCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTGC AACCTTCACCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTTCTGTCTTAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCC ACCACCACACCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTACAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGCCT TGAACTCCTTGTTAAATACAGTGAGTTCTAAATTTCTCTTCAAAGAATCAGTATGTCAGTATGTTCAATT CTTTGTTCTCCATTTTAAACTTTAACTTCCTCATTTTCCTCGTCTCCTTGCCTCTAGTTTCAGTAAACAA CCTTTTCCACCAGTTCTAATCAGTAGTTCACATCTGTTCCCCTGGTGACCTGCTCCGTCCTGAGTCACCC CTGGTCACCTGCTCTGACCTGAGTCACCTTTAGTCACCTGTTCCGTAACCGTCCTTCCCACTGAAACTGC TCACCCTACCACTCCGGCTCATACCCCTGCTCTCTTTAAAATAGCCAATCGGAATTAACTTAGACTGTGC GGTCCAACCCTAGCCAGTAGGGGAACGACACAGCACTAGGGACTACCTGCGTCAGGGATAAGAACCCCTT CCCCTCCCTTGTTCAGGTGTGCTCTCGCCATTGCTCCATCCGTGAGACGCACCCTTCTATAGAAGTAAAT TGCTTTGCTGAGAAAATGTGTGCTCGAGTGTGTATCTTTTTCTTCTTCTTCTTTTTCTGAGACTGAGTCT CACTCTGTCACCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCGCGGTCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCA AGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGCACCTGGAACTACAGGCGCGTGCCACCACGCCCGGCAATTTT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTAGTAGACACAGGGTGTCACCGCGTAAACCAGGATAGTCTCGAT CTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF165_2 ↗ | 6:28,080,569 | 正股 | 28,080,520–28,080,579 |
| ZNF165_1 ↗ | 6:28,080,936 | 正股 | 28,080,887–28,080,946 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_9F5X4 · promoter · 28080078–28080578 · regulatory
ENSR6_58LBWP · CTCF_binding_site · 28080576–28080597 · regulatory
ENSR6_8S9TD · enhancer · 28080579–28080745 · regulatory
ENSR6_9F5X9 · promoter · 28080746–28081246 · regulatory
· motif · 28078770–28078782 · motif
· motif · 28079933–28079946 · motif
· motif · 28080022–28080037 · motif
· motif · 28080022–28080037 · motif
· motif · 28080024–28080039 · motif
· motif · 28080578–28080594 · motif
· motif · 28080613–28080628 · motif
· motif · 28080618–28080630 · motif
· motif · 28080621–28080628 · motif
· motif · 28080621–28080636 · motif
· motif · 28080797–28080808 · motif
· motif · 28080931–28080942 · motif
· motif · 28080933–28080942 · motif
· motif · 28081128–28081139 · motif
· motif · 28081128–28081139 · motif
· motif · 28081152–28081169 · motif
· motif · 28081165–28081180 · motif
· motif · 28081165–28081180 · motif
· motif · 28081180–28081196 · motif
· motif · 28081189–28081202 · motif
· motif · 28081189–28081202 · motif
· motif · 28081258–28081270 · motif
· motif · 28081260–28081267 · motif
· motif · 28081467–28081476 · motif
· motif · 28081503–28081510 · motif
· motif · 28081503–28081518 · motif
· motif · 28081573–28081588 · motif
· motif · 28081580–28081588 · motif
· motif · 28081693–28081706 · motif
· motif · 28081752–28081767 · motif
· motif · 28081757–28081769 · motif
· motif · 28083179–28083192 · motif
· motif · 28083329–28083344 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:485 aa
ZNF165 蛋白長 485 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列含有位於第 62–127 位的 SCAN box,以及六個 C2H2-type zinc finger;其中第一個鋅指區域為退化型,其餘五個為 C2H2-type。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ZNF165 的定位資料將其標示於細胞核;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 35 個夥伴
- AHCYL1O43865 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC125Q86Z20 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DVL2O14641 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DVL3Q92997 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EMDP50402 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EWSR1Q01844 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IL16Q14005-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-9P60411 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP2-4Q9BYR9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAB21L3Q8N8X9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NTAQ1Q96HA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLEKHF2Q9H8W4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPLO60437 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNPS1Q15287 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCAND1P57086 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM41Q8WV44 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
TATTTTTAGTAGACACAGGGTGTCACCGCGTAAACCAGGA40TAGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGTCTCGGC80CTCCCAAAGTGCTGGGACTGCAGGCGTGAGCCACCGCGCC120CGGCCAACGTCATTTTCTTTTCAGGAGTCCCTTCTGTTAT160TTAGCAAGACACACTACTACAATGGAGAAAAAAGATGCCC200CCTCCTTCAAGCCCTGAGATCTTCAGGACTTTGGCGAAAA240GTCTGCGCCCGAAGAGACCCAGGAAGGATTCTTGGAATTG280TAGTCCAAAGGCATCCCGCCTTCTGCGCAGACTCACAAGT320CCCTGTGGACGGAATTCTTGAAGTGTAGCGCCGCTCAGTC360CTTCCACCGGAAGTGTCCGATCGGAATCAGCCCTGTCCGA400GAGATGGCTACAGAACCAAAGAAAGCTGCAGCCCAGAACT440CTCCAGAGGATGAAGGACTTCTGATAGTGAAGATAGAAGA480GGAAGAATTTATCCATGGGCAGGACACTTGCTTACAGAGA520AGTGAACTCCTTAAGCAGGAGCTCTGCAGGCAGCTTTTTA560GGCAGTTCTGCTACCAGGATTCTCCTGGACCTCGCGAGGC600ACTGAGCCGCCTCCGGGAGCTCTGCTGTCAGTGGCTGAAG640CCAGAGATCCATACCAAGGAACAGATTCTGGAACTGCTGG680TGCTAGAGCAGTTCCTGACCATCCTGCCAGGAGATTTGCA720GGCCTGGGTACATGAACATTACCCAGAGAGTGGAGAGGAG760GCAGTGACCATACTAGAAGATTTGGAGAGAGGCACTGATG800AAGCAGTACTCCAGGTTCAAGCCCATGAACATGGACAAGA840AATATTCCAGAAAAAAGTGTCACCTCCTGGACCAGCACTT880AATGTCAAGTTACAGCCAGTGGAGACCAAGGCCCATTTTG920ATTCATCAGAACCCCAGCTCCTATGGGACTGTGATAATGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。