基因總覽
ZNF160 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 160。其產物屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。現有資料指出,該蛋白可能參與轉錄調控;可用來源未提供更詳細的生化特性或作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000683776 ★ | 53,066,614–53,103,422 | 6 |
| ENST00000599056 | 53,064,884–53,103,464 | 7 |
| ENST00000418871 | 53,064,884–53,103,464 | 6 |
| ENST00000429604 | 53,064,884–53,103,464 | 7 |
| ENST00000601421 | 53,064,884–53,075,967 | 3 |
| ENST00000896795 | 53,064,884–53,103,464 | 6 |
| ENST00000896796 | 53,064,884–53,103,464 | 7 |
| ENST00000896797 | 53,064,884–53,086,633 | 4 |
| ENST00000971827 | 53,064,884–53,103,464 | 7 |
| ENST00000971828 | 53,064,884–53,103,464 | 6 |
| ENST00000971829 | 53,064,884–53,103,464 | 7 |
| ENST00000971830 | 53,064,884–53,087,022 | 5 |
顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ZNF160 的蛋白質產物可能參與轉錄調控。這項描述指出其可能涉及調節轉錄,但目前提供的資料沒有說明它如何作用,也未指出受調控的基因、轉錄過程中的具體步驟或其作用方向。因此,不能據此判定 ZNF160 是促進或抑制轉錄,亦無法推定其影響哪些特定生物學過程。
Promoter 與基因調控
>ZNF160 ENST00000683776 GRCh38 chr19:53103322-53104422 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCGAGACCAGCCTAGGCAACATG GTGAAACTTCATCTCCGCTAAAGAACGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCTAGCTACTCGGGAGGCTGAGG CAGGAGCATTGCTTGAACCCGGGAGGCCGAGGTTGCAGTGAGCAGAGATCATGCCACTGCACCCCAGCCT GGACGACAGAGCGTGACTCCGGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAGGCGTTTGAGGTTGTCATCTCGC ACGGAATAGAATAGTAAGTATAAAAAAGGACAATGCAATTTATATCTATTTTTTAAAAGTTACTGCTAAT TTCAGGGCTTTTAAATTACTTAATTTTAATCGCAGAAACTTTTCCAGCATGCCATCACCGCTCCGTGTCA ACCCATGTTCCCAGACTCCTGGGCTGCTTCAGCGTCAATAACATTACTGGGTAAACGCGCTAGCAAAAAA TGCTTTCAACATAAACCGCCTCCATTCTAAGAGGAAAGCAGTTTGGTTTCCAAAATAACCTACACAACTG TGCTTTTAACTTGAAACCGTTTGAAACATCTACGCCGTTCCACAAGACACTACAGATGGCTCTGGGCGCT GGGCTGTGGGCATCACACGAAATCGCAGACCCTAACGTGTCCCGTCCAGCCCCGCCTCTCCCCCGGGTCC CTTCCTGGCGGTCCCTCTGCCTCCCTCCCCCGCGGTCCCTTCGCCTTCCTCCCCCGCGGTCCCTTCCCGC GGTTCCTCCCCGCCCTTCCCCGGCGGCTCCTCCCCGGCCCGCCCCCGGGTCCCTCCACTTGGTCACTCCC CACCCCTCCCCGGTGGCTCCTCCCCGTTCCTTCCCTGGGGTCCCTGCCTGGCGGCCCCTGCTTCAGCCCG GCTCTCTCAACGCCCCGCCCTTTTCCGGTTCCGCCCATCTCGGACCCCGCCCCGGGCCGCTCGGTCGCTT TCCTTCGCGCAGTTGCCCACAGACCCGGAAGTGGATCGTGCGGAGCAAGCATCACACCATGGCGTATGAG TGTTCCTCTGTGTAGACTCAACCTGCGCCTCGCCGTCCCCCATTCGCACAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF160_1 ↗ | 19:53,103,422 | 負股 | 53,103,412–53,103,471 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_83K666 · enhancer · 53101602–53101806 · regulatory
ENSR19_C799C · enhancer · 53102247–53103340 · regulatory
ENSR19_5GH8FC · CTCF_binding_site · 53102799–53102820 · regulatory
ENSR19_BDJJS · promoter · 53103341–53103924 · regulatory
· motif · 53100930–53100942 · motif
· motif · 53101061–53101073 · motif
· motif · 53101063–53101070 · motif
· motif · 53101063–53101078 · motif
· motif · 53101071–53101078 · motif
· motif · 53101554–53101565 · motif
· motif · 53102640–53102660 · motif
· motif · 53102801–53102817 · motif
· motif · 53103410–53103419 · motif
· motif · 53103410–53103421 · motif
· motif · 53103410–53103421 · motif
· motif · 53103540–53103553 · motif
· motif · 53103576–53103586 · motif
· motif · 53103602–53103615 · motif
· motif · 53103607–53103617 · motif
· motif · 53103663–53103676 · motif
· motif · 53103687–53103700 · motif
· motif · 53103758–53103773 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:818 aa
ZNF160 蛋白長 818 個胺基酸,具有位於第 8–79 位的 KRAB 結構域,以及 20 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 257–811 位。資料將其歸入 krueppel C2H2-type zinc-finger protein 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ZNF160 定位於細胞核;未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGACCCGGAAGTGGATCGTGCGGAGCAAGCATCACACCAT40GGCGTATGAGTGTTCCTCTGTGTAGACTCAACCTGCGCCT80CGCCGTCCCCCATTCGCACACCCGATGCCCGGGGGTCGCT120ACGGACTTAAAATCTCCGCACCGCACCCTCCACCTCAGAA160ACGTTCCTGGATCCGAACACTGCCCCCTGACGACCTAGAG200AGATCCCGGCTCCCAGCCCACTGAGTGGCTTCAGCCTCGC240TGGTAGGTCTCTCCTCCAAAGCTCTGGAAACAGACTCCTG280GGAGTGAGAGGGAGGGGAGCGCAGGCACCGCCCCCTTTCC320CCAAGTCCCCCGCCCACTTCATCCCTCAGGCACCTCCCAA360CTCCTGGCCTCTCTGCACGAGGCGCCTGCCCCGGGCCCCG400CCTACAGGGGACCCAGCTCTTCTTGCAGCCACTGGAAGCT440GATCACCTGGAGTGAAGACCTCACACGAAGAAGTCTGGAA480GAAGAGGAAGAGGAAAGAAAAGGAGTCAGGGATGGCCCTT520ACTCAGGTACGGTTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAAT560TCTCTCAGGAGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAG600GATCTTATACAGGGACGTGATGTTGGAGAACTACTGGAAC640CTTGTTTCTCTGGGACTGTGTCATTTTGATATGAATATTA680TCTCCATGTTGGAGGAAGGGAAAGAGCCCTGGACTGTGAA720GAGCTGTGTGAAAATAGCAAGAAAACCAAGAACGCCGGAA760TGTGTCAAAGGCGTGGTCACAGATATCCCTCCTAAATGTA800CAATCAAGGATTTGCTACCAAAAGAGAAGAGCAGTACAGA840AGCAGTATTCCACACAGTGGTGTTGGAAAGACACGAAAGC880CCTGACATTGAAGACTTTTCCTTCAAGGAACCCCAGAAAA920ATGTGCATGATTTTGAGTGTCAATGGAGAGATGACACAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。