演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ZNF148BERF-1

zinc finger protein 148

ZNF148(zinc finger protein 148)是 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family 的蛋白質,參與轉錄調控,並可抑制多個基因的轉錄。

Homo sapiens3q21.2UniProt Q9UQR1
OFFICIAL SYMBOL
ZNF148
CHROMOSOME
3
UNIPROT
Q9UQR1
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ZNF148 是由 protein-coding gene 產生的蛋白質,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 794 個胺基酸,含有四個 C2H2-type zinc finger,另有兩段被註記為無序區域。這些結構特色構成其 DNA 結合相關特徵;資料將其主要角色歸於轉錄調控,具體調控方式則見功能說明。

Official symbol
ZNF148
Gene name
zinc finger protein 148
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12933
UniProt
Q9UQR1
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BERF-1ZBP-89BFCOL1HT-BETAZFP148pHZ-52

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 33q21.2
chr3 · 198,295,559 bp · GRCh38chr3p26.3 · 1–2800000 · gpos50chr3p26.2 · 2800001–4000000 · gnegchr3p26.1 · 4000001–8100000 · gpos50chr3p25.3 · 8100001–11600000 · gnegchr3p25.2 · 11600001–13200000 · gpos25chr3p25.1 · 13200001–16300000 · gnegchr3p24.3 · 16300001–23800000 · gpos100chr3p24.2 · 23800001–26300000 · gnegchr3p24.1 · 26300001–30800000 · gpos75chr3p23 · 30800001–32000000 · gnegchr3p22.3 · 32000001–36400000 · gpos50chr3p22.2 · 36400001–39300000 · gnegchr3p22.1 · 39300001–43600000 · gpos75chr3p21.33 · 43600001–44100000 · gnegchr3p21.32 · 44100001–44200000 · gpos50chr3p21.31 · 44200001–50600000 · gnegchr3p21.2 · 50600001–52300000 · gpos25chr3p21.1 · 52300001–54400000 · gnegchr3p14.3 · 54400001–58600000 · gpos50chr3p14.2 · 58600001–63800000 · gnegchr3p14.1 · 63800001–69700000 · gpos50chr3p13 · 69700001–74100000 · gnegchr3p12.3 · 74100001–79800000 · gpos75chr3p12.2 · 79800001–83500000 · gnegchr3p12.1 · 83500001–87100000 · gpos75chr3p11.2 · 87100001–87800000 · gnegchr3p11.1 · 87800001–90900000 · acenchr3q11.1 · 90900001–94000000 · acenchr3q11.2 · 94000001–98600000 · gvarchr3q12.1 · 98600001–100300000 · gnegchr3q12.2 · 100300001–101200000 · gpos25chr3q12.3 · 101200001–103100000 · gnegchr3q13.11 · 103100001–106500000 · gpos75chr3q13.12 · 106500001–108200000 · gnegchr3q13.13 · 108200001–111600000 · gpos50chr3q13.2 · 111600001–113700000 · gnegchr3q13.31 · 113700001–117600000 · gpos75chr3q13.32 · 117600001–119300000 · gnegchr3q13.33 · 119300001–122200000 · gpos75chr3q21.1 · 122200001–124100000 · gnegchr3q21.2 · 124100001–126100000 · gpos25chr3q21.3 · 126100001–129500000 · gnegchr3q22.1 · 129500001–134000000 · gpos25chr3q22.2 · 134000001–136000000 · gnegchr3q22.3 · 136000001–139000000 · gpos25chr3q23 · 139000001–143100000 · gnegchr3q24 · 143100001–149200000 · gpos100chr3q25.1 · 149200001–152300000 · gnegchr3q25.2 · 152300001–155300000 · gpos50chr3q25.31 · 155300001–157300000 · gnegchr3q25.32 · 157300001–159300000 · gpos50chr3q25.33 · 159300001–161000000 · gnegchr3q26.1 · 161000001–167900000 · gpos100chr3q26.2 · 167900001–171200000 · gnegchr3q26.31 · 171200001–176000000 · gpos75chr3q26.32 · 176000001–179300000 · gnegchr3q26.33 · 179300001–183000000 · gpos75chr3q27.1 · 183000001–184800000 · gnegchr3q27.2 · 184800001–186300000 · gpos25chr3q27.3 · 186300001–188200000 · gnegchr3q28 · 188200001–192600000 · gpos75chr3q29 · 192600001–198295559 · gnegZNF148pq1 bp198,295,559 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr3:125,225,669–125,375,842
Gene span
150,174 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000360647 ★125,225,669–125,375,3259
ENST00000700044125,225,669–125,374,8189
ENST00000471196125,225,669–125,375,26710
ENST00000484491125,225,669–125,375,2499
ENST00000492394125,225,669–125,375,2518
ENST00000485866125,225,669–125,375,31310
ENST00000859977125,225,669–125,375,3118
ENST00000859978125,225,669–125,375,3027
ENST00000859979125,225,669–125,375,26611
ENST00000859980125,225,669–125,375,3609
ENST00000859981125,225,669–125,375,8429
ENST00000859982125,225,669–125,375,3399

顯示 12/52 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ZNF148 參與轉錄調控,來源資料指出它會抑制多個基因的轉錄。已列出的標的包括 gastrin、stromelysin 與 enolase,說明其調控作用涉及不同基因,而非僅限於單一標的。

在這些基因的 enhancer 區域中,ZNF148 可結合 G-rich box。來源所述的結合位置與轉錄抑制相連,支持其透過辨識 enhancer 中的特定序列參與基因表現調節;但資料未進一步說明抑制作用的分子步驟,也未提供各標的基因在不同細胞或生理條件下的調控差異。

因此,依現有資訊可將 ZNF148 的功能概括為:藉由結合特定 enhancer 序列,參與多個基因的轉錄抑制。資料沒有列出更廣泛的生物過程、下游效應或其他調控方向,故其功能意義應限於已明確記載的轉錄調控與基因標的。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 125375325 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ZNF148 ENST00000360647 GRCh38 chr3:125375225-125376325 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCCTCAAAGGTTACGTTTAAGTATTGCAGAGAGGCGCTAAATGGAATCTTCATATTATTATGAAGAAATC
CCAATGAACGCGTTTTATCCCACGGCAAGTTCCAGATGCTCACAATTACTCAACATTCACTGAGCATCTT
TTATGTTATATGGCTGACCTTGTGCTAGGGTGTGTACACAAAGATGAGTAATTGTAAACGATGGCAGTAT
GCAGAAGCACCTCAGGGCGCCTAATGTTAGCTGACGAAGGCACCATTAAGGAGGTCACAGTTTGGCTAAA
GGGCCCCCAAAGGATGAGACAACTGTGTAATCCTAGCTCTATAGAGATCATTACCAAGTCTTTGCCATAC
AAAGTTTGGGCTTCAGGTGAAATGAGAAGGGCAAGGTTCTGCCCAAGAGGGTCCAGGGCCGGATCTCTTG
ATCTGTGTCTATGCCCACACCCTGCATCTCAGCTTGCAGACACTAATAGGGTTTGCCAGTTTCAAGGGCG
CAGGGCTACATCTTCCGGAAAAGGTGGCATTTGAAGGTGGTAAGAGGCCAACGACTGGAGGTGGCGGCGA
AGGGCTAGGTAAGACAGAATAAATGAAAAAGCCAAGACATTTCTGGCAAATAACCTTTCACCTAGGTCCC
CGACCCTTCCATTTCCCCAGGCCTGAAACGCTCCCGAATCCCCGAGTCCTCCACTTTCCAAGCGCTGGGC
ATTGGTTAAGGCTGTAGGAGCAGGGAGTCCCCCGCTCTAAGAGAGTTCCTCAGTTCCGATCTTTTTCAAA
CCGCTTTCCTCCCAGGCCCAGCCTGGGGGGCCTGCGGCTCGGGTCCAGCTTCCACGGCCACCCTGGGCTG
GTGACACGCAGGCGCCGGAATCGAAGCCACGCTGTGTCTTTCCAGCCAGGTCTCTGCGCCAGACGAGGGC
GGGCGCCGCGGAGCGCTTCCCGTGTGCGGGGCTTCCCACAATGCACCGGGCCGGCAGTGGCGGCGACCGC
GGCGGCGCTCTAGCTGCGGCATGTCTGCGTCTCTACTGCTCTGGGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAAGAGGA
GGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAAGAGGAGAAAGGCGCAGGGGTGGGAGCTGT
ZNF148 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ZNF148_1 ↗3:125,375,311負股125,375,301–125,375,360

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR3_BWTRM · enhancer · 125374118–125374807 · regulatory

ENSR3_BWTRQ · promoter · 125374808–125375361 · regulatory

ENSR3_CGFWF · enhancer · 125375362–125376533 · regulatory

ENSR3_534H7WF · CTCF_binding_site · 125375766–125375787 · regulatory

ENSR3_534H7WM · CTCF_binding_site · 125375814–125375835 · regulatory

· motif · 125373175–125373187 · motif

· motif · 125374685–125374700 · motif

· motif · 125374751–125374763 · motif

· motif · 125374756–125374769 · motif

· motif · 125374850–125374863 · motif

· motif · 125374859–125374872 · motif

· motif · 125375003–125375010 · motif

· motif · 125375040–125375053 · motif

· motif · 125375052–125375065 · motif

· motif · 125375255–125375268 · motif

· motif · 125375278–125375291 · motif

· motif · 125375470–125375481 · motif

· motif · 125375470–125375481 · motif

· motif · 125375715–125375726 · motif

· motif · 125375768–125375784 · motif

· motif · 125375816–125375832 · motif

· motif · 125376202–125376211 · motif

· motif · 125376318–125376329 · motif

· motif · 125378912–125378925 · motif

· motif · 125378982–125378995 · motif

· motif · 125378982–125378996 · motif

· motif · 125378982–125378997 · motif

· motif · 125378982–125378997 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:794 aa

1 aa794 aa功能區域鋅指
依 Q9UQR1 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ZNF148 蛋白質長 794 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解包含四個 C2H2-type zinc finger,分布於胺基酸 171–193、199–221、227–249 與 255–278;另有兩段無序區域,分別位於 298–336 與 574–596。

鋅指C2H2-type 1171–193 aa
鋅指C2H2-type 2199–221 aa
鋅指C2H2-type 3227–249 aa
鋅指C2H2-type 4255–278 aa
功能區域Disordered298–336 aa
功能區域Disordered574–596 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UQR1…

AlphaFold · Q9UQR1

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

來源未提供其定位隨條件改變的情形或不同異構型之間的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 18 個夥伴 · 最多顯示 50 個
BERF-1ZNF148CEP70DEUP1FAM22FGLRX3GORASP2KRT31SIAH1TRIM10CEP63JADE1KRT34LNX1PFDN5PLEKHG4PNMA1POU6F2USP54ZMYND12
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

ZNF148 與 HNRNPDL 有交互作用,也與 5FMC complex 交互作用;後者需要 ZNF148 與 CHTOP 結合。另有資料以序列相似性推定 ZNF148 與 CAVIN1 交互作用,這項關係屬於推定,與前述記載的交互作用證據層級不同。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

ZNF148 相關基因變異與 autosomal dominant syndrome「Global developmental delay, absent or hypoplastic corpus callosum, and dysmorphic facies」(GDACCF)有關。此症候群的特徵包括胼胝體發育不全、輕至中度發展遲緩與智能障礙;也可能出現小頭或輕度大頭、身材矮小、餵食問題、顏面特徵異常,以及心臟或腎臟畸形。來源指出疾病由影響該基因的變異造成,但未提供個別變異的詳細資料。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ZNF148 參與轉錄調控,並會抑制多個基因的轉錄;已列出的基因包括 gastrin、stromelysin 與 enolase。它可結合這些基因 enhancer 區域中的 G-rich box。資料庫紀錄
證據與來源

Involved in transcriptional regulation. Represses the transcription of a number of genes including gastrin, stromelysin and enolase. Binds to the G-rich box in the enhancer region of these genes

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ZNF148 與 HNRNPDL 有交互作用,也與 5FMC complex 交互作用,且後者需要 ZNF148 與 CHTOP 結合。另有與 CAVIN1 交互作用的推定關係,屬於序列相似性證據。含實驗來源
證據與來源

Interacts with HNRNPDL. Interacts with the 5FMC complex; the interaction requires association with CHTOP. Interacts with CAVIN1 (By similarity)

PMID 15190078 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ZNF148 定位於細胞核。資料庫紀錄
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯影響 ZNF148 的變異與常染色體顯性 GDACCF 有關,症狀包括胼胝體發育不全、輕至中度發展遲緩與智能障礙,並可伴隨頭圍異常、身材矮小、餵食問題、顏面特徵異常及心臟或腎臟畸形。含實驗來源
證據與來源

Global developmental delay, absent or hypoplastic corpus callosum, and dysmorphic facies GDACCF An autosomal dominant syndrome characterized by underdevelopment of the corpus callosum, mild to moderate developmental delay and intellectual disability, variable microcephaly or mild macrocephaly, short stature, feeding problems, facial dysmorphisms, and cardiac and renal malformations. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617260

PMID 27964749 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000360647 · 9,514 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGTCTGCGTCTCTACTGCTCTGGGAGGAGGAAGAGAAGG40
41AGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAAGAGGAGAA80
81AGGCGCAGGGGTGGGAGCTGTTGCCGAAGCTGCCACAGCA120
121AAAGTTCTCCCCCCTCCCCCCTTCCCCTCCTCTCAAGGCC160
161CCTAGAAAGGTTGGAGCTGCCGCCGCCTGCAGTCGGTGAC200
201CGCGCGACTCGGCGCCCGCCCGCGGATAGAGGGAGGAATC240
241AGCAGCTTGGAAATTCAAGCACGTGATCTGGCGGGATGGG280
281CGTTTGCCTAACGTATTTAATGGAGGAATCGGATGGCATA320
321AGTGATTAAGGTGGTATTGAGGATTTCTGAAGCCTATGAA360
361AGGTAGAAACTCAACCATGATTTCTTTTTCAACTCTACAG400
401CATTCCTTTCCTTGAAGTCTTCGTTTTTACCTTAGTCTCG440
441GGCAGTTATACTTAAGCATGAACATTGACGACAAACTGGA480
481AGGATTGTTTCTTAAATGTGGCGGCATAGACGAAATGCAG520
521TCTTCCAGGACAATGGTTGTAATGGGTGGAGTGTCTGGCC560
561AGTCTACTGTGTCTGGAGAGCTACAGGATTCAGTACTTCA600
601AGATCGAAGTATGCCTCACCAGGAGATCCTTGCTGCAGAT640
641GAAGTGTTACAAGAAAGTGAAATGAGACAACAGGATATGA680
681TATCACATGATGAACTCATGGTCCATGAGGAGACAGTGAA720
721AAATGATGAAGAGCAGATGGAAACACATGAAAGACTTCCT760
761CAAGGACTACAGTATGCACTTAATGTCCCTATAAGCGTAA800
801AGCAGGAAATTACTTTTACTGATGTATCTGAGCAACTGAT840
841GAGAGACAAAAAACAAATCAGAGAGCCAGTAGACTTACAG880
881AAAAAGAAGAAGCGGAAACAACGTTCTCCCGCAAAAATCC920
921TTACAATAAATGAGGATGGATCACTTGGTTTGAAAACCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。