基因總覽
ZNF146 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 zinc finger protein 146。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 19q13.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000443387 ★ | 36,215,106–36,238,768 | 4 |
| ENST00000456324 | 36,214,602–36,239,969 | 3 |
| ENST00000877704 | 36,214,602–36,239,969 | 4 |
| ENST00000877708 | 36,214,602–36,238,768 | 4 |
| ENST00000877709 | 36,214,602–36,238,768 | 3 |
| ENST00000877710 | 36,214,602–36,239,969 | 3 |
| ENST00000877711 | 36,214,602–36,239,969 | 2 |
| ENST00000877712 | 36,214,602–36,239,969 | 4 |
| ENST00000877714 | 36,214,602–36,239,969 | 4 |
| ENST00000877715 | 36,214,602–36,238,774 | 3 |
| ENST00000919777 | 36,214,602–36,238,774 | 4 |
| ENST00000919778 | 36,214,602–36,239,969 | 4 |
顯示 12/53 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>ZNF146 ENST00000443387 GRCh38 chr19:36214106-36215206 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CACAAGCAGTGGCACCCCACTCCCGCATACACAGCACCACACACATACACACAAACACACACACCAAGGG ATACAGGAATACACAAGCGGCGTCACCACACAGTCACAGGCACAGGCAATTGCACACGGCCACAGTGTCA CACAACCAAAACCACGCACACACCTTGGAGACATGAATCACAACCGCACACCCGCAGTGGTCACACAGTC ACAACTGTACTCACACCCCAGGAACAGGGCGAACAGGCCACATATACAACGGGGACACACGCAGTATCAC CCCCGGTCACAAGGACCCTGCACCCCGATACTCTCTATCACACATGGTTACACAAAAACCACCAGACACC CTGGAGACAGGCGGTTACACGTGCACAGTTGCAGACACCCACACCCAGCCACACAGCCACAAAGACACAT TCAGAACGGCGCATCCGCAGCCAGCTCCCGCCTGCGCGCACAGATTCGAGGCTCCGGACACGCCCCGGCC CCGCCCAGGACTCCCAGACCCCTCACCTTCTGCCTCCCCTGGTCGCGTCCGGGTCCTTGCGGAGCTAACT AGCTCGCCACGACGTCAAGAACGACGTAACGTCAGGCCGCTGTGGGCTCTGGGAATTGTAGTCCAGAGCT AGATCGGCCACGGACAGAATGGCGTTCTCTTATCTCTGAGTCGGGGCCTGGCTCGTTTTGACATTTTTGC GCCCACGAGTCTTCGGAGAGGGCGTCGCCACTCCAGACCTTCCAGCAAGCTTGAAGTCATCTGACGCTAA AGGACTACTTACCTCAAGAGCTCCATCGTCACAGAAGGAGGCGGCCAAGTTCGCGGGGGGAGGGGAGGAG ACAGAGAGTCGACCAGTAAAGCCTCAAGGGAAATGTAGTCCAAGGCCTGAGAAGCGACGTTGCTGGTAAT AGAAGGTAATTCAGTACCAGCCTGGGCCTGGCCGCGGTGACCGAGGCGGGCCGCGTCGCGGAGACTTCTG GGAGTGCTTCCTCGCTCTCCGAGTGCGCAAGCGCAGCGCACCGAGTGGACATTTTGGTCTTTGTCCGCGG GTCAGTACGGCCCCTGGGTCCACGTGGCGCGAAAGTAGGAGGTGGGATCTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ZNF146_1 ↗ | 19:36,215,106 | 正股 | 36,215,057–36,215,116 |
| ZNF146_2 ↗ | 19:36,217,011 | 正股 | 36,216,962–36,217,021 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9JD4N · promoter · 36214112–36214612 · regulatory
ENSR19_9JD4S · promoter · 36214655–36215116 · regulatory
ENSR19_B973J · enhancer · 36215117–36216129 · regulatory
· motif · 36213778–36213793 · motif
· motif · 36213968–36213985 · motif
· motif · 36214225–36214247 · motif
· motif · 36214225–36214247 · motif
· motif · 36214245–36214259 · motif
· motif · 36214350–36214367 · motif
· motif · 36214471–36214480 · motif
· motif · 36214471–36214480 · motif
· motif · 36214533–36214544 · motif
· motif · 36214965–36214978 · motif
· motif · 36214965–36214978 · motif
· motif · 36215044–36215061 · motif
· motif · 36215109–36215120 · motif
· motif · 36215109–36215120 · motif
· motif · 36215138–36215153 · motif
· motif · 36215232–36215245 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:292 aa
ZNF146(zinc finger protein 146)屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,蛋白質長 292 個胺基酸。序列含有 10 個 C2H2-type zinc finger,分布於第 16–290 位;第 212–292 位另註記為與 TERF2IP 互作的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ZNF146 可結合 DNA,並與 SUMO conjugating enzyme UBC9/UBE2I 及端粒蛋白 TERF2IP 互作。來源未進一步說明這些互作是否形成同一複合體,亦未提供其功能關係的細節。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | ZNF146 可與 DNA 結合,也會與 SUMO conjugating enzyme UBC9/UBE2I 及端粒蛋白 TERF2IP 發生互作;此敘述未進一步界定互作形式或其功能後果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds DNA. Interacts with SUMO conjugating enzyme UBC9/UBE2I. Interacts with the telomeric protein TERF2IP PMID 15838871 ↗ · PMID 15881673 ↗ |
| 細胞定位 | ZNF146 的細胞內定位為細胞核;此項敘述未提供其他定位條件或動態資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGTGCGCAAGCGCAGCGCACCGAGTGGACATTTTGGTCT40TTGTCCGCGGGTCAGTACGGCCCCTGGGTCCACGTGGCGC80GAAAGTAGGAGGAAGACATAGGCCAAGGAGCCAGACTTCC120TGTGTTAACTCCTTCCTCTGCCACTTTTTACCTTGGGGAC160CTCAGTTAATATGATCCTCTGTTGAAGCAAGAAGACAAAC200TGTATGGTGGAGAAAGAAGTGGGAAGGATCTGCGCGGAAG240AAGCCTGAGAAGATGATGCACAGATAGAGAGGCACCAGGA280CTTGAGAGGCACCAGGACTTGGGAGGCATGTTGATCCATC320TCCAGGAAAGACTGAGAAAAAGAGCGTTGAATATAAGAAA360AAATACTTCCTCTGTTCTCAGATCGTATTTGTTTTAAGGC400CACACCTTTTTGAAGTTTTCAGTTTGAAACACAACCTGGA440CTGAAATCATGAGGGAGGTTGTGTAGGAAAGAATCATCAA480GGGACTTAGTTGGGAGCTTCTCTACCACAGCTTACTCCTT520ATGGTATTAACCCCCTTTAAGTGTAAATGTCTTTGGTTTA560AAACGTTTGTACCTCATCTGTTACCAGAGTGTTCATACTG600GAGAGAAACCCTATGAATTTACTGAATGTGGGGGAACTGT640TACTCATATGTTGCATTTCGTCGAACGTGCAAGTCATGCT680GAAGAGAAACCCTGTGCTTCTAAGGAGTATTGACAAGCCC720TTAGCTAGATGACAATCTCATTGAGAAGCAGAAAATTCAT760GCTGGAGAGAAACTAGTGAAGGTAGCAATACTTCATTGAA800TATTAGAAAATTTTTCTAGAGAGAAAGCATTGAATATACT840GAGTATGATAACATTTCCTCTCAAACCTTATCCCTTACTC880TGCATTTGGGAGATCATACACAGAGAAGCCTTATAAATGT920AAGAGATGTGGAAATATCTTCAGCCAAAAGTAAATCCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。